在所有人類的努力下，一個新的臨時政府被成立，一系列官員也陸續被選舉而出，人類重新開始過上有秩序的生活，勞動，生產，資源分配，一切都進行的井井有條，因爲方舟內擁有一個完整的生態循環系統，所以人類們不必擔憂給養的問題，他們可以安心的在方舟內生產後代，繁衍種族。
2988年，距離2012那個可怕的日子已經過去了將近百年的時光，人類已經完全將這裡當成了他們的家，人類成功繁衍出了下一代，第三代也即將出世，人類三百萬的人口已經逐漸上升到三百五十萬，雖然人類成功的延續了下去，但是並不代表着人類已經完全脫離了危險，方舟的容積有限，雖然現在還有很多的空間，可是，如果不盡快尋找到生命星球的話，方舟很快就會被填滿。
3500年，人類的人口翻倍，方舟內的空間接近極限。
3550年，方舟已經達到了容量極限，資源的分配開始成爲問題，人類又一次陷入危險之中。
3600年，人類的已經超出了方舟的上限，臨時政府在無奈之下只能下令將所有年老體弱的人類流放進宇宙空間，每個人只發放一套宇航服和十五分鐘的氧氣，一旦氧氣耗光，那麼也就是他們的死期。雖然手段殘忍，但是這確實讓人類能夠繁衍下去的唯一辦法了，依靠着這個血腥的辦法，人類的人口數量控制在了六百萬以內。
3857年，人類已經經過了多次繁衍，臨時政府雖然名義上是臨時，可是實際上卻早就成了正式的政府。
3900年，人類已經對於尋找生命星球不抱希望了，擁有生命的星球實在是太難尋找了，人類在將近一千年的時間裡經過了幾百個星系，但是卻沒有一顆行星適合人類居住，人類不得不感嘆地球的神奇，千萬億顆星球上惟獨只有地球能夠孕育生命，並且發展出了三大文明，雖然有兩大文明已經消失，但是畢竟還有人類保存了下來。
4000年了，方舟的主控制室內，一個頭發雪白但是皮膚卻是黃色的男人正悠閒地享受着服務員送來的美食。
這個人叫做楊牧，是方舟的第一百五十任艦長，同時也身兼臨時政府的最高統帥，雖然名頭很大，但是實際上這個活卻很輕鬆，在宇宙空間裡很少有大事件會發生，就算是隕石撞擊，只要不是行星級的超大隕石，論方舟的堅固程度來說就沒有大礙，而就算是遇到了那種巨型隕石，方舟也可以隨時開啓空間跳躍通道，可以說，除了黑洞之外，方舟在宇宙中幾乎沒有任何障礙。
“艦長，我們在六點鐘方向發現了大量的稀有鐵礦，採集艦已經準備就緒，隨時可以出動！”一名船員報告到。
“批准，打開艙門，採集時間設定爲一百小時，護航艦跟在採集艦的後面。”楊牧隨口命令道。
方舟外部，三扇艙門緩緩打開，如同航空母艦一般大小的採集艦發動了引擎駛出了方舟。
“一切正常，引擎輸出百分之七十，繼續保持中。”一名船員懶洋洋的說道，這種活雖然並不是很輕鬆，但是也算不上是很累，畢竟都是機器工作，他們所要做的僅僅是枯燥的等待而已。
“天啊，這個破地方，到處都是小隕石。”一名船員抱怨道，如拳頭鐵鍋一樣大小的隕石叮叮的在飛船外殼內敲幾個不停，很讓人心煩，護航艦雖然可以擊碎比較巨大的隕石，可是對於這種細小的隕石都無可奈何了，這也是這種工作令人討厭的地方之一。
“採集開始，三天之後開始返航，打開艙門，派出機器人。”一名艦長懶洋洋的說道，伸了一個懶腰躺在了靠椅上。
轟的一聲，採集艦降落，兩座艙門立刻打開，十幾輛如同坦克一樣機器人緩緩駛出，按照先前輸入的指令開始執行任務。
太空中，一架圓形的方舟靜靜地停在一顆小行星旁邊，因爲是平行的關係，所以從飛船內無法看到這顆小星球的全貌，可是如果從上往下看的話，就可以發現，這顆行星並非是是一個規則的原型，而是如同一個剛剛雕刻好的印章一樣，上面刻畫了許許多多令人看不懂的圖案，而星球的另一面卻如剝好的雞蛋一樣光滑，看起來無比的詭異，可惜方舟距離的實在太遠無法看清星球的全貌。
機器人巨大的鑽機深入地面，本來就很鬆軟的地面立刻被輕鬆的挖開，大量的礦石被挖掘出來。
雖然行星上忙碌的不可開交，但是採集艦的船艙內所有人卻都悠閒地在看着電視或者是玩着遊戲。
“報告，飛船遇到不明電磁干擾。”一名船員一下子坐了起來，兩隻眼睛死死的盯住了顯示屏幕。
“怎麼回事？立刻通知方舟，看看能不能聯繫上？”艦長也精神了起來，畢竟在這真空的宇宙中，失去了聯絡還是很危險的。
“沒事了，艦長，應該是剛剛宇宙射線的波動，這種情況之前也有，沒必要擔心。”船員看見儀器恢復正常了之後，也都鬆了一口氣。
“大驚小怪，我們還要在這裡帶上三天的時間呢，要是天天都這樣的話我的神經會受不了的。”艦長又悠閒地躺了下來，嘴裡不停地嘟噥着抱怨的話。
機器仍在工作着，巨大的機器人用他們鋒利的鑽頭將岩石打碎，然後通過運送軌道送進自己的身體裡。
咔吧一聲，一臺機器人的鑽頭報廢了，幾名工作人員立刻乘坐維修機器人開始進行維修，很快，機器人就又開始了工作，可是沒過幾分鐘，就又有機器人的鑽頭損壞了，在接下來的十分鐘內，所有的機器人鑽頭全部都報廢了。
“呼叫方舟，我們似乎遇到了一點情況，在礦石下面的硬度超乎了我們的想象，K型鑽頭已經無法讓機器人工作下去了，我們需要一批Y型合金鑽頭。”艦長對着通訊器說道。
“明白，半個小時後我會派人送過去的，並且我覺得這個地方似乎有些奇怪，命令你們的人不要亂跑，派出幾個人探查一下。”楊牧艦長對着幾名採集艦艦長命令道。
“知道了！”幾名艦長一起掛斷了通訊器，乘坐太空車離開了運輸艦。
機器人挖的坑並不是很深，所以幾名艦長很容易就下到了礦坑底部，令人驚奇的是，礦坑的底部和礦坑之上的材質並不一樣，一名艦長用手槍在礦坑底部掃射了一通，但是卻並沒有留下任何痕跡。
“很堅硬的礦石啊，高斯手槍竟然沒有留下一絲痕跡，難怪K型鑽頭奈何不了他。”一名艦長一邊撫摸着地面一邊說道。
“沒錯，這應該是金屬類的物質，上面的這些礦物似乎並不是天然形成的，也許這是外星人留下的傑作。”另一名見長推測到。
“快看，這裡有文字，但是什麼意思卻沒有人知道。”一名船員驚喜的說道。
幾名艦長立刻跑了過去，他們發現在地面上刻畫着許許多多如螞蟻一樣的文字，和象形文很相似，但是卻並不是象形文，至少上面刻畫的生物並不是地球上擁有的。
幾名艦長在仔細觀察了一會之後就返回了採集艦，並將一切上報，臨時政府對於此事非常看重，立刻將方舟降落在了上面，打算進行仔細地研究，可是令人沒有想到的是，當方舟降落在星球上之後，這顆小星球竟然開始顫抖起來。
“方舟升空！準備開啓空間通道！”楊牧立刻命令道，一股危機感順着他的後腦蔓延了下去，讓他覺得渾身都涼颼颼的，十分不舒服。
方舟立刻飛入空中，但是當打開空間通道的時候卻遇到了麻煩。
“空間通道失去控制，能量輸出不足……”方舟內的智能系統說道。
“怎麼回事？動力輸出開至最大！立刻離開這裡！”楊牧艦長又一次命令道，但是方舟卻依舊沒有移動半步。
“前方一萬公里處出現莫名能量波動，空間通道正在打開，飛船受到強能量波干擾，請切換手動駕駛！”方舟智能只留下了這一句話，然後就再也沒有任何聲音了，楊牧覺得一切都彷彿做夢一樣，將近一千多年都沒有出現任何事故爲什麼一到他這裡就出了這麼大的事，他簡直不敢相信自己的眼睛。
方舟的能量護盾忽明忽暗，儘管楊牧已經切換成爲手動駕駛，但是方舟還是無法前進一步，空間通道明明就在眼前，但是卻無法進入，這讓所有人都流下了冷汗。
方舟下方的小星球發生了劇烈的爆破，外部的岩石層立刻化作宇宙塵埃消散，一個如同陀螺形的金屬星球出現在衆人面前。
“嘟嘟……”下方的金屬星球似乎發出了類似於警告一樣的信號，然後一股強能量波就將他們立刻彈開。
當方舟被彈開之後，在宇宙深處立刻射出了一道明亮的射線，射線幾乎擦着方舟的邊射了過去，雖然沒有碰觸，但是方舟卻受到了非常嚴重的損壞，一座副水晶塔立刻被轟擊的支離破碎，所有人都無話可說了，瑪雅人的最高科技結晶，在太空中飛行了將近一千多年，經歷了幾千萬顆隕石和小行星的碰撞都沒有損壞的方舟，此時竟然被一道光線重創，這讓他們根本無法接受，令他們更加驚訝的是，當射線接觸到金屬星球的時候，原本筆直的光線立刻變得扭曲起來，光線憑空扭曲，並且從光線中央開始分裂。
“嗡！”雖然太空中沒有空氣，但是方舟內的所有人都聽到了這種詭異的聲音，所有人都覺得自己的腦子彷彿快要裂開了一樣，但是很快這種聲音就消失了，短短的幾秒鐘裡，光線就已經分裂出了千萬公里寬。
透過光線分開的裂痕，看到了是一片黑暗，沒有星光，沒有恆星，沒有生機，什麼都沒有。
“飛船失去控制，四艘採集艦和我們失去了聯繫！”一名船員焦急的報告到。
“不要管他們了，立刻想辦法恢復飛船的行動能力！”楊牧有些焦急的命令着。
過了十分鐘之後，方舟智能恢復了正常，強烈的能量干擾也消失了，方舟智能出現之後的第一句話就讓所有人都把心懸了起來。““前方空間通道內有不明機械物體正在接近中！立刻進入戰備狀態！”
“進入空間隧道，逃離艦已經進入安全地帶，艦長，我們安全了。”一名船員一臉哀痛的說道。
“是啊，我們是安全了，但是那五百萬同胞卻永遠地留在了那裡。”楊牧癱坐在椅子上，眼睛裡沒有一點神采。
所有人想起剛纔的事情就覺得一陣心悸，如果敵人的數量再多一點，他們的指揮官如果在堅決一點的話，也許連着一百萬人都逃不出來。