爲了苟延殘喘，除過格利德之外，其它人造人的賢者之石全部被他們尊敬的父親大人——瓶中小人所吞噬。
而沒有了人造人的牽制，艦娘們的攻勢更加猛烈，妄想長生不老，卻不知被瓶中小人利用的那些腐朽的軍隊高層更是兵敗如山倒，隨着大總統人造人拉斯被瓶中小人吞掉而陣亡，剩下的殘黨也樹倒猢猻散。
“你們只是卑微而渺小的人類而已……只是區區人類，都給我去死吧！”瓶中小人困獸猶鬥，彷彿發了瘋的野狗似的，瘋狂地攻擊着周圍的一切。
似乎因爲重新吸納了恩維（嫉妒）、拉斯（憤怒）、普萊德（傲慢），這些情緒瘋狂地在他的體內滋生出來。
他所有的攻擊被琴美、愛德華、阿爾馮斯、伊茲米、霍恩海姆以及一干國家鍊金術師盡皆攔下，艦娘猛烈地火力傾瀉在了他的身上。
修復的速度，已經漸漸趕不上他所受到的傷害，瘋狂也讓他失去了冷靜，破綻百出。
“呃……”
艦孃的火力一停，瓶中小人的動作忽然一滯，低頭看去，一隻手穿過了它的胸膛，鮮紅的賢者之石被那隻手握住。
它感覺到自己的生命正在流失。
“賢者之石……我的賢者之石……”
瓶中小人擡起手，抓向賢者之石，可是還沒碰到賢者之石，他的手就已經化爲塵埃，煙消雲散。
他的眼睛緊緊地盯着賢者之石，直到最後，他的嘴裡也一直呢喃着“賢者之石”。
“真是醜陋啊。”被俘虜的金普利，冷漠地望着瓶中小人。
他見識過人造人的強大，知道人造人的國土煉成陣的計劃，也看到了最後人造人的敗亡。他看到了瓶中小人的無所不能，也看到了瓶中小人此刻那苟延殘喘而不得的可憐模樣。
阿虛收起了瓶中小人的賢者之石，一切塵埃落定，琴美將地面恢復原狀，羅伊也開始接手戰後的工作。
大總統是人造人的事情，對普通人來說太過震撼，說出去怕引起新的混亂。況且現在大總統已經死了，於是羅伊索性就宣佈大總統是在跟人造人反動派的鬥爭中力戰而死。
羅伊接任大總統之後，將重建和整頓工作交給莉莎和自己的手下，然後就親自來找阿虛。
“你們究竟是誰？”羅伊非常嚴肅而慎重地跟阿虛交涉，阿虛等人的力量已經不是強大不強大了，只要阿虛願意，他能平推掉一個國家——至少羅伊根據目測，他們亞美斯多利斯是擋不住這羣怪物的。
雖然阿虛等人自稱是外國人，但是他纔不信，如果有哪個國家有這等強大的力量的話，那世界早就被統一了。
不過，不管阿虛等人究竟是什麼人，他需要了解阿虛等人的態度。如果對方入侵的話，他就準備考慮給自己以及跟隨他的手下還有這無數無辜的百姓謀個好出路——俗稱“帶路黨”，畢竟對方太強大了，跟這種戰爭兵器打，根本沒任何希望。
如果對方友善的話，他也得表示一下友善的態度，建立良好的外交關係，如果能得到對方的支援，那就再好不過了……愛德華雖然告訴他讓他別做夢了，但是他還是想嘗試一下。
“我不是說過了嗎？我們是SOS團。”阿虛看到羅伊已經猜出來，但是阿虛卻沒有正面回覆，微笑着說道，從本質上來說，他說的也沒錯。
他們不是來自某個國家，也不是某個世界，他們就是SOS團！
“需要我們幫你們建立宗教嗎？當成國教也未嘗不可。”羅伊望着司令部的廢墟，對阿虛別有所指地問道。
在國土煉成陣啓動之後，他也經歷了同樣的事情，最後也看到了一個奇怪的圖標。他記得阿虛等人曾經說過自己是SOS團，於是立刻就聯想到了阿虛等人。擁有強大的力量，突然出現在了這個國家，不求酬勞，不畏辛苦，拯救世界——這不正是那些宗教神話的老套路嗎？
儘管他的猜測從本質上來看，似乎並沒什麼問題，涼宮春日和真理可都是貨真價實的世界本源，對於世界來說，就是神。
可是阿虛卻搖了搖頭，拒絕了羅伊的提議：“不需要。”說完之後，頓了一下，阿虛笑道：“SOS團，可不是這麼好加入的。”
不過SOS團可以在其他方面跟他們合作，然後阿虛將SOS團的財務部部長派去跟羅伊進行詳細交流。
財務部部長這是阿虛十秒鐘之前纔剛拍屁股決定出來的職位，由鶴屋兼任——畢竟鶴屋財團就是SOS團的金庫，鶴屋財團的實力跟SOS團活動資金水平有密切相關的聯繫。
鍊金術能煉成金子，可是卻無法煉成一個完整的貿易體系出來，阿虛正是準備打通兩個世界的貿易關係，實現真正意義上的位面商人，以交流推動科技進程——此時雖然落後，但是有SOS團世界作爲金大腿來推動的話，這個擁有鍊金術的世界的科技發展應該會突飛猛進。
而這個世界隸屬於SOS團，它的強大就是SOS團的強大。
“最後問一句，你們爲什麼要來我們這裡？”雙方確定了合作關係之後，羅伊放下心，臨走前問了一句，又怕引起阿虛地不滿，他又補充道：“當然，我只是隨便問問，如果有什麼不能說的，那就算了。”
阿虛拍了拍羅伊的肩膀，沉聲道：“不要把自己太當回事，我們只是迷路，意外來到了這裡而已……”
羅伊點了根菸，四十五度角斜望天空，一臉“不要跟我說話”的表情。
戰鬥結束之後，愛德華以自己爲能源，再一次施展了人體煉成，打開了真理之門。
不過，出現在他面前的場面，跟曾經所看到的差距太大了。
儘管還是那個一片白色的未知空間，可是背後的那堵莊嚴肅穆地真理之門，變成了一個五顏六色的寫着“SOS團”的不明標誌。
而那個自稱爲真理的虛無的傢伙，此時卻是一個熟人的模樣——涼宮春日，儘管只有不到三十釐米的大小，愛德華記得這個好像是阿虛的女兒？
“你是誰？”愛德華愣了半天，嘴角抽動了好幾下，才問出來。
“我是被你們稱之爲世界的存在，或曰宇宙，或曰神……”熟悉的開場白，可是卻讓愛德華有種想要吐血的衝動。
難道說，阿虛是真理她爹？
一個荒謬的猜測不停在愛德華的腦海中徘徊。
“好了，我知道你想要幹什麼了。有人給過我代價了，你帶你的弟弟回去吧。”真理揮揮小手，對愛德華不耐煩地說道。
“不！我和我弟弟約定過，不利用他人，絕對要用自己的力量找回我們的身體！”愛德華出言制止了真理。
“既然這樣，那用你的節操吧。用你全部的節操，也足夠換回你弟弟和你自己的身體了。”真理坐在一個跟她身材相符的椅子上，手中還像模像樣地拿着一張紙，跟愛德華討論着。
愛德華總感覺非常非常重要的東西即將離自己而去，於是又趕忙制止：“這個！用這個！”愛德華拍着自己身後的真理之門，“這是我的真理之門，怎麼用，應該我說了算吧！我們因爲看過了這個失去了身體，作爲等價交換，那就用這個換回我們的身體！”
真理擡起頭，嚴肅道：“你確信？沒有了真理之門，你將再也無法使用鍊金術！你願意回到普通人嗎？”可是可能是現在有了形態，再怎麼表現嚴肅，都顯得很逗比。
愛德華微微一笑：“我們，本來就是個普通人啊！”
“你真的不想用自己的節操來換嗎？”真理再三確認，似乎不拿走愛德華的節操誓不罷休。
愛德華道：“雖然不知道你想拿走什麼，但是我的直覺告訴我，節操比真理更重要。”
“可是你的真理之門只足夠換會你弟弟的身體。”真理提醒愛德華。
“足夠了，這就足夠了。”愛德華拍拍自己的機械義肢，笑道，“如果沒有這些的話，某個人會寂寞的。”
“你贏了，鍊金術師。”
愛德華以自己的真理之門爲代價取回了阿爾馮斯的身體，溫莉哭成了淚人，周圍的朋友都在爲他們兄弟而祝福。他看了眼遠處的阿虛，以及跟阿虛站在一起的小涼宮，他對他們感激地深深點了點頭，輕聲說了聲謝謝。
霍恩海姆來找過阿虛，似乎已經知道了阿虛的來歷，讓阿虛抽走了他體內的賢者之石，最後只留下他一人份的能量。
“人人都想得到長生不老，你卻棄之如敝履。”
“如果看着朋友，自己心愛的人，一個個在自己之前老去、死亡，而自己卻永遠死不了，對我而言，這是地獄。”霍恩海姆傷感地說着。
如果只留下他一人份的靈魂，他很快就會死亡，因爲他的靈魂早就應該在幾百年前就死去的。
霍恩海姆一心求死，同時也希望在他體內的大家的靈魂得到解脫，於是希望阿虛能拿走它。
阿虛答應了霍恩海姆的請求，拿走了他的賢者之石之後，霍恩海姆沒有跟愛德華和阿爾馮斯告別，一個人悄悄地離開。
最後，被溫莉的奶奶發現，霍恩海姆一臉幸福地死在了他的妻子特蕾莎·艾爾利克的墓前。