時間進入九月份，張學良果然在奉天發表聲明，全力支持中央政府，接着東北軍大舉入關。由於傅作義事先做了充足的準備，並派出一旅人馬由廊坊出擊，在北平和天津之間進行了有效的阻擊，延緩了東北軍進軍的速度，從而爲他安全撤退贏得了時間。
接着傅作義率部，經北平沿着平綏鐵路向張家口撤退，他們的目的地是撤往山西大同。截止到九月下旬，傅部已經進入安全地帶。傅作義的妻女仍然留在了北平穆府，一路上傅作義心情十分頹廢，今後何去何從？讓他十分迷茫。
同樣是九月份，王德彪率領一部分兵力進入甘肅蕭州，並接受馬步青的整編。一切都在按部就班。與此同時，魯大虎率部進入甘肅，並於九月下旬佔領蘭州。歷時五個月的中原大戰，終於進入尾聲，中國的政治格局，經過一場殘酷的戰爭，將進入以蔣介石爲首的統一的格局。但是這場大戰帶來的負面影響，很快就會顯現。
十月初，閻錫山在鄭州和汪精衛會面，就商討通電停戰等一系列問題進行會晤。當天閻錫山便和汪精衛達成私下協議，閻錫山企圖利用汪精衛的政治影響力，爲自己謀取一份好處。當天晚上閻錫山返回石家莊。而馮玉祥也率領部分司令部人員撤退到黃河以北的新鄉，蔣軍部隊於十月六日進入鄭州，中原大戰終於煙消灰滅。
隨後的政治斡旋稍後展開，在大戰進入尾聲的時候，蔣介石的心腹大患自然是放在了南方，他爲了迅速抽調主力部隊回江南對紅軍作戰，表示對善後處理以寬大爲懷。並將收拾華北殘局交給張學良全權處理，尤其是對河南的軍事也擺出一了百了的姿態，以求政治解決。
接着蔣介石派出和西北軍關係密切的人士，到河南處理善後事宜，而馮玉祥把兵權交給了鹿鍾麟，並表示本人不再過問軍事。隨後，鹿鍾麟和蔣的代表進行接洽，並提出條件：1，馮玉祥下野外遊，希望給予方便。2，軍隊由鹿鍾麟負責改編，保留10個師的編制，並以河南西部及陝甘爲駐防區域。3，劃撥編遣費300萬元。
鑑於西北軍大部分已經投靠，在這種情況下，蔣介石自然不會允許西北軍這個集團繼續存在下去，幾經商討沒有結果。此時，西北軍的各支部隊，已經完全分崩離析，蔣介石堂而皇之的委任他們，雖然是名義上的，但是這是大勢所趨，馮玉祥也沒有辦法。
十月八日，馮玉祥前往石家莊，並和閻錫山商談，兩個敗軍之將現在反而冰釋前嫌，隨即達成協議，閻錫山表示暫時把軍權交給徐永昌，馮玉祥表示把西北軍交給鹿鍾麟。他們兩人出國暫避，然後他們分別通電下野。
而馮玉祥回到晉城，沒有表示出國遠遊的意思。他仍然抱着幻想，希望掌握着西北軍這部分殘餘力量回西北繼續發展。接着他又做出新的決定，把兵權交給了心腹孫良城，此時孫良城已經沒有一兵一卒，自然無法駕馭各支部隊。
後來，鹿鍾麟到南京斡旋，但是蔣介石對他十分冷淡，並表示馮玉祥和他必須下野，沒有商量餘地，鹿鍾麟見大勢已去，被迫通電下野。由於，楊虎城率部返回西安，劉鬱芬被迫離開返回蘭州。馮玉祥重返西北的打算完全絕望，不得不離開軍隊前往晉祠隱退。至此，馮玉祥慘淡經營歷時二十餘年的西北軍遂完全瓦解崩潰。
閻錫山返回太原，穆亞平見到他時，和當初逐鹿中原征戰的模樣簡直是判若兩人。閻錫山似乎老了許多，頭上出現了白髮。閻錫山見到英氣勃勃的穆亞平說：“早知現在，何必當初不自量力。我閻錫山一世精明，竟然落得如此下場，此乃天意。”
穆亞平勸慰說：“閻長官，勝敗乃兵家常事。常言說：留得青山在，不怕沒柴燒。你現在是以退爲進，我相信過不了多久，你還會主政山西。我穆亞平身受閻長官恩惠，追隨閻長官至死不渝，我穆亞平對天起誓。”此時，穆亞平表忠心，時機選擇的恰如其分。
閻錫山有些感動，望着眼前的年輕才俊，隨即他改變了原來的想法說：“知我者，穆老弟也。爲了山西的父老鄉親，我準備讓你擔任軍政部長一職，並統領山西軍務。我苦心經營的軍隊，今後就仰仗你了，不要讓我失望呀！”
穆亞平謙讓說：“閻長官，屬下才學疏淺、資歷平平，恐難以服衆，實在難以當此大任，請閻長官三思！”聞聽此言，閻錫山內心更加高興，不容質疑說：“在這危難時期，不要推三阻四，我意已決，希望你不要辜負了我的重託。下一步撤回來的部隊，肯定要進行編遣，我想聽聽你的想法，你的打算是什麼？”閻錫山開始考量他了。
穆亞平略一思索說：“現在部隊已經達到三十多萬，我準備向張學良提出條件，維持四個軍的編制，爲了掩人耳目，每個軍保持五萬人馬，這樣我們就可以維持20萬兵力。另外，爲了不引起社會動亂，編遣下來的部隊，可以變成軍墾部隊。”
“軍墾部隊？說說你的想法，我們能安置這麼多人嗎？”閻錫山眼睛一亮問。穆亞平胸有成竹說：“目前河套地區已經開發成型，而後套地區也正在着手開發。本來我要組織大量移民，這樣反而省事了，既能安頓民心，又能讓編遣下來的士兵有出路，一舉兩得。”
精明的閻錫山自然心領神會，本來他還爲善後事宜頭疼那，沒想到穆亞平已經爲他想到了，頓時大喜說：“穆老弟，我沒有看走眼，你是一位最讓我放心的幹才。另外，山西政務上的事情，我也要暫時依靠商震。徐永昌我讓他出任晉軍總司令，這個人沒有什麼政治野心，況且我有恩與他，有關整編事宜，你們倆的想法大同小異，他也提出保留四個軍的編制。至於商震嗎，我想讓他主抓政事，擔任山西省主席一職，你以爲如何？”
穆亞平心中竊喜，他知道以徐永昌的爲人，他完全能接受這個條件，坦率說：穆亞平對徐永昌這個人十分有好感，此人不是一個野心家，二八年他率部歸順閻錫山自解兵權，並且看到閻錫山大張旗鼓的在其部隊換上閻錫山放心的人，完全以大局爲重，沒有任何疑義。而商震嗎？本身就是山西軍界、政界的元老，由他出任也在情理之中。
穆亞平深知，現在山西的歷史，由於自己的出現將發生重大改變。穆亞平說：“閻長官，徐司令的高風亮節，本人向來佩服，由他擔任晉軍總司令是最佳選擇。你放心我會聽從他和商主席的領導，絕不插手政務方面的事情，至於軍務方面我也會多多向他們請教。”
閻錫山滿意的點點頭說：“徐永昌和商震在政壇上混得很熟，我看日後就委託他倆和張學良洽談，畢竟我們晉軍仍然有實力，我想張學良會答應我們的要求。”其實，閻錫山突然增加了一個的頭銜，也是爲了制衡他倆，鑑於穆亞平強大的軍事實力和經濟實力，日後山西即使自己不在，仍然在掌控之中。隨後閻錫山又分別招見各位大員，反覆叮囑日後由穆亞平統領軍務的事實，並且反覆述說穆亞平的經濟實力，這一點任何人無法比擬。
徐世昌對於穆亞平這個年輕才俊非常欣賞，他首先表態擁護閻錫山的決定。另一個重量級的人物商震，雖然對穆亞平本人瞭解不多，但是他通過穆亞平主政綏遠地區的政績，以及陳長捷的現身說法，感覺穆亞平能獲得閻錫山的垂青，不僅是依靠自己的經濟實力，其人在謀略上，在山西恐怕沒有第二人，他自然也不好反對。
而其他將領或多或少得到穆亞平的好處，也大都處在默認狀態。唯有一人心裡不平，那就是閻錫山的心腹張蔭悟。這小子當着衆將領的面，訴說穆亞平沒有寸尺之功，爲何授予他這麼大權利，他心裡不服，其言語表達得十分激烈。
當時在座的將領都默不作聲，其實不少人心裡也有此想法。誰知在座的傅作義突然站了起來。大聲抨擊張蔭悟，並且大聲說：“試問，現在誰有能力解決山西財政困境問題，尤其是軍隊的編遣問題、善後問題，只有穆亞平能擔此大任，非他莫屬。”
傅作義是舊恨未消的緣故，其實他心目中對閻錫山在山東的作戰問題上，也產生了不滿，也許就是選擇這個時候發作出來。閻錫山只好站出來打圓場，他反覆說明了爲何讓穆亞平擔此大任，完全是處於山西政局穩定的考慮。與此同時，他列舉了穆亞平軍政方面的顯赫政績。別說，閻錫山說的一針見血，大家都心服口服。
一場就算各就其職的會議圓滿結束，閻錫山總算安排完日後山西的軍政事物。會後他又專程把自己的老部下留下，至於他如何交代，穆亞平用腳都能想的出來。因爲穆亞平畢竟是新寵，要說讓閻錫山完全放心，那是不可能的，畢竟閻錫山生性多疑。