洪荒時期，黃帝、炎帝、蚩尤三大部落爭取天下。炎帝部落老首領之子熾不滿父親將首領之位傳於身世不明的炎而發動叛亂。炎帝平息了叛亂後，熾下落不明。不久，炎帝被黃帝打敗隱姓埋名遠走他鄉。多年後炎帝化名爲神農，嘗百草救世人，熾化名爲瘟神，處處與神農作對，更製造出瘟疫，禍害世人，令神農苦苦無法破解。
炎帝部落的衰落使得爭取天下的大戰將在黃帝和蚩尤間展開。一次，雙方交戰正酣，突聞各自部下來報：自己部落中發生大規模瘟疫。黃帝和蚩尤立刻收兵，趕回各自部落查看救援。
黃帝發現自己的很多子民在這場大瘟疫中患病、喪生，憂心忡忡。人羣中，黃帝發現了幫助救治病人的神農。兩個老對手再次相逢。黃帝對神農既充滿怨恨又十分敬重。儘管神農用盡了方法，也只能暫時控制瘟疫的蔓延，並不能夠徹底的消除瘟疫。神農感懷世人疾苦，獨自祈求上天，以期求得清除瘟疫之法。
天宮中，玉帝的妹妹花神生性豁達善良，眼中沒有尊卑長幼之分。玉帝的七個女兒七位仙女更被花神認做是知心的好姐妹。七位仙女雖然經常被花神的一些古怪想法和言行折騰得不知所以，苦不堪言，但是從心底尊敬和喜歡這位平易近人、性格爽直的長輩。花神帶領七位仙女種植盤古大神死前留下的種子，實驗無數次均遭失敗，終於在一次偶然的機會下獲得成功。在玉帝的建議下，衆人把這種從未見過的東西以花神的名字命名爲花。
黃帝二十五子，得姓者十四人。黃帝逝世後葬於橋山。其孫高陽立，即顓頊帝。顓頊死後，黃帝曾孫高辛立，即帝嚳。嚳死，子放勳立，即堯。堯死，舜立，舜是顓頊的六世孫。黃帝，顓頊，嚳，堯，舜即是五帝。所以說黃帝是五帝之首。
靈雲大陸劃野分疆，八家爲一井，三井爲一鄰，三鄰爲一朋，三朋爲一里，五里爲一邑，十邑爲都，十都爲一師，十師爲州，大陸共分九州；設官司職，置左右大監，監於萬國，設三公、三少、四輔、四史、六相、九德（官名）共一百二十個官位管理國家。對各級官員提出六禁重，重是過分的意思，即聲禁重、色禁重、衣禁重、香禁重、味禁重、室禁重，要求官員節簡樸素，反對奢靡。提出以德治國，修德振兵，以德施天下，一道修德，惟仁是行，修德立義，尤其是設立九德之臣，教養百姓九行，即擔任法官、后土擔任獄官，對犯罪重者判處流失，罪大罪極者判處斬首等。
軒轅乃修德振兵，治五氣，藝五種，撫萬民，度四方，教熊羆貔貅虎，以與炎帝戰於阪泉之野。三戰然後得其志。蚩尤作亂，不用帝命。是黃帝乃徵師諸侯，與蚩尤戰於涿鹿之野，遂依附殺蚩尤。太史公言黃帝名軒轅，國號有熊軒轅本意爲車，應是指發明製作車的技術而得名的氏族及其首領的名稱，如發明製作農耕工具技術稱神農氏，發明製作捕撈工具技術而稱伏羲氏，發明鑽燧取火技術稱燧人氏然。有熊國號。當時的國，實爲部落。熊、羆、貔、貅、貙、虎爲六種獸名，應是有熊部落中六個氏族的名稱，或謂圖騰。
據傳他出生幾十天就會說話，少年時思維敏捷，青年時敦厚能幹，成年後聰明堅毅。時蚩尤暴虐無道，兼併諸侯，當時的天下共主發明農耕和醫藥的炎帝已經衰落，酋長們互相攻擊，戰亂不已，生靈塗炭，炎帝無可奈何，求助於黃帝。黃帝毅然肩負起安定天下的責任，黃帝與蚩尤戰於涿鹿，雙方的戰士鬥英勇無畏，戰鬥十分激烈。黃帝在大將風后、力牧的輔佐之下，終擒蚩尤而誅之，諸侯尊爲天子，以取代炎帝，成爲天下的共主。因有土德之瑞，故稱爲黃帝。
不久，天下又出現騷亂。黃帝知道蚩尤的聲威還在，於是畫了蚩尤的相到處懸掛。天下的人都以爲蚩尤未死，只是被黃帝降服，更多的部落都來歸附。後來，蚩尤被尊爲戰神。
炎帝雖然被蚩尤打敗，實力尚存。他不滿黃帝成爲天下共主，企圖奪回失去的地位，終於起兵反抗。炎、黃二帝發生火併，決戰在阪泉之野進行。經過三場惡戰，黃帝得勝。從此，黃帝天下共主的地位最終確立，號令天下，凡是不順從的部落，都以天子的身份去加以討伐。
黃帝在位時間很久，國勢強盛，政治安定，文化進步，有許多發明和製作，如文字、音樂、歷數、宮室、舟車、衣裳和指南車等。相傳堯、舜、禹、湯等均是他的後裔！
相傳軒轅黃帝的母親叫附寶。傳說有一天晚上，附寶見一道電光環繞着北斗樞星。隨即，那顆樞星就掉落了下來，附寶由此感應而孕。懷胎二十四個月後，生下一個小兒，這小兒就是後來的黃帝。黃帝一生下來，就顯得異常的神靈。生下沒多久，便能說話。到了十五歲，已經無所不通了。後來他繼承了有熊國君的王位。因他發明了軒冕，故稱之爲軒轅。又因他以土德稱王，土色爲黃，故稱作黃帝。
相傳黃帝即位的時候，有蚩尤兄弟八十一人，號稱是神帶的後裔。這八十一人全都是獸身人面，銅頭鐵額，不含五穀，只吃河石。他們不服從黃帝的命令，殘害黎庶，誅殺無辜。又製造兵杖刀載大弩，與黃帝爲敵。黃帝遂順民意，徵召各路諸侯兵馬討伐蚩尤。歷經十五旬後，也未能打敗蚩尤，只好退兵。
爲此，黃帝憂心仲仲，日夜盼望能有賢哲輔佐他，以滅蚩尤。有一天晚上，他夢見大風吹走了天下的塵垢。接着又夢見一個人手執千鈞之弩驅羊數萬羣。醒來後，心覺奇怪暗想，風，號令而爲主；垢，是土解化清，天下難道有姓風名後的人嗎？
千鈞之弩，是希望爲能致遠，驅羊數萬羣，是牧人爲善，難道有姓力名牧的人不成？於是便派部下在天下到處訪尋這兩個人。結果在海隅找到了風后，在澤邊找到了力牧。黃帝以風后爲相，力牧爲將，開始大舉進攻蚩尤。
在涿鹿郊野，兩軍擺開陣勢大戰。蚩尤佈下百里大霧，三日三夜不散，至使兵士辨不清方向。黃帝便令風后造指南車。與此同時，西王母也派玄女前來，教他三宮秘略五音權謀之本。風后據之又演化出遁甲之法。
夕口此，在冀州又重新開戰。蚩尤率領魑魅魍魍，請風伯，雨師縱風下雨，命應龍蓄水以攻黃帝。黃帝請來天下女魃於東荒止雨，而北隅諸山黎士羌兵驅應龍至南極。最後，殺死了蚩尤，但蚩尤有不死之身，所以分屍葬於四處，使之不得完屍。
後來，又有神農之後榆岡與黃帝爭天下。黃帝用周鳥鶚、鷹顫爲旗幟，以熊黑虎豹爲前驅，與榆岡戰於版泉之野。歷經三戰，打敗了榆岡。後來，又親率兵馬征伐各方不肯巨服的諸侯。前後共經五十二戰，天下始歸一統。
於是黃帝劃分州野，制禮興樂，教化百姓。同時還發明各種器具用物，方便日用。其中，大臣曹胡發明了上衣，伯余造了下衣，於則做了鞋子。百姓們從此不再穿獸皮樹皮。黃帝還依浮葉飄於水上的道理作了舟船，共鼓又配上舟揖行於水上。又根據轉蓬的道理髮明瞭車輔，便利了交通。黃雍父發明了春，黃帝接着又令人制作了釜甑，使得百姓可以蒸飯烹粥。以後又造屋室，築城邑，使百姓不再巢居穴處。黃帝又與歧伯作內外經，使百姓疾患得以治癒。他還確定了天下萬物的名稱，劃分星度爲二十八宿。以甲乙十天干紀日，以子醜十二辰來紀月，而六旬爲一甲子。如此又有時空觀念。史稱當時的百姓甘其食，美其服，樂其俗，安其居一派太平景象。
有一天，黃帝正在洛水上，與大臣們觀賞風景;忽然見到一隻大鳥銜着卞圖，放到他面前，黃帝連忙拜受下來。再看那鳥，形狀似鶴，雞頭，燕嘴，龜頸，龍形，駢翼，魚尾，五色俱備。圖中之字是慎德、仁義、仁智六個字。
黃帝從來不曾見過這鳥，便去問天老。天老告訴他說，這種鳥雄的叫鳳，雌的叫凰。早晨叫是登晨，白天叫是上祥，傍晚鳴叫是歸昌，夜裡鳴叫是保長。鳳凰一出，表明天下安寧。是大祥的徵兆。後來，黃帝又夢見有兩條龍持一幅白圖從黃河中出來，獻給他。黃帝不解，又來詢問天老。天老回答說，這是河圖洛書要出的前兆。
於是黃帝便與天老等遊於河洛之間，沉璧於河中，殺三牲齋戒。最初是一連三日大霧。之後，又是七日七夜大雨。接着就有黃龍捧圖自河而出，黃帝跪接過來。只見圖上五色畢具，白圖藍葉朱文，正是河圖洛書。於是黃帝開始巡遊天下，封禪泰山。他聽說有個叫廣成子的仙人在崆峒山，就前去向他請教。廣成子說：“自你治理天下後，雲氣不聚而雨，草木不枯則凋。日月光輝，越發的缺荒了。而佞人之心得以成道，你哪裡值得我和你談論至道呢？”黃帝回來後，就不再理問政事。自建了一個小屋，裡邊置上一張席子，一個人在那裡反省了三個月。
而後又到廣成子那裡去問道，當時廣成子頭朝南躺着，黃帝跪着膝行到他跟前，問他如何才得長生。廣成子蹶然而起說：“此問甚好！”接着就告訴他至道之精要“至道之精，竊竊冥冥，至道之極，昏昏默默。無視無聽，抱神以靜。形將自正，必靜必清，無勞妝形，無搖妝精，方可長生。目無所見，耳無所聞，心無所知，如此，神形合一，方可長生。”說完，廣成子給了他一卷《自然經》
黃帝向廣成子問道後，又登過王屋山，得取丹經。並向玄女、素女詢問修道養生之法。而後，回到縉雲堂修煉，他採來首山銅，在荊山下鑄九鼎，鼎剛剛鑄成，就有一條龍，長鬚飄垂來迎黃帝進入仙境。黃帝當即騎上龍身，飛昇而去。有幾個小臣，也想隨他昇仙，便匆忙間抓住了龍鬚。結果龍鬚斷了，這些小臣又墜落到地上，相傳靈雲大陸最神秘的靈藥龍鬚草便是那些龍鬚變的。