郭致遠還沒接到張承從京城傳來的消息，自然不肯去漳州上任，就以身體不適推託，這樣又拖了一個月，徐學聚也接二連三地派人來催促郭致遠去上任，言辭一次比一次嚴厲，終於郭致遠接到了張承的飛鴿傳書，說萬曆皇帝已經同意將澎湖島劃給那五百多幸存商民安置，同時還特別恩准他們三年不用交賦稅，郭致遠心中的石頭這才落了地，也不好再推託，終於答應三日後啓程前往漳州府上任。
郭致遠讓沈君蓉和徐光啓留守澎湖島，自己只帶了法正、張承、楚婉兒和五十名團練鄉兵前往漳州府上任，聽說郭致遠要走，那些倖存的商民都十分不捨，全都來送郭致遠，郭致遠向他們宣佈了萬曆皇帝准許他們在澎湖島上安置並免了他們三年賦稅的好消息，讓他們安心地在島上安居樂業，自己也會常回來看他們。
直到澎湖島完全看不到了，郭致遠纔有些黯然地放下了自己揮舞的手，雖然他在那些倖存商民面前表現得極爲灑脫，但其實他很清楚，自己的計劃已經被完全被打亂了，失去了獨當一面的機會，自己的發展必然大大受阻，尤其有沈一中這個對自己恨之入骨的頂頭上司盯着，自己要想在短時間內建立自己的海上勢力就很難了。
李錦也看出郭致遠的心情不太好，小心翼翼地勸慰道：“大人要不去船艙休息一下，這裡離內陸已經很近了，最多一天時間，咱們就能上岸，到時我再叫醒大人……”
郭致遠這段時間忙於澎湖島的建設，每天休息不到六小時，確實感覺有些身體透支，便點了點頭進船艙休息了，但不知怎麼搞的，郭致遠總感覺有些心神不寧，心裡有一種不祥的預感，似乎有什麼不好的事情要發生，躺在牀上翻來覆去睡不着，就重新穿好衣服爬了起來，走到甲板上察看。
李錦一直守在艙房外，見到郭致遠起來便趕緊迎了上去，陪着笑道：“大人怎麼就起來了？可是肚子餓了？要不小人去通知伙房做些吃食……”
郭致遠擺了擺手，快步走到船頭甲板上察看情況，船頭幾個水手正無聊地躺在甲板上說着帶葷的笑話，見到郭致遠都嚇了一跳，有些畏懼地爬起來準備向郭致遠行禮，郭致遠朝他們和氣地擺擺手，示意他們不必管自己，自己則站在船頭甲板四處遠眺，但卻並沒有發現任何異常，海上風和日麗，十分平靜。
郭致遠搖了搖頭，心說自己是不是有些神經過敏了，正準備回船艙休息，突然感覺光線暗了一些，原本晴朗的天空忽然間變臉了，厚重的烏雲從南面天空迅速地朝北面飄來，沒多長時間烏雲便遮天蔽日，像是在大海上扣上了一個鍋蓋，使得海天頓時爲之變色。 隨即海面上的風力也開始變大了起來，之前平靜的海面也開始變得波濤洶涌了起來，他們腳下的這條大福船也頓時變得顛簸了起來，開始在海浪之中上下起伏。
本來十分悠閒的水手們一看這情況臉色全變了，大喊：“糟糕，颱風要來了！快去通知老大！”，然後就慌慌張張地跑開了，郭致遠雖然沒什麼航海經驗，但也知道颱風是航海之人最怕遇到的事情，尤其這個時候也沒有天氣預報，不知道遇到的颱風到底有多少級，能否在臺風中生存下來只能靠運氣了！
這還是郭致遠第一次遇到颱風，所以平時十分淡定的他也有些慌神了，倒是李錦常年在海上討生活，經驗很豐富，雖然臉色也變了，但表現得還是比較從容，喝住幾個如熱鍋上的螞蟻慌亂地在甲板上亂轉的水手，大聲喊道：“慌什麼！趕緊把船帆降下一半，調整船帆，掉頭回澎湖島避風！……”
水手們被他這麼一喝，反倒沒那麼慌亂了，感覺有了主心骨，趕緊向桅杆方向跑去，開始調帆掉頭，李錦安排妥當，這才轉頭對郭致遠強笑道：“大人不如回船艙避風吧，有大人這樣的貴人坐鎮，這颱風應該沒事的……”
郭致遠也知道自己這個時候留在甲板上幫不上什麼忙，反而會礙事，便點了點頭，拍了拍李錦的肩膀道：“那就辛苦你了！”，他剛準備轉身離開，海風卻突然變得更加迅猛，之前還風平浪靜的大海，突然間像是翻臉了一般變得狂暴了起來，巨浪一個接着一個的朝着福船拍來，郭致遠也被晃了一踉蹌，險些摔倒，多虧他眼明手快，抓住了身邊的一根纜繩，才穩住了身形！
郭致遠乘坐的這艘福船本來也不算小了，但此時在狂暴的大海上卻像是一片樹葉一般，在波濤之中上下起伏，時而被海浪掀到了半空，時而又重重的跌入到浪底，大海像是一頭暴怒的野獸，想要將這條大福船撕碎一般，瘋狂的蹂躪着這條大福船！船體在巨浪之中，不時的發出吱呀的聲音，彷彿隨時都會被大浪給拍碎一般，聽在衆人耳中，不由得讓人爲之膽戰心驚，生怕在下一刻，這條船便會突然解體！
海面上的氣溫也隨即開始下降，大股的海水拍到了船上，將船上的人都澆成了落湯雞，郭致遠也同樣難以避免，通體上下都變得溼漉漉的，只能奮力地抓住纜繩，艱難地保持着身體的平衡，以免被巨浪拋出船外餵了鯊魚。
船上的人這會兒已經不能有效的操控船隻，除了緊緊抓住身邊能夠穩定身形的物體，不讓自己被颱風刮跑，其他什麼都做不了，只能在心裡向媽祖娘娘祈禱，希望媽祖娘娘保佑，能夠讓他們躲過這場大劫！
郭致遠這回算是真正領教了颱風的威力，在臺風的威力面前，人類的力量是那樣的渺小，那樣的微不足道，有那麼一刻，郭致遠甚至有些絕望起來了，什麼雄圖大業，改變民族命運都被拋到了腦後，能不能活下來還不知道呢，或許這就叫壯志未酬身先死吧！