時間飛逝，轉瞬間幾十年過去了，鯀的兒子禹，在這幾十年的時間也長大了，而舜處死鯀之後，卻是給人族招致大禍。自從斬殺了鯀之後，人族舉族上下找不出一個治水能纔出來。
最終，舜不得已知曉，只好親自治水。雖說舜有大才，可卻在治理人族之上，而治水之事，舜卻是無法做出太好的成績。雖然爲了治水，舜每天忙得連睡覺的時間都沒有，可惜水患仍是頻頻爆發，舜顯然是無能爲力。
於是，洪荒中的水患越來越厲害，舉國皆受洪水之苦，更甚從前。人族收成一年比一年低，生活一年比一年苦，每次辛苦的勞作之後被洪水一衝刷便化作廢墟。
看着已經困窘不堪的人族，舜苦惱不已，只能召來衆臣商議。待衆臣到來之後，舜問道：“衆位卿家，如今人族已到生死存亡的時刻，爾等還有何策可治理水患？”
那曾舉薦鯀的大臣出班奏道：“共主容稟，鯀之子禹亦精通治水，且臣聽聞，禹因父鯀之死，歷年來苦苦鑽研治水之道，想必如今已是青出於藍而勝於藍。共主何不召他來一試，倘若覺得其法可平定水患，便讓他主理此次治水事務如何！”
舜聽了，心中有些黯然，鯀本也是人族中的一位聖賢，只可惜治水失利導致無數的人族死亡，迫於人族高層的壓力，舜不得不處死鯀來消除人族內部的佈滿。可以說鯀乃是死於自己手中，對此舜卻是不希望鯀的兒子走上他父親的後路，對此舜淡淡說道“鯀治水無功，他兒子又有何能？我看還是算了，衆位卿家還有何人選？”
衆人聽了，皆是沉默不語，舜見此，嘆息一聲，說道：“既然如此，容後再議吧。”說罷，便起身朝外走去。
衆位大臣見舜離去，便也各自散去。
舜回到自己的營帳，便開始靜靜的思考，想到自己當初迫於人族高層的壓力而將鯀殺死，心中一陣後悔，鯀可是人族之中對水患最有辦法的人，只可惜那些目光短淺之人隨意的干擾自己的決定，這才造成了鯀死去的原因，對此舜也是嘆息不已。
隨後又想到那位大臣推薦的禹，舜心中一定，若是大禹真有治水之才，自己必定讓啓用，讓他治理水患。
想到這裡，舜便命人前去打聽大禹的事蹟，也好看看他的品行究竟如何。若真的品行高尚，而且可以解決人族水患的問題，就算要了自己的命舜也決不搖頭。
舜命人打探禹的事蹟，之後不斷有人回報，報告的內容讓舜很是高興，一個品行高尚，更是心繫人族的賢能，若是能夠治水成功，自己定要傳位於他。於是下詔，命禹前來見駕！
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數日之後，人族人皇大帳，舜正坐在上方，下邊則是站着羣臣，此時，一個年輕人備受羣臣矚目。此人正是前來覲見的禹。
只見禹躬身向舜行禮了一禮，大聲道“微臣大禹，拜見共主，共主萬安！”
舜點點頭，示意禹免禮，然後說道“卿且平身！吾聞卿善治水，但不知卿有何策？”
禹聞言微微沉思片刻之後，方道“回共主之言，水往低處流，依臣之見，堵不如疏，治水當以疏通爲主！”
舜此時早已仿徨無計，如今聽聞禹有辦法，大喜過望，也不管是否可行，直接便說道“愛卿之計甚妙，吾欲讓卿主理治水大業，卿可願領？”
禹聞言忙跪倒於地拜道“臣願受領，誓要平定大水洪流，以慰我父在天之靈！”
禹堅定的聲音在大帳內響起，讓衆人爲之頷首，很顯然禹堅定地信心也得到了衆人的贊同。而就在這時，九天之外一道金光瞬間從天外落下，將大帳上方撕開一個大洞，一柄金黃色的神劍出現在衆人的面前。
神劍通體金黃，猶如赤金所鑄一般，金黃色的劍體上，劍身一面刻日月星辰，一面刻山川草木。劍柄一面書農耕畜養之術，一面書四海一統之策。這正是人族第三位聖皇軒轅的佩劍，軒轅神劍。
而在軒轅神劍倒插在禹的身旁之時，所有人都驚呆了，這是軒轅聖皇的寶劍，當年就連軒轅的傳人顓頊也沒有繼承此劍。後來軒轅飛昇火雲洞之後，此劍更是被軒轅帶走。而如今軒轅劍問世，豈不是意味着天上的聖皇也坐不住人族此時的慘狀了。
對此，舜急忙從上方的王座上走下來，向着軒轅劍躬身行禮。而其他的大臣就更不用說了，連舜都躬身行禮，他們全部跪倒在地，“參見軒轅聖皇，聖皇萬壽無疆。”
而軒轅神劍開始嗡嗡嗡的顫抖起來，很快一道淡金色的投影出現在衆人面前。金色的龍袍上繡着九條九爪金龍，無形的壓力讓衆多的大臣不由自主的低下頭。
軒轅的虛影出現後，掃了一眼舜跟四周的衆多大臣，隨後看向禹道“自今日起，本皇的軒轅神劍交由禹來掌管。禹，人族造次大劫雖爲天定，但亦有人暗中推波助瀾，以汝之修爲本不足以擊殺暗中之妖孽，但有了軒轅劍便不同了。他會讓你有着無上的力量，會助你完成治水的大業，汝可有能力接下此劍。”軒轅威嚴的聲音在大帳內響起。
禹的耳旁威嚴的聲音不斷地回想着，似乎在拷打禹的決心，很快禹的額頭上出現顆顆汗滴，口中的牙齒也是咬的咯咯作響，“禹定然不復聖皇衆望，斬殺妖魔，疏通河流，完成治水大業。”禹的聲音從一開始有些輕微的顫抖，到最後的堅定不移，右手牢牢地握住了手中的長劍。
“好，很好。禹，努力的治水吧！幫助人族度過此次困難，由我們幾個在天上看着，任誰也翻不起大浪來。”軒轅的虛影逐漸的黯淡，最終消失不見。
而禹看着手中的金黃色神劍，眼中閃過堅定不移的神色。
第二天，禹便得到人皇的認命，開始了治水的大業。只是治水不僅僅需要知識，還需要對地理位置的瞭解，如此禹便召集天下百姓前來協助。他視察河道，並檢討他的父親鯀治水失敗的原因，決定改革治水方法，變堵截爲疏導。後來禹更是親自翻山越嶺，淌河過川，拿着工具，從西向東，一路測度地形的高低，樹立標杆，規劃水道。
他帶領治水的民工，走遍各地，根據標杆，逢山開山，遇窪築堤，以疏通水道，引洪水入海。禹爲了治水，費盡腦筋，不怕勞苦，從來不敢休息。而禹在接任治水大業之時，便已經結婚了，而且只是跟妻子在一起幾天，就離開妻子，踏上治水的道路。
後來，他路過家聽到妻子生產，兒子呱呱墜地的聲音，都咬着牙沒有進家mén。第三次經過的時候，他的兒子啓正抱在母親懷裡，他已經懂得叫爸爸，揮動和禹打招呼，禹只是向妻兒揮了揮手，表示自己看到他們了，還是沒有停下來。
經過十三年的努力，他們開闢了無數的山，疏通了無數的河，修築了無數的堤壩，使天下的河川都流向大海，終於治水成功，根治了水患。
隨着禹的治水得法，水災竟然漸漸的平緩了下來。這時，妖族卻是耐不住，再次動了起來。
不過妖族的元老此刻都被女媧強行的約束在媧皇宮內不能外出，皆因在這些元老剛剛想要出手之時，便被雲揚的大手砸下來，若不是女媧及時的發現，妖族恐怕又要元氣大傷一次了。
而妖族的元老被約束在媧皇宮，那麼出手的自然是新一代的妖族了，而這新一代妖族的代表便是太古水猿巫支祁。只是衆人不知道他還有另一個身份，那就是他也是混世四猴之一的赤尻馬猴。
只是赤尻馬猴雖然本領不凡，但禹治水有道，變堵爲疏，每次赤尻馬猴費力發動大水之後，那些大水就直接王者低處流去，不論多大的大水都能迅速退去，無數次下來也把他給累得半死。
眼見人族慢慢的擺脫水災的侵襲。禹幾番施爲，終於惹怒了赤尻馬猴。於是赤尻馬猴心中衡量一番，便決定除掉禹，沒了他，人族又將陷入了黑暗的時期。