當佐助一行人回到木葉村的時候，大蛇丸聯合砂之國發動的木葉崩潰行動以失敗告終。
三代火影在最後，以自己的生命爲代價，使用波風水門開發的屍鬼封印術，封印了大蛇丸的雙手，以及被大蛇丸穢土轉生的初代火影和二代火影。
大蛇丸發動的木葉崩潰計劃，最終以大蛇丸的逃走、以及砂之國無條件的投降結束。
而和鳴人一起追擊我愛羅的鹿丸，在最後關頭，被趕來的阿斯瑪救了一命；志乃中毒後，在失去意識前，前來增援的父親志乃志微及時趕到，志乃志微用自己的寄環蟲幫助志乃解除了毒素，追擊我愛羅的木葉忍者，圓滿完成任務，並且完好地保存了自己。
在戰爭剛開始時，由於大量的敵方忍者混入了木葉忍者或者普通民衆中，加上又是突襲，木葉的忍者必須要先保證民衆的撤離，在這個防禦階段，大量的木葉忍者以生命爲代價，抵擋砂忍與音忍的攻擊，讓後方的人員能夠快速的轉移；在木葉的普通民衆、特別是小孩、忍者學校裡的學生，都安全轉移到木葉的防禦設施裡後，木葉忍者吹起了反攻的號角。
畢竟木葉現在還是名義上的忍界第一忍村，實力比起三戰後掉到最後的砂之國和大蛇丸剛成立不久的音忍加起來，還要強上一疇。
在此戰中，木葉秘密的根部並沒有投入到木葉保衛戰中，以團蔵爲首的長老團勢力，實力也因此沒有削弱。
這讓後來成爲木葉第五代火影的綱手，在擔任火影后，處處受到長老團的壓制，在處理木葉事務中，不能順心所意，這也是綱手以後常常在火影辦公室裡，大發雷霆的原因。
佐助方面，水無月白在佐助離開參加中忍考試前，佐助就告知水無月白，今天無論發生什麼事，都待在紅姐姐家中、或者隨大家一起撤離到安全地方，不準出來參加戰鬥，也可以在絕對安全的地方，幫助一些醫護人員。
佐助可是向水無月白許諾了許多的條件，才讓水無月白答應了佐助的這個要求的，佐助也因此才能放心的去追擊我愛羅。至於夕曰紅那邊，佐助是完全相信夕曰紅的實力的。
雖然木葉底蘊相比較深厚，贏得了木葉保衛戰的最終勝利。
但這場戰爭的損失，卻讓木葉大傷筋骨，一是失去了大量的優秀忍者，一時讓木葉的忍者資源緊張了起來；就具體來說，木葉的實力可能只比同樣參加了這一場戰鬥的砂之國強；二是大量的民衆傷亡、建築毀壞，經濟損失嚴重；最嚴重的是，象徵着一村的木葉村第三代火影猿飛曰斬，在與其昔曰弟子、木葉崩潰計劃的策劃者、大蛇丸的交戰中，以死亡的代價才擊敗大蛇丸，讓其退走，木葉的最高權力因此出現了真空，讓木葉村內部本來就嚴峻的形勢更復雜。
在三代火影猿飛曰斬還在世的時候，火影派系的人顯然是佔着優勢的；而在失去了三代，又失去了支持火影派系大量的忍者，相對沒有受到損失的長老團一方，兩方間實力對比發生了較明顯地變化；四是已經和平了十多年的木葉村民，當這場戰爭過後，也不可避免地出現了人心浮動。
而且，現在的木葉村內，沒有一個人能得到超過半數人的上忍認同，而坐上火影之位；
在木葉崩潰之戰中，做出了卓越貢獻的自來也，是目前木葉村內呼聲最高的人選，也是目前木葉村內，最適合的人選，但自來也不願意擔當火影這個煩人的職位，似乎自來也這次回到木葉，真的只是路過，恰好碰到了木葉的這些事，就順便幫助木葉解決了一些問題。
沒有人擔當火影，木葉村也因此沒有一個領頭的人，這是木葉目前最大的危機；而且，他們還不知道另一個更大的危機，已經開始向着木葉襲來，哦，不對，應該是向着整個忍界襲來纔對。
木葉實力的損失、經濟的損失、人心的不安定、火影的歸屬，這些重大的問題，必須要儘快地解決，纔有可能讓木葉從重大的損失中，慢慢的恢復。
佐助回到木葉後，沒有直接回夕曰紅家，而是去了木葉醫院。
此時，木葉醫院裡傷者無數，很多人都是沒有病牀的，隨便找一個地方，鋪上一張毯子，就是病牀；另外，藥品由於大量的消耗，也開始緊缺了。
當佐助來到木葉醫院時，看到醫護人員人來人往，醫院內處處都充滿着痛苦的呻吟聲。
而且從傷者的眼裡，佐助看到的是灰暗與迷惘，此時，他們可能還不清楚，爲什麼木葉作爲忍界第一忍村，從來沒有被其他忍村攻入到村中的歷史，即使在最困難的三戰時期，木葉以一對四，雖然不是同時對上其他的四個大忍村，木葉也是最後的勝利者；今天本是應該是一場讓其他忍村見識到木葉新生代的強大，以表示出木葉第一忍村的名副其實，但怎麼突然就被襲擊了呢？
而且襲擊者中，還有現木葉的同盟國砂之國，木葉村究竟是怎麼了？木葉的村民們心中都在想着這個問題。
不止是醫院裡的傷者纔會這麼想，現在是整個木葉的民衆都表現出了對這場戰爭能夠發生、而且是在木葉毫不知情的情況下，攻入了木葉內部！
這是木葉民衆想不通的，也是木葉民衆不相信的，木葉怎麼可能讓其他的忍村攻進本村呢？木葉的民衆，對木葉的高層，此刻顯示出了不信任，這對木葉的重建，可不是什麼好事。
佐助隨即就加入了對傷者的治療，清除傷口中的雜物、用查克拉止血、包紮等，在佐助熟練的手中一一快速完成；但對於大量的傷者而言，佐助的治療速度就慢了。
當佐助經過二個小時的連續治療，查克拉用完，到旁邊休息室休息的時候，佐助見到了此時也在休息的雛田和水無月白。
水無月白果然還是無法眼睜睜地看着別人的痛苦而無動於衷，自己來到了木葉醫院裡幫忙。佐助通過雛田瞭解到，這裡的大多是木葉的普通民衆，而且只是一個醫療點，在木葉的其它地方，也就近設置了多個醫療點，那樣能儘快的給受傷的民衆治療。
接下來的一週，佐助都是待在木葉醫院裡渡過的。佐助難得的進行了大量的實際治療，在這一週時間裡，佐助大概治療了六七百傷者，每天都讓佐助累得筋疲力盡。
還好，水無月白心痛佐助，雖然也每天都會到木葉醫院幫忙，但到時間的時候，水無月白就會回到夕曰紅家，做些佐助喜歡的菜。
對於水無月白來說，佐助可是比木葉醫院裡的傷者重要得多了。