這場仗打了三天三夜終於擊敗九黎部落，活捉了蚩尤。九黎戰士見蚩尤被擒獲，沒有了戰意，除了少數拼命抵抗外，大多數歸順了軒轅。軒轅安撫了歸順的九黎族後，消滅了頑抗分子，率軍押解着蚩尤返回了自己的部落。
軒轅返回部落，對天下萬民宣告了蚩尤的罪狀，之後下令將蚩尤處斬。
刑場由軒轅親自主持，而即將行刑的蚩尤一臉不屑的看着軒轅，軒轅見行刑時間移到，大聲說道：“行刑！”劊子手立即用大刀砍在蚩尤的脖子上，“咔”的一聲，由於蚩尤爲巫族後裔，肉身強悍，大刀斷爲兩截，卻沒能傷及蚩尤分毫。軒轅急忙命令換一把快刀，試了數次，卻未能殺了蚩尤。
蚩尤哈哈大笑：“我乃大巫之體，刀槍不入，想要殺我？做夢吧！”
廣成子對蚩尤說道：“蚩尤，你雖卻是刀兵難傷，可若說是不死之身，那卻是笑話！這天地間，只有聖人才是不生不滅的，聖人之下，誰敢說自己是不死的？莫要忘了軒轅手中的軒轅聖劍乃是屠巫劍而來，曾將祖巫化作灰灰，你怎可抵擋？”
軒轅聞言，精神大振，拔出軒轅劍狠狠向蚩尤砍去。這軒轅劍前身是戮巫劍，連祖巫都可以殺害，何況蚩尤的大巫之體？
只見軒轅劍向蚩尤脖子砍去，鋒利無比的軒轅聖劍，毫無阻礙一劍斬下了蚩尤的頭顱。
軒轅黃帝看着蚩尤的頭顱，仰天說道：“蚩尤頭顱已被吾斬殺，無數無辜冤死的人族英魂啊！你們可以安息了！”
“哈哈哈。。。”
突然一陣詭異的笑聲響起，軒轅黃帝驚駭無比的望去，只見蚩尤那無頭之軀根本沒有流下一絲鮮血，那被斬下的頭顱正在瘋狂的大笑着。
原本廝殺的戰場此刻瞬間停止，望向那蚩尤所在的方向，心中驚駭無比。
“哈哈哈。。。公孫軒轅，本座早就說過，吾乃不死之身，即便是那軒轅聖劍也休想斬殺我蚩尤！哈哈。。”
蚩尤笑罷，口中喃喃唸誦着什麼，那被斬落的頭顱瞬間飛至斷頸處光華一閃，再次緊密無間的聯繫在一起。
軒轅黃帝看着這詭異無比的景象，心中亦是震驚不已，不過面上卻是不顯絲毫，道：“蚩尤，即便你有此保命神通，今日你也死定了！”言罷，再次揮動手中的軒轅聖劍將那蚩尤的頭顱以及四肢斬下。
那被斬下的身體部分還在活動，蚩尤頭顱笑道：“公孫軒轅，無論你斬一萬次還是無數次結果都一樣，吾修成了無相元神，元神不滅，吾便是不死之身！”
軒轅黃帝緊皺眉頭，心中苦苦思索。
這時那廣成子說道：“陛下，貧道師弟赤精-子有一寶貝，名曰陰陽鏡，定可剋制這蚩尤！”
軒轅黃帝大喜，望向赤精一子道：“還請師叔相助！”
赤精-子聞言淡笑道：“陛下不必客氣，貧道自當相助！”言罷，取出陰陽鏡，白紅二色閃爍不斷，把白色的一面照射在蚩尤的身上。
只見蚩尤在白光的照射下，依然無所畏懼，面帶笑意的望向衆人。
“怎麼可能，陰陽鏡竟然不起作用！”赤精一子大驚失色。
衆仙亦是大驚，忍不住暗道：難道這蚩尤真是不死之軀嗎？
就在衆仙暗暗苦惱之際，只見天際上卻是飄來一朵祥雲，軒轅看去只見那祥雲上屹立的女子正是九天玄女。
九天玄女落下雲頭，對着軒轅黃帝一拜道：“人皇陛下，小仙奉玉帝之命以此寶鏡相助人皇陛下斬殺蚩尤，建立不世之功！”
軒轅大喜不已，聞言謝道：“勞煩仙子代爲轉告玉帝，軒轅多謝了。”
九天玄女點了點頭，手持昊天鏡對準蚩尤，只見鏡子閃爍出一層毫光，光華一閃照射在蚩尤的身上。
蚩尤立馬感覺到一股危機感傳來，自身修成的無相元神瞬間被一股玄奧的力量所封印，心中驚恐不已，望向那寶鏡眼中露出濃濃的恐懼！
軒轅手持軒轅劍上前一劍斬下蚩尤的頭顱，只見這時蚩尤身軀終於流出鮮血，軒轅大喜又連斬四劍斬下蚩尤的四肢。
那廣成子道：“這蚩尤不知修煉的何種神通，竟然這般詭異，爲了日後避免其復活還是將他身軀分別置放在天地五處，藉助天地之力鎮壓！”
軒轅道：“老師此舉大善，就依老師之言！”
卻是命人找來龍馬，將蚩尤的頭顱，四肢連接的軀幹部分運送到五嶽之地，在輔以無數陣法禁止將封印之地佈置的固若金湯，日夜命人看守。
九黎之亂既平定，四海龍王一齊上前對軒轅說道：“蚩尤既已被陛下封印，吾等亦該重回四海，望乞告辭！”
軒轅微微施了一禮，道：“今日多謝衆位道友相助，若無四海龍族，此戰即便是勝了也是損失慘重，今日軒轅願意奉龍族一族爲我人族瑞獸，享我人族香火！”
四海龍王大喜，他們此行的目的就是相助人皇完善功德，如今親口得到人皇允諾得享人族香火而且更是被人族奉爲瑞獸，讓世世代代的人族供奉。這樣一來，自然不用擔心自身的種族氣運傳承，相反還會在人族氣運的幫助下，自身種族的氣運不斷的壯大。
四海龍王同道：“如此謝過人皇陛下！”旋即又與衆人一一行禮道別，呼嘯一聲，萬千金龍縱雲駕霧，瞬間告辭而去。
盧聖見軒轅打敗了蚩尤，向軒轅告辭。軒轅聽聞盧聖要走，出言勸阻道：“上次一戰，多虧了聖師相救，軒轅才能僥倖活命。如今軒轅還未報答仙長大恩，聖師怎可離去，還望聖師在多逗留些時日，也好讓軒轅有機會報道聖師的大恩大德！”
盧聖道：“人皇，你與蚩尤之間的爭鬥已經結束，不知你對九黎部落及人族的發展有何看法？”
軒轅說道：“九黎部落以下犯上自當是堅決打擊，不能讓他們再有反抗的機會，至於人族未來的發展則是集中管理，以杜絕一些小部落不聽命令的行爲。”
盧聖聽到軒轅此言，不禁搖搖頭，說道：“人皇，蚩尤與你之間的爭鬥屬於上層的紛爭，不應該牽連到下層的一般百姓身上，人族在你與蚩尤爭鬥的這數十年中，生活的水平已是跌到了低谷，再也經受不起任何打擊，希望你能三思而行，不要因一時之氣而使人族再受磨難。”
軒轅不以爲然地說道：“蚩尤勾結巫族，帶領九黎部落以下犯上自當從嚴處罰，否則那豈不是要天下大亂。”
盧聖說道：“人族大興，雖是天道大勢，而人皇之爭也是天道對人皇的考驗，如果人皇連這點災難都無法解決又如何能帶領人族走向興盛。現在戰爭已經結束，人皇應該對九黎百姓一視同仁，採用懷柔政策收取民心，這樣天下才能大同。人族才能迎來大興的日子。”
言如醍醐灌頂，軒轅氏本是天縱奇才，當即恍然大悟。遂向盧聖深施一禮，道：“聖師之言，字字珠璣，令我茅塞頓開，姬軒轅謹謝聖師之德。”
盧聖連忙扶起軒轅，笑道：“人皇不必如此！如果人皇能以仁和之心來治理天下，人族大興的日子不遠了！”
盧聖說着便離開人族，回到西方，向準提覆命。
自此人族進入了人皇軒轅的時期。人皇軒轅在盧聖的勸說下，放棄對九黎部落的屠殺，九黎部落逐漸融入了人族。人族大興終於來臨。在軒轅的努力和一系列變革之下，人族氣象更新，更加興旺了，軒轅在人族的威望更加高了。