網絡管理局下屬的特別研究小組迎來了一名新人，甫一加入就成爲小組組長。
“李鎮宇先生，你終於做出了正確的決定！”山木滿雄得意地伸出右手，和李鎮宇緊緊握在一起。
“我只是……想彌補當年犯下的錯誤。”李鎮宇語氣低沉。經歷東京之戰後，他返回香港，在理想與現實之間掙扎，原本想再也不介入數碼獸與人類之間的事情，直到網絡管理局通過巴別找到他。幾經波折，李鎮宇終於決定加入特別研究小組。他不希望，人類因爲自己當年所做的事情，一再面臨災難。
“的確如此，我可不想總是爲你們的錯誤收拾爛攤子。”山木滿雄滿不在乎地扭頭。
李鎮宇一一和特別研究小組的組員打招呼，巴別、科莉，還有一些新加入的研究員。
“既然數碼獸已經發展到難以遏制的程度，那麼就從根本上將它們消滅！徹底的，消滅~！”山木滿雄暗暗道。
因爲陸峰的早早出手，野生動物研究小組成員有一半已經歸入巴別之塔，特別研究小組的研究進度恐怕會比動畫中慢上很多。
李鎮宇一家回到日本，李建良也同時轉學到大阪都平野小學，李連杰、李嘉玲也重新踏足日本。隨李連杰同來的，還有毀滅龍獸與龍族少主……
如果這不是天意，那就必定是個陰謀。對於基爾獸表現出的神異，陸峰如此判斷。可究竟是來自哪一方的陰謀，就無從判斷了。
黑崎美樹、泉光子郎、大門大、野口鬱人、大門知香、愛麗絲、加門健太郎、基思·麥考伊，陸峰這次叫來的人着實不少。
“還是沒有找到牧野留美子的通關記錄嗎？”陸峰着急道。
基思搖頭，他黑進了美國出入境管理機構的內部資料庫，沒有絲毫髮現。
“或許對方是直接將留美子小姐帶走的，如果一路上都是數碼獸負責，不會留下絲毫記錄。”黑崎美樹提出了一個可能性更大的途徑。
“這樣一來，想要知道對方把牧野留美子藏在哪裡完全是不可能的，只能照着對方的吩咐去做了……”陸峰隱隱有些不安。
短短兩天裡，牧野留姬收到了數封電子郵件。有數碼VT公司的種種招攬與威脅，也有華原翔充滿革/命熱情的信件，在署名欄裡，陸峰看到了“梅克斯真理教”的名字。由此他才知道日本如今宗教形式的紛雜洶涌。
陸峰不明白的是，爲何彩羽尼奧如此希望牧野留姬加入數碼VT公司，用這樣的手段，他就不怕牧野留姬陽奉陰違，暗藏禍心？
“只是一個有點小聰明的小女孩，你爲什麼一定要得到她呢？”彩羽尼奧視察洛塞勒摩斯研究所時，倉田明宏提出了自己的疑惑。
彩羽尼奧沉默了一下，說道：“數碼VT公司需要新的明星，陽極馴獸師大賽的優勝者，數碼寶貝皇后，無疑是最好的選擇。”
“填補藤本秀人的空缺？不知道西格爾知道這件事後會不會有什麼想法！”倉田明宏惡意地笑着。
彩羽尼奧神色不虞，藤本秀人在托馬之後突然離去讓他大爲憤怒。所以纔想到要讓自家公司組織的比賽的冠軍來填補空缺。這幾天冷靜下來，他也察覺之前的想法錯漏百出。不過，彩羽尼奧很快又有了新的想法。
從意大利飛往日本的飛機上，三個美麗的女孩竊竊私語着。
金色的長髮波浪般起伏，白皙的皮膚如水晶般剔透，讓女孩純淨無暇，這是托馬的妹妹，莉莉娜·H·諾爾修坦。一直洋溢快樂的笑容，有着柔和的外表，卻透着幾分堅強的，是彩羽尼奧的妹妹，彩羽麗。還有同樣金髮飄揚，戴着紫色絨帽，身穿紫色線衣的織本泉，利落颯爽。
彩羽麗和莉莉娜在意大利遊玩時，因爲數碼獸在人類世界實體化而與織本泉相遇。兩女對織本泉的武裝進化非常感興趣，一來二去就成了好朋友。
在三女座位的對面，藤本秀人滿腹心事的坐着。他知道自己的離開會讓彩羽尼奧極爲生氣，不知道將會面臨怎樣的遭遇。在那之前，他離開數碼VT公司的目的，已經達到了，只要能和彩羽麗在一起，哪怕是片刻的寧靜也好。雖然很快，他們就將踏入下一個漩渦。
這次返回日本是織本泉的提議。織本泉一直爲陸峰對自己不理不睬耿耿於懷。上次超究極體與NEO之間的大戰，她只能焦急地在巴別之塔坐看，戰鬥結束後，也沒有人想起她。一氣之下，她徑直回了意大利。當然，這裡面最重要的原因還是織本泉的父母認爲日本最近比較動盪，爲了她的安全發出強力召喚技能。
陸峰與時空迷宮的事情一直神神秘秘，等這些告一段落，憑着和武之內素娜良好的關係得知陸峰的動向，頓時興沖沖和彩羽麗、莉莉娜相約返回日本。
“啊哈~~~~~~~~”被窗外的陽光驚醒，陸峰懶洋洋地起牀洗漱，每日一蹲。面對關着門的衛生間，陸峰重重地嘆了口氣。“”唉……
好不容易和武之內素娜單獨出來，還租了一間帶院子的房子。結果還沒住上一天就變成九個人的合租。連臥室都得和大門大分享，真是杯具。
“我追蹤到梅克斯真理教的地址了~！”一大早泉光子郎就有了最新發現，對於華原翔的追索，他當真是不遺餘力。超比多獸的仇恨，始終沒有在他心中淡去。
距離牧野留美子失蹤已經過去三天。松田啓人的班上出現了一名來自香港的轉校生，名叫李建良。中央公園附近也出現了小妖獸的蹤跡。雖然很多東西不一樣，但劇情的強大慣性依然整個故事的要素逐一湊齊。
叮咚……
門鈴響了。
是牧野留姬和妖狐獸。
聽到響動的大家都快速收拾東西，躲到庭院西邊的庫房裡。唯有大門大和野口鬱人兩個愣頭青不爲所動：“你們在做什麼？有客人來，怎麼不去迎接？”
大門知香包子臉瞬間閃現，揪着哥哥和野口鬱人，把他們拖進了庫房。
雖然不是什麼隱秘的事情，但一間房子裡住着九個小孩，會比較奇怪吧……
武之內素娜給牧野留姬兩人泡茶。在客廳，牧野留姬也注意到生活器具超乎尋常的多，但這不是她今天來的重點。
“我想知道，你的迷幻獸，究竟是什麼進化的！”牧野留姬冷冷道。開門見山，她獨自一人思索了三天，一無所得。牧野留美子的失蹤像座大山一樣壓在她身上。想來想去，只有一個方法：讓妖狐獸進化！進化到能夠打敗所有敵人的程度！
“進化~？”早已知道牧野留姬會問這個問題，她與妖狐獸之間，本就是以“進化”“變強”爲紐帶聯繫。“你的妖狐獸，是不可能進化的！”
“什麼！？”不僅牧野留姬，妖狐獸同樣被陸峰的話震驚到了，甚至露出強烈的殺意。
蓬~
紫色的數碼之魂爆裂開來，將妖狐獸的氣勢一掃而空。
“好強~！”妖狐獸重新坐回椅子。
“好好聽我說！”陸峰抿了一口花茶，“數碼獸要進化，有兩條途徑。一種是打敗強大的敵人，吸收對方的資料，當數據量達到一定程度，自然能夠進化。第二種，是激發‘心’的力量，爲了信念而戰鬥的時候，所爆發出來的力量是近乎無限的！但這兩條都有一個前提！”
“是什麼？”牧野留姬追問。
“數碼世界，或者說數碼獸的天道要允許它進化！”不想解釋數碼世界的複雜構成，陸峰選取了一個相近的描述。
深受中華文化影響的泥轟國子民對“天道”這個詞倒不是那麼陌生。“你的意思是……”
“數碼世界現在已經不允許數碼獸進化了。”
“那你的迷幻獸爲什麼能進化成古魯魯獸，甚至進化成究極體！？”牧野留姬啪得一聲站起來，她感覺自己被敷衍了。
“那當然是因爲……”十二顆紫色數碼核緩緩浮現，在熊熊數碼之魂中環繞陸峰沉浮。“…我的力量！”
“這是…釋迦獸！？不，完全不一樣……更像是，四聖獸？”妖狐獸雙眼圓睜，顯是是陷入了極度震驚。聽到妖狐獸的話語，陸峰亦是眉頭微挑，她居然知道釋迦獸和四聖獸？
“現在想要進化，只有得到能夠替代‘進化’的力量。”十二顆數碼核分開，其中一顆飛出，停在牧野留姬面前。
“這是給我的？”牧野留姬詫異地看着眼前散發熒光的數碼核。
陸峰點頭，因爲彩羽尼奧和華原翔的介入，牧野留姬需要力量自保。期望她按照劇情一樣瞭解“夥伴”的意義太慢，從結果看，也不會比直接獲得力量強。