於是一幫子大臣就又開始開始了討論，每人都把自己的幕僚叫了來一起制定計劃，肖峻和王充可就忙多了，衆人不停地在問東問西。
兩天後，各地的計劃終於都完成了，由主兵的，有主商的、有主工的，總之人們從心裡都有了一個譜，那就是不能光是看了，要有一個真的東西拿出來才行，要不頭上的頂子可就危險了。
山西的計劃是：建設從太原到正定和太原到大同的兩條鐵路；湖北要修建從漢口到北京的鐵路，江蘇要以上海爲龍頭，進一步擴大對國外的貿易，多加出口絲和綢；福建以茶葉爲主，擴大出口貿易，重建福建水師；陝西要抓緊石油的開發和利用；直隸修建從天津到北京，天津到山海關和京城到河南的鐵路，加強北洋水師的戰鬥力；河南負責把直隸和湖北的鐵路連起來。這樣一來整個大清的經濟方面就要有一個很大有飛躍了。
太后一看非常高興，這個沉睡了多年的大清就要醒了，經過這一番動作，看哪個列強還敢小看我大清。她就像個小女孩一樣抱着肖峻親了一下，“下面就看你的了，我看你怎樣把這臺戲唱好。”
“太后，你就瞧好吧，下次你再來山西，我一定讓你坐火車來，決不讓你再坐馬車了。”
各位大臣出發了，每人都拉了兩大車的東西。小的有鉛筆、望遠鏡、指揮刀，大的有迫擊炮、機槍、步槍，子彈等。
太后和肖峻又回了北京，那兒還有一大堆的事在等着他呢。
他首先到部裡看了一下最近的各地情況。
福建方面來報：最近的游擊戰取得了很大的成績，消滅了日本人的幾次貨運船隊，以及好幾股海盜，日本人的艦隊清剿了幾次，我們都躲過了，繳獲了海盜的十幾艘大型的戰艦，派出了多股小分隊進入日本，也都站住了腳了，臺灣的情況也由於你們的勝利而穩定住了。
原來他們聽到肖峻的話以後就由高騰雲親自帶隊出擊進行海上游擊戰，一開始人們不讓他去讓他在家主持工作，但是這位老人說什麼也不願意，尤其是聽到肖峻率領着揚威號奮勇號取得了大勝以後，更是急了眼了，非要自己親自去不行，他認爲肖峻是在擡舉他，可是自己也不能不作也點成績來，表示一下自己的能力呀，於是福建水師就出了海了。
經過幾天的瞭解，知道了敵人的一些行動規律，這時揚威號和奮勇號也歸隊了，老人一看大喜，決定伏擊日軍的運輸船隊，他們來到了日本海軍運輸船隊經常路過的一條航道邊，選擇了幾個小島嶼把軍艦分成三部分埋伏下來，兩天以後日軍的船隊過來了，他們當中的幾隻船衝了出來，他們把自己化裝成海盜，在船的前面大旗上畫了一個大的骷髏，日軍的船隊從來沒有遇到過海盜，他們把這條水路當成他們自己的家了。
打了幾炮以後，日本海軍運輸隊亂成一團，根本就沒怎麼抵抗就完了，水兵們衝了上去，把日本人全部清理乾淨以後，他們帶着幾船的物資回來了。日本人吃了個啞巴虧，根本就沒法去找，不知道是誰幹的，以後他們就只好是加大了護航的力量。
這一次，高騰雲採取了另一種打法，一見他們的船隊來了，就出去了一隻快艇，日本海軍的軍艦就追了上去，跟在快艇的後面追擊，快艇不緊不慢地在前面跑，日艦氣的火上來了，就在後面拼命追過去，高騰雲一見，馬上就讓人抄了敵人的後路，又把敵人的船隊給收拾了，殺死的日軍士兵全給扔在了大海里。
日軍的軍艦跟在快艇的後面追了幾十裡以後，看看是追不上了，又怕讓人給抄了後路，回來以後一看，果然是又吃了個大虧，他們護送的船隊早就沒影了，只有海面上飄浮着一些日軍士兵的死屍。日本方面只是認爲這是海盜的事，因爲福建的海軍早就已經被法國人給幹掉了，中國方面根本就沒有海軍存在，所以他們不懷疑是中國乾的，只好是繼續加大護航的艦隊而已。
肖峻馬上向福建發報，讓他們注意保護自己，小心中了敵人的詭計，要不停地改變作戰技巧，一個計不能老是使用，要經常改變才行，這個仗是越打越精的。
北洋水師這邊的報告說，敵人吃了虧以後，沒有大股的艦隊出來，老實多了，估計是在想辦法瞭解我們的新式武器吧。幾條主力艦的艦長老是在要求出戰，都被壓下了，請肖峻定奪。我們也派出了細作深入日本進行偵察，瞭解他們的下一步行動計劃，還有俄羅斯按規定賠償我們的軍艦也到了，共是主力艦三艘，輔助艦七艘，現已編入了北洋水師，開始了正常的訓練。請肖大人到北洋水師來看看。
陸軍方面朝鮮的駐軍也發來了電報，說明日軍在朝鮮沒有大的動靜，自己正在密切關注他們的動向，肖峻嚴命葉志超，必須嚴密注視日本的動向，如有問題發生軍法從事，肖峻在後世的時候就知道這個葉志超，貪生怕死丟了朝鮮，給甲午中日戰爭造成了不可彌補的損失，所以對他就是嚴格命令，不得有一點問題出現。並保他如果對日問題作的好，就保他可以升上官。也不能光是嚇唬也要給點想頭，並且秘密命令在朝鮮的聶士成，如果朝鮮一但有事，必須自己作主，把葉志超控制起來，這是不得已的作法。但是這個後手是必須要留的。不然到了關鍵時刻，葉志超一但私自撤兵，整個軍事部署被打亂，那樣造成的損失可就大了。
肖峻一想也覺得應該到北洋水師去看看了，自從北洋水師重新開始訓練以後，再加上李鴻章離任，自己一直還沒到天津去過呢，於是通知北洋水師的主力艦隊到天津集結，準備去看一下。
肖峻把京城的工作安排了一下，就要到天津去，和太后一說，這個太后又要去，肖峻說，太后要在家裡主持大局，不能老是離京啊，要不京城有了問題麻煩就大了。所以就不讓她去，可是就個太后卻是採取了一個小女孩的作法，身子一扭“人家不願意嘛。”說着眼淚就要下來了，這事不是去玩去，她可以隨便去，這是關係到國家的大事，可不能隨便地說去就去呀，可她非要去。肖峻想了一下，決定快去快回，也就可以了。肖峻和王爺商議了一下，召開了各部的會議，讓大家作一個五年計劃，和當年的計劃，這幾個新提拔的人倒是好說，他們有熱情有幹勁，可是手下的人手不夠，老人那邊是安穩怕亂，守舊，動力不足，要給他們促一把勁才行。定下了任務以後，告訴他們，要不定期地進行檢查。
這時肖峻又公開招標，修鐵路，北京到盛京的一段由俄羅斯來修，其餘的修京漢路、正太路等要招標，英、法、德等國家的大公司都來了，交了定金，領了標書回去通知各有關的人員前來北京。
肖峻和太后出發了，一天就到了天津，然後改成坐軍艦到了海上，北洋水師的艦隊已在海上列隊迎接了，戰列艦、巡洋艦、炮艦、供給艦、潛水艇等全來了，各艦鳴放禮炮向肖峻致意，各艦的通訊兵也都向肖峻發來了致敬的信號，到了鎮遠號上，丁汝昌已和各艦的管帶都到了，大家一看還有太后在場，這可是失禮了，太后卻是一笑說道：“你們不知道我來，我不怪你們，你們就只管向肖愛卿彙報就可以了，不要管我。”說完自己就和秋月去船頭上去看風景了。
肖峻在丁汝昌的帶領下到了艦上的大廳裡開會，肖峻和大家說道：“弟兄們，我們的海軍原來曾經是亞洲第一，現在我們的對手日本，已經超過了我們，他們一直對我們的國家懷有野心，妄想佔領我們的國家，這是我們不能答應的。現在我們已經取得了對日戰爭的第一步勝利，消滅了他們的第一遊擊隊，現在我們的軍艦數量已經超過了他們，那我們就一定要找機會全殲他們。