歷史的車輪滾滾向前，地皇神農既然發現了南疆的這些問題，是人族的一大隱患，自己在位時，因着有傳播五穀和醫藥的這些巨大的功德威望尚能羈絆南疆，是爲天下共主。到了自己傳位下一位人皇，沒有了這些恩情，到時南疆巫人部落必然會叛亂。
因此神農不得不把眼光放到人族中既有傑出的管理能力，又有能布武天下的雄心的英傑身上。
地皇三十年三月初三，軒轅之丘附近的有熊部落，降生了一個嬰兒，被指軒轅之丘，名曰公孫軒轅，這軒轅氏並非上古大能轉世，乃是人族得了天地主角氣運，自行繁衍誕生的。其生來聰慧，出生三月便能學人言語。三歲時被路過有熊部落的廣成子相中，收爲弟子，帶回九仙山桃源洞悉心教導十六年後下山。
公孫軒轅在九仙山桃源洞期間，廣成子以得了元始天尊傳訊，已經推算出這公孫軒轅可能就是下任人皇，不過期間將有一番波折。廣成子得了這條訊息，不由大喜，悉心教導公孫軒轅，使得這公孫軒轅能文能武，且傳了軒轅玉清大法，軒轅天資聰慧，這十六年間，已是煉虛期修爲，離地仙境界只一步之差。
公孫軒轅下山後回到有熊部落，不久便就任部落首領之職，有熊部落在其領導下迅速發展壯大起來。隨着有熊部落的崛起，軒轅也進入了神農的視野，神農知道自己需要選一個文武全才，軒轅既然治理部落的手段不弱於自己，那麼就需要驗證其軍事能力了。
神農和軒轅在阪泉之野舉行了三次軍事演習，其軍事指揮能力得到了神農的首肯，使得神農下決心準備把人族共主的位置禪讓於軒轅。
地皇六十年，南疆巫人中的九黎部落的蚩尤覺醒了大巫血脈，使得南疆局勢急劇變化，九黎部落蠢蠢欲動。青峰山上清虛道德真君雖然於紫陽洞中清修，但是也一直暗暗關注着自己這個徒兒神農。知道這日後人族內部必有一場大戰，乃是巫族殘餘勢力妄圖通過巫人部落再次獲得天地垂青，使得巫人部落成爲人族之主，變相使得巫族再次成爲天地主角。
其中祖巫后土身化六道輪迴，有大功德於天地，誕生了一縷元神，號平心娘娘，乃是亞聖果位，這番功德也使得巫族一縷氣運不絕，後來巫族多次妄圖通過身懷巫族血脈的人族搶奪天地主角，其中平心娘娘也是首肯的。只是後來人族中巫族血脈越來越稀薄，漸漸勢弱，最終還是同化於人族之中。
不過現在人族中的巫族血脈依然比較強勢，使得九黎部落極其強大。
清虛道德真君知道神農功德已足，用混沌鍾遮掩天機，親自秘密駕臨陳都，暗中和神農密談了一番，告知神農前世今生，並且建議神農儘快禪讓於軒轅，一來可以是下任人族共主之位依然落於闡教之手；二來使神農早日證道，早日超脫，免得蚩尤按捺不住，提早起兵，到時神農怕是難以脫身；三來闡教同門中廣成子也成了人皇之師，那麼自己也不至於成爲衆矢之的，遭了別人妒忌。
神農考慮到爲了人族的未來，自己儘早退位也有利於軒轅早做準備，便同意了清虛道德真君的建議。清虛道德真君隨後便趕到崑崙山向元始天尊進行了秘密彙報，得到了元始天尊的讚許，賜了清虛道德真君童子一名，名曰如意，又賜黃巾力士一名，名曰百果。清虛道德真君拜謝後，帶了童子和黃巾力士回了青峰山紫陽洞。
神農遂於地皇六十一年正月一日昭告天下，禪位於公孫軒轅；當日聖人太上老君派遣玄都大法師降臨陳都，以人教教主的名義封神農爲人族地皇，神農明瞭前世今生，證了亞聖之位，和伏羲氏同居火雲洞洞天。
洪荒大地贏來了人皇軒轅時代。暴風驟雨欲來前，反而風平浪靜。軒轅即位人族共主之後三年，天下出奇的平靜，但是暗流涌動，蚩尤和軒轅都在積極備戰，一場異常慘烈且耗時長久的大戰即將拉開序幕。