日期在手機屏幕中跳動，以二十四小時一格的速度。
盛夏祭結束之後，學園都市又恢復到了以往的平靜，享受暑假生活的人繼續享受着，在暑假補習班中奮鬥的人依舊在奮鬥者。不幸的上條當麻在桃花體質的加持下，在黴運與美色中仍舊沉淪着。
而御阪美琴和她的朋友們，也在一場場事件中不斷加深着友誼，體味着青春的味道與戰鬥的美妙。
直到一位拎着軍用防風鏡，有着一頭茶色短髮的少女在御阪美琴面前的出現。
御阪美琴那平靜的內心，掀起了滔天的波瀾！
軍用克隆體，御阪9982號！
亞雷斯塔針對御阪網絡散播至全球而準備的計劃早已被他廢止，但這不表示‘絕對能力者進化計劃’便被永久性凍結。
說到底，亞雷斯塔不過是整個事件的幕後黑手與推動者，並沒有實質性的參與到整個計劃之中。而在進行‘絕對能力者進化計劃’的木原幻生等人的眼中，他們便是計劃的一切，是這個計劃的最終獲益者。因此就算亞雷斯塔下令讓他們停止這個計劃，他們都不一定會真的執行！
亞雷斯塔也沒這麼做，他只是從整個計劃中抽身而出，並消去了他在計劃中存在的痕跡，而後便沒有了動作。
這也使得御阪美琴與御阪9982不期而遇，並在隨後得知了‘量產型能力者計劃’與從它的基礎上誕生的‘絕對能力者進化計劃’！
“一切殺戮的起源，都源自我在樋口製藥獻出的DNA圖譜，到頭來，錯的還是我！”
明亮的路燈下，街道旁一間電話亭中，御阪美琴看着屏幕上那不含任何感情的字眼，大腦卻是一陣陣的眩暈！
她清楚的感受到，在那些文字的下面，掩蓋着近一萬名少女的屍體，她們用沒有絲毫神采的瞳孔絕望且無助的看着她，用冰冷的目光一遍遍譴責着她！
那是她的複製人，也是她的妹妹們！
“品雨大學附屬DNA地圖解析研究所、磁氣異常研究所、西學醫療研究所、生化醫學研究細胞研究所、動研思考能力研究所……竟然有超過二十多所研究設施在參與此項實驗，在你們眼中，利益難道就真的比生命更重要嗎？好吧，我明白了，計劃必須終止，爲此哪怕雙手要沾染上你們的鮮血，我也在所不惜！”
御阪美琴目光冰冷的盯着屏幕上關於參與‘絕對能力者計劃’的研究設施的名稱，這一刻的她已不再是那個帶着孩子氣，貫徹着正義與善良的少女，而是一隻被怒火和自責吞噬了理智的野獸。
此時此刻御阪美琴的狀態若用一個詞來形容的話，那就是——黑化！
確定了研究設施的位置，黑化版御阪美琴施展能力，把身體化爲一個磁鐵，吸附在含有鋼筋結構的牆壁上，以飛檐走壁的方式向着研究設施的方向疾馳而去，不久之後，便來到了第一個目標——品雨大學附屬DNA地圖解析研究所之前！
緊接着，便是一道耀眼的雷光！
十億伏特電流順着一切能導電的物質在大樓內肆虐而過，一臺臺電腦被摧毀，一個個與電有關的儀器宣告壽命終結。而後，因承載不足強大能量而爆炸的導電體化作炙熱的能量流摧毀了附近的一切，桌椅、玻璃、地板……乃至牆壁！
剎那間，爆炸聲從大樓的第一層綿延至最後一層，刺耳的警報聲中，一道黑色煙柱出現在學園都市的夜空之下，被周圍建築物的燈光反射出一種不祥的顏色！
這一夜，學園都市中有六座建築遭到了襲擊。風紀委員聞訊而至，卻被告知是大樓自身原因。雖明眼人都看得出來這是人爲事件，但因當事人不予追究，最終不了了之。
而奔波了一夜的御阪美則拖着疲憊的身軀回到了宿舍，表面上擺出一副若無其事的樣子。白井黑子雖察覺到一絲異常，但見御阪沒有與她商量的意思，也就沒有過多追問。
就這樣，日子一天天的過去，襲擊事件也在每天夜裡持續發生着。御阪一次次的早出晚歸讓白井心中的不安越來越重，她已經把‘姐姐大人每天清晨纔回來’與‘襲擊事件每晚都在發生’隱約聯繫在了一起。
終於，在八月十九日這天到來之際，壓抑不住內心不安的白井瞞着姐姐大人，來到了佐天淚子的宿舍。
“我需要你的幫助！”
剛一見面，還未進門，白井便說出了自己的請求。
“白井同學，你怎麼了？”
佐天疑惑的眨着眼，白井是個輕易不求人的類型，在她的印象中，像現在這般在人面前彎腰祈求，這還是第一次！
白井也不進門，站在門口便開始從頭解釋起了原因：“姐姐大人有些異常……不，不是有些，從八月十五號那天起，姐姐大人便像換了一個人似的！雖然照常上着補習班，照常吃着愛吃的食物，但我感覺得到，姐姐大人的精神好像已經到了某種崩潰的邊緣！我怕再這樣下去，姐姐大人會承受不住，發生我們不期望發生的事情！”
“御阪同學的異常嗎？”
佐天低頭沉思道：“其實最近幾天我也感覺到了御阪同學的不對勁，但是卻不知道是什麼原因導致御阪同學變成這樣的。白井同學，你是御阪同學的室友，應該知道一些原因吧？”
聽到佐天的話，白井像是回憶到了什麼不好的事情，臉色有些發白：“姐姐大人從來沒向我提過此事，不過有一個猜想，在我腦海中揮之不去。那個猜想若是真的話，便是我最不想見到的，也是最可怕的一幕！”
佐天的臉色也變的嚴肅起來：“看來事情真的很棘手啊，不然你也不會來找我了！那個猜想，想必在你心中已有有了答案了吧……說吧，要我做什麼？”
“跟蹤姐姐大人！”
……
在四天內連續使用能力，並且休息的時間幾乎沒有，就算是超能力者也吃不消。在第五個夜晚來臨之際，透過賓館樓頂微弱的月光，帽檐下御阪美琴那憔悴的臉色隱約可見。
“不過，這一切都是值得的。只要在解決掉這兩所研究設施，絕對能力者的計劃便會瓦解，剩下那一萬人的性命，也會因此得救！”
壓低了帽檐，自言自語中的御阪美琴在回頭看了眼宿舍的方向後，目光在瞬間變得冰冷下來。而後從樓頂一躍而下，藉着電氣轉化的磁力牽引，向着僅剩的兩座研究設施之一的水穗機構病理解析研究所滑翔而去。
在她身後，佐天的身影一閃而過。
而此時的水穗機構病理研究所中，佈置完炸藥的芙蘭達·賽維倫正躺在堆積的如同小山般的人偶炸彈上，一邊打着滾，一邊幻想着如果那個入侵者選擇自己把守的這座設施的話，得來的報酬應該怎麼花才最好，絲毫不知道等會她將要面對的，是一個多麼強大的敵人！
而在那個敵人不遠處，還尾隨着另一個她難以戰勝的敵人！
半小時之後，水穗機構病理研究所附近發電風車逆行轉動，一陣電光繚繞中，御阪美琴從天而降！
不久之後，天空中一對白色羽翼化成花雨，在紛飛的花雨落下後，隱沒在其中的佐天的身影緩緩出現。環顧四周，沒有發現什麼異常，也進入了研究所的內部。
進入研究所，首先映入眼簾的是一段長長的通道。通道周圍空空蕩蕩的，原本放置着物體的地方，此時只留有物體存在的痕跡，再加上通道內壁蔓延到內部的黃色線條，讓人有一種進入陷阱之中的感覺。
看着眼前的景象，佐天不由皺了皺眉頭，心中暗道：“本應燈火通明此時卻沒有一個人存在的研究設施，空氣中殘留着的微不可查的火藥氣味，明顯新畫下的不知什麼用處的黃色線條。御阪同學，對我們，你到底隱藏着什麼？”
“轟~”
就在此時，通道盡頭爆炸聲傳來，打斷了佐天的思緒。
“火藥，爆炸，發電能力者與另外一人的AIM波動，這是戰鬥的味道！御阪同學難道在和誰交戰？”
一邊猜測着發生了什麼，一邊警惕着周圍的環境，佐天向着聲音傳來的方向迅速趕去，很快便來到了一處地下設施中。
爆炸的火光伴隨着濃煙與熱浪，電光霹靂霹靂作響，鋼鐵摩擦着地面的音調在空曠的空間內迴盪，加上時不時一閃而過的火線，這便是在走出通道後，呈現在佐天眼前的景象！
“嘛，真是危險又熱鬧的一幕啊！不過……御阪同學，你的力量連這種程度的敵人都應付不了了嗎？還是說，你在觀察着什麼？”
眼見御阪處於不利局面，佐天卻並沒有出手相助的打算，而是躲在暗處，一邊觀察着事態的發展，一邊尋找着與御阪戰鬥的敵人。
作爲御阪僅有的幾名好友之一，佐天深知御阪的實力遠非此刻表現的那麼孱弱。相較於此，還是尋找隱藏在暗處的敵人，繼而掌控主動權更好一些。
而很快的，她便從一根承重柱後面找到了敵人的存在——一位有着雪白肌膚，身形苗條且嬌小的金髮少女！