序章
新地球歷2079年，距離第二次世界大戰過去兩個甲子。人類開創出有史以來最發達的盛世局面，繼智能機器人、克隆技術的蓬勃發展後，信息網絡技術被熟練的運用在各個領域。伊甸•空中花園（Eden •Sky Garden），第一艘光速宇宙移民艦“空中花園”的建成是衆望所順的世紀工程，而這次舉全球之力的大協作，也將人類社會推向“統一和進步”的黃金時代（Golden Age）。然而也正是這種高智能，讓人類再次陷入了恐懼的深淵。
在這之後不久，一種名爲帕彌什（Punish）的病毒爆發。最初，帕彌什病毒以極高的密度從人類第一座零點能反應堆的真空腔體中現身在其不斷進行質量展開的過程中，引發了泄漏爆炸，使其隨大氣環流最終蔓延至全球。帕彌什病毒能夠直接破壞生物體細胞，或通過操控邏輯電路使機械體呈現被感染狀態並對任何具有人類意識行爲的個體，展現出極其強烈的攻擊慾望。病毒的DNA結構中含有金屬結構，感染體的類型包括但不限於電子設備設施,機械體，各感染體會根據其自身特性表現出諸如改造,增殖,破壞等不同行爲但最終目的都是爲了更高效地消滅所有人類意識個體，且自身體內的帕彌什病毒濃度越高,攻擊慾望就越強烈,破壞力也會越強。在這之中誕生出一批能夠控制病毒並且允許它們在接受帕彌什病毒深度感染的同時，仍然維持自我意識，並獲得強大的力量。這些成員稱自己爲升格者（Upgrade）。成員們結成組織的起因不詳，但能確定的是,它們正把帕彌什病毒作爲工具向人類乃至全世界“傳播”着它們的理念。升格者相互之間通過“升格網絡”共享着一種十分特殊的能力，能力來源於病毒意志傳播的代行者（Executer）。
病毒爆發之後，空中花園的建設被迫停止，並接納了絕大多數逃往太空的倖存者。如今它作爲人類奪回地球的起點，長期泊於弧形軌道，與派往地面的部隊保持聯繫。最初，人類無法找出能夠抵禦這種病毒的方法，接下來，人類渡過了很長一段時間的黑暗，那個時代叫做免疫時代（Immunization Age）。直到逆元裝置（Inverse element device）的出現，才使人類的命運出現轉機。逆元裝置是所有構造體抵禦帕彌什病毒的第一道防線。以黑野技術製造出來的構造體爲載體，構造體是將人類意識轉移到機器上，但由於這樣意識海容易發生偏移，所以需要在人類中選拔出意志堅定的指揮官。在人類陣線的升級方案中，允許構造體們通過逆元裝置接收附近指揮官的思維信標這也是如今“構造體+指揮官”戰術體系形成的重要前提。
帕彌什病毒的災難——爆發於我們曾經最引以爲傲的前沿科學領域中，在幾十年的時間裡，將人類在地球上幹百年來構建的文明成果鯨吞蠶食，迫使我們流亡深空。構造體與指揮官們，你們所做出的勇敢選擇將成爲重新點燃這片黑夜的,最珍貴的星火。願每一位重返家園的人類之子平安——哈桑，人類陣線領袖，演講於反擊時代開端。演講就此拉開反擊時代（Cunterattack Age）。
隨着第一百七十個感染體信號消失，四周暫時安靜下來。渾身是傷的露西亞倒在成堆的感染體殘骸中，胸口不定地起伏，似乎正在努力調整自己的呼吸。“指揮官……周圍的情況，現在……如何了? ”
“感染體還在向這邊聚集……”
“……是嗎。”她面無表情地看着眼前飛舞的星火。“指揮官……這次行動配備給您的抗帕彌什免疫血清……現在還剩下多少? ”
“實際上，剛纔注射的已經是最後一支血清……”
“果然……和我的計算一樣。免疫血清如果耗盡的話，有着人類軀體的指揮官，是無法在地表繼續生存的。灰鴉小隊其他隊員的支援還沒有到位……現在只能由我來爲指揮官爭取足夠的撤離的時間了。 可是,痛覺信號一直在影響着我,指揮官。請您幫助我暫時關閉痛覺信號，讓我繼續戰鬥。”
指揮官嘆了口氣。
“怎麼了……?是在擔心這樣做的話，我的意識海會永久偏離人類意識模型嗎?您一直都會在乎這種事情呢……沒事的，我相信指揮官，只要我們保持意識連接，指揮官的思維信標就可以讓我維持住人性。對於這個武斷的決定，等您安全返回基地之後，我再主動向您檢討，行嗎? ”
允許露西亞關閉痛覺信號。
系統:“權限通過，正在重設神經參數……意識海偏離係數上升0.021……”
露西亞:“等……我，指揮官。”
一個感染體發現了指揮官的行動。在利刃劈下來之前，指揮官用匕首擋住，一拳打在感染體的胸口。
系統:“知覺系統初始化進行中——構造體:露西亞，已下線。”
意識重新上線的這段時間，也是露西亞唯一一段需要被保護的時間。所以，現在需要做的事就只有一件——子彈上膛。感染體不顧一切的衝向指揮官。感染體的身體各處被子彈擊穿——但絲毫沒有被減速的勢頭。下一刻，感染體手中猙獰的刀刃已高舉在眼前。
隨後，一記重拳，感染體千瘡百孔的上半身結構被擊成四散的碎片。即便如此，剩下的無數其他感染體，仍然向着這邊聚集……
“不準靠近……指揮官……”
初始化成功，意識:露西亞，已重新上線——露西亞
“報告，構造體露西亞現已重返戰鬥——指揮官……辛苦你了，接下來前方就繼續交給我吧”
切斷了痛覺的露西亞，就像是解脫了束縛一般，馳騁於戰場，如同粉碎機一般高效地破壞着四周的感染體。然而無數感染體所構成的包圍圈仍然在逐漸縮小。就在此時，“信號接入中——”
麗芙:“指揮官!露西亞!探測到你們的位置，即將使用遠程的進攻武器，請你們就近尋找掩體!”
“指揮官，快趴下!”隨後，指揮官淹沒在白光之中。
“指揮官，接下來往這邊。”率先反應過來的露西亞趕緊拉住指揮官撤退，但一路上露西亞都在警惕地進行着戰鬥，視線冷酷地掃視四周，劈開了一個又一個伺機而動的感染體。“指揮官，怎麼了?請繼續跟緊我。”
“露西亞，附近已經沒有感染體了。”
“抱歉，指揮官，我現在的樣子一定很奇怪。意識海偏離的症狀.看來開始出現了”
“我會在你身邊，幫助你保持穩定”
“可是……我現在的狀況……”
“不用勉強自己，接下來的路線交給我吧”
經過了一段短暫的喘息時間，終於和露西亞一起來到了目的地，一處被地鐵口廢墟遮蔽的角落。陰影之下，站着一名錶情不滿的青年，以及一位看似有些躊躇的嬌小少女。
“麗芙和裡都沒事吧。”
“但露西亞你傷的好重，還有指揮官也。”麗芙是小隊的醫療兵，對於受傷狀況自然是最關心的一個。
“憑藉這樣的傷勢，你們是怎麼出來的。”裡問道，一邊環顧四周，雖然已經會和但不滿的神情沒有一絲改變。
“我切斷了痛感痛覺信號。”
“真是個魯莽的計劃。”在裡覈對完數據之後，展開了分析：剛纔的超載遠程攻擊使麗芙的浮游炮核心熔燬了。而自己的手臂也受了傷。“對了，指揮官。我想你應該會需要用到，所以剛纔給你撿來了幾支免疫血清。從哪撿來的就別問了，估計你也能猜得到。總之是擺脫感染體的伏擊了，繼續下一步計劃吧，指揮官。”
“嗯，重複一下，我們的任務是參與這座015號城市的收復行動。當完成清除區域內感染體的任務之後，工程部隊就會抵達，而內部有一個隱蔽的實驗室，裡面有重要的關於感染體的資料，以及建設這片區域的資料，取到這份資料會對建設此地有重要作用。屆時我們就，可以把015號城市建立成人類陣線在地球上的一處新據點了。”
確認完任務之後，決定先和支援小隊會合，然後繼續探索。
露西亞: “呃！教堂。”
“露西亞，這座教堂怎麼了嗎?”
“沒有，只是一些既視感而已，偶爾……會出現……”
裡：“畢竟意識海系統是對人類思維基底的完全模擬，這種情況也不稀奇就是了。”
麗芙：“或許是你去過的地方太多了吧，畢竟你的戰鬥經歷非常豐富。”
“各位的戰鬥經歷都很豐富。”
裡：“指揮官你好像把自己排除在外了?我們的指揮官。”
露西亞：“我已經沒事了，我們繼續吧。”
順着教堂走去，在隱蔽的角落，明顯有機關的痕跡。指揮官敲了敲，把機關轉了個方向，隨即，大門打開。裡面是實驗室。
“那邊研究人員所說的實驗室就是這裡嗎，如果能找到資料的話，那麼任務就完成了。”
裡調適了一下這裡的設備，“哎……這裡的所有數據都被清空了，沒有任何有關的資料。”
“說不定還有其他地方有再找找看。”
回到教堂，在教堂盡頭的黑暗中，出現了一位神秘的白髮的女性。
麗芙: “對方是一構造體，是友軍嗎？”
此時白髮的女性構造體周身，忽然閃爍起詭異的紅色電流。
麗芙:“不對……這是……極高濃度帕彌什反應! 對方是感染體!
“指揮官……我現在好像……有點奇怪……”露西亞的眼睛眯了起來，隨後身體似乎是要向後傾倒。
“冷靜下來，露西亞。”指揮官勉強維持住露西亞的意識海，並用手擡住露西亞企圖讓一切恢復正常。
露西亞: “我無法辨識她的外貌……像是視覺信號發生了錯誤，思緒也有些混亂……”
麗芙: “我這邊看得很清楚啊。”
裡:“看來是隻有露西亞會這樣。”
麗芙: “等等……露西亞的意識海穩定程度在下降!但並不是受到帕彌什病毒的影響，這是怎麼回事? ”
不明構造體一邊朝露西亞緩緩走來，一邊無言地從腰間抽出柄鮮紅的長刀。: “露西亞，以紅淵爲名，斬斷錯誤的根源。”
露西亞: “可惡”。
以肉眼不可見的速度向着露西亞衝去。露西亞自覺向背後砍去，果然紅淵打算從後背進攻，這樣的衝擊力使露西亞後退了幾步，雙方的刀刃不斷碰撞出火花。
“露西亞，你現在的實力只有這些了嗎？讓深淵的業火了結這一切。”
自稱紅淵的升格者表情忽然凌冽了起來，但這次，露西亞手中的刀被彈飛到了半空。
對方輕易地擡手捉住了半空中露西亞的刀，然後將露西亞釘在斷壁上，封鎖住了她的行動。“被切斷了痛感嗎，真是悲哀。是時候結束這一切了。”
“露西亞!”正準備上前的麗芙想到自己沒有武器，而且連露西亞都應付不了的敵人自己肯定是無法做到的。
一顆子彈穿過兩人之間。
“……人類，果然還是改不了這樣的毛病。”
裡立即對紅淵射擊，可並未減慢對方來的速度，只是一瞬，便來到了面前。
指揮官拿出戰術刃——無銘，向對方揮去，可紅淵只一擊，就在指揮官身上留下與露西亞相同位置的傷痕。病毒在指揮官身上蔓延，但只要血管沒破，血清就能阻止感染。
“你以爲你真的能和自己的隊員感同身受嗎。”
“對，因爲我們的意識連在一起。”
“看來你們還不知道真相，就讓這個指揮官告訴你什麼事真理吧。”說完，她彷彿失去興趣一般，向着周圍的支撐物發出了猛烈的進攻。指揮官淹沒在廢墟之中，但體內的血清忽然暴動了起來，瞬間消滅了所有的病毒，而且自己的力量也恢復了不少，就好像剛纔所發生的一切都只是虛無的一樣，所有的疲勞在一瞬間全都消失了。但在正前方一根支柱倒塌下來後，也陷入了昏迷。