因爲日本這邊軍、政要員全都被催眠控制住的關係，無法使用當地國士兵進行襲擊的SEELE就算想找事也是鞭長莫及，所以接下來的時間正式進入了平穩安定期，讓伊藤成可以安心的對付隨時到來的使徒們。
當然，所謂的對付也只是單方面的殺戮的而已，所以僅過了不到三個月，不管是在宇宙中飄着的鳥天使，還是沒有固定形體的子宮天使，亦或者其他使徒盡數被伊藤成斬殺殆盡，變成了世界之樹進化用的食物肥料。
“我準備要離開了。”這天，在可以俯視地三新東京市的山道平臺上，伊藤成對身邊依舊一席黑色連衣短裙，外加一加紅色皮衣外套，一頭黑色長髮自然批散的葛成美里說道。
“你能帶着所有人一起離開嗎？”雙手支在身前的護攔上的葛成美里輕聲問道。
“你想讓我帶走誰？”伊藤成饒有興趣的反問道。
“……，日向、青葉、還有加持。”葛成美里猶豫了片刻後說道。
“你的心還真寬廣。”伊藤成怪笑道。
“混蛋！我跟你說正經的呢。”知道伊藤成話語意思的葛成美里氣喝道。
“很遺憾，我對他們三個無愛。”伊藤成微微搖了搖頭說道。
“……”葛成美里沉默着。
“看來我們兩個註定沒緣份吶。”伊藤成輕聲嘆息道，然後轉身走到葛成美里身前，靜靜的與她對視在了一起，接着緩緩壓下頭，突然親吻在了躲無可躲的葛成美里的嘴脣上。肆意的品嚐着。
“這個就當是臨別贈禮吧。”片刻後，伊藤成放開氣喘吁吁的葛成美里笑道。
“不要太想念我呦……”餘音渺渺中，伊藤成的身影緩緩地自葛成美里的眼前消失不見。
魔方世界內，那座存放着EVA初號機的無人島上，突兀出現在這裡的伊藤成動念將正在大實驗室內忙碌的碇唯召喚到了身邊。
“恩？有什麼事嗎？”突見周圍空間變換的碇唯一臉疑惑的看向伊藤成詢問道。
“我準備給你弄一個新的身體。然後將初號機毀掉。”仰頭看着靜立在此地的初號機的伊藤成輕聲說道。
“爲什麼？”碇唯有些不明所以的追問道。
“我需要初號機成就另一個對我來說很重要的東西。”收回目光轉頭看向由量子糾纏態構成身體的碇唯解釋道。
“和之前被你取走的零號機、使徒屍體、莉莉絲身體的去處一樣？”碇唯歪頭問道。
“恩。”伊藤成確認道。
“那好吧。”通過之前的詢問，大概知道那件東西的重要性的碇唯答應道。
“謝謝。”伊藤成感謝道。然後就身體構成方面對碇唯詢問道“關於你的身體，我這裡有三種方案供你選擇，一是使用綾波麗身上現有的細胞和樣本重新克隆出一副軀體，然後將你的靈魂放入其中。”
“二是使用魔法文明的手段，爲你製造出一副能量物質化後的強大身體。”說到這裡。伊藤成伸手在半空中製造出一大塊虛擬屏幕，將夜天之書、守護騎士系統、念動之核、以及能量物質化等方面的東西一一向碇唯展士了出來。
“最後一種，依舊像現在這樣，選擇一件物品進行依附，成爲憑依靈。”
“真實身體、能量物質身體、和單純的鬼嗎……”碇唯看着眼前虛擬屏幕中暫時出的三種形態輕聲自語道。
“我選擇第二種。”隨後，碇唯決定道。
“好。”揮手將半空的虛擬屏幕湮滅的伊藤成點頭答應道。“你先接觸現在的狀態回到初號機內吧。剩下的由我來負責。”
“好。”碇唯答應道，隨即身形一閃，化做無數的光子顆粒自伊藤成的眼前緩緩地消融進了虛空中。
見此，伊藤成也不遲疑，當即放出精神力進如初號機的核心虛數空間內部，找到正在裡面等待的碇唯的靈魂，操做着精神力演化成一個拘靈法陣。罩在了碇唯的靈魂體上將她束縛包裹住，然後在碇唯本身意念的配合下，將她從初號機核心內的虛數空間中拉扯了出來。
瞬間，碇唯那虛虛乎乎的靈魂形象便出現在了伊藤成眼前。接着伊藤成手臂一揮，釋放出一道靈氣投入進碇唯的靈魂體內，一邊重塑她的靈魂軀體，一邊幫助她穩定靈魂形象。
隨後伊藤成暫時將碇唯的靈魂放到一邊，動念聯繫上魔方調集出一團至精至純的純淨能量，用術式將其壓縮成珍珠大小，凝鍊成最初的念動之核。然後開始在地面刻畫相應的法陣。寫入相關的魔法程序信息，將念動之核與碇唯的靈魂放入到了法陣的中心處。
“等下無論發生什麼都不要抵抗。”伊藤成看着碇唯囑咐道。
“我知道了。”碇唯答應道。
得到肯定答覆的伊藤成也不在廢話，動念激活了身前的術式法陣。
瞬間只見整個法陣突然一亮，綻放出明亮卻不耀眼的亮白光芒，緊接着位於法陣核心處的念動之核與碇唯的身體也是同時一亮。並在一種無形的力量牽引下緩緩地向一起融合着。
這種融合的過程很快，還不到一分鐘，便再一道更加明亮的光芒中融合到了一起。
這時，被刻畫在法陣周圍內外一直沒有任何動作的魔法信息卻是突然流動起來，一個接一個涌入那還在發光的橢圓形光團內，迅速消融到了光團中。
“啪！”接着又過了大概一分多鐘，伴隨着一道清脆的裂響聲，包裹在碇唯身體外的橢圓形光膜瞬間炸裂開來，將裡面渾身上下一絲不褂的碇唯的身體的重新暴露了出來，呈現在伊藤成的眼前。
“呀~”受風一吹，感覺到自身異樣的碇唯下意識的發出了一聲低呼，並用雙手將自己身上的春光遮擋住。
“你現在已經有了魔力物質身體，所以想要衣物什麼的除了外部購買外，你也可以直接通過想象用魔力製造出自己想要穿得衣服。”翻手變出包括胸罩內褲在內的所有內外衣物用念動力送到碇唯身前的伊藤成述說道。
“不過我要提醒你的是，魔力服裝是戰鬥用防護着裝，只能設定出一套，你要小心使用。”
“你能不能轉過去。”碇唯請求道。
伊藤成也不多話，直接將身體轉了過去。
看到伊藤成轉過身，碇唯立刻拿起漂浮在身前的衣物一一穿着了起來，沒一會就又恢復成了一派科研少婦的形象。
“好了。”碇唯說道。
“今天放你一天假，好好熟悉現在的身體，亦或者設計出自己的魔力防護服，等明天在去實驗室那邊繼續工作。”伊藤成說道。
“好的。”正好也想借此機會去看看真嗣的碇唯答應道。
隨即伊藤成動心轉念，將碇唯送回了生態城市內，自己則帶着已經成了空殼的初號機出現在魔方大陸中心的世界樹面前，將初號機也交給了世界樹來吞噬。
一分鐘後，伴隨着初號機的徹底消失，世界之樹的樹身猛的一顫，一股強大的生命氣息波動從世界之樹上擴散開來，攪動着周圍一方空間微微一震，同時一大團一大團的天地能量與富裕的世界之力從虛空中飛射過來，沒進了世界樹的樹身當中。
而在伊藤成無發看見，但卻可通過魔方感知到世界樹的頂端枝叉上，一個翠綠的新生嫩牙長了出來，並在世界樹本身的能量供給下緩慢的生長着。
“也不知道到時候會生出什麼，是傳說中的精靈，還是新的使徒生命……”伊藤成心頭暗忖道。
而後伊藤成不在理會在亞當、莉莉絲、使徒、EVA、朗基奴斯槍等出自新世紀福音戰士世界產自誕生宇宙一切的卡巴拉生命之樹的產物的滋潤下又覺醒了孕育生命能力的世界之樹，閃身出現在了魔方世界的虛空中，下達了返回主世界的命令。
“噼裡啪啦……”熟悉的玻璃製品碎裂聲中，伊藤成回到了半位面內，然後展開次元轉移魔法陣回到了秋留野市的神社家中。
“還沒突破麼……看來還要等上一段時間啊。”往伊藤老爺子閉關的地方看了眼的伊藤成輕聲說道，隨即回到因爲沒有其他人在而顯得有些冷清的房間內休息起來。
接着第二天，伊藤成在留下了一個影分身注意着主世界這邊的情況後，真身進入魔方世界內，陪伴起了家人和自家的女人們，或遊玩打鬧、或合籍雙修的度過着等待的時間。
當然，爲了不厚此薄彼，伊藤成也在中間抽出一天時間回到主世界去陪因到了年末而稍微變得有些忙碌的倉木麻衣和同他有着些許曖昧關係的長澤雅美，以及前去看望一下鎮守在魔法塔內，正努力向S級大法師突破的英格麗。
如此過了一個禮拜之後，依舊未見老爺子突破，但感知到主世界空間震盪平復，關注低重新恢復到最低點的伊藤成再次通過半位面進入到魔方世界內，踏上了前往新世界的旅程……