偵探團很快見到了持田進一，35歲得普通男子，“那是一個多月前的事情了，當時我喝醉了，記不太清了。”柯南問道，“你是從大馬路繞到小路回家的嗎？”持田點頭，他記得很清楚，那時候大馬路在進行大的道路工程，聲音挺吵的。所以他急忙進入了小路，走了一小段路，拿出打火機點菸，“我記得左手邊的方向，有用鏟子挖土的聲音傳過來。”柯南問道，“是這戶人家，沒記錯嗎？”持田卻說，“那時候喝醉了，大概是錯不了，聲音是從左邊傳過來的。”
柯南請持田做一下當時的樣子，持田答應了。持田記得那時候那裡停了一輛施工的卡車，覺得擋路，就轉入了小路。“大概是走到下水道桶蓋處點菸的……”說着話，持田掏出煙點上，柯南忽然發現大馬路是在西邊，持田是沿着小路向東走，“那時候是不是有很強的風吹來？”持田也想起來，“的確是啊，我第一次點菸火被風吹滅了，所以就轉身把煙點上了……等一下，這麼說的話……”偵探團也明白了，左右弄反了。柯南恍然大悟，怪不得那時候綿貫用望眼鏡觀察建築工地。
持田笑道，“怎麼你們也來問這個問題啊？你們在學做偵探嗎？”柯南一愣，“除了我們還有誰？”持田道，“是個相貌很奇怪的少年偵探，他也懷疑我喝太多，把方向弄反了……呵呵，我當時還堅持沒有弄錯，但他似乎沒有相信，你們來之前，他已經走了。”大家一起叫起來，“是怪哥哥！他也發現不對了。”柯南立即明白了，千鈞回去帶黑閃了，他也想到綿貫將早苗埋在隔壁的廢棄工地。
偵探團趕回事務所，告知了小蘭，“是我們少年偵探團首先發現的。”小蘭問道，“那到底在哪裡？”毛利不屑，“這些小鬼八成又在那裡胡說八道了。”柯南笑道，“大叔，可是新一哥哥和千鈞哥哥都說我們想得沒有錯。”毛利大驚，小蘭大喜，“柯南，你見到新一了？”柯南急忙否認，“我剛剛跟他通過電話，所以新一哥哥就打電話通知了目暮警官，千鈞哥哥已經帶着黑閃先過去了。對了，新一哥哥說讓毛利叔叔和小蘭姐姐一起過去。”毛利納悶，“去哪裡呢？”
綿貫家客廳，毛利父女、偵探團5人、目暮、高木、清水、幸田都到了。綿貫很生氣，“這到底是怎麼回事？目暮警官，你可以解釋一下嗎？”目暮有些慌張，“喂喂，你們幾個小鬼，沒有耍我們吧？要不是有新一的電話，我可是絕不會做這種事情的。”柯南笑道，“包在我身上，目暮警官。”
柯南開始了推理，5月8日晚上，早苗小姐離開公司後，順道來到綿貫家，接着就像幸田正夫想的一樣，“真的被綿貫慘無人道地給殺害了。”大家都吃驚，綿貫大笑，“簡直一派胡言。我還以爲你要說什麼呢？警方昨天不是把院子挖遍了嗎？”光彥道，“你埋屍體的地點不是這個院子。”文乃道，“而是在別的地方。”幸田大吼，“你們快告訴我，我妹妹被埋在哪裡了？”步美笑道，“只要到2樓去看，馬上就能知道。”柯南帶頭，向綿貫家2樓跑去。
大家只好跟上，一起來到2樓的那個房間。毛利四處查看，“柯南，屍體到底埋到哪裡了？”柯南道，“屍體不在這裡啊！”毛利差點摔倒，小蘭急忙拽住老爸。柯南示意，元太拉開了窗簾。大家向外望去，看見千鈞牽着一條黑犬在下面，黑犬對着地上的一個地方大聲狂吠。柯南笑道，“屍體就埋在那裡。”
柯南解釋，案發當時，這個公寓工程就像計劃的一樣，進行的非常順利。把屍體埋在那裡的話，再過幾十年都不用怕它重新翻建。所以綿貫才放心地將屍體埋在此處。光彥補充，“可是沒想到半個月後，卻發生了一件意想不到的事情。”步美接話，“公寓的工程突然停止了。”元太假裝驚訝，“哦，公寓不就蓋不成了？”文乃點頭，“的確有這個可能，那叫爛尾樓。”光彥道，“這樣的話屍體也許會很快被發現的。”
步美驚叫，“怎麼辦？如果是我，一定會擔心地睡不着覺。”元太擊掌，“那就用望遠鏡來監視了。”柯南道，“一點也沒錯，綿貫除了去醫院以外，從那天開始幾乎天天待在家裡。就用這副望遠鏡每天觀察公寓那塊空地的狀況。”綿貫辯解，“可是我根本沒有辦法進入那片工地啊！那裡都被圍死了，案發那天公寓的門也都被鎖住了。”
目暮質問，“你這麼說，好像曾經調查過。”綿貫這才意識到失言了，幸田大怒，“你狡辯什麼，下面那個怪偵探是怎麼進去的？他連狗都帶進去了！”綿貫也很奇怪，其他人卻都知道，文乃很是崇拜，“千鈞哥哥好厲害的，這樣的圍牆建築根本擋不住他，輕輕鬆鬆就能進去。”小蘭笑道，“千鈞是新莊大師的再傳弟子，想要帶着黑閃翻入工地裡面，沒有一點問題的。”
綿貫和幸田這才明白，原來這個怪少年如此身手不凡。步美道，“可是還有更可疑的呢！”光彥道，“不對，那個大洞是最近才發現的。”元太也奇怪，“柯南，這個老伯看起來沒有千鈞哥哥那麼了得，他是怎麼進去的？”柯南大笑，“這個只要問幸田先生就行了。說起來蠻巧的，因爲幸田先生也用了同樣的辦法……”幸田愣了一下，“難道是……”
偵探團都知道了，興奮地叫起來，光彥道，“像鼴鼠星人一樣，利用下水道，對不對？”文乃道，“肯定是這樣，鼴鼠星人沒有假面超人的身手，就從地下鑽來鑽去……”步美道，“不錯，這個老伯也沒有千鈞哥哥那麼厲害，一定從鼴鼠星人那裡得到了啓發，纔想到這個辦法。”元太恍然大悟，“原來老伯也喜歡看假面超人啊！”……所有人都一頭汗，這幫孩子可真能遐想。
柯南急忙將話題拉回來，繼續推理，那天晚上因爲小路路口停了施工的工程車，所以從馬路到卡車中間因道路工程形成了死角，綿貫義一打開後門的下水道蓋子，背上早苗的屍體，帶上鏟子，鑽入下水道。當時在進行大的工程，不管怎麼用鏟子挖啊敲啊，應該都不會有人注意，因爲這種聲音沒什麼奇怪的。但是不包括喝醉路過這裡的持田進一。
目暮警官爲了確認柯南的推理，親自鑽了一把下水道，進入了工地。大家也都從門口進入工地，千鈞走過來，“目暮警官，你怎麼學鼴鼠星人鑽下水道呢？”目暮沒好氣反脣相譏，“你好像又不經允許隨便闖入這個工地了吧？”千鈞哈哈大笑，“我這次可是找到了屍體！黑閃已經確認了屍體就在那裡，我們只要開挖，馬上就能找到。”黑閃對着前面大聲狂吠。千鈞走過來，“綿貫老頭，你現在還有什麼話說？”
綿貫支吾不出來，幸田正夫大怒，“你這個混蛋，你爲什麼要殺早苗？我要宰了你！”高木極力攔住他，“你不要這樣子。”綿貫困獸猶鬥，“你們有證據嗎？不要冤枉人。你們說的這些，都是小鬼的推理。我就算真的到這個工地來，那又怎麼樣？只要利用這個方法，不管是誰都可以進來。而且你們敢肯定屍體一定在這裡嗎？”
綿貫自己都記不清具體埋在那裡了，他只知道大概就是在這一片。綿貫指着黑閃嘲笑，“憑這條狗，就給我定罪嗎？”黑閃惱怒，向綿貫撲過去。千鈞急忙拉住黑閃，“我k，你不要鬧了，等一下我把屍體挖出來，大家就相信你了。”綿貫嚇得臉色蒼白，差點就暈過去了。黑閃惡狠狠地盯着綿貫，低聲吠叫，大家都覺得這狗好有靈性，似乎聽得懂人話。
柯南肯定，“沒錯，就在這裡。黑閃的確找到了地方。”大家都走過去，目暮問道，“柯南，你怎麼知道屍體一定在這裡呢？也有可能是黑閃找錯了……”黑閃齜牙咧嘴衝着目暮狂吠，千鈞急忙喝止，目暮擦汗，“你最好看好它，別讓它咬到人。”
柯南指着前面，原來黑閃所發現的位置附近，有一棵大波斯菊。毛利想起來，“原來如此，你妹妹早苗從同事那裡分到一些大波斯菊的種子，要帶回去種的。”小蘭也想到了，“但是一顆種子卻在屍體被埋的時候落了下來，生根發芽了。”
千鈞招呼高木和清水，開始動手向下挖。小蘭急忙帶着孩子們走到遠處，轉過身去。三人很快挖到了早苗的屍體，已經開始出現輕微的腐爛，面目都看不清楚了。目暮呼叫局裡，讓相關的鑑識人員馬上過來檢查。鼴鼠星人幸田正夫還是認出了妹妹，放聲大哭起來。綿貫義一知道抵賴不過，只好承認是自己殺了早苗。
那天晚上，二人因股票投資失敗的賠償問題起了爭執，綿貫惱怒下，決定中止與公司的合作，早苗追上去勸阻，“你聽我解釋，綿貫先生……”綿貫非常氣憤，突然起了惡念，一把將早苗推下樓去，早苗滾落樓梯，就此死去。高木和清水過來，給綿貫戴上手銬，“這些辯解之詞，回警局慢慢說吧！”目暮冷哼一聲，“事發後，你不報案，蓄意隱瞞，埋藏屍體，也是重罪。”綿貫義一無話可說。
尾聲，綿貫義一殺害幸田早苗，又蓄意埋屍，被法庭判處8年徒刑。少年偵探團破獲鼴鼠星人埋屍案件，警視廳給以c級獎勵。孩子們自然歡呼雀躍，千鈞將這筆錢取出來，平均分給5個孩子，然後又請他們去中華餐飲店大吃一頓。報紙上雖然刊登了少年偵探團破案的事情，但爲了保護未成年人，沒有具體提到孩子們的名字，只強調了一點，少年偵探團是名偵探毛利小五郎的弟子。大家自然以爲孩子們背後有人在指點，那人就是毛利偵探。
在那之後，幸田正夫所犯搶劫寶石的罪行，法官給以了緩刑處置。幸田來到毛利偵探事務所，向毛利、偵探團、千鈞等人道謝，打算帶着那棵大波斯菊的花苗一起回故鄉。幸田說，“雖然我妹妹不能回去了，但是我會將這棵花苗當做妹妹一樣好好照料。”大家揮手祝福，幸田悄然離去。鼴鼠星人的案件就到此圓滿解決了。
小蘭突然想起一件事，“柯南，你說你跟新一在電話裡說過話，對不對？”柯南叫苦，這下完了。小蘭笑眯眯地蹲下來，“那新一現在在哪裡呢？”柯南開始支吾找藉口，“這個嘛……”小蘭大怒，厲聲怒吼，“柯南，你快回答我！”柯南只好亡命而逃，“這比鼴鼠星人還恐怖！”
偵探團的孩子們圍着黑閃，都極力稱讚黑閃的追蹤能力，元太宣佈，“黑閃從今天開始就是偵探團的追蹤犬！”黑閃跟步美和文乃很親密，舔着二人的小臉，二人笑嘻嘻地跟黑閃玩鬧。千鈞無語了，“喂喂，我是它的主人，你們竟然沒有問我，就擅自決定……”話還沒說完，步美和文乃已經牽着黑閃去追柯南了，元太和光彥也急忙跟上，千鈞的話被直接無視了。
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