不過，就軍事行動指揮而言，左宗棠理解的深度肯定遠遠超過曾國藩。當然，軍事行動的指揮固然非常重要，但還要對概括度更高的領域——戰爭行爲做一些重要的考察。我們不能忘記，北京的帝國政府在調適自己應對太平天國農民運動所帶來的現實局面的過程中，速度緩慢得要命。滿人有一個代代相傳的傳統：對強有力的漢人軍事領袖心懷猜忌。吳三桂已經夠令滿人頭疼了，後來他們費盡心機防止這樣的人從漢人官員中崛起。大清王朝的所有戰爭都是由滿人將軍指揮的，但是當太平軍繼吳三桂造反以後對王朝構成最大的威脅時，朝廷很快就發現沒有一名滿人將軍能夠控制局面。滿人逐漸被迫滿懷妒忌地承認了漢人官員的忠心，以及帝國依靠漢人繼續生存下去的絕對必要性。事情慢慢地發展爲一種狀態：需要一個秉性和才幹有如曾國藩的人，才能使朝廷調適到位，足以應對新的局面。
在1853年，一個如同左宗棠一樣脾氣專橫的人，儘管有着無可比擬的忠君之心，在北京當局眼裡無疑比太平軍還要可怕。曾國藩以他的圓通、耐性和忠誠爲一些能幹的漢人脫穎而出鋪平了道路，這些人包括左宗棠、胡林翼、李鴻章等等。如果沒有他，這些人就很難一展身手。從他們接受的傳統教育來看，懷疑這個王朝是否值得他們效忠，是不正當的想法。他們的行爲符合最高的儒學信條。滿人已經跨越了隔閡，能夠認識到，蘊涵在儒學中的忠君理念是官僚政治的動力。這些官員不管有什麼缺陷，他們的忠誠是明擺着的，而且對於鎮壓造反者而言是最有力的因素。但是，儘管漢人官員的忠誠明明白白擺在那裡，滿人仍然把分權而治堅持到底，這不可避免地導致了戰爭的延長。
攻克南京之後，在犒賞功勞的問題上，明顯地暴露出滿人的眼界狹窄。據說咸豐皇帝去世前不久曾說，誰攻克了南京，他就封誰爲王。這件大功告成之時，咸豐已經去世3年。但是太平天國的國都陷落之後，獎賞功勞的問題不可避免。兩位皇太后和滿人王爺聚在一起討論如何獎賞那些拯救了王朝的功臣。這個王朝的統治集團爲了自救，只流了很少的血，也沒貢獻多少才幹。他們討論了先皇的口頭承諾，但他們根據慈禧太后的建議，認爲封漢人爲王是不明智的，決定多給幾個尊貴度較低的封號，加起來也就相當於一個王了。於是曾國藩被封了一等侯，而沒有封王。［3］皇家的許諾沒有兌現，令曾國藩至死引以爲憾。最後一個漢人王的陰影，仍然籠罩着紫禁城。
外國人對太平天國的態度，對這場運動持續的時間和最終結局都有明顯的影響。直到1860年爲止，很難說外國人對清朝政府的事業有什麼幫助，應該說恰巧相反。起初，海外風傳這些太平軍都是基督徒，在講英語的人民當中喚起了不小的同情。法國人不同情他們，因爲所有的法國傳教士都是天主教徒，而太平天國顯示的基督教精神的特徵，打着新教的印記。英國人在南京對太平天國做過調查，但他們找不到任何國策的痕跡，於是不予置評，宣佈中立。美國人的做法同出一轍。不少愛冒險的外國人棄船登上中國海岸，爲太平天國效力。
太平軍能夠買到外國武器，在1860年左右他們購買的外國武器使他們的裝備勝過了官軍。不過，若干年後，大多數在華的外國人認爲太平天國的基督教信條相當離譜，和心懷寬廣的牧師佈道扯不到一起，於是他們的同情涼了下來。在1860年中英第二次鴉片戰爭中，英法聯軍佔領了北京。此後他們對太平天國的態度有了明顯的變化。英國人和法國人開始公開支持大清政府。政策的改變出於各種因素，最有力的因素或許是俄國已經提出要積極支持大清王朝。
俄國的提議遭到了拒絕，只是因爲清廷已經得到英國和法國的保證：他們將爲清廷提供所需的幫助。這兩個國家在中國這場內戰的最後階段所做的貢獻具有很大的價值。他們負責爲清廷徵收關稅，由此而爲清政府提供了部分戰力。他們在上海和寧波地區動用了部隊和軍艦。他們把軍官借給清政府，以維護華爾創建的中外聯合部隊。他們向官軍出售武器和供給，也許還出租了一些，並且禁止向太平軍出售這些物資。這些援助如果不是贏得戰爭的必要條件，也肯定加快了結束戰爭的步伐。
但是，太平天國滅亡的主要原因還得從它自身組織內部去找。這個組織根本不具備建設性的領導能力。他們在剛剛進入長江流域時，對那裡的居民具有極大的號召力，但是他們沒有加以利用。如果他們在這個人口密集的地區採用一種策略，順應在大多數人當中喚起的希望；如果他們具備一種才幹，能夠建設性地開發由此而釋放的巨大的人力資源，天意肯定就會迅速地昭顯，大清王朝就會發現自己失去了天命。
然而，太平天國持續越久，獲得的信任就越少。現有證據表明，這場運動醞釀充分，組織嚴密，在發動之前竟然矇蔽了朝廷長達12年多之久，然而組織中的3個關鍵人物在太平軍抵達長沙之前就犧牲了。他們再也無人取代。太平天國此後沒有一位真正偉大的領袖。這場廣泛的運動覆蓋衆多的人口，擁有千載難逢的良機，但在太平軍佔領南京以後，在這塊以盛產行政幹才而著稱的土地上，竟然未能或者沒有產生哪怕一個具有政治頭腦的領袖，真是一件咄咄怪事。
自從太平天國運動以來，人們一直想不通：爲什麼曾國藩這樣一個漢人要支撐一個異族人的搖搖欲墜的王朝？爲什麼他不用自己手握的權力推翻清朝政府，建立漢人的王朝？答案在於，如果他這樣做，就沒有嚴格遵循將這些人培育成偉大人物的孔孟之道。
關於這個話題，有個野史段子。太平天國時期有個名叫彭玉麟的漢人豪傑，身爲書生，卻從未參加過進入仕途的考試。在湘軍組建初期，他投奔了曾國藩，爲曾國藩指揮長江戰船，因此而名傳遐邇。有一次，曾國藩的坐船停泊在彭玉麟所在的港口。彭玉麟派親信軍官把一封密封的信函交給曾國藩。信函送到時，曾國藩正在甲板上，他回到船艙內拆閱。這封信沒有署名，但能確認是彭玉麟的筆跡，只寫了12個字：“東南半壁無主，老師豈有意乎？”曾國藩臉色變成煞白，連忙把信紙揉成團，塞進口裡嚼爛。當時他身邊只有好友倪人塏，曾國藩對他說：“不成話！不成話！雪琴還如此試我！”［4］
在江浙戰爭的後期，最著名的太平軍領袖是忠王李秀成。當他成爲曾國藩大營的階下囚等待處死時，他曾寫下一篇對於太平天國運動的評述，這個文件通常被標題爲《忠王自述》。這篇自述經過曾國藩的嚴格編輯，其中一大半文字在曾國藩的有生之年未曾發表。未發表的這一部分包括忠王總結天王未能推翻清政府的失敗教訓。他總結的原因如下：
1.天王不會識人。
2.他過於依賴天國的庇護，而沒有充分依靠自己的能力和奮鬥。
3.他用的人是無能之輩。
4.他不信任手下將領，特別是忠王。
5.他被自己的兩位兄長所左右，而這兩人昏庸無能。
6.他未能管理好南京的糧食供應。
7.在忠王眼看就能擊敗官軍和外國盟軍的關鍵時刻，天王將他從松江召回。
8.當忠王提議撤離南京時，天王大爲震怒，罵他不忠，向他保證上帝會保佑天國。
9.天王猜忌手下將領。他把忠王從松江召回，不是因爲南京需要他，而是擔心忠王在江蘇獲得大捷。
10.在南京陷入絕境時，天王仍然拒絕離開，也不放百姓出城。手下報告食物斷絕時，他說可以吃草爲生。結果人民不再信任他，許多人離他而去。［5］
這麼一個人坐在王位上，太平天國顯然沒有多大希望。如果說清王朝衰退了，效率極爲低下了，不堪了，那麼這個聲稱要取代清朝皇帝的人卻更加糟糕。中國只能在此二者中選取其一，不得不付出駭人聽聞的代價。
嘉應之戰結束後，左宗棠回到福建，着手整頓全省的行政。該省官府的情況非常可悲：官員，效率低下，這種情況無處不在。左宗棠罷免了大批官員，用那些在其他地區中證實了能力的官員來填補空缺，整頓財政體制，制訂恢復措施。該省各處都有強盜幫，左宗棠開展嚴打，該省很快就有了一定程度的安全感，恢復了太平天國農民運動以來未曾有過的安定局面。
左宗棠現在最關心的事情是中國必須有一支現代海軍。他爲船政局選擇了一個地址，並立刻開始工作，這個事業將爲他的祖國帶來莫大的利益。他於1866年6月爲此事寫了一份奏章，表明了一箇中國偉人如何看待國家所面臨的若干問題。他寫道：
竊維東南大利，在水而不在陸。自廣東、福建而浙江、江南、山東、直隸、盛京，以迄東北，大海環其三面，江河以外，萬水朝宗。無事之時，以之籌轉漕，則千里猶在戶庭，以之籌懋遷，則百貨萃諸釐肆，匪獨魚、鹽、蒲、蛤足以業貧民，舵艄、水手足以安遊衆也。有事之時，以之籌調發，則百粵之旅可集三韓，以之籌轉輸，則七省之儲可通一水，匪特巡洋緝盜有必設之防，用兵出奇有必爭之道也。況我國家建都於燕，津、沽實爲要鎮。自海上用兵以來，泰西各國火輪兵船直達天津，藩籬竟成虛設，星馳飆舉，無足當之。……
臣愚以爲欲防海之害而收其利，非整理水師不可；欲整理水師，非設局監造輪船不可。泰西巧而中國不必安於拙也，泰西有而中國不能傲以無也。雖善作者，不必其善成；而善因者，究易於善創。
如慮船廠擇地之難，則福建海口羅星塔一帶，開槽浚渠，水清土實，爲粵、浙、江蘇所無。臣在浙時，即聞洋人之論如此。昨回福州參以衆論，亦復相同。是船廠固有其位也。
如慮及其購覓之難，則先購機器一具，鉅細畢備，覓僱西洋師匠與之俱來。以機器製造機器，積微成巨，化一爲百。機器既備，成一船之輪機即成一船，成一船即練一船之兵。比及五年，成船稍多，可以佈置沿海各省，遙衛津、沽。由此更添機器，觸類旁通，凡製造槍炮、炸彈、鑄錢、治水，有適民生日用者，均可次第爲之。惟事屬創始，中國無能赴各國購覓之人，且機器良楛亦難驟辨，仍須託洋人購覓，寬給其值，但求其良，則亦非不可必得也。……
如慮籌集鉅款之難，就閩而言，海關結款既完，則此款應可劃項支應，不足則提取釐稅益之。又，臣曾函商浙江撫臣馬新貽、新授廣東撫臣蔣益澧，均以此爲必不容緩，願湊集鉅款，以觀其成。計造船廠、購機器、募師匠，需費三十餘萬兩；開工集料、支給中外匠作薪水，每月約需五六萬兩，以一年計之，需費六十餘萬兩。創始兩年，成船少而費極多。迨三、四、五年，則工以熟而速，成船多而費亦漸減。通計五年所費，不過三百餘萬兩。五年之中，國家捐此數百萬之入，合雖見多，分亦見少，似尚未爲難也。
左宗棠說，只要我們找到能人來管理這個企業，一定能大獲其利。
左宗棠無疑希望能在福建親自指揮海軍的建設，但在1866年秋季，他奉命前往西北，出任陝甘總督。這對他是一個很大的打擊。他已經全心投入沿海省份福建和浙江的重建與恢復，促進中國海軍的建設。他充分相信自己具備一位文職大員的能力。新的任命意味着戰爭，因爲陝西和甘肅已被回民軍佔領了5年之久，那裡的局面十分危險。而且朝廷不會容許曾國藩、左宗棠和李鴻章這樣的人在和平的環境下安居下來，因爲他們可能沉溺於悠閒的權力之夢。
1866年12月10日，左宗棠準備離開福州。他一直操勞到動身前的最後一刻。他自己說，在福州駐留的最後40天裡，他寫了30份奏章，40多封信函，還就福建與浙江的公務發出指令。《年譜》說，在他起程的那一天，百姓涌到他要通過的街道上，請求左大人不要離開。左宗棠不得不將起程的日子推後，在第二天悄然離去。
註釋：
［1］《利希霍芬信札》，第75－76頁。
［2］《太平天國始末》，第12卷，第20－23頁。
［3］《清朝野史大觀》，第4卷，第49頁。
［4］《清朝野史大觀》，第7卷，第81頁。
［5］《清代通史》，第2卷，第403－407頁。