大明天啓六年，普天大旱，陝西、山西以及蒙古等地連續八月滴雨未下，陝西山西兩地土地龜裂，河流斷流，作物顆粒無收，百姓流離失所，各地飢餓難耐的百姓紛紛上山落草，一時間山西陝西兩地是赤地千里，餓莩滿地！
要是這個情況在朱由校登基以前，這裡毫無疑問的又要爆發一場傷及大明國本的暴亂，但是如今朝廷國庫充實，糧草準備充分，早在大明西北發生乾旱之前，朱由校就開始從糧食富餘的江南、倭國還有東南亞海上貿易收集糧食，然後利用由大明物資商號往西北囤積糧草，然後派出大量的賑災觀察使負責賑災事宜，然後又從京師和遼東調集兵員加強陝西和陝西兩地的防禦，幾種方法下來，總算勉強控制住了陝西和山西兩地的局勢。
和山西和陝西兩地情況類似，蒙古草原也經歷着一場罕見的大幹旱，草原上的大部分牧草旱死，就是沒有旱死也是根本不夠蒙古部落大量的牲畜食用，糧食的缺乏和水源的乾涸使得牛羊馬匹也隨之大量死亡，在整個蒙古草原上，除了一些佔有水草十分豐盛的牧場的大部落還能夠勉強維持生計之外，其他小部落紛紛遷徙，到處尋找新的水源和牧草，可是蒙古人在蒙古草原上多年的生存，新的牧地那是這般容易尋得的，而在和蒙古草原相距不遠的大明土地上，同樣乾旱的大明百姓卻是活地有滋有味。??怎麼也讓蒙古的那些遊牧民族覺得不爽！
在以前，手無寸鐵的大明百姓在餓着肚皮的情況下，還敢起來反抗巨大無比的國家機器，如今，全民皆兵的蒙古部落在肚皮和強大的大明面前，顯然會選擇肚皮！先是和大明接壤地一些蒙古部落嚮明朝九邊的守將借用糧草，可是朱由校地仁義卻只是對一部分蒙古部落有用。??這些部落kao近大明邊境，在長達幾年。??甚至幾十年的茶馬市交易和日常商貿中和大明建立了十分不錯的關係，而對於接連轟涌而至的蒙古部落，朱由校顯然不會翻上農夫與蛇的錯誤，蒙古人絕對不是一點點糧食就能餵飽的，再說這糧草養活那十幾個蒙古部落還行，但是要養活一百多萬受災的蒙古牧民，那是這般簡單地！
再索取不到的情況下。??總有人要鋌而走險，在大明天啓六年六月的時候，以前零星的蒙古入境掠奪活動終於有越演越烈的趨勢，在整個大明九邊防線上，所有的部隊都進入了戰備狀況，除去九邊上散佈的十六個通州師，朱由校還從京師調集了三個通州師支援地方，不過對於來去如風的蒙古騎兵來說。??由三十幾萬大明士兵守着地長達幾千裡的防線漏洞實在太多，蒙古人不斷的利用明軍的防線間隙進入大明境內燒殺搶掠，九邊上接連不斷的奏報讓本想安心求發展的朱由校終於按捺不住自己地殺心了！
這就是朱由校第二次出巡時的狀況，對於中國來說，西北永遠是叛亂的根源，也是割據的好地方。??朱由校深深明白如果不是自己的出現，在未來的日子裡，也許有個叫李自成的人會從西北起家，然後將大明滅亡，因此朱由校絕對不允許蒙古人在自己的七寸上狂小戳小打！
在西北兩個多月的巡查，使得朱由校認識到了和京師的繁華處於反面地貧困，而這貧困地原因就是歷史上不斷的征戰，長期地征戰將普通百姓掠奪的一無所有，而且將當地的基礎設施破壞的一乾二淨，沒了糧食作業所需的水利設施。??百姓在天災前面絲毫沒有抵抗的能力。??而破敗的驛道和長期征戰破壞的植被使得西北的經濟始終無法恢復元氣！
大明天啓六年八月，正是秋高氣爽的日子。??西北的貧瘠土地上的那麼些可憐的作物收割完畢，整個大明的軍事武器又轉動了起來，陸續向九邊集中的大明部隊給還在旱災和飢餓中掙扎的蒙古林丹汗傳遞了一個非常危險的信號，也許蒙古部落不在老天面前屈服，卻要屈服在一個農耕民族的手中！
經過了幾年發展的明軍部隊和當初遼東征服後金的明軍部隊相比，其間的進步不是一點點，大明迅速發展的冶鐵業使得原本昂貴無比的紅夷大炮成爲了軍隊的常規火炮，原本的車營陣經過幾年來的演練已經有了許多新的戰法，騎兵的大規模衝鋒已經不是明朝火器部隊的威脅，可以一次發射二十四枚火箭手雷的火箭車已經列裝部隊，而與此相反，原本就戰力不及後金的蒙古部隊如今還在原地踏步，征服蒙古對朱由校來說，似乎實在進行一場考校耐心和財力的戰爭，如何在莽莽草原上圍剿來去如風的蒙古騎兵，如何穩固自己在蒙古的佔領地位，如何保準進入草原之後的漫長補給線，如何將桀驁不遜、四處漂泊的蒙古牧民變成一個依草而居的牧場主？這些都是朱由校需要解決的問題。
不過朱由校並不指望蒙古的牧民能夠一勞永逸的解決，就是如今在遼東屬於少數民族的女真人也沒有真正融入大明的統治中來，收復遼東已經有五年了，五年來，朱由校對遼東的和平演變，文化影響絲毫沒有鬆懈過，但是這些對於那些智力成熟的成年人來說，是絲毫沒有作用的，只有經過幾代人的時間，女真人才會徹底的融入大明的文化圈！
大明天啓六年九月，朱由校御駕親征蒙古，調動大軍三十五萬，分成兩路大軍，一路爲遼東攻勢，由李之藻率領遼東十萬大軍出征，另一路爲大同攻勢，由朱由校率領九邊和京營二十五萬大軍由山西大同出兵，兩路大軍進入蒙古境內之後，蒙古部落紛紛避開鋒芒，或是整族搬遷而走，或是上表依附大明，而蒙古境內的幾個大部落卻是集結部落中所有男子，湊齊四十萬士兵，準備與大明決一死戰！
如果說明軍當初和後金的戰鬥屬於菜鳥火器部隊和精銳騎兵的對決，只有一線的差距，還有勝負的懸念，而如今明軍和蒙古的戰鬥便是火器部隊和騎兵的對決，整整差了一個時代，怎麼能夠不形成一邊倒的情形，再加上蒙古士兵糧草缺乏，士氣低落，明軍兩路大軍在經過幾次狙擊戰中大勝之後，蒙古林丹汗便面臨着調動不力的局面，一方面，蒙古部隊不願意明朝勢力進入蒙古草原，奪去自己的地位，而另一方面，明軍強大的武力又使得蒙古各個部落首領清楚認識到自己抵抗的脆弱性，更不願意聽從林丹汗的調動，去當明軍的炮灰！
一方積極主動，一方四處流竄，勝負已無懸念，朱由校的部隊不是移動緩慢的步兵，而是移動稍微遜於騎兵的車營部隊，更何況車營部隊中同樣搭配着數量可觀的騎兵，這些騎兵之中有着數量衆多的後金騎兵，這些爲了贖罪而在軍中服役的後金騎兵在明軍的炮火支援之下更是兇猛，加上明軍在對後金的作戰之中積累了大量的作戰經驗，對於騎兵來去如風的作戰方法也甚是熟悉！
大明天啓六年十一月，蒙古草原上正是天寒地凍之際，明朝二十萬大軍將蒙古林丹汗的二十五萬大軍堵截於林丹汗的主營地呼和浩特，發生激戰，明軍經過半月的圍攻終於擊潰林丹汗大軍，蒙古二十五萬強行徵集的士兵頓時化爲烏有，林丹汗陣亡，其母率領林丹汗所轄的察哈爾部落投降明朝，察哈爾部被征服，隨着林丹汗的滅亡，其屬喀喇沁、土默特和鄂爾多斯諸部，亦盡皆歸附，然後朱由校三十五萬大軍分成數路，四處征戰漠南蒙古，大小蒙古部落紛紛歸附，整個征服戰役一直維持到大明天啓七年六月纔算完成，自此，漠南蒙古科爾沁、札賚特、杜爾伯特、巴林、札嚕特、奈曼、喀爾喀、茂明竅、烏拉待、喀喇沁、烏珠穆沁、察哈爾、土默特、鄂爾多斯等部全部納入明軍勢力範圍，漠南蒙古爲明朝所統一。
和艱苦的統一戰爭相比，蒙古土地的管理顯然更讓朱由校頭痛，好在朝廷的理藩部已經有了女真工作的經驗，在朱由校大軍所到之處，便有大量的明軍官吏接踵而至，進行各種安撫重建工作！一時間，各地雖然小叛亂接連不斷，但是明朝的統治卻是十分穩固，加上蒙古歸入大明版圖之後，原本規模受禁的茶馬市和日常貿易已經全然取消，各個部落所在的駐地有大量明朝商人轟涌而至，原本十分缺少的生活物資突然出現，使得不管是蒙古的貴族還是平民的生活水平都大幅度提高，特別是明朝還給很多蒙古人提供移民服務，讓一些蒙古人到明朝統治已經十分穩固的遼東地區居住，除了這些，朱由校還大量安排以前的蒙古部落首領擔任沒甚實權的各種虛職，而且明軍在統一蒙古之後九邊的軍事壓力大幅度減輕，兵力全部外移，在蒙古駐紮了十一個精銳通州師還有其他各種部隊四萬多人，總計十七萬部隊集中在蒙古。??各種優惠條件和強力統治之下，蒙古已經失去了再分裂的能力，問題在於要多久才能完全同化與明朝的統治之下……
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