卻說神農自得到丹書之後便開始研習，卻不免冷落了家人，神農有個小女兒名叫女娃，最得神農喜愛，卻也是非常懂事，他見父親忙碌便也不去打擾，只和部落中的小孩一起玩耍，一日女娃出門玩耍，卻看見一個大孩子把小孩子當馬騎。小孩都累爬下了，大孩子還不肯罷休。
精衛走過去，指着大孩子的腦門怒斥道：";你這個人太不知羞恥，欺負小孩子算什麼本事，有力氣，去打虎打熊，人們會說你是英雄。";
大孩子見精衛是個小姑娘，生得單薄文弱，根本不把她放在眼裡。他從小孩背上跳下來，走到精衛面前說：";我是海龍王的太子，你是什麼人？竟敢來管我！";精衛說：";龍王的兒子有什麼了不起，我還是炎帝神農的女兒呢，以後你少到陸地上撒野，小心我把你掛到樹上曬乾。";龍王的兒子說：";我先讓你知道知道我的厲害，往後少管小爺的閒事。";說着動手就打。
不料女娃卻是天生不凡，又曾得神農傳授上清大法，那龍王太子卻不是對手，龍王太子子見打不過精衛，只好灰溜溜地返回大海。過些天，精衛到海中游泳，正玩得十分開心，剛巧讓龍王太子發現了。他游過來，對精衛說：哪天在陸地上讓你撿了便宜，今天你跑到我家門前，趕快認個錯，不然我興風作浪淹死你。";精衛倔強地說：";我沒錯，認什麼錯。";龍王太子見精衛倔強，根本沒有服輸的意思，立即攪動海水，掀起狂風惡浪，精衛來不及掙扎，就被淹死了。
精衛死後，變成一隻紅爪白嘴的小鳥，立志要把大海填平。她用嘴銜來石頭與樹枝投向大海，併發出";精衛，精衛";的叫聲，像是在激勵自己。她年年月月，永不停歇。那龍太子卻是不知此事已爲他龍宮埋下了禍根，日後差點讓他龍族滅族。
神農聽說女娃掉到海里淹死了極爲悲痛便做歌曰：精衛鳴兮，天地動容！
山木翠兮，人爲魚蟲！
嬌女不能言兮，父至悲痛！
海何以不平兮，波濤洶涌！
願子孫後代兮，勿入海中！
願吾民族兮，永以大陸爲榮！
神農傷心幼女之死無法視事，容顏也日漸憔悴，衆臣民極爲着急，卻是無法可想。一日有人對神農說道：“您的老師清虛道君乃是有大法力的神人，您爲什麼不去求他呢？或許清虛道君可以救活女媧也未可知。”神農一聽眼前一亮忙駕雲來到王屋山求見清虛。
此時正在上清觀內打坐的清虛輕嘆一聲，睜開雙眼對白翎說道：“白翎，你去告訴神農，女娃之事我已知曉，卻是女娃命中當有此一劫難，劫數滿了自可脫身。”白翎出洞府將清虛所說告訴神農，神農頓時化悲爲喜，問道：“老師可說我兒何時可脫劫難？”白翎說：“這個老師倒是未說，想必是時候未到吧。”神農雖說依然有些悲傷，但想到女兒遲早會脫劫，自己父女還有相見之時頓時不是那麼悲傷了，忽然想起這些日子因爲女娃之事荒廢了許多時日，不由暗道一聲慚愧，忙向白翎告辭回部落去了。
神農回到陳地便繼續研習丹術，花費數年時間終於在煉丹之術上略有所得，煉製出了一些可以治病的丹藥，神農很高興，將所有自己領悟出來的東西都交給了願意學的族民。
清虛自將公孫軒轅帶到王屋山之後，便以萬年石鐘乳爲其洗髓閥骨，喝的是瓊漿玉液，吃的是靈芝仙果，每日爲孔宣講道時便讓白翎將軒轅抱在一邊聽講。不過兩年時間軒轅便有常人十五六歲大小，清虛便讓軒轅每日清晨隨孔宣習練武藝，然後與孔宣一起聽清虛講那上清大法，晚上便隨清虛學習兵法策略，及農林牧耕之術。
匆匆十多年時間便過去了，軒轅也長到十五歲了。這一日清虛將軒轅叫來說道：“爲師當年與你父相商，你上山學藝十五年便讓你下山回家，如今十五年時間已到，你收拾下山去吧。你父乃是軒轅丘有熊部落首領少典。”軒轅問道：“不知弟子何時可再見老師？”“有緣自可相見，修做兒女之態速速去吧！”
軒轅叩首拜別道：“老師，弟子去了。”說完便出了上清觀駕雲向軒轅丘飛去，從王屋山到軒轅丘路程雖然頗遠，但軒轅這些年受清虛悉心教導，且自身也是天賦異稟，短短十來年時間便已達到天仙道果。從王屋山到軒轅丘不過數天時間便已到達。
軒轅到達軒轅丘後便直接向族長住處行去，卻一時迫不及待的想見到父母，雖然軒轅已然達到天仙境界，但畢竟還是一十五歲少年。軒轅走到族長的屋前對守在門口的部落戰士說道：“請這位大哥進去通報一聲，就說十五年前離家之人回來了。”
此時的官員卻是還沒有後世那許多規矩，那戰士雖看軒轅一身道袍有些奇怪，但還是讓軒轅稍待，自己進去向族長通告。一會只見從大屋中跑出一羣人，有老又少、有男有女。一婦人跑出便將軒轅抱住說道：“我的兒你可回來了，爲娘還以爲以後再見不到你了。”說完便一陣哭聲。軒轅見狀便知乃是自己的生母附寶夫人，忙輕聲安慰。這時就聽見有人說：“好了，軒轅都回來了，附寶你就不要哭了。”軒轅知道這應該就是自己的父親少典，忙上前拜見。
少典將軒轅接入屋中便迫不及待的問道：“軒轅，不知清虛仙長交給你什麼本事？”軒轅答道：“老師交給我上清仙法，兵書戰策以及農林牧耕之術。”少典聞言大喜，說道：“軒轅，爲父已經老了，部落中有些事已經力不從心了，你既然從仙長那裡學來這麼多能耐，那麼爲父就將這族長之位傳與你。”
軒轅說道：“就怕族人見我年少不服於我。”少典道：“我兒過慮了，清虛仙長乃是兩代帝師，你是清虛仙長的弟子，他們有怎麼會不服你。”軒轅聽父親如此說便回道：“既然如此那我就接下這族長之位，用老師教授的知識造福族人。”又不由想道：“原來老師在人族中有這麼大得名望，一定要好好幹出點成績來，卻不能讓我將老師的麪皮丟了。
數日後少典便在周圍幾個部落的見證下將部落首領的位置傳給軒轅。