橫須賀這座城市先是遭受到哥吉拉的入侵導致橫須賀毀了大部分的地方，並且災難重重，忍者和部隊是損失慘重，他們和哥吉拉拼死戰鬥，結果還是沒能阻擋住哥吉拉前進的腳步，當他們以爲哥斯拉離開之後這座城市及的災難就結束了，然而沐風等人的到來卻讓這座城市留守下來的忍者們變成了他們真正的末日。
在這座城堡前面屍橫遍野之後沐風三人現在沿着哥吉拉的巨大腳步朝着橫濱城前進着，然而在沐風三人的身後還悄悄地跟着一隻妖獸，這隻妖獸就是九尾妖狐玉藻，但是現在還有一隻非常強大的妖怪正在朝着這個方向趕過來，這隻妖怪正是九尾白狐，然而九尾白狐身邊還有一個非常可愛的少女跟着九尾白狐，而且這個少女卻是沐風最熟悉也是最陌生的人，她爲何會和九尾白狐在一起這也是一個迷，但是現在橫濱城正在進行這一場血的廝殺。
在橫濱城外附近的各大忍者大軍已經大部分聚集到了這裡排兵佈陣依次列隊正在和哥吉拉進行着殊死的搏鬥，目的就是阻擋哥吉拉破壞這座城市：“聯合忍術，土遁地陷術！”
這時候哥吉拉正在朝前走去的時候自己的腳下頓時下陷了進去，哥吉拉一下子就掉進了一個非常巨大的巨坑裡面，哥吉拉也是大吃一驚，他沒想到這些弱小的人類聯合起來居然可以做到這個地步，然而哥吉拉使用它的雙手朝着前面刨着想要從這個大坑裡面走出來。
而現在面對他的則是忍者大軍的聯合攻擊，哥吉拉看到自己的身邊現在有無數的黑影集中在他的身前，看着人數而言至少有十萬左右，面對如此衆多的忍者大軍，哥吉拉依然絲毫不畏懼，這就是獸中之王的氣質。
然而就在這時候天上頓時聚集起了厚厚的雲層，而且雲層中還發出了雷電的閃光，並且雷聲陣陣好像天就要塌下來一樣：“聯合忍術雷盾·雷暴術！”
霎那間天上無數道閃電直接朝着哥吉拉劈下來，並且在哥吉拉的身上產生了一連串的爆炸，而哥吉拉這時候也因爲疼痛嘶吼了起來，哥吉拉的吼聲也是非常響亮，他也是鬱悶不已，如今的哥吉拉沒想到現在的人們會這樣強大，自己居然會遭受到這樣的挫折。
可是這些挫折對於哥吉拉而言根本就不算什麼，可是這時候成千上萬的忍者大軍立刻將哥吉拉圍的水泄不通，並且不斷朝着哥吉拉丟出起爆符在哥吉拉的身上爆炸，站在遠處的上忍看到哥吉拉如此輕而易舉的就被他們的聯合忍術打的如此狼狽頓時就對哥吉拉不屑地說：“傳說中的怪獸之王哥吉拉也不過如此，我們上萬的忍者大軍只是設了一個小小的陷進就如此的不抗一擊真是無趣啊，我還以爲他能夠給我們帶來更多的樂趣呢。”
然而在他身邊的一個忍者對着他說：“渡邊隊長，你可別大意，在過去的記錄之中哥吉拉可是不止一次攻擊東京了，而且每一次的到來力量和體型都會越來越大，現在的哥吉拉已經是一代的三倍高度了，完全超越了以往的哥吉拉的體型了，在力量上也是很強大的，他的力量完全可以九大妖獸抗衡的，不能小看它的。”
這個渡邊隊長根本就不聽身邊同伴的勸告便對着身邊的忍者大軍下達命令說：“所有的忍者立刻準備使絕招將這隻巨大的哥吉拉殺死。”
忍者大軍聽到了自己的隊長的命令之後就開始結印準備使用忍術結果掉這隻哥吉拉，然而就在這時候從遠處的灰塵之中頓時發出了一道非常強烈的藍光，那個忍者頓時大驚：“是哥吉拉的核能吐息！大家快逃啊！要是被核能吐息燒中，我們立刻就會化爲飛灰的！”
忍者大軍們聽到這個忍者的警示之後紛紛朝着自己的身後退去，然而自己身後卻是更多的忍者大軍圍在這裡，他們現在也開始朝着身後退去，可是更遠的地方忍者根本就沒有聽到到底發生了什麼事見到前面的忍者擁擠地朝着這邊飛奔過來也是鬱悶不已，這邊的忍者大軍不知道情況對於突然朝着他們這邊退過來的忍者而言這裡頓時就交通擁堵了。
忍者大軍們現在擁擠在一起根本就沒辦法在往後退去了，然而就在這時候哥吉拉立刻朝着自己前方的忍着大軍之中吐出了一口非常強烈的核能吐息，霎那間在忍着大軍之中頓時產生了非常巨大的藍色火焰。
被哥吉拉的核能吐息燒中之後的忍者們頓時化爲了飛灰，然而身在遠處的忍者大軍的身上也燃氣了藍色的火焰燒着了全身，忍者大軍們頓時滿地滾想要撲掉自己身上的火焰，可是哥吉拉的藍色火焰在他們身上根本就沒辦法撲滅，這些被燒中的忍者大軍在撲火當中就死去了，而且死的非常的慘烈。
渡邊隊長這時候看到哥吉拉吐出這樣強大的核能吐息的時候也是震驚不已，他沒想到哥吉拉的力量會是這樣強大，而且還超出了渡邊隊長的想象，渡邊隊長現在已經完全被嚇傻了：“怎麼會這樣？哥吉拉不是沒有那麼強大的嗎？爲何他的核能吐息的力量會這麼強大？不可能會這樣的！一切不是還在我們的計劃之中嗎？難道哥吉拉的強大真的超出了我們的想想了嗎？”
這時候身邊的忍者見到渡邊隊長喃喃自語的樣子立刻就將渡邊隊長喚醒說：“隊長，現在你快點下命令重新組織忍者攻擊吧，哥吉拉現在正在朝着地上爬，沒過多久就要爬出來了，我們得等哥吉拉出來之前將他殺掉啊！”
渡邊隊長被自己身邊的忍者喚醒之後他看到哥吉拉已經開始朝着坑外面爬了，於是渡邊隊長立刻下令說：“所有忍者立刻發動土系忍術務必將哥吉拉掩埋在這裡！”
忍者大軍們聽到了渡邊隊長的命令之後再次結印準備再次發動忍術不讓哥吉拉從巨大的坑裡爬出來：“土遁·地陷術！”
哥吉拉現在正在朝着地上爬去，然而巨大的大坑再次朝着自己的腳下陷下去，哥吉拉再次大吃一驚，然而就在這時候哥吉拉陷入了一個深達數百米的巨坑之中，哥吉拉也是吃驚不已，他現在很想要從這個巨大的坑中爬出來，可是這時候哥吉拉頭頂的圖層開始封閉起來了，而且自己身邊的土牆也朝着自己合過來，哥吉拉頓時大驚，哥吉拉知道他們這是要將自己埋在地下，然而哥吉拉立刻用他的雙手堵住自己前方的土牆不讓他閉合起來，可是自己透頂的土牆頓時就封閉了起來，就這樣這隻巨大的哥吉拉就被掩埋在了地下之中。
忍者大軍們見到哥吉拉已經被埋入了地下了頓時就歡呼了起來，因爲這場戰鬥他們勝利了，然而就在這時候大地上產生了非常巨大的震動，忍者大軍們頓時震驚了，他們以爲哥吉拉被封印在地下就勝利了，但是這時候在忍者大軍之中頓時從地上突起了非常巨大的石塊將這些忍者全部頂飛了出去。
這時候從地上冒出了一個非常巨大的蜥蜴頭，並且發出了王者的吼聲，忍者大軍們這時候再次震驚了起來，就連渡邊隊長也是震驚不已，他已經想不到任何辦法阻擋哥吉拉破壞他們身後的城市了。
哥吉拉這時候在這些忍者大軍吃驚的瞬間已經爬出了地下繼續朝着橫濱城前進，絲毫沒有理會地上的這些忍者大軍，這對於渡邊隊長而言完全就是極大的侮辱，這時候渡邊隊長知道現在阻撓不了哥吉拉前進，那麼他們只能使出最後的王牌了，這時候渡邊對着所有的忍者大軍下達命令說：“所有忍者全部退到城市邊緣開啓結界阻擋哥吉拉的到來，傳訊忍者立刻向東京總部發出支援信號，請求柳生天羽到來將哥吉拉斬殺！不然的話橫濱城必然淪陷，而且東京危機也會更加嚴重，因爲我們的天皇陛下就在那裡，所以我們即使拼上性命也要將哥吉拉阻擋在這裡！”
忍者聽到了渡邊隊長的命令之後立刻對着東京城發出了請求支援的信號，忍者大軍們也全部退居橫濱城的城市邊緣準備組成防禦陣線結成防護大陣結界將哥吉拉阻擋在橫濱城外，其餘的忍者大軍配合着坦克和導彈部隊一直對着哥吉拉進行着攻擊，而哥吉拉只是講他腳下的這些高科技的軍事武器全部踩碎，然後繼續超着前方出發根本就是無視這些弱者的存在。
而忍者大軍們也終於全部退到了橫濱城的外圍開始結成了一張非常巨大的結界準備阻擋哥吉拉前進的步法，哥吉拉現在依然管着自己朝着橫濱城的城內走去卻沒注意到忍者大軍門已經開始結成了一張非常巨大的結界將他阻擋在這裡了。
哥吉拉正在朝着橫濱城前近，然而就在這時候哥吉拉的頭突然撞擊在了一張巨大的結界上，哥吉拉再次吃驚了，他將雙手按在這張結界上面往前推，然而一張無形的力量立刻將哥吉拉反彈回來，哥吉拉也是吃驚不已。
這時候他使用自己的手臂繼續往前推，忍着大軍之中的忍者們這時候也覺得一股非常強大的力量朝着他們施加了很大的壓力，十萬的忍者大軍也是吃驚不已，他們以爲這張結界就可以阻擋哥吉拉前進的步法，然而他們還是低估了哥吉拉巨大的身軀和強大的力量，他們現在也是苦苦支撐着，就連渡邊隊長也和他們一起結成這張巨大的結界阻擋哥吉拉的前進。
哥吉拉嘗試了好幾次都沒能成功，於是這時候哥吉拉突然轉身甩尾，一條非常巨大的尾巴立刻打在了結界上，在結界上面頓時發出了非常巨大的巨響，忍者大軍們被這股非常強大的力量打中結界之後他們的結界差點就要消失了，然而渡邊隊長咬着牙對着忍者大軍們說：“你們堅持住，我們的援軍馬上就要到了，在堅持一會兒！”
哥吉拉的甩尾絕招都沒能打破這個巨大的結界，於是哥吉拉準備使用他的核能吐息將這道無形的結界打破，這時候忍者大軍們見到哥吉拉的尾巴開始發出藍色的光芒，並且慢慢的從哥吉拉的背鰭上也發出了藍色的光芒，而哥吉拉的肚子也在這時候突然脹大了很多，並且在口中也發出了藍色的光芒。
這時候從哥吉拉的口中頓時吐出了藍色的核能吐息朝着這張無形的結界上面吐出去，忍者大軍這時候頓時倍感壓力，然而他們依然繼續苦苦支撐着，希望他們的援軍能夠立刻趕過來，但是哥吉拉的核能吐息實在是太強大，這些忍者大軍即使在強大也根本抵擋不了如此強大的力量。
然而這時候這張巨大的結界瞬間奔潰，哥吉拉的核能吐息全部噴在了忍者大軍之中，霎那間數百的忍着全部被哥吉拉的核能吐息燒中，並且瞬間就化爲了飛灰，忍者大軍們的結界破碎之後忍者們頓時大口的喘氣，現在已經耗盡了他們所有的力量，已經無法再戰鬥了。
哥吉拉看到地上黑壓壓的一片全部都是忍者大軍，哥吉拉現在怒視着這些忍者大軍，他自從上岸之後就是這些忍者大軍阻攔了自己前進的步伐，現在看到這些人哥吉拉也是憤怒不已，於是哥吉拉突然一個轉身甩出了自己巨大的尾巴。
霎那間在哥吉拉前方的忍者大軍們立刻被哥吉拉巨大的尾巴打中倒飛了出去，並且還摔在了忍者大軍之中，忍者大軍在這時候也是損傷武術，但是就在這時候忍者大軍們聽到了一個非常熟悉的聲音：“這隻巨大的哥吉拉怪獸就由我來對付，你們立刻退後，現在我來阻止他進入城市之中。”
然而忍者們從聲音的地方頓時看到了一個手持天羽斬的忍宗高手，此人一身藍衣面貌大概在中年左右，而且五官清晰，並且留了一身的長髮，此人不是別人正是東瀛的三大忍宗高手柳生天羽。