雲隱村的龜島上，鳴人獲得九尾CKl後，開啓了九尾模式，卻意外聽得大和隊長與阿凱談論第四次忍界大戰的事情，於是對自己此行的目的產生了懷疑，他來到自來也的房間內，發現裡面的自來也只是個影分身。
於是心中瞭然，戰爭圍繞着自己身體內的九尾開始打響，而且由於戰事吃緊，自來也被木葉高層要求參戰，沒奈何自來也只得在凌晨就偷偷的溜走，而且爲了讓鳴人安心隱蔽，留下了影分身，結果被鳴人的九尾模式看穿。
於是鳴人也將計就計，留下一個影分身，自己則偷偷的離開龜島，憑藉着仙人模式的感知力，感應到了戰場所在，當即朝着那裡趕去，誰知在中途的時候遇見了前來抓捕九尾的穢土宇智波鼬與長門，由於宇智波鼬把止水的別天神寫輪眼送給了葉清，所以他發動萬花筒時並沒有被改寫意志，與長門聯手抓捕鳴人，鳴人不甘受戮，九尾模式發動，和鼬、長門三人亂戰一通。
而佐助再瞭解自己的心結後，帶着CF小隊在前往戰場的路上，意外遇到了正在大亂斗的鳴人、鼬與長門，佐助驚奇鼬的存在，於是上前截住鼬並與其交手，其他人也上前參戰，協助鳴人對戰長門。
鼬看出佐助的心意是在保護木葉，心裡十分高興，一邊和其打鬥一邊回憶，兄弟倆相愛相殺，而經過鼬的述說，讓佐助的心徹底的安靜下來，他開始曉得鼬的痛苦，以及那種夾在木葉與家族之間的煎熬，終於他爲了和平選擇犧牲了自家，而只提出了一個要求：保護佐助....
另一邊，葉清也在鐵匠明智拓海那裡拿到了由霧隱六刀鍛造的神兵利器：緋紅女皇，長恨刀，天雙刃（雙），中原無極刀，荊軻戰斧，乾坤雙環，井中月護腕以及白金絲軟鞭。起初葉清準備把這些神兵利器作爲風神流武道館的鎮館之寶傳承下去，誰知在幾十年後他就改變了注意，因爲他遇到了一位來自天邦漢朝的刺客魏延，因爲葉清本身就是秦始皇一脈，所以心中念着薪火之情，便將中原無極刀，荊軻戰斧，乾坤雙環，井中月護腕以及白金絲軟鞭統統送給了魏延，讓其帶回天邦，期間葉清還把釋靈玉佩還給了魏延，此爲後話，暫且不提。
卻說葉清將神兵利器收進寫輪眼空間後，便隻身前往雨之國，找到了第四次忍界大戰的主謀阿飛，表明自己手裡有陰九尾，要與阿飛做一次交易，阿飛原本就因爲丟了宇智波斑的輪迴眼而懊惱，聽到葉清的話，當即同意了葉清的條件，因爲葉清只是要絕手裡的戒指“玄”。
交換之後，葉清便離開了，而阿飛則是召喚出外道魔像把陰之九尾封印掉，雖然少了鳴人體內的陽之九尾，但也已經能夠將其復活，威力也比原著大大的提升，阿飛當即帶着復活的外道魔像來到戰場，發動了有史以來最強大的攻擊。
因爲缺席了九尾鳴人和八尾奇拉比的緣故，忍者聯軍被外道魔像的尾獸玉打的死傷慘重，八萬忍者聯軍只剩下不到四萬人，還包括傷患、失去戰鬥力的忍者，但慶幸的是木葉的小強們無一傷亡，就連原本死在這場戰爭的日向寧次也活着。
葉清眼見戰場上雙方都消耗的差不多了，便找到了正準備偷襲大和隊長的藥師兜，發動第二次別天神改寫藥師兜的意志，並讓其解除了穢土轉生，然後把他放了——畢竟藥師兜其實也是個被團藏玩弄的可憐人。
隨着戰場上的穢土大軍的消亡，同樣穢土轉生的宇智波斑卻並沒有消亡，因爲藥師兜解除穢土轉生從而失去了對宇智波斑的約束，而宇智波斑恰好懂得穢土轉生這門禁術，於是通過發動穢土轉生並施加在自己身上，使得自己變成了自己的約束者，而繼續活了下來。
此時五影們已經被宇智波斑揍得的死的死、傷的傷，已經完全喪失了戰鬥力，宇智波斑興趣缺缺的離開了此地，因爲他已然察覺到他的宿敵千手柱間與其弟弟千手緋間的到來，於是幾位宿命冤家開始了新一輪的戰爭。
另一邊，在藥師兜解除穢土轉生後嗎，戰場上的穢土大軍也已全部消卻，然而忍者聯軍的數量卻還在銳減，那是因爲由阿飛所操控的近乎十尾完全體的外道魔像太過厲害，每一道忍術都能輕而易舉的收割一大片聯軍忍者的性命，但忍者聯軍們依舊不放棄戰鬥，繼續聽取總部的指揮投身於外道魔像的炮火之中。
終於，忍者聯軍的負隅頑抗使得阿飛決定讓外道魔像進化成十尾——雖然那樣他會無法完全控制十尾，但對於一心想要毀滅世界的阿飛來說，還有什麼比這個重要的呢？
於是外道魔像進化，成爲了近乎完全體的十尾，歷史上的災難開始重演，剩下的忍者聯軍拼命的阻擊，壓根抵擋不了十尾兇猛的尾獸玉，終於十尾在恢復不久後就暴動起來，嘴中凝聚了一個超大尾獸玉，對着戰場上的忍者聯軍噴了過來，就當忍者聯軍認爲命在旦夕的時候。一聲低喝打破了死亡前的寧靜：“飛雷神四段——開！”
衆人只見一道金光閃過，接着尾獸玉已然消失不見，喘着粗氣的卡卡西震驚的望着那個潔白如火的御神袍，眼中流出了熱淚：“水門老師——”，而一旁的春野櫻則吃驚的望着那英偉帥氣的身影，喃喃說道：“第四代火影？那...就是鳴人的父親嗎？”
沒錯，轉移尾獸玉並拯救了忍者聯軍的救世主正是號稱金色閃光的第四代火影波風水門，與之同來的還有第三代火影猿飛佐助，他看了看身後僅存的兩萬左右、傷殘皆有的忍者聯軍，眼中充滿了怒火：“敵人竟然如此喪心病狂，發動的第四次忍界大戰，無論從規模還是從傷亡上都超越了前三次戰爭！並且還玩弄死者，真是不可饒恕——”
而阿飛則是眼神爍爍的盯着那道潔白如火的波風水門，心中充滿了怨恨，他不顧十尾失控的風險，用意志命令十尾火力全開，對準忍者聯軍發射大量的尾獸玉，他恨恨的說道：“水門老師，這回我看你能搭救多少人！你這個在危機時刻，永遠遲到的金色閃光！！”
海量的尾獸玉讓波風水門也感到棘手，正當頭疼的時候，佐助的CF小隊與鳴人及時趕到，鳴人見狀當即把九尾CKL散發出去，護住了在場的忍者聯軍，而佐助則寫輪眼開啓了完全體須佐能乎，擋下了大部分的尾獸玉，饒是如此也讓二助子震的暈乎乎的。
於是在水門的建議下，鳴人佐助兩人聯手，須佐能乎與九尾外衣合體，使出加具土命射向十尾，倒也成功的阻擊了十尾的進攻，這讓在場殘餘的忍者聯軍大鬆了一口氣，終於得救了了呢.....