當菲律賓被戰彪攻下之後，馬上開始了對菲律賓這塊殖民地的利用，在菲律賓新政府的華人武裝掃清各地的西班牙殘餘勢力之後，菲律賓已經是一個華人統治的國度了。華人政府在戰彪的授意之下，將菲律賓的西班牙商人全部沒收家產，在臉上刺字之後，將其放逐海上，任其自生自滅。另外在馬尼拉的西班牙總督府的倉庫中，明軍發現一個巨大的地下室，裡面的隧道直通海邊，地下室裡存放着最近兩年來西班牙在菲律賓掠奪的黃金，戰彪見到如此多的黃金之後，興奮的哈哈大笑，急忙命令將黃金裝船，由水師負責將其運回大明朝的天津港，然後轉運北京。
隨着這批黃金的到來，還有一封密奏也跟着回到了北京。清點黃金數量之後，全部收歸國庫，小德子將那封密奏交給了我，我打開一開，原來是告狀的，大意是戰彪行事殘忍，虐殺平民，造成了極壞的影響，有損於我大中華博愛仁德的傳統等等等等，我一看就明白了，把密奏一仍，下令查查是誰寫的，然後送他上戰場，但是不給他武器，讓他用博愛仁德去打敗敵人吧！隨後我又下了一道聖旨，大明遠征軍在敵國的國土上，對其平民有着一切的權利，說白了就是，士兵們只要攻下敵國的土地，就可以在上面燒殺搶掠，無惡不作，反正你怎麼說都是侵略者，還不如痛痛快快當壞人呢，什麼仁德博愛，狗屁！
戰彪在菲律賓安排的時候，沈有容卻已經投入到剿匪的行動中去了。
據大明朝海事局的說法，菲律賓沿海海盜盛行，並且專搶大明朝的船隻，因爲西班牙的船都有海軍護航，而大明的商船卻沒有，且物資還分豐富，貨運量很大，幾乎不可能有海軍全程護航，那些海盜就是抓住了這個弱點，在菲律賓沿海肆無憚忌的搶劫大明朝的船隻，海事局的商船隊和民間的商船都是深受其害！現在明朝大軍已至，在我的旨意下，沈有容決心將菲律賓沿海的海盜全部肅清！可是這些海盜來無影去無蹤，基地設得十分隱蔽，很難被發現，而且經這麼多年的發展，海盜的規模也是相當的大，有時候居然敢於和西班牙的戰船一教高下，西班牙人也對此毫無辦法，雖然也組織了幾次征剿，但是效果甚微！沈有容並沒有像西班牙人那樣排成陣型，威武磅礴的攻打，而是通過錦衣衛，調查出海盜的老窩所在地，然後派船和士兵在黎明或者黃昏的時候，突然發動襲擊，仰仗着士兵訓練有素和武器裝備的強大，用最快的速度將其消滅。爲了震懾海盜，沈有容將抓獲的海盜全部運到馬尼拉，然後在港口進行虐殺，例如剝皮，凌遲等等，讓全部的人都看着海盜的聲聲慘叫和慢慢的被一點點的折磨死，以來震懾海盜，二來就是用這種辦法告訴菲律賓人，當海盜的下場有多慘！另外沈有容還貼發佈告，凡是主動投降大明的海盜，不但不會追究，還都予以編入新組建的菲律賓水師。此令一出，一些個小的和中型的海盜紛紛來投，並宣誓向大明效忠。然而就在這個時候，發生了一件大事，大明遠征軍的軍火運輸船被海盜劫了！大明水師被擊沉兩艘護航戰船，一艘被擊成重傷，兩艘軍火船被劫！
消息傳來，沈有容拍案大怒，連忙命令錦衣衛速速查明是哪股海盜乾的，然後宣佈這股海盜的格殺令！錦衣衛上迅速派出人員進行明察暗訪，這一查不要緊，一查嚇一跳，這次劫走軍火運輸船的是南洋最大的海盜集團——劉香集團。劉香原來是在著名的海盜頭子鄭芝龍手下的一名將軍，在鄭芝龍被明朝招安之後，拉夥另幹，與荷蘭人勾結成爲臺灣和南洋的海上一霸，本來在歷史上這個劉香是被鄭芝龍幹掉的，但是現在歷史被改變了，明軍攻打東瀛之後，鄭芝龍被招安，並沒有被輔以重任，而臺灣周邊海域又是明海軍的絕對勢力範圍，劉香便跑到南洋繼續劫掠，並勾結荷蘭人與西班牙人作對，並從中收到荷蘭人的扶持，勢力龐大，有數百艘戰船，西班牙人幾次進剿都是損兵折將，勞而無功。錦衣衛將這份情報告訴沈有容時，沈有容大怒，命令遠征軍全力搜索劉香海盜集團，並加以剿滅！可是劉香集團的基地很是隱蔽，錦衣衛都找不到具體地點，最後是在審問一個被俘海盜頭子的時候，無意中問出這個海盜頭子去過劉香的基地，沈有容連忙叫他帶路，前去進剿劉香。
由於事情影響太壞，就在沈有容要剿滅匪患的時候，堂堂大明遠征軍的軍火船竟然被海盜截了，這件事使沈有容感到面上無光，所以在遠征軍中抽調了除寶船之外的五百餘艘戰船，前去進剿。在海盜頭子的帶領下，沈有容很快找到了劉香集團的基地，到了之後，沈有容也是大吃一驚，在那個偏僻的海島上，居然停泊着不下三百條戰船，其陣勢不亞於一個小國的水師規模，另外島上也是炮樓哨位密佈，火炮密集，活脫一個海上軍事要塞。沈有容發現劉香的基地同時，劉香也發現了明朝的戰船，急忙命令全軍出擊，準備迎戰！沈有容看到對方不但沒有混亂逃跑，反而排出陣型迎戰，當時又驚又怒，下令迎戰！其實劉香並沒有打算要劫走明海軍的軍火船，只是手下不知道給劫回來了，劉香知道現在的大明水師已是今非昔比，規模和戰鬥力絕對不在荷蘭和西班牙這些海上強國之下，可是仗着自己基地隱蔽，且有荷蘭人支持，所以並沒有換地方，可是沒有想到明海軍居然這麼快就找到了自己，無奈之下也只好迎戰了！
明海軍派出陣型之後，對方也衝了上來，兩軍在海上展開對峙。沈有容剛要下令開炮，卻發現對方一艘掛着白旗的小船開了過來，並聲稱要求見明朝大將軍！考慮了一下之後，沈有容答應他們的要求，幾個海盜的代表上了明軍的戰船。上船之後，幾個海盜便表示說這是誤會，大當家的決定歸還明軍的物資，還宣稱自己是荷蘭國的南洋艦隊的一部分，可是大當家的不願意與明軍爲敵，所以只要明軍撤兵，他們就歸還物資和一定的賠償，詞語之間一派國與國之間對話的架勢，聽他說完之後，沈有容哈哈大笑“搶奪大明海軍物資本就是死罪，爾等就應該束手就擒，交出物資並等候發落，如今竟然還敢在這裡用荷蘭人來嚇唬本將，還談條件？你以爲你們是什麼？回去告訴劉香，本將給他三炷香時間考慮，如果不投降的話，那今天就是他的死期！”海盜們聽後，感覺對方根本就不想談什麼條件，只有大戰一場魚死網破的路可走了，便說要回去將明朝將軍的意思轉告給大當家的，說完轉身就想走。“站住！”沈有容一揮手，兩邊的軍士便將幾個人拿下。“傳話只需要嘴，其他的就不需要了！”說完後，明軍士兵將這幾個海盜的手和腳都砍掉，將其送上船，幫其調整好帆面，自己回去。
幾個海盜被送回去之後，將大明將軍的意思說了，劉香登上船看了看遠處陣勢磅礴的明海軍編隊，知道對方的船隊無論是數量還是質量，還是戰法還是訓練，自己都不是對手，本來想用妥協的辦法爭取時間和轉移，可是沒有想到對方居然這麼強硬，看來也只好大戰一場了！劉香命令自己的主力戰艦排在兩翼，火船和中型艦排在中間，打頭的是自己最大的戰艦====海神號。海神號幾乎就是荷蘭主力戰艦的海盜版，是荷蘭人爲了拉攏劉香爲其賣命的禮物，這種船火力強大，裝甲厚，就對不是一般炮彈可以打沉的。沈有容看着對方陣型展開，裡面居然有一條巨大的戰船，看樣子像是西方的主力戰艦。沈有容因爲見過寶船，所以並沒有覺得這條船有什麼了不起的，沈有容就是覺得一支海盜還有這麼大的船，簡直是不可思議！”準備1”沈有容下達了將令，明軍艦隊瞬間排成兩排，再從後面分出兩批船，主力戰艦則安排在中間，火船則從陣型內出來後就開始左右開動，準備利用自己的快速靈活殺進劉香的船隊。沈有容發現雖然對方也有陣型，可是在陣容的齊整方面和各船之間的火力配合也有很大的火力死角，看着這些情況，沈有容搖了搖頭——海盜就是海盜！雙方戰艦都在一聲炮響之後，全力向對方開進，這個時候，兩艘小型運兵船和五艘炮船已經開始迂迴到島的後面，準備乘兩軍激戰的時候，搶灘登陸！