皇太極率軍包圍南漢山城，以部分蒙漢八旗圍困城池，再以嶽託、豪格和三順王阻擊可能到來的高麗援軍。
三順王強大的火器同滿八旗精銳鐵騎配合默契，屢敗高麗援軍。圍城清軍伐木列柵，把南漢山城圍得鐵桶一般，連一隻蒼蠅都飛不出去。
困守孤城的仁祖和世子糧草斷絕，高麗人不得不殺馬充飢。
崇德二年正月，高麗援軍從全羅道、忠清道趕來，同清軍展開了血戰。這一場戰役是清軍入朝以來打得最慘列的一場戰役，高麗人以火器兵和弓箭手進攻配合步騎進攻。清軍將領揚古利、達蘭、僧錫、鄂海，特穆爾，弼雅達、阿紐、都敏等人陣亡，三順王的火器軍也遭到了不小的損失，可是高麗人最終未能挽回敗局，被清軍擊潰。
獲勝的清軍趁機追殺高麗人，把整個半島南部都洗劫了一番，擄到人口三十餘萬人，但是金銀財寶、糧食牲口卻極少，因爲早被鄭芝龍洗劫過一番了，清軍只能撿一點鄭家軍漏下的東西，數量不多，繳獲少之又少。
“得黃金一千兩，白銀三萬兩，珠寶三箱，糧食六千石，牲口八千頭……”嶽託手裡拿着清單，向皇太極稟報南下清軍劫掠所得。
皇太極眉頭擰成一團：這個什麼國家啊，也窮得太不像話了吧？前幾年嶽託和多爾袞入宣大劫掠，宣大已經是夠窮了，而且大明還早就處心積慮做了準備，僅僅大同一帶劫得的金銀財寶就比朝鮮整個國家都要多得多。
“皇上，高麗確實太窮了。”嶽託唸完清單，低聲補充了一句。
皇太極笑了：“擄得三十萬人口，便是最大收穫！這些人帶回遼東，全部充爲阿哈。只要有人，還怕什麼東西造不出來？有了人，就有糧食，有武器，有火藥。”
被困漢南山城的仁祖見到援軍被擊敗，被迫派人出城求和。
數日之後，仁祖率全城軍民投降。
至此，朝鮮徹底淪爲大清藩國。
崇德二年二月，大獲全勝的皇太極帶着十二萬清軍班師回朝，帶回了俘虜三十萬人，劫掠的金銀財寶、牛馬豬等牲口，浩浩蕩蕩離開朝鮮返回盛京。
不過同真實歷史上相比，大明的危機減少了不少，高麗水師被全滅，所有船場都被摧毀，清軍已經無力攻擊皮島。另外最重要的一點是，王妃、王子、羣臣家眷都被接去了耽羅島。
儘管知道朝鮮王妃、王子和羣臣家眷都被人接到了耽羅島，可是大清已無水師可用，無法登陸遠離陸地，海面又不會結冰的耽羅島。多爾袞等人提議，要讓仁祖交出人來，但是皇太極又不敢把仁祖威迫太緊了，只能提出讓世子去盛京爲質，並令仁祖交出堅決抗清的尹集、吳達濟和洪翼漢三人，把這三人押往盛京處死。同時，皇太極還把堅決反清的金尚賢和主張議和的崔鳴吉都給押到盛京關押。
由於次子李淏未落入後金手裡，這時候大明其實還有機會，當宣佈仁祖交給滿清的國印作廢，令賜國印給李淏，以耽羅島當成朝鮮的反清基地。事實上朝鮮雖然被迫投降，但是軍民的心還是在大明這邊，只要崇禎敢於廢仁祖，立李淏，高麗人自己都不會認同仁祖爲正統，只會認大明皇帝冊封的李淏。
紫禁城，朝堂上正爲了是否廢除仁祖國主，廢世子，立李淏爲國主一事爭論不休。
次輔錢士升道：“陛下，朝鮮國主已經投降建奴，背叛我大明，把我大明賜予的國印都交給了建奴！陛下當昭告天下，宣稱原有的朝鮮國印作廢，新賜國印給次子李淏。”
翰林侍讀學士黃道周卻站出來反對道：“陛下，萬萬不可！若我大明立李淏爲朝鮮國主，建奴必殺仁祖極世子！朝鮮乃心向我大明，僞清帝皇太極登基，朝鮮遣使怒斥虜酋皇太極，方遭此大難。大明豈可讓忠於我大明的藩國國主慘遭建奴毒手？”
“臣附議！”東閣大學士張至發站出來表示贊同黃道周的意見。
禮部尚書賀逢聖也站出來：“臣附議！我大明乃天（朝）（上）國，豈可讓忠於我大明的藩主爲我大明遭難？若是仁祖因此遭難，從此還有哪個藩國敢心向大明？皆因此事投靠建奴。望陛下三思，不可因小失大啊。”
首輔溫體仁站出來，贊同錢士升的奏報：“陛下，仁祖已經降奴，已非我大明藩國國主，大明當廢其藩主，立次子李淏爲國主！否則朝鮮爲建奴所用，後患無窮啊！”
只可惜這時候溫體仁這個內閣首輔已經開始失勢了，崇禎皇帝對他已經心有不滿，而錢士升是溫體仁的人。更加上一羣朝中文官和言官紛紛上奏，同意黃道周和賀逢聖的提議，所以最終，崇禎皇帝還是沒有采納錢士升正確的意見，未能及時賜予李淏國印，封其爲國主，致使大明錯過了利用耽羅島給朝鮮製造反擊的機會。
其實崇禎內心也知道，廢仁祖和世子，立李淏是最正確的選擇，可是他不能做出這個選擇，否則會被言官的口水淹死。
就在王承恩准備宣佈退朝的時候，御史陳演又站了出來：“陛下，臣有事啓奏！”
“准奏。”崇禎道。
陳演伏地磕頭道：“陛下，臣請誅殺李國棟！”
“陳愛卿，這是爲何？”崇禎大驚。
陳演滿臉正氣，義正辭嚴道：“李國棟擁兵自重，不聽朝廷號令，又未經兵部擅自出兵，已與謀反無異，論罪當誅三族！”
還是剛剛趕回京城上任的兵部尚書楊嗣昌出來講話：“陛下，李國棟並未私自出兵，他只是同鄭芝龍有生意往來，碰巧路過朝鮮而已。”
陳演道：“生意往來？路過？路過帶了數千兵馬？不僅擅自出兵，還唆使鄭芝龍殘害藩國百姓，屠盡藩國水師，燒燬藩國船場，此乃敗壞我大明形象，若是我大明軍隊如此，與建奴何異？”
楊嗣昌道：“李國棟並未帶兵馬出征，只是帶了一百家丁，大明有那條法律不允許武將出門帶家丁？至於鄭芝龍也是生意路過，而朝鮮水師已經背叛大明，投靠了建奴，實爲建奴水師，殺之何罪之有？至於陳御史你說的數千兵馬，那是商號夥計，並非官兵。”
一羣言官紛紛上奏，說李國棟飛揚跋扈，擁兵自重，殘害藩國百姓，紛紛請奏要殺李國棟。
王承恩見楊嗣昌孤掌難鳴，崇禎皇帝快被言官們口水淹沒了，於是在邊上輕聲道：“皇爺，該退朝了。”
“王伴伴，可是這朕怎麼退啊？”崇禎無奈的輕聲道。
最後還是曹化淳幫崇禎皇帝解了圍：“陛下，李國棟有功於大明，斬殺建奴無數，若是次等人才因爲這點小事擅自斬殺，那我大明大禍將至啊。”
楊嗣昌奏報道：“陛下，大明同漠北蒙古、土默特蒙古及察哈爾蒙古結盟，擊敗建奴，皆此人功勞。若是擅殺此人，蒙古必反！望陛下三思。”
上奏的一名言官心中大驚：我收了皇太極的銀子，要搞死李國棟，只是沒想到還有這層關係。關係到蒙古結盟，崇禎那個昏君肯定不會殺此人了！留着此人，是大清的心腹大患啊。
崇禎本來就不可能因爲這件事殺李國棟，因此他趁機退朝。