原本崇禎皇帝以爲，缺餉多少就發多少下去，很容易的事情。可沒想到，最終還是戶部尚書畢自嚴和兵部尚書申用懋爲此打了御前官司，才讓他意識中，這裡面的事情很複雜。
事情一開始的時候，是兵部尚書申用懋上本彈劾戶部尚書畢自嚴剋扣軍餉，不按冊補發欠餉。崇禎皇帝當時一聽，勃然大怒，這樣的事情還了得，立刻傳旨戶部尚書覲見。
畢自嚴其實早就有思想準備了，一見崇禎皇帝，立刻反過來彈劾兵部尚書道：“陛下，兵部所存軍黃冊乃是天啓年間覈實而已，如今戰亂頻繁，軍卒多有死傷。如若還按軍黃冊補發軍餉，臣彈劾兵部尚書意圖吃空餉！”
“陛下，臣亦彈劾戶部尚書剋扣軍餉！”申用懋也跟着奏道，針鋒相對，絲毫不讓。
崇禎皇帝聽到這裡，便知道自己想簡單了。他也不馬上就下定論，只是皺着眉頭想了會後，纔對申用懋道：“申卿，畢卿聽起來言之有理。當然，朕亦不信申卿會吃空餉，這其中緣故，可否解釋一二？”
吃空餉的事情，其實是肯定有的。崇禎皇帝也知道這點，不過他還真不信，兵部尚書敢明着來吃空餉，那膽子就太大了。
申用懋聽了，感激地一躬身，而後直起身子奏道：“陛下，我大明地方遼闊，軍兵衆多達百萬之巨。如若要使軍黃冊和實際一樣，這是不可能的事情。歷來做法，都是按軍黃冊作爲憑證的。如今要是再進行一次全國範圍的核查清軍，等數目報上來之後，臣估計戶部已無餘銀！”
他說完之後，自己都有點納悶。按說他所瞭解的畢自嚴，以前可不會這麼不配合。朝廷說要發餉，兵部去領了就是。只是不知道，這一次爲何畢自嚴竟然斤斤計較如此。
崇禎皇帝聽明白了他的意思，感覺有點無語。這申用懋是看到戶部現在有錢，所以趕緊要了，就怕以後要不到錢。
想到這裡，他眼睛看向畢自嚴，還沒想好說什麼。卻被畢自嚴誤會了，只見他立刻嚴肅地奏道：“陛下，此理由甚是荒謬！臣掌戶部，亦當爲國庫負責，爲陛下盡責！”
別人可能沒法理解他的堅持，其實他是受夠了戶部沒錢的苦。想想看，這個找他要錢，他沒錢；那個找他要錢，他也沒錢；他要辦這事，沒錢，他要辦那事，還是沒錢。
當上戶部尚書後，缺錢這事兒，甚至都成了他的惡夢。他的親兄弟，遼東巡撫畢自肅，就是因爲沒錢最終送掉了性命。如果說大明誰最怕聽到錢這個字兒，恐怕不是大明皇帝，而是戶部尚書。
如今，戶部終於有了錢。畢自嚴是窮怕了，自然格外珍惜現在手中的錢。誰要往他手裡把錢往外領，他都得好好掂量掂量。
要是換以前的話，戶部反正沒錢，你兵部一紙公文過來說還欠餉多少多少。他就一個態度，隨你的便，反正我沒錢。可如今不同了，你一紙公文過來，他知道這裡肯定要花冤枉錢，那他就不幹了。
崇禎皇帝聽了畢自嚴的回答，覺得他說得在理，也是點點頭，而後目光看向兵部尚書。
申用懋一見，好像皇上被戶部尚書說動了，就急了，連忙奏道：“陛下，如若此時清軍，涉及到都察院，地方各級官吏衛所，不要說要花多少時間纔有個結果，光是最終呈上來清軍之後的軍黃冊，也不見得就確鑿無誤了啊！反正早也不準，晚也不準，不如先行補發部分欠餉也成！”
他知道皇上是非常關心欠餉的事情，去年底在朝會上，甚至還着重強調過欠餉的危害。加上就怕戶部的銀子用完，說話都帶了點耍無賴的意思了！
崇禎皇帝聽了，他有點搞糊塗了。畢竟這一世的崇禎皇帝，是從藩王突然間當了皇帝，對於軍制清軍事情自然不可能瞭解，而後世的他，就更不可能知道了。因此，他就不明白，這裡面到底有多少曲折？
這情況不瞭解，他就沒法做出正確的裁決。無奈之下，他只好讓兩位尚書下回去，等他補了功課之後再說。
崇禎皇帝隨後花了整整一天，纔算瞭解了其中的內情。這要說起來，又是大明開國皇帝留下的鍋。
話說起來有點長，長話短說，就是朱元璋基於唐朝時候府兵多募兵而被將帥利用，致產生武裝割據而對中央構成危脅的教訓，就效法元朝實行軍戶世襲，避免藩鎮割據之憂。
可這麼一來後，世襲軍戶從開國之初就開始逃亡。究其原因，主要有四點。
一是衆所周知的軍戶地位低，主要表現在軍戶要有五丁以上的方許充吏。但民戶即使僅有兩丁，只要識字，便可入充;另外人身自由也受到限制，不能過房，不許隨便入贅，不許學唱，不許下棋打雙陸，不許做買賣，還不能隨便結婚等等。要是犯罪，比起民戶，那是罪加一等。
第二，軍戶賦役及額外負擔沉重。每家軍戶，要有一人當正兵，另外再派一人跟隨當餘兵，就是打下手的那種，要正兵沒了就補上。另外還要再準備一個繼丁，也是打下手供應正兵日常並當替補。這也就是說，一戶人家至少3個壯丁廢了。
軍戶在賦和役上雖有優免，但真正被免除的只是一些“雜泛差役”。例如裡甲、均徭等名色的差役都是不能減免的，他們還必須承擔與民丁差不多的差徭。
第三，正軍、餘丁的基本生活條件得不到保障。正軍、餘丁在營雖有月糧六鬥。但妻小需要餬口，加之月糧或因軍官剋扣，或因拖欠不給，或因折銀給發等，往往不足養贍。
第四，軍士不得在本籍從軍，而是南北更戎，備嘗水土不服之苦，死人的事兒不少。
這麼苦的事兒，逃亡是必然了，這也是明軍爲什麼總不能滿員的原因。可以說，吃空餉這事兒，自然而然就產生了。
當然了，在朱元璋時代，就已經認識到了這種情況，也有采取措施，這就是清軍。