大約在公元前1。2萬年至公元前1。5萬年期間，地球上發生了一次地殼的大變動，美洲的左鄰右舍，即大西洋中的“大西洲”－亞特蘭蒂斯大陸和太平洋中的“太平洲”－姆大陸，甚至傳說的印度洋中的“南馬杜賴”在同一時期沉入了海底，引發了世界性的大洪水。從壓力平衡的角度來說，地球上相距遙遠的兩大板塊下沉，必然導致中間的板塊上升。美洲大陸原來可能只是剛剛露出水面的一系列島嶼，星羅棋佈，就像今天太平洋上的波拉尼西亞的狀態一樣。和其它大洲相比，美洲的形狀就像在太平洲和大西洲兩大板塊的縫隙中擠出來的一個長條，不斷擡升，面積越來越大。
美國學者林恩。v。福斯特在《探索瑪雅文明》一書中指出，在公元前1。25萬年至公元前7000年，美洲開始有人居住，處於石器時期。時間和地殼大變動的時期相吻合。與東方四大文明古國不同的是，位於地中海沿岸的古希臘羅馬的文明。古代希臘人和羅馬人建築城市的地點，往往選擇山丘之上，如羅馬城最先佔據着帕拉廷山丘，在卡庇託林山丘上建築宗教庇護下的避難所，並在以後的征戰中，將被征服的居民遷入羅馬，在阿芬丁山丘建立居住地。這樣做的好處是顯而易見的，城市居高臨下，易守難攻，並能有效地防止被海潮或洪水淹沒。如果將城市建於農村，則佔據大量的耕地，從糧食供給的角度看，對於人多地少的島嶼顯然是不合算的。而且，這種城市的防禦薄弱，也容易被敵人攻破。不管出於什麼原因，正在向文明過渡的瑪雅人，當時所面臨的環境正如古代的羅馬人一樣，南北狹長的島鏈，就如同放大了的意大利半島。在這種環境條件下，瑪雅人的選擇和羅馬人如出一轍，即在山丘上修建城市，以節省平原上有限的耕地。他們創造了繁榮高超的文明，讓人歎爲觀止。後來，隨着大陸的迅速擴大，平原的面積亦急劇增加，文明的重心也轉向低地。
到了公元830年，科班城浩大的工程突然停工，接着，帕倫克的金字塔神廟也停止了施工。到公元909年，瑪雅人最後一個城堡，雖然石柱已經修建過半，也完全停止了。居住在四面八方的瑪雅人，不約而同地離開了繁榮的城市和肥沃的耕地，向荒涼的深山老林遷移。這種背棄文明，迴歸矇昧的做法，到底是什麼原因呢？
海島地區一般處在活躍的地質帶上，容易發生地震和火山爆發。如意大利的維蘇威火山，日本的富士山和關東大地震，地中海的桑託林火山等等。美洲大陸的不斷上升也意味着地殼的反覆振盪，地震、火山爆發、海嘯等自然災害頻頻出現，這對當時的任何民族來說都是異常恐怖的。林恩。v。福斯特對瑪雅人的地理環境做了如下的描述：高地地區擁有極爲複雜的地形。尤其是在危地馬拉，高地地區處於海岸正中而且跨越了兩個地質帶。自太平洋向內陸出現的第一條高地地質帶是一條極爲活躍的火山鏈，它由恰帕斯向薩爾瓦多延伸並穿越中美洲南部。其附近的諸多裂谷是由兩個地質構造板塊衝壓造成的。這種衝壓已經造成多次火山爆發及地震，給該地區帶來週期性的破壞，至今還在延續。自1542年西班牙人入侵以來，富埃戈火山爆發過不下50次，而且在危地馬拉的夜空下火山焰的閃耀是一種尋常的景象。薩爾瓦多的伊薩爾科火山幾乎直到十餘年前仍不斷爆發。然而數量最大的高地資源之一－黑曜石也正是由火山運動而形成的。羣山孕育了豐饒的谷地，其中一些十分遼闊，例如危地馬拉峽谷，在那裡現代的首都危地馬拉城在古代卡米納爾胡尤的廢墟上無規則地延伸。這些谷地曾經是，並且現在仍然是高地地區人口最爲稠密的地區。這些谷地分佈於海拔750至2000米的區域內，氣候宜人，四季如春；它們擁有肥沃的火山土壤，並有河流穿越其間，而且湖泊星羅棋佈，例如危地馬拉的阿馬蒂蘭特蘭湖和阿蒂特蘭湖，或形成於死火山口之上，或由坍塌的火山錐演化而來。由於在主要谷地附近分佈着黑曜石，古代瑪雅人獲得了寶貴的貿易資源。瑪雅人始終面臨巨大的環境變遷，其中最好的例證就是250年左右伊羅潘戈火山的爆發。它破壞了許多瑪雅地區南部的早期瑪雅文化的中心，迫使薩爾瓦多的查爾丘阿帕城遭到廢棄長達數世紀之久，並導致位於危地馬拉太平洋大陸斜坡東南部的遺址出現斷層。火山噴發產生的火山灰堆積在高地地區的河流中造成它們改道並氾濫於低地地區的諸中心。衆所周知，類似的爆發在危地馬拉高地和薩爾瓦多週期性的發生，在中美洲的其他地區，包括墨西哥中部也是如此。
大約在公元9－10世紀，美洲大陸發生了最後一輪地質大變動，大陸升降劇烈，引起了瑪雅人的極大恐慌。祭司們認爲上天動怒，降臨劫難，洪水很可能發生。於是，人們就紛紛放棄了低地平原上的城市，向高原上遷移。
在古代瑪雅社會，祭司作爲知識階層，掌握着數學、天文和曆法以及建築技術。他們被譽爲人和神之間的橋樑，是瑪雅世界的權威人士。據說，瑪雅祭司在西班牙入侵者到來之前就預見到這一事件，並且從神諭中得知，這些遠道而來的人將成爲瑪雅人的新王。面對頻繁的不可思議的地殼變動，他們總是主張用大量的人祭來平息諸神的怨怒。人祭的次數之多，規模之大，超過了世界上其它任何一個民族。16世紀西班牙人曾在祭祀頭顱的地方發現過13600具頭骨！當時的人，爲慶祝特偌提蘭大金字塔落成，在四天的祭祀中，就有360000人被殺！這就是著名的瑪雅人祭之謎。我們可以反問：如果不是出於對災難的長期恐懼，一般意義上的祭祀何至於此？有誰不愛惜自己的生命？