一六三七年九月十八日，這一日對於大和民族來說也許就是“國恥日”，大明一艘滿載貨物的商船在日本薩摩藩鹿兒島附近海域失蹤，懷疑是薩摩島津方面因爲大明收回琉球主權而惡意派遣軍艦僞裝成海盜挾持，海軍東海艦隊對日薩摩島津含辛茹苦重新發展起來的艦隊發動了毀滅性的打擊，薩摩島津的軍隊被大明海軍東海艦隊打的不成建制，吐噶剌列島海域到鹿兒島海域已經成爲大明海軍的天下。
明白的人自然知道這個大明蓄意挑起的爭端，不過形勢逼人強，薩摩島津昔日對別人揮舞強權大棒，現在也被人家將強權大棒揮到自己頭上來了。
薩摩島津在琉球一戰中，至今還沒有完全恢復元氣，這部日本南部第一強藩不但實力大爲下降，在日本國內的影響力也受到了重創，而如今薩摩島津剛想振作一番，卻有一下子打回了原形。
“九.一八”只要是薩摩島津家族人，每每聽到這個都感到抓狂了，這是一個恥辱，一個令薩摩島津家族永遠都擡不起頭來的恥辱。
大明提出了“割地、賠款、設立租界以及全方面開放貿易”四大條件，當然這不是對日本幕府的，而是對薩摩島津家族的。
倭人對領土的那種堅持的確是世界上許多民族都沒有的，但是大明的皇帝可相信什麼睦鄰友好，一衣帶水的那一套，薩摩島津一天不答應大明提出的條件，那大明的軍隊就不會停止攻擊，凡是大明打下來的島嶼和土地，將會直接屬於大明，並且從談判條件中劃掉，並重新增加新的土地要求！
薩摩島津越是堅持，損失也就越來越重，談判就越失去主動，等到島津家族發現撐不下去的時候，大明的談判條件中割讓土地一項就足以將整個薩摩都劃了過去，更不用說天文數字的戰爭賠償了。
德川幕府成了縮頭的烏龜，德川家光不是不想管，而是沒有能力可管，大明如今的軍力已經超百萬，海軍實力更是雄踞東南亞，加上有琉球這個跳板，隨時可以從國內調集數量衆多的軍隊，一旦爆發了與大明的國戰，那日本的損失會更大，因此只能忍痛犧牲薩摩島津了。
德川幕府雖然不想管，但是也不能不聞不問，還是簡單的抗議了一下，並且要求介入這一次商船被劫一案的調查，不過軍情司做事從來都是滴水不漏的，又豈能讓日本方面抓到什麼把柄，所有證據都指向薩摩島津，而且還搞出了人證，並且在薩摩島津家族的一個秘密訓練基地的找到了裝載商船貨物的不部分，以及被殺害船員的屍體，這下子，不但薩摩島津家族是焦頭爛額，連日本幕府也被動的下不了臺了，德川家光頭上那有限的幾根毛髮都差不多被他扯光了。
誰都知道，日本到了一個十分嚴峻的時期，德川家光不是笨蛋，不然他老子也不會將德川家交給他了，而這個時候又一件對日本影響深遠的事情發生了，讓德川家光根本沒有精力去管薩摩國的事情了。
這件事就是發生在肥前國的島原半島，本屬外樣大名鬆倉氏所領，當時的鬆倉氏家督爲鬆倉勝家，是個冷酷無情而又貪得無厭的傢伙。這一年秋季，島原半島及其南方的肥後國天草羣島鬧起了大饑荒，可是鬆倉勝家仍然按照舊例徵收年貢，並將交不起年貢的數名農民殘酷處死。
農民們生活在死亡邊緣，已經沉寂很久的天主教信仰隨之再度擡頭，秘密信教以逃避殘酷現實的百姓越來越多。此事爲鬆倉勝家所查知，就在領內搞了一次大清洗，逮捕了很多教徒，要他們舉行“踏繪”的儀式。所謂“踏繪”，是指將刻有耶穌受難像的木牌扔在地上，讓懷疑爲教徒者用腳去踩，肯乖乖從命的定非天主教徒，或者雖是教徒卻有心悔改，否則就將被處以火刑。這種方法並非鬆倉勝家所創，而是幕府搞出來併到處推廣的無聊花樣。
階級壓迫和宗教迫害雙重利刃就此加在島原百姓頭上，他們無路可走，被迫鋌而走險。九.一八事件發生後一個月，島原有馬村紛起起義，殺死了鬆倉氏的代官林兵右衛門，並且攻破藩武器庫，團團包圍住了鬆倉氏的本城——島原城。
十月二十七日，天草羣島也爆發起義，與島原起義南北呼應。天草羣島乃是肥前國唐津的譜代大名大久保氏的飛地，唐津藩的代官三宅重利領兵鎮壓暴亂，卻於十一月十四日被起義打敗，身首異處。天草起義進而包圍了富岡城。
消息報至江戶，德川家光將軍大爲惱火，立刻派遣重臣板倉重昌前往九州，糾合附近諸侯前往征伐。島原、天草的起義聞報，結合爲一，後退到已經廢棄的原城，籠城固守。原城在“島原、天草之亂”爆發前，雖被廢置不用，基本的土壘木牆還沒有被扒平，這就給了起義軍一個很完美的根據地。
有趣的是，起義軍的首領卻是一個年僅十六歲的少年，俗稱爲天草四郎時貞。據說這位英俊少年乃是上帝派遣來拯救生活在水深火熱之中的日本天主教信徒的，具有莫大神通，教徒們無不尊奉他爲“天人”、“天使”，一切都唯四郎時貞馬首是瞻。
天草四郎，他原本的苗字應該是益田，乃是小西行長的家臣益田好次之子。本名益田時貞，父親益田好次是小西行長的家臣。後來時貞被過繼給天草甚兵衛，改名爲天草時貞。天草自小聰穎過人，有神童之稱，且外表俊秀。有一位相士曾對天草說：“閣下面相尊貴，本應掌握天下，只可惜生在德川時代，難成大事。”
關原合戰後小西行長被斬首，領地遭改易，家臣們紛紛四散成爲浪人，據說四郎時貞從小就居住在長崎港，虔誠地信奉天主教，並向旅居日本的荷蘭人學習過西洋醫術——所謂神通廣大，能活死人，肉白骨，大概不是完全的空穴來風吧。
且說板倉重昌來到島原城中，集合了包括鬆倉勝家、鍋島勝茂、有馬豐氏等周邊諸侯，集合兵馬，向原城發起了猛烈進攻。重昌一開始並沒有把起義放在眼裡，認爲那些作亂的農民無拳無勇，根本不懂打仗，如何會是幕府軍的對手？然而一連發起兩次總攻都未能得手，己方反而損失慘重，重昌不禁涔涔汗下，意識到原城中定有深通兵法之人存在。
北九州地區乃是天主教傳播的中心區域，戰國後期有大量平民甚至武士都皈依了天主教，這些人在“大殉教”後都被迫潛伏了下來，趁着這次動亂再度擡頭。因此固守原城的並非僅僅數萬農民，其中也摻雜了很多信奉天主教的浪人——四郎時貞首先是這些浪人們的領袖。
而這個肥前、肥後兩國跟薩摩國卻是緊密相連，如此爆發了大規模的起義戰事，幕府就算有軍隊也顧不上他了，而且這個時候自己領地也出現了不穩的現象，形勢急轉直下，迫使薩摩島津向大明低頭，開始和平談判！
和談對薩摩島津來說更加是一種煎熬，每達成一條協議，薩摩自身的損失就加重一分，就好像看着比人從自己身上剜肉一般，清楚的看到那鋒利的刀落下在提起，刀刀見血，寸寸到肉。
經過兩個多月的談判，大明與薩摩島津終於達成最終的和平協議，並通過日本幕府同意正是簽署，史稱《鹿兒島條約》。
鹿兒島條約包括如下內容：
大明立刻停止對薩摩島津的一切軍事行動；薩摩島津公開澄清琉球歸屬大明的事實，並且日本幕府承認大明是其宗主國，不過這一條日本幕府開始不承認，但是後來爲了得到大明軍事上的援助，而解決國內島原、天草之亂，因此達成了一個秘密協定，沒有對外公開。
日本薩摩藩割讓吐噶剌列島及所有附屬各島嶼給大明，這些島嶼日後將屬於大明琉球行省，大明將派軍隊進行駐守。
薩摩藩賠償大明軍費二百萬兩白銀；另商船的損失以及船員的傷亡失蹤薩摩藩也要做出相應的賠償，並鄭重向大明道歉。
薩摩藩開放鹿兒島郡、川內爲商埠，同時日本幕府也答應對大明開放長崎、福岡、日南、宮崎等九州島中南部數個港口爲商埠，並在鹿兒島設立租界，租界區域內立法行政以及安全都將有大明負責，租界之民並享有外交豁免之權。
允許大明商人人在日本通商口岸設立領事官和工廠及輸入各種機器，並且還享受低額的稅收，彼此的最惠國待遇；
日本國不得逮捕爲大明軍隊服務的人員；
吐噶剌列島內日本國居民，兩年之內任便變賣產業搬出界外，逾期未遷者，將被視爲大明公民。
條約批准後兩個月內，兩國派員赴鹿兒島辦理移交手續。
因爲條約在薩摩藩的鹿兒島簽訂的，所以這份合約理所當然的就被稱之爲《鹿兒島條約》。