經歷了暗夜下級暗夜的反覆刪除大家的記憶然後暗夜被封號後，師父有了正確的記憶。而在虛擬空間裡的暗夜還在爲自己的報仇計劃着，虛擬空間裡的奕芯的複製人也因爲做壞事而無法出來，暗夜沒有正確的記憶，而奕芯的複製人還是在欺騙暗夜說奕芯做過多少愚蠢的事，其實這些事都是她自己做過的，奕芯安安靜靜歲月靜好。因爲奕芯的這一個複製人少了一些奕芯的好的基因嗎，所以大家都覺得她很壞而且缺根筋的感覺。她破壞了真實奕芯的形象，曾在路上後背被砍了兩刀，而大家說經歷了這些事情她沒有了大腦。她說她要學習素頤的做事風格，因爲她曾經代替過素頤參加一次會議。
所以暗夜還是不知道正確的事實是什麼，這種誤會要是在人間可能會有顛覆真相的作用，可是在組織科學家發明了正確的記憶，不只是知道過去的所有真相，而且實時更新這些事實的真相。奕芯覺得自己就是爲組織而生的。大家明白科學家不參與大家的事情，只是在暗中保護和控制大家來救奕芯。他們還對兩個複製人奕芯會長洗腦說他們只有幫助奕芯才能活下去，科學家讓她們兩個去救奕芯，所以暗夜纔會得到出山的機會。暗夜計劃在虛擬空間計劃好一切再出來，可是他不知道真正的記憶，所以大家最好叫他現在就出來，不要在虛擬空間浪費時間。而這邊懷善的複製人還在外面控制着大家，科學家們自我保護的很好，所以科學家檢測到他的射線後反而更新了系統，懷善的機器成了廢銅爛鐵。奕芯覺得科學家有一個圈子，科學家說只有圈子裡的才叫共濟會，大家對兩個複製人奕芯會長說師父在他們眼裡是一個孩子。奕芯希望兩個複製人奕芯會長不要對科學家有所冒犯，因爲大家的表面平和的寵溺，並不代表自身的一切性格都是平和的，他們都覺得師父是孩子，更何況我們。大概因爲師父二十歲入會的原因，所以科學家都是有家訓組織規則的繼承者，個頂個的厲害，師父說科學家並不喜歡大家太花哨的裝扮，簡單就好。可是這也可能是我們亞洲人的風格。讓大家理解奕芯的性格，是一件漫長的事情，大家整理好自己謙遜的心態，我們奕芯一起走下去。
師父回組織後就開始爲奕芯報仇。相信師父的心，會公平的對每一個人。科學家知道了所有真相，也知道懷善有多壞了，可是而科學家並不太關心其他人的事情，除非大家犯錯。可是科學家關注奕芯的未來，並且同意奕芯加入科學家的圈子，這樣纔是真的進入共濟會。大家測試出奕芯不久就把師父也帶進科學家的圈子了，因爲師父、暗夜和奕芯都是超強人類，都是天才。
大家知道這些後都不敢出來說話了，而複製的懷善還在聯繫着大家，暗夜也還在計劃着復仇，只有等暗夜出來，制服懷善。