不過，在處理同國民政府的關係時，佛採爾卻遇到了一些麻煩。德國顧問來華工作均以私人身份受聘於蔣介石，這種特殊的地位使他們同中方有關部門之間難免發生矛盾。1932年至1934年期間，南京政府軍事委員會一度試圖改變這種聘任辦法，降低聘任規格，由用人單位直接聘任，顧問也不侷限於德國人。爲頂住這場“改革”，佛採爾向蔣介石表示，德國顧問來華服務的基礎是委員長的崇高威望，而中國的官員們經常對蔣的指示陽奉陰違，因此德國顧問只願效忠於蔣個人。1934年5月，蔣介石下令，“各處德顧問以後改屬本委員長直接管轄，而受總顧問之指揮”。儘管顧問團由於蔣的支持保持了特殊地位，但佛採爾終因在中國官場積怨太深而去職。
繼佛採爾之後來華出任總顧問的是塞克特（HansvonSeeckt1866一1936）將軍。他是德國國防軍元老，在德國享有“國防軍之父”的美譽。他來華任職是蔣介石的殷切期望，也得到了德國國防部的大力支持。但塞克特任職時間很短，僅有10個月。
在出任總顧問之前，塞克特曾受蔣介石邀請，於1933年5、6月間到中國進行過一次考察。考察結束時，他呈交了一份《陸軍改革建議書》，作爲“貢獻***與偉大領袖的友情禮物”，由此奠定了他與蔣合作的基礎。塞克特建議的核心有三點內容：第一，他向蔣介石強調，中國整軍的目的是建立一支“在您本人統帥下的經過正規訓練的軍隊”，整個軍事系統的大權，包括訓練管理、發展、指揮調遣、人事任免等，均需集中於最高統帥的掌握之中，“今後在任何情況下，決不能再允許地方或較高軍事當局有任何獨自爲政之舉”。第二，中國必須儘快建立自己的軍火工業，不斷增加軍火自給，否則“在未來抗日戰爭中防禦和獲勝的可能性將微乎其微”。第三，爲抵抗日本侵略，應以長江中下游作爲戰略設防重點，並建立戰略交通系統。此外，他還提出了改進中國官員與德國顧問合作關係的一些辦法。蔣介石對塞克特的建議十分讚賞，認爲在中國“主持建軍”所需要的正是“這樣一個勝任的人”。
1934年5月塞克特來華任職時，蔣介石給了他一個十分特殊的頭銜“委員長委託人、總顧問”，並委以極大的權力，甚至規定當他本人不在時，塞克特具有代表他發佈命令的全權。不過，塞克特運用蔣賦予的權力十分謹慎。他吸取了前任的教訓，儘量不介入涉及人事關係的敏感問題，而集中精力於本職工作，致力於加強中國的國防能力。在短暫的任期內，塞克特爲中方制定了詳細的後勤供應表和一個發展軍火工業的計劃，將中國國防現代化與德國在遠東的經濟利益緊密聯繫在一起。在德國顧問及德國企業的幫助下，此後一段時間，中國在太原、濟南、昆明、重慶、南寧及廣東等地建立了新的兵工廠，並對漢陽、鞏縣等舊兵工廠進行了改造。應蔣介石的要求，塞克特還設計了從上海到南京間的江南國防工事，這條被稱爲“中國的興登堡防線”是中國抗日國防的一項重要工程。此時，由於顧問團的軍事性質已無須掩飾，塞克特在顧問團內部按軍事任務的需要重新做了分工，讓所有文職人員退出。
1935年3月，塞克特因健康原因離華，他的助手法肯豪森（AlexandervonFalkenhausen1878一1966）將軍接替了他的職務，成爲最後一任駐華軍事顧問團長。法肯豪森的背景有兩點特殊之處：一是他曾於1912年出任德國駐日本武官，對日本的軍隊及軍事戰略作過深入研究；二是他在政治上具有反納粹傾向。這個背景使他很容易得到中方的信任，事實上他也一直採取積極支持中國抗戰的態度。
上任不久，法肯豪森就向蔣介石提交了一份《關於應付時局對策之建議》。在這份建議中，他坦陳日本是對中國最嚴重、最直接的威脅，中國的應對方針及準備宜立足於日方軍人得勢。在分析了日軍的進攻方向和戰略部署之後，他指出，在目前的國際形勢下，列強沒有聯合或單獨干涉的可能，中國必須傾全力自衛。他提出了兩個具有遠見的建議：一是當中事力量尚不足以進行現代化戰爭時，可考慮“用持久戰抗敵”，二是應將四川作爲抗日的“最後防地”。在整軍備戰方面，法肯豪森繼續其前任確定的三項主要工作：訓練一支精銳的機動部隊、加強長江一線的佈防和加快中國國防工業建設。
中德易貨貿易和德火大規模輸華。
隨着德國顧問在華工作的展開，南京國民政府從德國購買軍火物資、引進軍工設備的規模也不斷擴大。這個過程以1934年爲界，大致分爲兩個階段。前一階段，雙方的交易基本採取“一手交錢，一手交貨”的方式。南京政府購買的軍火以槍械等輕武器和彈藥爲主，多用於內戰，只是爲裝備德式“示範軍”訂購了少量重型武器。由於中方外匯儲備有限，軍火貿易的規模受到相當限制。
1934年後，中德貿易方式出現了重要變化，雙方改行易貨貿易。這一年5月，塞克特來華出任總顧問，蔣介石秘密向德方表示，中國今後只購買德火，並委託塞克特會同軍政部兵工署署長俞大維研究採購軍火事宜。當年8月，國民政府財政部長孔祥熙與塞克特的好友、德國商人漢斯·克蘭（HansKlein）秘密簽訂了一份《中國農礦原料與德國工業品互換實施合同》（簡稱《中德易貨合同》，根據該合同條款，中國可先行向德國訂購軍火軍械及軍工設備，然後再以中國的農礦產品償還。由於有了這個合同，中方採購額迅速擴大。至1935年底，南京政府在德國訂購的軍火總價值已超過1億馬克。從訂貨的種類來看，防空炮、野戰炮、坦克車等數量明顯增加，這些武器顯然爲對日作戰所需。同時，爲啓動塞克特提出的發展中國國防工業的計劃和滿足對德出口礦產品的需要，中國也增加了工業設備的進口。
1936年4月，中德兩國政府簽訂了《中德信用借款合同》。這個合同實際是將先前南京政府與克蘭簽訂的合同升級爲兩國政府間的合同，同時由德國政府向中國南京政府提供一億馬克的貨物信用借款。新的合同對加強中國的國防和戰備無疑比前一個合同更爲有利。但是，對德國來說，出售軍火決不是爲了援華抗日，這只是一筆生意而不牽涉政治立場。當時，納粹德國正在加速重整軍備，其陸軍需要在中國檢驗其新式武器，國防經濟部門需要獲取並貯藏中國的戰略礦產原料，工業巨頭及軍火商人需要向中國推銷其產品並擴大銷售，這幾方面形成了推進對華貿易的堅定力量，並促使納粹政府從後臺走到前臺。
中德易貨貿易的互利性質十分明顯，當中國需要藉助德國加強國防的時候，德國也需要中國出產的各類戰略原料，其中最重要、最有吸引力的是鎢和銻，尤其是鎢。據有關資料顯示，當時世界上鎢產量80％集中在亞洲，而中國又是亞洲產鎢大國。1932年至1938年7年間，中國鎢產量佔世界總產量之37。6％，德國每年需輸人世界鎢產量之半數，其中60～70％從中國進口。1935年更高達90％。因此，德國人願意以軍火同中國易鎢砂來節省大筆的外匯。到1938年時，中國鎢砂出口79％輸往德國，軍火進口的80％則來自德國。
1937年6月，國民政府派遣行政院副院長孔祥熙及海軍部長陳紹寬赴德洽商軍火貨物交換及聘用德事技術人員等事項，德國政府再次肯定了易貨貿易的原則，並表示願調遣軍事和技術人員來華服務。
1936年和1937年是中方購買德火的。中國從德國訂購的海陸空軍裝備及軍火物資種類繁多，大到飛機、潛艇，小到手槍、子彈，幾乎無所不包。要弄清這一時期中德軍火交易的細目和確切數額十分困難。一方面，由於戰爭的需要，中方的訂單不斷變更，例如潛艇訂貨最後就全部取消；另一方面，由於後來兩國關係的變化，德方也沒有完全履行合同。不過，現存檔案還是披露了一些基本情況。1938年8月，中德雙方對負責兩國易貨貿易的“合步樓”公司（簡稱HAPBO）的帳目進行清理，有關報告說明：自1934年8月中德易貨合同實施後，中方向德方訂貨（包括軍火和軍工設備）總值在4億馬克以上；截至1937年10月，由德國運抵中國的軍火爲5000萬馬克。在隨後的11月，應中方緊急訂貨，德方又從其國防軍裝備中抽調了5300萬馬克軍火啓運來華；12月，德方又啓運了兩批包括十幾架俯衝轟炸機共值4400萬馬克的軍火來華。如此看來，在中國抗日戰爭的最初階段，至少有1。44億馬克（按當時匯率約合5816萬美元）的德火物資運抵中國。這些裝備縮小了中隊與當時號稱世界一流的日本軍隊之間的差距，對加強中隊在抗戰初期的作戰能力起到不小的作用。