碇唯“復活”並沒有在NERV造成多大的影響，事實上除去冬月副司令和律子這樣的核心成員外，NERV幾乎沒人知道碇唯。
日子一天天過去，NERV的重建十分順利。與此同時，政府也開始對NERV進行了大刀闊斧式的改革。
出於對EVA強大力量的恐懼，聯合國在一番討論之後出臺了《EVANGELION禁止法案》，決定禁止一切關於EVA的使用和研發，現存的四臺EVA、莉莉絲和郎基努斯之槍將全部沉入太平洋洋底，永久的封印起來。NERV也不再作爲絕密的特務機關存在，而是改革重組成爲一個全新的科研機構，依舊附屬於聯合國，繼續研究生命進化學。
碇源堂雖然依舊掌握着NERV，但是這時候已經不能再他叫“司令”了，而應稱他爲“NERV研究院院長”。冬月則拒絕了“副院長”的頭銜，他說既然一切都已經結束了，他想回到校園做回自己的老本行，也就是老師，當然，這不代表他離開了NERV，他在NERV還掛着個“顧問”的頭銜。
冬月拒絕了任聘後，這個副院長的職位就自然而然的落在了美里的頭上，美里算是又升了一級，可喜可賀。律子依舊是NERV的首席科學家。加持則離開了NERV，開始真正爲內務府工作，據說他也升官了。青葉茂、日向誠、伊吹瑪雅自然還留在了NERV。
至於真嗣、明日香和麗，沒有了EVA，現在他們只是普通的十四歲小孩子了，他們的生活重新歸於平靜，平靜的甚至有些無聊，但是真嗣和麗卻覺得這種無聊的日子十分幸福，只有明日香偶爾會發一聲牢騷“好無聊啊——”
在NERV重建的差不多後，政府開啓了重建第三新東京市的項目，或許，現在應該叫第四新東京市了。重建的第四新東京市就坐落在地底世界的戰場上，NERV“金字塔”的旁邊，政府似乎是打算把第四新東京市打造成一個國際科研都市，在政府和聯合國的大力支持下，第四新東京市日新月異，一棟棟高樓在“金字塔”旁拔地而起。
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一晃半年時間過去了，這一天，天剛剛亮李曉就早早的起牀了。他先是衝了個澡，然後站在鏡子前，將頭髮梳成大人模樣，再穿上一套帥氣西裝，看着鏡子裡英姿勃發的自己，李曉滿意的點了點頭。
爲什麼今天李曉刻意打扮了一番，而且還穿的這麼正式呢？那是因爲今天是一個特殊的日子，今天，美里和加持要結婚了！
一個月前，美里突然宣佈她和加持要結婚了。經過一個月的精心準備，這一天終於來了。
兩人結婚的地點就選在NERV本部，一是因爲第四新東京市還沒有建造好，二是因爲這裡承載了美里和加持太多的回憶，而且經過一番重新裝修後，NERV的內部結構已經完全變了，現在的NERV是一所純粹的科研機構，這裡不再對外保密，甚至允許研究人員將自己的家屬接進來一起住，已經儼然是一座埋在地下的小型都市了，而適合作爲結婚場地的大型禮堂自然也是有的。
李曉來到禮堂的時候已經是人山人海，他在人羣中隨意的轉了一圈，忽然意外的發現在角落裡的一張餐桌上，明日香和渚薰正坐在那裡。渚薰同樣是一身得體的黑西裝，明日香則穿着一件熱情似火的紅色短裙禮服，這兩人的組合雖然十分稀奇，但是不得不說俊男美女坐在一起還是相當養眼的。
另外順便一提，渚薰還活着這件事碇司令已經知道了，現在使徒已經滅絕，EVA也封印了，所以碇司令也沒說什麼，算是默認了渚薰的存在。自從碇唯回來後，碇司令整個人就好像變了一樣，雖然依然總是板着個臉，但比之前可要有人情味多了。
李曉走過去，對明日香和渚薰打招呼：“你們倆夠早的啊。”
明日香在桌子上拄着下巴：“是你太晚了。”
“曉，你今天可真是帥氣啊。”渚薰微微一笑，還是那麼優雅。
李曉坐下來，得意的嘿嘿笑道：“彼此彼此。”
三個人閒聊了兩句之後，真嗣也到了，一起到的還有碇司令、碇唯和麗，現在他們四個人儼然就是一家人了。李曉看見真嗣很開心的在和碇司令交談着什麼，這是以前不敢想象的畫面，看來他們父子倆終於和解了。麗的臉上也帶着高興的表情，她穿着一件黑色禮服，碇唯在旁邊挽着她的手，兩人一起走過來就好像真正的母女一樣。
他們一家四口來到李曉這邊，與李曉三人打過招呼後，碇司令和碇唯就離開了，真嗣和麗留了下來，畢竟大人有大人的世界，小孩子有小孩子的世界。
李曉、真嗣、明日香、麗、渚薰，五個人坐在一起閒着無聊就開始閒扯。又過了一段時間之後，禮堂裡忽然響起了婚禮進行曲，五個人立馬不約而同的抻着脖子向禮堂的大門口看去，只見大門緩緩打開，一身西裝筆挺的加持挽着一身潔白婚紗的美里緩緩走了進來，婚禮正式開始了。
婚禮進行的很順利，李曉由衷的爲美里和加持感到高興，他之所以又在EVA世界留了這麼久，其實就是在等最後這場婚禮，現在李曉終於沒有任何牽掛了。
吃飯的時候，話題不知道怎麼就聊到了未來的理想，而讓李曉有些意外的是，真嗣他們竟然都已經考慮過未來要做什麼了。
明日香說：“我暫時不打算回德國了，我想要留在NERV，我的媽媽是科學家，我將來也想做一名科學家。”
麗：“我將來想要開一家花店。”
真嗣：“我有點想做老師。”
渚薰：“我打算先去上學，等畢業了留在NERV，既然我現在已經是人類了，自然要體驗人類的生活。”
四個人依次說完之後，四雙眼睛立刻齊刷刷的看向李曉，等待李曉發言。
感受到他們期待的目光，李曉的心裡頓時十分難過，因爲他在EVA的世界沒有未來，他已經完成了他“HAPPYEND”的目標，這場婚禮是他在EVA世界的最後一天，他打算離開了。
雖然李曉心中清楚，這個世界中的一切都只是動漫APP一系列計算產生的結果，但是現在，李曉坐在婚禮的現場，真嗣、明日香、麗、渚薰，他們坐在李曉的面前，李曉看見的不是一堆數據，而是一條條鮮活的生命，一張張溫暖的笑臉。
李曉無可奈何，他決定撒最後一個謊，他笑了笑，說：“未來那麼遙遠的事情，我還沒想好呢。”
之後，加持和美里也來與李曉他們打了招呼，加持難得收起輕浮的氣質，正經了一回，美里則幸福的滿臉笑容。
婚禮結束後，李曉獨自一人回到他在NERV的房間，他躺在牀上，呆呆的看着頭頂上的白色天花板，沉默了好一會兒。離別總是傷感的，但是離別又避免不了。
這時候，佩琪似乎是察覺到了李曉的心思，她從手機裡冒出來，坐在李曉的胸口上，安慰道：“以後你還可以隨時進入EVA世界嘛，存檔都在，又不是再也來不了了，傷感什麼？”
李曉長舒一口氣，頗爲感慨的說：“我也知道，但是在這個世界經歷了這麼多之後，總歸是有些不捨得。”
佩琪微微一皺眉，擔心的說：“我可提醒你，別忘了這個世界只是虛擬的，現實世界中，你現在還倒在牀上睡大覺呢。”
“我明白。”說着，李曉慢慢閉上雙眼。“佩琪，送我回去吧。”
晚安，EVA世界。