澤芽市，五年前，在獲得了黃金果實並完全進化的葛葉紘汰的協助下，吳島光實變身爲假面騎士龍玄成功擊敗了以假面騎士邪武的姿態復活的光金，用自身的行動得到了Zack,城乃內，凰蓮以及光實的親哥哥貴虎等人的信任，並原諒了他以前犯過的一切的過錯。貴虎爲復興因菲姆辛姆族入侵城市而處於崩潰邊緣的世界樹財團，與日本三大財團之一的財團X合作併成功研發出第二代戰極驅動器和第二代創世紀驅動器。而與此同時，在人們以爲世界太平之時，在另一個世界，葛葉紘汰創造的一個具有嶄新生命的星球上，新的怪人族 艾斯德斯族成爲地戰勝了遭遇海姆冥界之森吞噬的命運並使族人獲得了身體上的進化，並且可以擁有人類的面貌。爲了使種族究極進化，艾斯德斯族趁身爲起源之男的紘汰不注意而悄悄將森林入侵地球，而他們的勢力已經遍佈在澤芽市外圍的異次元空間中。
財團X也很快發現了艾斯德斯族的以及海姆冥界的存在，於是抓住機會研發了第二代的普通鎖種和能量鎖種，並開發出檸檬Lockseed和櫻桃Lockseed，雪梨Lockseed，柚子Lockseed和楊桃Lockseed等新的普通A級別鎖種。由於佔用地的需要，位於神木旁邊的新建的一所高中被拆除，學校所在地被世界樹強行奪走。許多學生都不得不轉到其他高中讀書，而身爲窮人家的孩子，齊藤蓮羽卻因此而輟學，18歲的他因此與高考失之交臂，父母因爲與世界樹安保人員發生爭執而被慘遭殺害。失去學業，失去未來，失去雙親的蓮羽開始變得沉默寡言，冷酷無情，並漸漸不再與摯友，身爲Team. 鎧武的新任隊長宮本竑月聯繫。
察覺到事情真相的竑月不顧舞隊的反對隻身前往蓮羽所在的巴隆隊駐紮地，一個白色的充滿高科技質感的房子。然而，就在轉角的巷子裡，竑月親眼看到一個手夾着戰極驅動器的男子拿着一個海姆冥界果實塞進了嘴裡並大口大口地嚼了起來。意想不到的一幕出現了，那個男子的身體裡突然伸出無數的綠色蔓藤，緊接着便變成了一隻全身藍色的天牛型的怪物，竑月從它那雙紅色的雙眼中察覺到陣陣殺氣，“這不是Inves嗎？不是五年前就被光實哥他們消滅掉的嗎怎麼…，看來得想想辦法才行，我可要像光實君那樣變身成假面騎士戰鬥啊！”注意到掉落在地上的戰極驅動器的竑月一個箭步衝上去，迅速移動腳步閃開怪物的攻擊並順手抓住戰極驅動器，在怪物還沒有反應過來時伸出右腳踢開了它。“戰極驅動器嗎？好的，光實君不是說過嗎，擁有力量的人要肩負起保護他人的重任嗎？現在就讓我來打倒你，Inves！變—身—！”竑月將戰極驅動器放在腰上，黃色的腰帶從驅動器兩端延伸而出並銜接起來緊緊扣在腰間，驅動器上出現了一個假面騎士鎧武模樣的側面的圖騰，腰帶右側出現了一個掛着三個普通A級鎖種的鎖釦裝置，竑月拿着編號爲LS-07的柳橙鎖種裝着在驅動器中間的鎖槽中，右手抓住驅動器上的刀形推動裝置Cutting Blade切開鎖種，只見半空中出現一個環形裂縫，一個金色的橙子從異次元空間出現並從天而降，在完全罩住竑月的腦袋後突然分成四塊並變形爲一副鎧甲覆蓋在竑月身上，腰帶左側掛着兩把金色的***—武神軍刀，竑月瞬間就變身成一個身披一副酷似宮本武藏盔甲的金黃色柳橙鎧甲，腰挎兩把武神軍刀，手持一把橙子果肉模樣的大刀“大橙丸”的戰士。“既然紘汰前輩叫假面騎士鎧武，Armored Rider Gaim的話，那身爲晚輩的我就叫假面騎士新鎧武，即Armored
Rider New Gaim 吧！我要將一切罪惡打倒!”
假面騎士新鎧武手持大橙丸衝了上去，沒想到那怪物稍微一閃躲開攻擊然後一爪打掉了假面騎士新鎧武手中的大橙丸並將他踹倒在地上。“可惡，難纏的傢伙！”假面騎士新鎧武伸出雙手拔出腰側的兩把武神軍刀擋下了怪物的攻擊並在它身上砍開了兩道深深的口子，望着怪物倒在地上的模樣，假面騎士新鎧武抓住刀形推動裝置在鎖種縱切面上切了兩下。“Orange Au-Lait!"兩把武神軍刀劈出去的能量波聚集成橙子果肉片的模樣將怪物的身體瞬間劈成兩半！只聽一聲巨響，天牛Inves的身體爆炸開來並化作灰燼…
“這就是我的變身嗎？還是我的首秀哩～嗯嗯，這纔是屬於我的力量吧，光實君。”解除了變身的竑月望着西下的夕陽，自言自語道。”黑暗中，一個躲在角落裡的白衣男子的嘴角露出一絲詭異的笑容：“哼哼，事情開始變的有趣了，竑月君，我可是非常期待你的哦，那麼，這個A級別的芒果鎖種給哪個隊伍的人比較好呢？喲西，就是你了，齊藤蓮羽君。身爲齊藤的摯友，面對摯友的挑戰，你會做出什麼樣的抉擇呢，是爲了所謂友情而寧願被摯友殺死還是奮起反擊呀，竑月君？哈哈哈哈!”