“究極的毀滅日！他們不會知道，要發動究極的毀滅日根本無需收集齊全所有的CodeCrown。只要這些CodeCrown全部出現就可以了，CodeCrown與CodeCrown之間有着強烈的吸引，它們會自然靠攏融合，最終誕生新的數碼世界！”鏗的一聲，暗黑騎士獸拔起蛇鐵封神丸，“從一開始，究極的毀滅日的發生就無人能夠阻止！這宿命的時刻已經到來，接下來，就看我如何登上頂峰，開創那死與黑暗的和平吧！”
“是，主人~！”單膝跪地的魔女音音****地擡頭。追隨暗黑騎士獸撕裂zone壁障跨入時空夾縫之中。
而在時空夾縫的另一端，莉莉絲獸躲入漂流在時空亂流中的巨大巢穴中。這是她的忠實部下阿卡迪獸的巢穴。工藤大器就曾在進行zone移動時遭遇過阿卡迪獸截殺，若不是恰好遇上同樣在時空亂流中漂流的賢者獸恐怕就要命喪於此。但此時阿卡迪獸正在全力對抗追殺而至的莫斯提獸，莉莉絲獸決定立刻返回大魔殿，若是等到暴君天使獸·天國形態也過來，她就走不了了。
忽然，龐大的巢穴劇烈震動，時空彼端的異變強烈影響到數碼世界的每一個角落。
“這難道是？！”莉莉絲獸性奮地仰望時空彼端，儘管她什麼都看不到，卻能肯定一定是巴古拉獸做了什麼。再也不管阿卡迪獸死活，莉莉絲獸直接利用巢穴裡的設施返回了大魔殿。
當暴君天使獸·天國形態趕來與莫斯提獸聯手殺死阿卡迪獸時，它們面對的不再是混沌不堪的時空亂流，而是一片虛無的世界……
踏出王座之間的巴古拉獸漠然出手，世界樹靈木構成的粗壯右臂輕易刺穿zone壁障，無視時空阻隔瞬息貫入EruesutonZone。
“可惡！居然在這個時候……”陸峰避之不及，他正處於壓制美樹原諾倫最後反抗的關鍵時刻。就見一隻巨手刺入小數之門虛影中，順着貫穿虛空的數據通道，一舉探入天穹！
發育完成不久的網絡世界、人類各國聯合打造的人類防禦計劃彷彿根本不存在一般，被巴古拉獸輕易突破。
白骨色的右臂越來越粗，短短數秒畸形發育成上百米的詭異天柱，竟將作爲通道和道標的小數之門擠爆，讓陸峰壓力陡增。
在人類看不到的外太空，網絡世界的虛擬存在之處，一隻遮天巨手蓋壓地球而來，那恐怖的手掌陰影覆蓋大半個東亞！
瞬間黑下來的天空幾乎讓人類六分之一的人口以爲發生了日食！
“到了！”巴古拉獸眼中流露刺目精芒，“抓到你了，人類世界！看好吧，反叛的人類們！今天就是迎接D5之日，是諸位故鄉的終焉之日。此端，彼端，讓這個兩個世界都在灰燼中重生吧！”
“休想！”陸峰一聲爆喝，剩下兩座網絡世界的小數之門如山洪暴發，無盡的數據交織成束試圖捆綁巴古拉獸的遮天巨手。
“沒用的！”巴古拉獸冷淡道，它左肩上始終沉默的時鐘獸猛然散發一股奇異的波動，這波動無知無覺，卻瞬間影響整個網絡世界世界，甚至現實世界——整個人類世界的時間在這一刻被凍結了！！
此時地球上，唯有少數與數碼獸緊密聯繫的人能保持清醒。香港，陸峰的公司裡察覺到網絡世界中小數之門異常，正加緊調派人手，用近乎掠奪的方式從網絡世界席捲數據資料爲小數之門功能的齒輪獸赫然發現網絡世界突然停擺，數據交換在一瞬間歸零。
牧野留姬、華原翔、八神太一、藤本秀人、托馬、大門大獸、野口鬱人、一乘寺賢、井上京、神原拓也、彩羽麗……還有分散在世界各地被選召的孩子們同時發現世界的異常，被巴古拉獸與時鐘獸的力量雙重影響下的現實世界彷彿被石化一般，一片死寂。
如此大的變故，數碼世界裡的強者當然也感受到了，只是有能力馬上趕到這裡的少之又少。暴君天使獸·天國形態與莫斯提獸、暗黑騎士獸與陰影獸、普路託獸、生化蓮花獸，以及剩餘的幾位死亡指揮官相繼趕來。
“爲什麼不在一開始就組織它！？”發現事情比之前預想得還要麻煩的生化蓮花獸有點生氣地質問陸峰。
暗黑騎士獸踏前一步：“當然是因爲他現在根本沒有能力出手！”
彷彿是爲了證實暗黑騎士獸的話，大魔殿中一顆散發着無窮怨恨、不甘、詛咒氣息的黑暗石自動飛出落入巴古拉獸掌心。
“靈魂與死亡，這纔是這個世界最終的歸宿。”巴古拉獸說完，所有人都感覺到一股異樣的波動直衝陸峰而去，一枚金黃耀眼的璀璨菱形體自動浮現。
兩枚晶石之間存在着無形的聯動，雖然黃金晶石更加光明耀眼，但體積明顯比黑暗石小了一圈，波動也不如黑暗石強大。原來從一開始陸峰就在CodeCrown權能上與巴古拉獸拉鋸。巴古拉軍統治的zone更多，權能更強，靠着對權能本身的瞭解、曾經創世的經驗與“修改”的能力，陸峰也只能勉力保證黃金晶石不被黑暗石吞噬。
若是瑪爾斯獸在場就能看到，波動中的黑暗石與黃金晶體並非靜立不動地互相抗衡，而是在對方影響下不斷崩解與重鑄。被對方侵染粉碎而自身崩解，衝擊對方奪取權能重鑄自身，兩者正處於一個極脆弱的動態平衡中。
然而很快，平衡被打破了！
從時空亂流中飛來的莉莉絲爲巴古拉獸帶來了8枚CodeCrown。她駕駛着阿卡迪獸的巢穴，路過BlueFlare統治區時來了一把天降隕石，打了蒼沼切羽一個措手不及，加上他一人本就很難對抗爆發起來甚至能直接撕裂zone的莉莉絲獸。突襲之下巢穴幾乎把藍軍本部砸成廢墟，加上黑暗石的影響，蒼沼切羽X-Loader裡的CodeCrown全部飛出，蒼沼切羽雖然反應很快卻還是被莉莉絲獸搶走大半。
這成了壓垮陸峰的狠狠一棒，平衡一旦被打破接下來就是土崩瓦解！黃金晶體瞬息崩解，順着無形通路附着在黑暗石上。黑暗石體積立即增大一倍不止，菱形體上長出上下對稱的八根尖刺，看起來詭秘無比。受此影響，分散在工藤大器、美樹原諾倫、莫斯提獸手中的幾枚CodeCrown自動飛來，與黑暗石融爲一體——真正的完整的黑暗石（DarknessStone）完成了。
巴古拉獸已經掌握了整個數碼世界的權柄！
此時的巴古拉獸不僅能夠隨心所欲的毀滅創造世界，更擁有了無窮無盡可以自我修復的無敵身軀。這個時代，巴古拉獸是當之無愧的最強者！
“於此，這纔是吾真正的姿態——皇帝巴古拉獸！”巴古拉獸的身軀逐漸膨脹，蒼白的披風下灰色羽翼張開，那是它曾經大天使的標誌。世界樹靈木的身軀下木質突出盤虯臥龍般結成與羽翼相對的木翅，看起來就像是自白骨地獄中走來。體型的變化代表力量的不斷拔高，皇帝巴古拉獸正在一步步突破數碼獸的固有極限！
隨着時間推移，感覺到數碼世界劇變的其他強者也陸續趕來。冥王普路託獸、瑪爾斯獸、帝皇悟空獸、救星漢克獸……
“不能讓皇帝巴古拉獸這樣的人得逞！”莫斯提獸的話彷彿進攻的號角。暴君天使獸·天國形態、普路託獸它們一擁而上與四位死亡指揮官戰成一團。莉莉絲獸、暗黑騎士獸與魔女音音甚至只是站在一旁觀戰。
“可惡，我們也去吧！”高吼獸大叫道。雖然實力不足，工藤大器還是發動數碼組合帶着高吼獸X4衝向戰場。
莉莉絲獸聞風而動：“可不能讓你壞了陛下的好事！猩紅血爪（NazarNail）！！”
“可惡！”陸峰心中一聲冷哼，斷掉與小數之門的聯繫，放棄與巴古拉獸的巨手在虛空中糾纏，那樣他花費的精力和力量要遠遠多於皇帝巴古拉獸，效果卻是極差。加上在黑暗石的爭奪上已經敗北，陸峰乾脆集中精力鎮壓封印光輝創造之刃。
就見三座來自網絡世界的小數之門虛影消散，剩餘的四座小數之門迸發出最宏大的數據洪流，如天河貫通。美樹原諾倫最後的掙扎漸漸微弱，原本密密麻麻於光輝與創造之刃外掛滿的可能性世界層層枯萎，最終破滅消散。
光輝與創造之刃的光芒很快暗淡，恢復原本平平無奇的柱子模樣。曾經主宰數碼世界無數年，掀起過無數波濤。方舟計劃、一體三分的恆常性、NEO、調停者、世界樹·7D6……這一切終於成爲歷史遺物，今天，世界樹伊古德拉希爾最後的痕跡與野心，都隨着美樹原諾倫的覆滅而徹底消失。