在原著中，eva三號機在舊版裡是由鈴原東治駕駛，新劇場版裡是由第二位‘女’主明日香駕駛，但無論是哪個版本最後的結局都是三號機被第十三使徒霰天使侵蝕失控暴走，在初號機阻攔三號機時碇真嗣因爲下不去手被碇源堂強行奪去了‘操’控權，最後擊毀三號機，並將駕駛員重傷。
不過這次三號機移‘交’過來的時間比之前早了很多，按照使徒出現的順序，恐怕這次霞天使還來不及侵蝕三號機。
在第四使徒晝天使被擊敗後，衆人又迎來了短暫的一段和平時間，這期間碇源堂像原著一樣演了一場戲……。
當天，零號機失控，駕駛艙被彈出到高空最後墜落，碇源堂奮不顧身的強忍着高溫用手開啓了駕駛艙的艙‘門’帶出了凌‘波’麗，將手燙傷，最後被碇真嗣知道，讓碇真嗣對自己父親與凌‘波’麗的關係產生了好奇。
碇源堂這麼做不難看出是故意爲之，要知道，碇源堂的心中只有自己的妻子碇唯，原著裡的凌‘波’麗第一個複製體可是被碇源堂當做工具來對付赤木直子，碇源堂故意讓凌‘波’麗‘激’怒赤木直子，而後赤木直子發怒失手殺死“第一個”凌‘波’麗，最後被迫自殺了，而現在的凌‘波’麗第二個複製體，所以以碇源堂的‘性’格是根本不會在乎凌‘波’麗的死活，而且最初時凌‘波’麗已經重傷，行動都困難，碇源堂還是毫不猶豫的派她去初戰，還說出“又不是死了”這樣的話。這樣看來碇源堂救凌‘波’麗並突然表現出對她的關心就有原因了。
並且就在當晚，赤木律子剛好提起進入總部的身份卡更換，讓碇真嗣代爲轉‘交’凌‘波’麗，就是爲了讓兩人多多接觸。
“蘇羽，明天你能陪我一起去凌‘波’麗家嗎？”碇真嗣問道。
蘇羽果斷的搖了搖頭“抱歉，這次我就不陪你了，好事還是你一個人享受吧，不然的話我心裡也過意不去。”
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蘇羽的話‘弄’的本就單純的真嗣‘摸’不着頭腦，碇真嗣疑‘惑’的看着蘇羽，蘇羽搖了搖頭卻不再多說“明天你就知道了。”蘇羽說完這句話就開始和飲料，不再理真嗣，‘弄’得真嗣有些無奈。
第二天，碇真嗣一個人按照地址找到了凌‘波’麗的住所，一進屋，真嗣就被凌‘波’麗的家震驚了，這是怎樣的一個屋子啊，只有最簡單的‘牀’和桌椅，屋子非常凌‘亂’，房子也老舊，不少染血的繃帶掛在衣掛上。
碇真嗣進屋時凌‘波’麗還在洗澡，真嗣喊了兩聲沒有迴音，就自己進入了屋子，在看到桌上凌‘波’麗保留的碇源堂爲了救自己而壞掉的眼鏡時真嗣好奇的拿來呆在眼睛上。
也就在這個時候，凌‘波’麗已經洗完澡出來，在自己**而房間裡又突然出現一個男‘性’的情況下，凌‘波’麗仍然沒有絲毫的情緒‘波’動，只是默默地走向真嗣去拿碇源堂的眼睛，不愧是三無‘女’神、三無的始祖……。
帶着本就破損的眼鏡，碇真嗣看到突然出現的幾乎是****的凌‘波’麗突然變得不知所措，接着又看到凌‘波’麗竟然毫不避諱的走向自己，碇真嗣頓時緊張的向後退去，不慎被絆倒，而這時正好凌‘波’麗已經走到了碇真嗣的面前，二人直接躺在了一起，碇真嗣趴到了凌‘波’麗的身上。
這一刻，碇真嗣終於明白蘇羽說的讓他一個人享受的“好事”是什麼了……。
“他怎麼可能提前知道？”這是碇真嗣此刻心中所想……。
………
過了一段時間，雷天使來襲，雷天使是個巨大的菱形的立方體，成藍‘色’半透明，就像一塊巨大的鑽石一樣，可以根據情況變換多種形態，是攻守兼備的空中要塞。可以以AT立場來防禦一切物理攻擊，之後立即使用加速粒子炮進行反擊使得EVA根本無法近身作戰。
由於給蘇羽準備的三號機還沒有運來，所以這次依舊是由碇真嗣駕駛初號機出戰。
“初號機，發‘射’！”
葛城美里一聲令下，初號機由彈‘射’軌道開始了彈‘射’，就在初號機即將接近地面的時候……。
“報告，發現目標體內出現高熱能反應！”一位工作人員報告到。
“不好，將初號機撤回來！”葛城美里連忙下令。不過這時候已經來不及了，在初號機剛剛升到地面的一瞬間，雷天使鑽石一般的身體突然變形，一道加速粒子炮‘射’出，瞬間擊中初號機。
“啊……！”
碇真嗣痛苦的叫了起來，葛城美里連忙下令回收eva……。
初號機被擊潰後，身體下方變形出一根電鑽一樣的東西，然後一直向下鑽來。
指揮室裡的蘇羽看到這個雷天使是可以變形的雷天使，頓時確定了這時eva新劇場版中的劇情。
“看來計劃要改一改了……。”蘇羽自語道。
很快，爲了對抗雷天使，葛城美里製造屋島作戰計劃。
屋島作戰計劃就是集合全日本的電力供給eva專用的武器--陽電子炮上，以陽電子炮來擊潰雷天使。
爲讓EVA專用而改造自戰自研究室原型的武器。於迴旋加速部份產生正電子，利用磁力會聚併發‘射’。利用與目標構成物質中的電子產生反應時電子之間的湮滅來破壞目標，號稱擁有遠距離攻擊最大威力的武器。
這個計劃雖然有很大的可行‘性’，但風險也是極大，首先集合全日本的電力供給陽電子炮，這需要很長的時間，幾乎剛剛可以趕在雷天使突破指揮部最後裝甲前準備好。
而且集合全日本的電力也只能讓陽電子炮打出兩發，如果兩法無法擊潰雷天使，那就沒有時間再做準備了，可以說是破釜沉舟的計劃。
不過雖然赤木律子等人都認爲這個計劃有很大風險，但就當前情況來說也沒有更好的辦法了，所以衆人即使無奈也只能去做。
衆人都全力做着準備，碇真嗣和凌‘波’麗也在緊張的作者戰前的準備，碇真嗣面對着將自己秒殺的雷天使還是有些緊張。
“凌‘波’麗，你不害怕戰鬥嗎？”碇真嗣問道。
凌‘波’麗面無表情的搖了搖頭“駕駛eva就是我的一切了。”凌‘波’麗說完又看了看碇真嗣“放心，我會擋在你前面的。”
‘門’後，蘇羽聽着兩人的對話並沒有去打擾，搖了搖頭離開了，他也要去做準備……。
到了晚上，天已經完全黑了下來，陽電子炮的能量輸送才做好，全日本都停電了一天，只爲了供給陽電子炮的兩發炮彈。
初號機和零號機已經找好了狙擊位置待命，初號機‘操’控着巨大的陽電子炮趴在一個特製的巨大掩體中，而零號機則舉着一面巨型的盾牌，隨時準備保護初號機。