在開始的時候有人預測過這次會是大戰，卻沒想到，這次大戰竟能持續這麼長的時間。
木葉第二十六年十二月，猿飛日斬與三代雷影決戰於火之國北方的幻櫻林，木葉小勝，雲隱村後撤。
木葉第二十七年三月，志村團藏率暗部親赴雲隱村，於他們村中獲取珍貴情報。
木葉第二十七年四月，憑藉獲得情報，木葉在雲隱戰場掌握先機，大勝三代雷影，雲隱村無奈只得退出火之國境內。猿飛日斬率大部隊追擊，雙方繼續在湯之國混戰。
木葉第二十八年二月，這年的春季來的格外的早，一直表現的不溫不火的砂隱村突然發力，大批精銳部隊涌入火之國境內，措不及防之下，宇智波防線被衝破。
木葉第二十八年三月，砂隱村勢如破竹，在火之國境內散開，由二代風影帶領連破木葉三次正面交鋒，掠奪大量物資。
木葉第二十八年五月，木葉村暴怒，漩渦水玲親自帶領日向族長、宇智波族長前往砂隱戰場。七月，砂隱村大軍被漩渦水玲擊破，退回風之國境內。
木葉第二十九年七月，二代土影親自出現戰場，塵遁威力之下，霧隱潰敗。同月，木葉向霧隱村發出消息，二代水影親自出馬，與土影對峙。木葉第二十九年十月，木葉村穩定砂隱戰場，漩渦水玲回村，隨後，奈良老族長設計拉瀧隱村下水，許諾他們好處，讓他們對巖隱村發動進攻。這就像開啓了忍戰的新序幕，除五大村外，各個小國開
始陸續加入戰場。因爲他們發現，經過長時間的戰爭，五大村的實力並不如最開始的時候強大，戰爭正式進入白熱化時期。木葉第三十年一月，七十四歲的第一代火之國大名終究未能熬過這個嚴冬，新的大名繼位，戰場之上的猿飛日斬表示祝賀，甚至讓志村團藏率領一個使團前去恭賀。自然，時間是極短的，匆匆見了一
面新大名錶達三代火影的重視後，團藏就急匆匆的趕赴戰場。
木葉第三十年五月，雲隱村後勤首次出現供給不足，五年的長期作戰讓他們耗盡了村內的戰爭儲備。抓住機會，猿飛日斬直接發動總攻，雲隱村敗退，連月之國都無法多呆，直接退回雷之國本土。木葉第三十年八月，面對木葉的強大壓力，雲隱村率先派出使者求和，因爲木葉方面沒有攻破雲隱村的力量，又因爲村內後勤也陷入緊張，無法再支持長時間作戰，三代火影與三代雷影簽署停戰協議
。木葉第三十年九月，因爲雲隱村退出佔據，能夠空出手來的猿飛日斬直撲巖隱戰場，隨後與霧隱村聯手大敗巖隱。二代土影見勢不妙借道草之國回到土之國。木葉與霧隱並未深入追擊，實際上他們也
缺乏追擊的實力。
因爲這次霧隱村橫插一腳，二代土影對水影懷恨在心，認爲是他們壞了自己的好事，如果沒有他們，說不定木葉早已被攻破。木葉第三十年十月，見到其他兩處戰場先後退回本土，本就在風之國境內的砂隱也返回村子，他們這次更多的趁火打劫，此時搶了不少好東西，自然是心滿意足，沒必要再和木葉死磕。如果認真算起
來，他們反倒是這次戰爭中得利最多的村子。
木葉第三十年十二月，各種小國先後停戰，霧隱早已回村，第二次忍界大戰結束。也就是在結束的當月，奈良老族長因操勞過度一病不起。
木葉三十一年一月，臥病一月的奈良老族長病逝，迴歸村子的猿飛日斬表示悲痛，並親自舉辦葬禮。
之後的一切事情可謂告一段落，猿飛日斬在此次大戰中闖出偌大的名聲，五年多的戰場生涯讓他的實力突飛猛進，又因爲忍術的多樣，隱約中有“忍者博士”的名號傳出，三代火影的位置終於座穩。
除他之外，木葉村中還有志村團藏、水戶門炎、轉寢小春、宇智波鏡、以及新一代豬鹿蝶等等高手揚名。不過總體來說，第二次忍界大戰是一場木葉村在被動的情況下打的一場大戰，雖說最後獲得了戰勝國的名聲，可實際上實力損失慘重，與雲隱、巖隱、砂隱也只是停戰，甚至因爲此戰還支援了大量的
物資給霧隱村。
戰後只能勉強保持住五大村第一的位置，當年力壓四村聯手的盛況一去不返，五村的實力趨於平衡。
隨後三代火影開始了他真正的執政生涯，開始處理內政休養生息。回到村子後，猿飛日斬也有了空閒的時間，自然記起了自己的兩位弟子，之前的二戰中，已有人實驗過，三名忍者組成的小隊最具有全面性，猿飛有新推廣，便又在本屆畢業生中挑選了一位名爲自來
也的少年成爲弟子。
說起來自來也與大蛇丸一屆，但他並沒有大蛇丸的天賦，在這個天才六歲畢業時，他還在忍者學校挨老師的訓誡，一直到接近十二歲的今年才畢業，卻沒想到會成爲三代火影的弟子。
於是，戰爭重新離去，五大村開始重新休養生息，所有人又恢復到了熟悉的和平之中。
在這種氣氛下，木葉的新一代再次降世。然而在五大村並不知曉的情況下，趁着戰亂，有相當一部分的力量混入了他們村子內部。那些事曉組織的成員，也就是俗稱的間諜。....