事到如今，鄭芝龍終於堅持不住了，隨着陸上軍事的失敗，鄭家在陸上已經沒有了和大中軍繼續對抗的本錢，而且鄭芝龍也看出來，大中軍近期水師發展的速度遠超過了他以前的預料，大中朝通過一年時間的招降納叛、編練水卒、蒐羅船隻以及大力新造戰船等多管齊下的手段，使得大中軍海師的力量突飛猛進，從最初只能在沿海小規模的和鄭軍水師對抗，發展到了近期可以在海上集結起來近二百條各式戰船，和鄭家水師進行正面的對決，鄭芝龍也看出來，這大中朝的新皇帝，鐵了心要大力發展大中朝的水師力量。
而大中朝現在掌握了幾乎大半個中國，一旦集中財力、物力、人力來辦一件事的話，那麼這種力量將會是極爲可怕的，而他鄭家雖然號稱富可敵國，但是畢竟掌握的資源僅有福建一帶，現如今隨着和大中朝對抗，他們鄭家的儲備正在源源不斷的被耗費掉，再加上近期紅毛人們不約而同的採取了對他鄭家的敵視態度，斷掉了對鄭家武器的供應，使得鄭家早已陷入了入不敷出的境地。
此消彼長之下，大中軍會越來越強，不單單是陸上的力量，包括在海上的力量，估計用不了一兩年時間，便可以大大超出他鄭家水師，如此下去，遲早有一天，他鄭家會被大中朝徹底從這個世上抹去。
整個鄭家上下，到了這個時候都意識到已經到了他們生死攸關的時刻，現在再不投降的話，那麼今後恐怕連投降他們都沒有機會了。
於是在十月間，隨着陸上和海上戰事兩方失利的情況下，鄭芝龍最後一次召集了親信部下，商議下一步該如何是好。
對於他這個海盜集團的頭子來說，什麼對大明的忠誠，根本就談不上，他更多考慮的還是家族和個人利益的問題，通過商議之後，他手下大部分人都承認，繼續和大中朝對抗下去，已經不是上策了，趁着現在他們的力量還能在大中朝賣出一個比較好的價錢，他們決定放棄繼續和大中朝爲敵下去的想法，正式向大中朝投順稱臣。
當然也有少量的人不想投順大中朝，但是這些人已經無法左右鄭芝龍的決定了，鄭芝龍終於在十月二十，眼看着大中軍幾路大軍就要兵臨泉州府的情況下，親自找到了住在泉州的大中朝使臣張天成以及錢謙益，宣佈鄭家上下願意接受大中朝的條件，正式投順大中朝，成爲大中朝的順民，並且鄭芝龍親自上書大中皇帝肖天健，自稱有罪，表示從此之後鄭家只繼續做海商，絕不再試圖和大中朝爲敵，希望大中皇帝肖天健能對他們鄭家寬容，既往不咎。
張天成很快便派信使以八百里急報的速度，將鄭家投降的消息傳回了南京城之中，與此同時石冉和劉耀本也都暫停了對泉州府的進攻。
而張天成的信使尚未回到南京城之中，十月二十二日晚，肖天健便提前通過兵部特情處信鴿傳遞消息的途徑，得知了鄭芝龍的投降，於是連夜便將內閣大臣召集到了宮中議事。
肖天健的心情十分激動而且高興，鄭家的事情，這一年多來，一直都是他的心病，他最擔心的就是鄭芝龍不肯投降他的大中朝，即便是在陸上失敗之後，繼續依靠着他們雄厚的海上力量，在海上和大中朝進行對抗，從原來的歷史上他很清楚，一旦事情發展到那樣的地步的話，他想要徹底將鄭家集團剿滅，最起碼也要耗費十年甚至二十年的時間，才能將鄭家的海上勢力剿滅。
那樣的話，他就不得不繼續控制海上貿易，執行禁海令，來阻斷鄭家獲取陸上的資源，這樣的話對於他的未來的海上政策將會造成極大的負面影響，也會影響到他未來對於陸海兩方面戰略的佈置。
但是今天他終於可以放下心了，鄭芝龍終於還是沒有抗住他大中軍陸海兩路的壓力，決定放棄繼續抵抗下去，接受大中朝的整編。
而這個時候他也不用擔心鄭成功會拉出一幫鄭軍，繼續和大中朝爲敵了，通過錢謙益那邊反饋回來的消息，鄭森（鄭成功原名）這個鄭芝龍的長子，在被鄭芝龍送到他的門下之後，在錢謙益的教導之下，很快便接受了錢謙益對他勸解的思想，根本沒有產生出要繼續和大中朝爲敵的想法，相反近期還多次按照錢謙益的指使，去找他爹鄭芝龍，勸他接受大中朝的條件投順大中朝。
所以隨着鄭芝龍宣告投降的消息傳回來之後，肖天健心中徹底放下了一塊大石頭，只要鄭家投降之後，那麼對於剩下的永曆這個南明小朝廷，便不足爲慮了。
歷史發展到這個時候，隨着張獻忠集團老早被他剿滅，四川被他控制以及李自成的僞順集團近期的覆亡，永曆的南明小朝廷根本不可能向歷史上的那樣，能聯合李定國以及李過這樣的抗清名將，向抗擊清軍那樣，和大中朝對抗。
而且永曆這個南明小朝廷因爲紹武小朝廷的原因，也沒有能很快整合起南方各省的反對大中朝的舊明勢力，雖然現在紹武帝已經被廢，可是鄭家卻投降了，廣東業已被大中軍所佔，永曆小朝廷僅剩下了廣西一部分地盤和雲南這兩塊地方，想要再折騰出什麼幺蛾子已經是不可能的事情了。
所以隨着鄭氏集團的投降，整個南方底定便已經是板上釘釘的事情了，也徹底解決了肖天健的一大心病。
於是在召集起內閣大臣之後，肖天健便將剛剛得知的這個大好消息告知了這些內閣大臣。
諸臣一聽也都長長的鬆了一口氣，連連向肖天健恭賀。
肖天健揮揮手道：“同喜！想必鄭芝龍的投降，諸位愛卿肯定也和朕一樣高興，這對於我們大中朝上下來說，都無疑是一個大大的好消息！鄭芝龍這一降，福建全境便基本上都被我朝收回來了，也免除了福建百姓的刀柄之災！鄭芝龍這麼做，也算是有功於社稷之舉！接下來就只剩下永曆小朝廷了！
只是鄭芝龍時下既然已經宣佈投順我朝，那麼諸位愛卿以爲朕封他一個什麼官職合適呢？另外還有他鄭家的一些親族以及部下，都要妥善安置才行，否則的話這些人久居於海上，一旦不能很好的安撫他們，必會招致他們作亂，所以今晚雖然這麼晚，卻還將諸位愛卿招至宮中，就是要商議這件事！”
對於鄭芝龍的安置問題，當初在談判的時候便已經說過，當初肖天健曾經承諾過鄭芝龍，只要他願意率領鄭軍投降大中朝，便可以受封爵位，大中朝眼下襲承舊制列爵五等，公侯伯子男，恢復了被大明廢掉了子男兩等爵位，專司用於對有功之臣的分封。
而且這公侯伯子男五種爵位，每一個爵位又被分爲三等，一般情況下不輕易授爵，而且大中朝所授的爵位，也不輕易世襲，即便是世襲爵位，也逐代遞減，最多三代之後，便取消爵位，防止出現類似之前朝代那樣，到後來擁有爵位的人太多太濫，影響到社會的正常秩序。
但是肖天健對於封爵之事卻很是嚴格，一般情況下別說封王，即便是封公侯伯這三等爵位也很少，目前爲止，大中朝還沒有封公，只有閻重喜因爲平定李自成僞順集團，被封爲了二等平西侯，羅汝才這個原來的掛名刑天軍副帥，在立國之後，也僅僅是封爲了二等定南伯，其餘的像羅立、李栓柱、石冉、劉寶這樣的老將，也僅僅都是封爲了三等伯爵。
所以對於鄭芝龍的封爵之事，諸臣的意見是最多封他一個一二等的男爵就可以了，太高的話怕其他軍將不太滿意，而且這一次鄭芝龍投降，也是被迫無奈之下才做出的決定，如果他肯早一點投降的話，倒還是可以商量給他的封爵高一點。
肖天健考慮了一下之後，回憶起來鄭芝龍在歷史上最高被隆武朝封爲了什麼侯，而且現在據說永曆朝也封了鄭芝龍爲南安侯，於是搖頭道：“鄭芝龍雖然與我朝對抗這麼長時間，但是此人還是在關鍵的時候能識得大體，免去了大量福建百姓的刀兵之禍，此也乃是大功一件，對於封爵之事，朕這一次也不能太過吝嗇！
正是本朝封爵之事嚴格，如果對鄭芝龍寬厚一些的話，方能顯出朕的誠意，所以既然連永曆小朝廷都能封他一個侯爵，那麼朕難不成就捨不得這個侯爵的爵位嗎？
以朕看來，可以給鄭芝龍保留侯爵的封號，對於他的幾個弟弟和族人，也不妨可以給予男爵的封號，以此來彰顯我朝對其的重視！”
大中朝的封爵並無實權，僅僅是一種榮譽稱呼罷了，每年朝廷會給擁有封爵之人一比額外的俸祿，作爲對他們的獎勵之用，所以肖天健這一次對於鄭芝龍的封爵之事，並沒有太過吝嗇，大不了就是每年多花幾個錢的事情罷了，而鄭芝龍這次投降，別的不說，單單是要交出來的那千餘條各式戰船，還有上萬名善於航海的水手，就足夠抵消大中朝的開銷了。
諸臣聽罷了肖天健的意見之後，也都點頭同意了下來，畢竟這爵位的事情是個虛的東西，給的高一點，以大中朝目前的制度，用不了三代也就免去了，朝廷大不了也就是多花一點錢罷了，所以肖天健這麼說，他們反對也就沒什麼意思了，至於其他軍將會不會不高興，這件事關鍵還是看肖天健今後如何擺平，於是經過商議之後，肖天健決定封鄭芝龍爲大中朝一等靖海侯，而他的幾個弟弟鄭芝彪、鄭芝豹、鄭鴻逵、鄭採等人，則也都被大中朝封爲了一到三等的男爵，其中前段時間被俘的鄭鴻逵也被肖天健特赦開釋，派人臨時將其安置在了南京城之中。