在帝國陸軍第1集團軍正隔着筑後川同日軍進行激烈炮戰的時候，帝國海軍和海軍陸戰隊，正在聯手策劃攻陷日本海軍的重要基地——佐世保海軍基地的計劃。
佐世保海軍基地自1883年時，第二丁卯艦艦長東鄉平八郎入港勘測後，便逐漸被視爲一座重要的軍港，從原本江戶時代的小漁村發展成日本帝國海軍的作戰基地及造船設施。1889年時在此設置了“佐世保鎮守府”，使佐世保成爲西日本的防禦重心、以及對亞洲大陸的出兵據地。1905年的對馬海峽戰役中，已成爲大將的東鄉指揮聯合艦隊從本港出動，並擊敗了俄羅斯帝國的波羅的海艦隊。
在和中華帝國對抗期間，佐世保海軍基地也是日本海軍聯合艦隊的常駐港口。特別是中華帝國幫助琉球王國重建，使得那霸港成爲了中華帝國海軍太平洋艦隊的母港之後，日本面臨的威脅更大，這使得日本海軍大半的戰艦，都部署在了佐世保海軍基地，爲的就是能夠和中國海軍對抗，在戰爭爆發的第一時間就能夠出港和中國海軍作戰。
另外，從佐世保海軍基地出發，能夠直接進入東海，或者北上通過朝鮮海峽進入鯨海。威脅中華帝國的沿海地區或者海上運輸線，十分的便利。
在這一次同中國海軍的決戰之中，日本海軍聯合艦隊的主力，也是從佐世保海軍基地出發的。雖然，日本海軍的主力已經幾近被中國海軍殲滅。但是，在佐世保軍港內，日本海軍還部署了幾艘輕巡洋艦和十多艘驅逐艦的。如果這些輕巡洋艦和驅逐艦不顧一切衝出軍港，殺入帝國沿海的話，對帝國的海上運輸線也會造成嚴重的威脅的。另外，佐世保軍港的存在，也牽制了帝國海軍不少的力量。如果能夠一舉將佐世保海軍基地給摧毀的話，那麼，帝國海軍就可以將這些戰艦都抽調出來，用於封鎖日本了。
進攻佐世保的計劃，主要是由帝國海軍和海軍陸戰隊第3師來完成的。海軍抽調了三艘‘三皇級’戰列艦，加上一票重巡、輕巡和驅逐艦，組成了一支艦隊，專門用來對付佐世保海軍基地的岸防工事。即便，佐世保海軍基地有完備的岸防設施，但帝國海軍的‘三皇級’戰列艦的410毫米主炮，同樣能夠將這些岸防工事給砸開的。另外，帝國海軍的‘三皇級’戰列艦的防禦比較強悍，即便是在激烈的炮戰當中被日軍的岸防炮擊中，也無傷大雅，不會造成致命的傷害的。因此，用‘三皇級’戰列艦來對付佐世保海軍基地，那無疑是最合適的。當然，如果海軍陸戰隊第3師能夠從側後發起攻擊，一舉拿下佐世保海軍基地的話，那就更好了。這樣的話，也就不至於讓帝國海軍最新銳的戰艦去冒險了。
黃帝紀元4621年9月6日，帝國海軍陸戰隊第3師已經推進到了佐世保海軍基地的後方了。海軍陸戰隊第3師的偵察營，甚至已經摸到了距離佐世保海軍基地僅僅一公里的日軍防線上了。
日軍在佐世保海軍基地，部署了一個海軍陸戰隊大隊，另外還有日軍第十八師團的一個旅團，總兵力八千多人。另外，在佐世保海軍基地，還駐紮了一支岸防炮部隊，負責操縱海軍基地裡面的岸防炮來對付海面上的目標。如果加上滯留在佐世保海軍基地裡面的海軍官兵的話，整個基地一共有一萬多名官兵。當然，這其中真正具備戰鬥力的，就只有日本陸軍第十八師團的一個旅團，以及海軍陸戰隊的那個大隊了。而他們要面對的，則是帝國海軍陸戰隊第3師，一個整編的海軍陸戰師，一共一萬八千餘人。在兵力上，帝國海軍陸戰隊還是佔據了決定性的優勢的。另外，帝國海軍陸戰隊還能夠得到海軍的大口徑艦炮的支援。以至於帝國海軍陸戰隊能夠在戰鬥當中，進一步的佔據優勢。
9月6日上午，帝國海軍進入到了距離佐世保海軍基地不過十餘公里的海面上。在這個距離上，帝國海軍的三艘‘三皇級’戰列艦，完全可以用大口徑的主炮對佐世保海軍基地進行炮擊。當然，日本海軍的岸防炮，也能夠打到這裡來。只是，能否擊中在海面上高速移動的帝國海軍的戰列艦，這就很難說了。
在日本海軍戰敗之後，日本海軍聯合艦隊參謀長岡田啓介中將下令在佐世保海軍基地外圍海域，部署了大量的水雷的。爲了清除這些水雷，帝國海軍調集了十餘艘的掃雷艇，經過了三天的努力，才清掃出了一條安全的航道的。即便帝國海軍的‘三皇級’戰列艦防禦力強悍，但如果碰上了水雷的話，損失也會比較慘重的。因此，帝國海軍的‘三皇級’戰列艦，在對佐世保海軍基地炮擊當中，需要極力避免進入這些水雷密佈的海域。
“轟！轟！轟！”上午9點，帝國海軍的‘伏羲’號戰列艦首先開始了炮擊。三座三聯裝410毫米主炮，向佐世保海軍基地傾斜炮彈。十幾秒鐘之後，炮彈落入了佐世保海軍基地內，發生了震天的爆炸。
“參謀長閣下，我們遭到了炮擊。是支那海軍正在用強大的戰列艦炮擊我們！”一個參謀軍官神色慌張的向岡田啓介中將報告。
“可惡！命令岸防炮，立刻還擊。”岡田啓介中將立刻命令道。
用水雷阻斷航道，在用岸防炮封鎖附近海面，成爲了日本海軍聯合艦隊唯一能夠保護自身的戰術了。但是，現在中國海軍居然又殺來了，這無疑讓岡田啓介中將感受到了危機似乎來臨了一樣。
“嗨！參謀長閣下。”參謀軍官點了點頭。
幾分鐘之後，日本海軍的那些岸防炮，開始了炮擊。這些岸防炮，有305毫米的，也有280毫米，254毫米或者210毫米的。大大小小，一共有四五十門。這也是在日本海軍面對中國海軍失去了優勢之後，才加強到佐世保海軍基地的。就是爲了在海軍失利之後，他們還能夠利用這些岸防炮，保衛佐世保海軍基地。
不過，在帝國海軍下定決心也拿下佐世保之後，日本海軍的這些努力，就顯得有些微不足道了。
“轟！”一枚410毫米穿甲彈，擊中了日本海軍的一座炮臺。厚達一米多的鋼筋水泥澆築的炮臺，也沒有能夠抵擋住重達一噸多的410毫米穿甲彈。穿甲彈擊穿了炮臺的防禦，在炮臺內部爆炸。劇烈的爆炸，直接將這個炮臺炸的四分五裂，裡面的炮兵盡數被撕成了碎片，那門280毫米岸防炮，也被摧毀了。
日本海軍的岸防炮的炮臺，在防禦上，幾乎都是無法抵禦帝國海軍的410毫米主炮的，一旦被410毫米穿甲彈擊中，往往就只有一條路，那就是被徹底的摧毀。
不過，日本海軍的岸防炮，還是在盡力還擊。但是，他們想要擊中在海面上快速移動的戰艦，可不是那麼容易的事。絕大部分的炮彈都落到了海面上，濺起了一道道的沖天水柱，除此之外，再沒有其他的作用了。
在帝國海軍猛烈炮擊佐世保海軍基地的時候，帝國海軍陸戰隊第3師，也從佐世保海軍基地北面，猛烈進攻日本陸軍和海軍陸戰隊的防線。
或許是日本人重來就沒有想到過佐世保海軍基地會面臨來自於陸地方向的進攻。所以，他們的防禦，幾乎都是針對海上的。這就導致日本陸軍和海軍陸戰隊，面對帝國海軍陸戰隊第3師的進攻的時候，沒有多少防禦工事可以依賴，更多的則只能夠是硬抗。
日本海軍陸戰隊和陸軍，在戰鬥力上，本來就不是帝國海軍陸戰隊的對手。更何況，帝國海軍還抽調了兩艘重巡洋艦，專門爲他們提供炮火支援。日本陸軍和海軍陸戰隊，在帝國海軍的重巡洋艦的炮擊下，損失極其慘重，根本就無法抵擋帝國海軍陸戰隊的進攻。
激烈的戰鬥，進行了不到一天的時間，帝國海軍陸戰隊第3師就攻破了日軍的防線，攻入了佐世保海軍基地內。與此同時，日本海軍在佐世保周圍的岸防炮，也會摧毀了大半了。停泊在軍港內的那些輕巡洋艦和驅逐艦，更是遭受了滅頂之災。
在這樣的情況下，日本人還能夠堅持多久呢？
當天傍晚，帝國海軍陸戰隊第3師攻下了日本海軍聯合艦隊司令部。日本海軍聯合艦隊參謀長岡田啓介中將在戰鬥當中被亂槍打死。隨後，帝國海軍陸戰隊從陸地上攻下了日本海軍的那些岸防炮陣地，徹底的清除了日軍的那些抵抗力量，佔領了整個佐世保海軍基地。
佐世保海軍基地的陷落，代表着日本海軍聯合艦隊自此已經被全部殲滅了。同時，整個九州島西部，日軍也沒有什麼像樣的抵抗力量了。如果帝國陸軍第1集團軍能夠在久留米會戰當中打敗日軍的話，整個九州島落入帝國的手中，那就是沒有什麼疑問的了。(。)