人族，有熊氏部落。 一大清早, 一個女子宛若九天神女般從天而降, 來到了軒轅的大軍之中。卻仙界的九天玄女, 此次前來乃是奉了仙界之主昊天大帝和瑤池金母的命令, 同樣是爲助軒轅打敗蚩尤。
軒轅正在一籌莫展時，突然天庭派人下來援助，不禁大喜，趕緊把九天玄女迎入大營。禮畢，九天玄女道：“軒轅人皇爲天定，今蚩尤逆天行事，不顧天下百萬生靈塗炭，以致禍亂四起，我奉大天尊聖旨，前來相助軒轅人皇，滅了蚩尤。”
這時，廣成子在一旁冷笑：“昊天說的大話！三界之主卻派一弱女子前來相助，便能滅了蚩尤！我等衆人都沒有敢持這份能耐，莫不是昊天隨便派了你來，藉着個名義，想揀個便宜不成。”對於昊天，廣成子沒有放在眼裡。
軒轅對於昊天與諸聖之事不甚瞭解，之前聽九天玄女乃天帝派來相助的仙女，本是一喜，但是現在聽廣成子之言，似乎對昊天有意見，便有了遲疑，望向闡教諸仙，等諸仙開口。
雲中子看着九天玄女一臉難看，便道：“天帝能派你來，也是順應天意，軒轅，莫拂了人家的好意，畢竟，人家可是天界之主。”
天界之主？九天玄女心中暗怒，衆聖什麼時候將昊天這個天界之主放在眼裡了？她又豈聽不出其中諷刺，不過昊天臨行時有交待，只能隱忍不發火，向雲中子拜謝。軒轅聽到雲中子的話後，便明瞭之意，遂向九天玄女稱謝。
禮畢，九天玄女向軒轅傳授天書，三宮五意陰陽之略，太一遁甲六壬步鬥之術，陰符之機，靈寶五符五勝之文。爲了戰勝蚩尤，九天玄女又讓軒轅製作豪音 牛皮巨鼓八十面，又再授予黃帝圖策，印劍之物，以戰備之用。 軒轅氏按照九天玄女所授兵法，演練士兵，同時派人四處尋找能人異士，剋制法寶、雨師。
能臣輔佐，猛將雲集，兵強馬壯，第二日，軒轅重整大軍，準備又和蚩尤重新大戰。
蚩尤大叫大喊：“軒轅，你還敢來送死？”
軒轅：“少廢話，今天必破大陣，到時你後悔莫及了。”
軒轅所帥領着人族戰士, 在廣成子等一干修士的幫助之下, 經過了一陣廝殺之後, 終於衝進了九九寂滅大陣之中。
蚩尤也不在意，忙着展開大陣，只見一陣陰風籠罩個全陣，把軒轅全體戰士困在陣中。
在這危險時刻，九天玄女渾身仙光閃耀，清氣充盈，在頭頂凝結成千餘隻鳳凰，翩翩起舞，散發股股鳳凰不死氣之氣，形成瑰麗華蓋，護住法身。 軒轅有軒轅劍保護，軒轅劍射出尺許白光，正氣凜然，公正不阿，諸邪避退，不敢靠近；廣成子等闡教諸仙有慶雲金燈白蓮玉清仙光護體。 軒轅一行人徑直行至魔殺陣的中心，軒轅便見三頭六臂的蚩尤正手持血魔幡，口唸咒語，周圍不斷涌出血煞魔氣。
只見此時，蚩尤身高百丈，渾身上下被一團濃濃的血煞魔氣籠罩着，而頸上三頭，則不斷噴薄出黃、青、黑三色氣體。
“嘿嘿，軒轅小兒，你來了，如此正好，將你這人族人皇轟殺，以祭我的魔殺陣。”蚩尤冷笑道，然後無數血煞魔氣凝爲實體，竟似萬鬼哭嚎，然後向公孫軒轅撲來。
軒轅見狀，忙取出策使鬼神之書，只見其書展開，非金非綢非布，散發出一陣青明光芒，青明光芒照耀周圍百里，萬鬼恐慌亂竄，但卻被定住般，紛紛向策使鬼神之書飛來，被吸入其中，瞬間，化得乾乾淨淨，血煞魔氣頓時終結，變得稀薄。
蚩尤見傷其不得，定睛看去，一驚：“這是天界主管的策使鬼神之書？”軒轅道：“正是。”蚩尤怒吼：“巫、人兩族之戰，應由我們兩族解決，想不到天庭也要插手此事，真是豈有此理！”昊天執掌天界，這幾年威名赫赫，蚩尤見天庭站在軒轅一邊，不禁又驚又怒。
軒轅冷笑：“你逆天行事，昊天大天尊，不派兵剿滅於你，而是借我之手，卻是合了天數。”蚩尤怒吼一聲：“天數個屁！軒轅小兒，今日，我便叫你知道何爲天數。”
只見蚩尤祭起血魔幡，血魔幡升至半空，發出血紅光芒，一瞬間，血光大盛，血海魔殺陣彷彿受到刺激般，隱隱發出洪荒神魔的厲吼，整個血海魔殺陣如被攪動的血海，魔煞之氣充溢大陣百萬裡方圓，而血魔幡的血紅光芒，直欲衝開九天雲霄。
軒轅闡教諸仙見此，不由大驚，憂道：“軒轅，能殺得了蚩尤嗎？”心裡卻想：“不要說殺了蚩尤，只怕能保住小命，就不錯了。”
大陣之內的軒轅見狀，不由臉色一變，加催大法力，全身被白茫茫的仙瑞之氣籠罩，其中，隱有五彩神龍盤繞，龍吟陣陣，血海魔殺陣內生出的萬千洪荒神魔卻是無法靠近，軒轅方心一定，然後祭出六甲六壬兵信之符，六甲六壬兵信之符立於半空，百丈長短，發出淡黃光芒，符身有億萬晦澀符篆，只見億萬符篆閃爍過後，魔殺陣內憑空出現億萬金甲神將，持各異神器紛紛向萬千神魔斬殺而來。
軒轅祭出六甲六壬兵信之符後，緊接着，將制妖通靈之印祭出，只見掙扎的萬千洪荒魔神受制妖通靈之印清光所制，在無數慘叫聲中，被金甲神將斬殺，化爲虛無。
蚩尤心中怒吼連連，，眼中紅光大盛，直欲殺上天界，將昊天撕碎。知軒轅手中天界靈寶是昊天所給
蚩尤怒吼一聲，向血魔幡注入大巫本身精血，只見血魔幡吃了其本身精血後，彷彿活了般，顫動不已，幡面骷髏人頭紅白光芒交替，掙脫了出來，化爲一具百丈骷髏血魔，全身上下滴淌着腥紅鮮血。
軒轅手持軒轅劍，注入大法力，只見劍身金光大盛，然後化爲一陣金光，向骷髏血魔穿殺而過。
看着軒轅劍所化金光，將骷髏血魔洞穿出一個大窟窿，軒轅心中一喜，不料骷髏血魔並未倒下，而是猙獰大笑，先前被命魔之劍所破的大窟窿又漸癒合。
被骷髏血魔吸食了大半精血的蚩尤，虛弱地仰天狂笑：“軒轅小兒，你認命吧！這骷髏血魔乃天地之間最厲害的魔神之一，你那些小法寶，只能給他撓癢癢而已！”
骷髏血魔猙獰一笑，嘶叫一聲，向軒轅撲殺而來，其四周被血紅所罩，身在萬里之外，血腥之氣已直撲而來，軒轅其周身的仙瑞之氣隱有不可擋，五彩神龍亦萎縮了些。
九天玄女一指，軒轅懷中飛出天地印，寶印祭於半空，化身九龍，金光大盛，充斥血海魔殺陣的空間。九龍盤繞，各施神雷，溺水，虐火，疾風，然後向骷髏血魔轟殺而去。
天地之間，似乎一下子暗淡了許多，骷髏血魔受崆峒印一記轟殺，退飛百里，然後被九龍不斷盤繞，吼叫連連，似有不甘，在金光之中漸漸消散。可是，軒轅大軍被魔音所擾，頓時陷入混亂，自相殘殺，慘嚎之聲密密麻麻、此起彼伏，讓人入耳瘮人。
九天玄女復又祭起昊天鏡，昊天鏡果然不凡，一道通天光柱射出，光明正大、浩浩蕩蕩，籠罩在軒轅大軍，垂下萬千氤氳霧氣，驅散了魔音和煞氣。九天玄女摘下瑤池所送的金簪，望空一拋，一隻金鳳從雲霧祥光之中誕生，圍繞昊天鏡鳴叫，其音高雅、清越，能夠清心寡慾，抵消了靡靡魔音。剎那，此陣被破，太陽當空，迷霧一空。
軒轅大喜，指揮大軍猛衝，蚩尤兵打亂。相柳等十名大巫一看蚩尤兵亂，趕緊衝上。只見一隻仙旗出現在空中，發出七彩光芒捲起相柳等十名大巫快速飛走。消失在天際。
風師、雨伯一看不妙，趕緊做法，狂風大作，暴雨連降，洪水衝向軒轅大軍。這時空中閃出一道人，正是凌霄。只見凌霄現出五爪金龍真身，在雲中翻雲覆雨，讓兩軍戰士大爲驚駭。龍吟一聲，洪水化爲一道白浪吸入五爪真龍口中。五爪真龍尾巴一擺，狂風頓時熄停。霎那間烈日當空，熱浪滾滾，風雨全消。凌霄乃遠古祖龍化身，這呼風喚雨之術，誰能比得上他呢。 由於凌霄在此戰立下大功，後軒轅奉龍爲華夏族的圖騰，得到華夏民族子子孫孫的崇拜，億萬中華兒女更自稱爲龍的傳人。
蚩尤又念動驅獸咒，大批猛獸往軒轅大軍衝去。軒轅大軍大亂，凌霄一指，軒轅懷中的一枚天地印飛出，九龍盤踞，栩栩如生，虎虎生威。滴溜溜的在空中徐徐轉動，邦卉一口清氣吐出，臉色一陣蒼白，無數雲氣圍裹，寶印吸納一空，周身金光熠熠，越璀璨耀眼，猛獸也被突然升起的一股氣勢所驚，頓時不聽蚩尤的指揮，往回逃跑，把蚩尤的大軍沖垮。
軒轅大軍頓時士氣大振，聲動如雷。軒轅命令軍士以雷獸之骨，大擊八十面變牛皮巨鼓，一時鼓聲大行，一擊震五百里，連擊震三千八里，只見整個戰場地動山搖，天旋地轉，喊殺衝宵漢，使得大量董尤兵卒神魂顛倒，衝殺元門，敗到如山。
這場仗打了三天三夜終於擊敗九黎部落，活捉了蚩尤。九黎戰士見蚩尤被擒獲，沒有了戰意，除了少數拼命抵抗外，大多數歸順了軒轅。軒轅安撫了歸順的九黎族後，消滅了頑抗分子，率軍押解着蚩尤返回了自己的部落。
軒轅返回部落，對天下萬民宣告了蚩尤的罪狀，之後下令將蚩尤處斬。
刑場由軒轅親自主持，而即將行刑的蚩尤一臉不屑的看着軒轅，軒轅見行刑時間移到，大聲說道：“行刑！”劊子手立即用大刀砍在蚩尤的脖子上，“咔”的一聲，由於蚩尤爲巫族後裔，肉身強悍，大刀斷爲兩截，卻沒能傷及蚩尤分毫。軒轅急忙命令換一把快刀，試了數次，卻未能殺了蚩尤。
蚩尤哈哈大笑：“我乃大巫之體，刀槍不入，想要殺我？做夢吧！”
軒轅道：“蚩尤你別得意。”他拔出廣成子送給他的軒轅劍狠狠向蚩尤砍去。這軒轅劍前身是戮巫劍，連祖巫都可以殺害，何況蚩尤的大巫之體？
只見軒轅劍向蚩尤脖子砍去，鋒利無比的軒轅聖劍，毫無阻礙一劍斬下了蚩尤的頭顱。
軒轅黃帝看着蚩尤的頭顱，仰天說道：“蚩尤頭顱已被吾斬殺，無數無辜冤死的人族英魂啊！你們可以安息了！”
“哈哈哈。。。”
突然一陣詭異的笑聲響起，軒轅黃帝驚駭無比的望去，只見蚩尤那無頭之軀根本沒有流下一絲鮮血，那被斬下的頭顱正在瘋狂的大笑着。
原本廝殺的戰場此刻瞬間停止，望向那蚩尤所在的方向，心中驚駭無比。
“哈哈哈。。。公孫軒轅，本座早就說過，吾乃不死之身，即便是那軒轅聖劍也休想斬殺我蚩尤！哈哈。。”
蚩尤笑罷，口中喃喃唸誦着什麼，那被斬落的頭顱瞬間飛至斷頸處光華一閃，再次緊密無間的聯繫在一起。
軒轅黃帝看着這詭異無比的景象，心中亦是震驚不已，不過面上卻是不顯絲毫，道：“蚩尤，即便你有此保命神通，今日你也死定了！”言罷，再次揮動手中的軒轅聖劍將那蚩尤的頭顱以及四肢斬下。
那被斬下的身體部分還在活動，蚩尤頭顱笑道：“公孫軒轅，無論你斬一萬次還是無數次結果都一樣，吾修成了無相元神，元神不滅，吾便是不死之身！”
軒轅黃帝緊皺眉頭，心中苦苦思索。
這時那廣成子說道：“陛下，貧道師弟赤精子有一寶貝，名曰陰陽鏡，定可剋制這蚩尤！”
軒轅黃帝大喜，望向赤精子道：“還請師叔相助！”
赤精子聞言淡笑道：“陛下不必客氣，貧道自當相助！”言罷，取出陰陽鏡，白紅二色閃爍不斷，把白色的一面照射在蚩尤的身上。
只見蚩尤在白光的照射下，依然無所畏懼，面帶笑意的望向衆人。
“怎麼可能，陰陽鏡竟然不起作用！”赤精子大驚失色。
衆仙亦是大驚，忍不住暗道：難道這蚩尤真是不死之軀嗎？
就在衆仙暗暗苦惱之際，只見天際上卻是飄來一朵祥雲，軒轅黃帝看去只見那祥雲上屹立的女子一道人。
凌霄落下雲頭，對着軒轅黃帝一拜道：“人皇陛下，小仙奉玉帝之命以此寶鏡相助人皇陛下斬殺蚩尤，建立不世之功！”
軒轅黃帝大喜不已，聞言謝道：“勞煩大仙代爲轉告玉帝，軒轅多謝了。”
凌霄點了點頭，手持昊天鏡對準蚩尤，只見鏡子閃爍出一層毫光，光華一閃照射在蚩尤的身上，蚩尤立馬感覺到一股危機感傳來，自身修成的無相元神瞬間被一股玄奧的力量所封印。
心中驚恐不已，望向那寶鏡眼中露出濃濃的恐懼！
軒轅黃帝手持軒轅劍上前一劍斬下蚩尤的頭顱，只見這時蚩尤身軀終於流出鮮血，軒轅大喜又連斬四劍斬下蚩尤的四肢。
那凌霄道：“這蚩尤不知修煉的何種神通，竟然這般詭異，爲了日後避免其復活還是將他身軀分別置放在天地五處，藉助天地之力鎮壓！”
軒轅黃帝道：“天帝此舉大善，就依天帝之言！”
卻是命人找來龍馬，將蚩尤的頭顱，四肢連接的軀幹部分運送到五嶽之地，在輔以無數陣法禁止將封印之地佈置的固若金湯，日夜命人看守。