毛利輝元的攔截還是來晚一步，眼睜睜看着織田信長攜帶八千餘衆逃入京都，匪首脫逃使得戰事的收尾顯得不太完美，不過攔截軍還是攔住幾條大魚，織田軍的主力大將柴田勝家、佐久間信盛、羽柴秀吉、瀧川一益、池田恆興等人皆沒有來及逃走，在大軍圍困下值得束手降伏。
織田軍先陣大將森可成很不幸的戰死，隨他一起戰死的還有稻葉一鐵、氏家卜全、安藤守就，以及中川秀政、津田盛月兄弟二人，此外西軍戰死的大將還有波多野秀治、遊佐信教、池田勝正，無家可歸的朝倉義景不出意外的兵敗被殺。
三好義繼仗着靠近木津川的優勢，帶着萬餘殘部拼命的向澱川靠攏，憑着淡路水軍參與的內河水軍衆接應，還就真的讓他給逃脫出去，不過逃脫總是要付出代價的，斷後的人選被三好家一門衆一致投給鬆永久秀與鬆永久通父子。
這父子倆被織田信長派來作爲與力，時常在三好義繼面前拿捏腔調，若不是畏懼織田信長財雄勢大兵精糧足，他早就把這可惡的兩父子給清理掉，這次逃跑很顯然不需要這個吃裡爬外的傢伙跟隨，於是這父子倆就帶着本部的三千殘部留在木津川“斷後”，他們倆所要面對的是來勢洶洶的本莊秀綱，這對父子到死的那一刻都沒來得及提出自己的降服代價。
三好義繼短暫的逃脫並不會給他想要的逃出生天，澱川出海口早就被東軍掌握在手裡，攝津國原本也已經被東軍控制着。即便此刻東軍離開攝津放鬆掌控力。可當地的國人領主又怎麼會聽從這羣敗兵的指揮。果然剛逃入攝津國沒幾天，就被攝津國人設計擒下扭送到陣前。
二十餘萬大軍圍困京都，嚇的京都城內的町民攜家帶口的往城外避難，織田信長只得帶着八千軍勢封鎖大內裡及左京，爲的是防止京都的天皇與公卿們轉投城外的東軍帳下，他的這一做法激起朝廷上下的激烈反對，只可惜他們的反對和風評已經影響不到織田信長了。
當天傍晚，東軍從京都七口攻入城內。織田信長下令丹羽長秀、明智光秀各率三千軍勢抵擋，而織田信長本人則帶着兩千本陣離開本能寺，進入二條御所挾持足利義昭做負隅頑抗，看着丹羽長秀與明智光秀在分別向南北兩個方向離去，織田信長能夠暫時放下信衆的憂慮，回到二條御所裡進餐。
這是二條御所很普通的一頓晚餐，一碗白米，一疊醃蘿蔔，一條魚，還有一碗味噌湯。廚師們還別出心裁的準備楊梅數粒作爲佐餐食物，織田信長叫嚷道：“有宴豈能無酒。餘知道御所裡準備了清酒！拿出來吧！”
織田信長有滋有味的喝着酒品着菜，足利義昭卻自始至終沉默不語，直到宴會臨近結束的時候，才問道：“織田宰相殿！我們還有翻盤的希望嗎？”
“公方殿下以爲呢？我信長今天可是飽食一頓，明日若死去也無憾了！”織田信長沒有再看足利義昭絕望的眼神，一如既往的大步的走出房間。
當天入夜時分，二條御所裡燈火通明，御所外隱約可以聽到痛苦的呻吟和鐵炮的聲響，織田信長在御所裡拿着手鼓跳起著名的《敦盛》，濃姬親自爲他彈奏三味線助興，一羣妾侍子女嚶嚶的哭泣着。
“人間五十年與天地相比……”織田信長被哭煩了，呵斥道：“哭哭啼啼有何用處！既然此身註定赴黃泉，那就坦然一些勇敢的面對吧！”
一場奏樂持續二更方歇，織田信長還特意沐浴更衣，摟着多年沒有臨幸的夫人濃姬安穩的睡下，這一覺無夢一解多日來寢食難安的苦症，只可惜睡到半夜三更時分，御所內忽然傳來一陣喊殺聲把他給吵醒了。
織田信長悚然一驚，立刻坐起來喝問道：“東軍攻進來了嗎？這可是兩千軍勢把守的二條御所，東軍到底是怎麼攻進來的，又左何在？”
“主公，不好了！是桔梗旗印，明智日向守率領東軍殺入御所裡來了！”
織田信長大驚失色：“原來是光秀嗎？竟會在這個時候帶領東軍殺入二條御所……”
得知明智光秀率軍反叛，織田信長立刻披上衣衫手持弓矢殺出房間，此刻漆黑的御所裡四處是熊熊燃燒的火焰，在烈火的照耀下音樂可以看到木瓜紋旗與桔梗紋旗糾纏在一起，遠處還有源源不斷的白旗飛速趕來，那是東軍的主力。
織田信長親率小姓衆死戰，所過之處大呼道：“請諸君奮戰到底！爲了武士尊嚴也絕不能後退！”
前田利家聞聲大驚，急忙呼喊道：“主公快走！”
“砰！”的一聲，不知從哪裡噴射出的鐵炮擊中前田利家的後背，這位勇猛的織田軍大將便中槍倒地，周圍武士救之不及只得咬牙切齒的衝向明智軍，他們是如此的痛恨明智光秀，沒有他的變節和惡毒行爲，織田家或許還有一線生機，而眼下的局勢顯然不會有任何生還的機會。
織田信長穿着白色單衣手持弓箭迎敵，他的箭術水平相當可觀，即便是黑夜裡光線不足，相隔三十步開外依然十中七八，身邊的小姓揹着兩壺箭矢供他使用，才一會兒功夫就被他把一壺箭矢用光，倒在他箭下的武士已經超過十餘人。
待第二壺箭矢還剩下兩三根羽箭之時，強韌的弓弦終究吃不住蠻力而崩斷，而此刻東軍的武士依然闖入御所中心區域，附近的織田軍死傷殆盡，小姓們持刀衝過去阻擋，三兩下就被東軍的武士殺的一乾二淨，爲首那白甲大將殺氣騰騰威風凜凜，讓見者無不爲之側目讚歎。
織田信長大笑道：“好本事！來着何人！我信長不斬無名之將！”
“越後武士柿崎義家是也！”
織田信長聞言一愣旋即大笑一聲。隨手取出一杆去鞘的十文字槍。持槍躍下回廊與柿崎義家廝殺起來。左右的武士還欲趕來馳援卻被一聲呵斥止住，轉身一看四面白旗涌入城內，只見一名身着金甲的高大武士緩緩走進來。
“參見主上！”明智光秀連忙見禮，明智軍諸將士也隨之跪伏於地。
“諸君免禮！”源義時目不轉睛的盯着場上的戰鬥，只見織田信長與柿崎義家惡鬥七八合竟然不落下風，只可惜他的槍法路數被年輕的柿崎義家一旦適應便不復神奇之處，十合一過峰迴路轉變成織田信長節節敗退，每一槍格擋都是險象環生。
戰到十五合。柿崎義家突然發力，手中的澤瀉大槍陡然加速三分，轉眼間刺中織田信長的腹部，劇痛使他丟下手中的十文字槍，捂着受傷的小腹緩緩向房間裡退卻，此刻房間裡濃姬驚慌的走出來扶住受傷的夫君，用一種哀求的目光望着源義時，她雖然沒見過阿犬和阿市的夫君，可是那面足利上総三郎義時的旗幟還是認識的。
源義時搖頭說道：“傳令下去，女眷可以走。兄弟子嗣不可以走，家臣小姓更不能走！”
“濃姬你帶着德姬、冬姬她們離開吧！爲夫要走完人生的最後一段路。”織田信長輕輕推開夫人。盯着源義時說道：“吉良三郎，沒想到我們時隔二十年再一次見面，你早已不是莊內川旁那個小男孩了……”
“你也不是當年那個離經叛道的少年武士了。”源義時一揮手着幾名女忍者架着齋藤歸蝶，牽着屋內的幾個孩子離開，緩緩走到廊下俯瞰着臉色蒼白的織田信長，說道：“人的一生總是在改變着，昔日顛沛流離的我成爲源家棟樑，而昔日尾張的少年武士卻要身死於此！”
織田信長捂着小腹，怒哼道：“這次是你贏了！帶着這幫愚昧守舊的武士贏了！但是你一定是錯的！你不會征服七海，你只想建立那腐朽的幕府，只想完善你的舊秩序，你這麼做不會有將來，你是錯的！”
源義時搖頭一笑：“我是不是錯的，自有神佛來判斷，自有後人作書評說，身爲時代的見證者，你說的不算，我說的也不算！”
“你一定是錯的！”織田信長擡起手看見滿手的鮮血，又看看腹部傷口上那一大塊殷紅的血漬，憤怒道：“你這麼頑固到底爲的什麼？爲了將軍的名份，爲了先祖的榮譽，還有什麼?日夜沉浸在過去的榮耀裡無法自拔，這是對你所擁有的驚世才能的褻瀆！爲什麼不願意和我一起開創未來？這世界這麼大，足有七個海洋，你我平分天下有什麼不好？哪怕給你四個海洋也可以！”
“哈哈哈……你還是這麼的大言不慚！”源義時淡淡地說道：“稱霸七海！你真的以爲可以做到嗎？稱霸七海需要得天獨厚的條件，強大的實力和好運氣！這麼複雜的條件是我所不具備的，當然你也更不具備！”
織田信長冷笑一聲：“不試一次怎麼知道不行！只有沒有夢想的人，纔會從一開始就否定一個偉大的目標！”
“你就是不行！你永遠不可能實現，因爲你連我都打不過，因爲你馬上要死了！”源義時高傲地昂起頭如俯視衆生的王者，輕倚着迴廊的圍欄說道：“死人沒有資格談偉大的目標，失敗者同樣沒有資格談這一切，你連日本一隅之地的人心尚且抓不住，又談何抓去天下之心？你終將失敗！那是神佛註定的必然失敗！”
此時此刻，御所裡的四周烈火熊熊燃燒，喊殺聲哭號聲突然消失不見，只有火焰熊熊燃燒的聲音，偶爾還會有房屋被燒塌轟然倒下的巨響，織田信長漸漸的面無血色，他的小腹流出的鮮血越來越多，眼看就要斃命於此。
“答應我，保住我的孩子奇妙丸，快點答應我！”織田信長歇斯底里的嚎叫道：“只要你答應這個條件，我立刻就去死！”
源義時沉默片刻，又聽到他哀求道：“吉良三郎！這是織田三郎對你的最後請求！求你繞過我的孩子奇妙丸，他可是你的女婿啊！”
“好吧！我會放過奇妙丸的……”源義時緩緩走到織田信長的身旁。看着倒在迴廊上激烈喘息的男子。輕聲說道：“明天我會爲他主持元服禮。你希望他元服後叫什麼名字？”
“織田……信……忠！”織田信長艱難的擡起頭，拼命的深吸一口氣說道：“謝……謝！”
織田信長死了，就在二條御所的迴廊下結束自己的一生，沒有留下辭世歌也沒有作出驚天動地的事，只是在臨死前做一個父親該做的，爲自己的孩子奇妙丸爭取一條求生之路，他的人生或許是失敗的，但是在臨死那一刻他是成功的。作爲一個君主他很失敗，但作爲一個父親，他成功了。
除去已死的従三位參議織田信長，二條御所裡另一位公卿級的武士就顯得沒有必死的膽魄，從二條御所被攻擊到織田信長身死的一段不短的時間裡，足利義昭便一直躲在自己的御所裡不出來，像一隻埋首在沙丘裡的鴕鳥，連拿起武器爲尊嚴一戰的勇氣也沒有。
當足利義昭被幾個武士架着走出御所的時候，迎接他的是設在御所空地上的陣幕，源義時身着金甲坐於幕間。左右兩列戎裝武士按刀肅立，御所裡燃燒的火焰與陣幕四周的篝火交相輝映照亮漆黑的夜空。這位堂堂幕府大將軍就像個罪囚被按在此間。
源義時淡淡的瞥過披頭散髮萎頓於地的男子，輕輕搖頭說道：“足利義昭這個名字不適合你，餘覺得一乘院覺慶更適合你的身份，看你手無縛雞之力的狼狽樣子，根本看不到我足利家武士的半分尊嚴！文不成武不就卻沒有自知之明，偏偏喜歡志大才疏、好高騖遠，尤愛大言欺世、自欺欺人……”
足利義昭驚恐地望着眼前的陌生男人，這是他第一次見到傳說中的東國宿將，那迥異於常人的高大身影靜靜坐在中間，安靜的姿態卻讓他有種置身於山嶽之前的錯覺，刀削斧鑿的面孔毫無表情地望着他，尤其是那森冷如刀的目光深深的刻在心頭。
盯着那張酷似足利義輝的面孔，嘲諷道：“嘖嘖，看看你這些年都做過什麼？一乘院潛修近三十載，方出佛門便妄造殺孽，殺兄弒母篡位自立，你這種人敢稱足利，簡直是對這個苗字的侮辱，更是對足利氏代代棟樑的褻瀆！你有何顏面去天國見你的父親萬鬆院，你的母親慶壽院，還有你的哥哥光源院？噢！對了，你沒有資格去天國，黃泉幽深行路難，害怕否？”
“你……你不能殺我！”足利義昭驚恐地說道：“我是幕府的徵夷大將軍，我是朝廷任命的従二位內大臣，按照法度我是高位公卿，你源義時不是自詡尊重秩序與法度嗎？那你就必須尊重幕府和朝廷的任命！你不能殺我！”
在源義時的面前，足利義昭也不敢自稱“餘”，不斷的強調自己的身份和地位以期自保，他這一招的確點中東軍的要害，自古以來高位公卿鮮有被殺一說，失敗者被抓到的結果大約只有兩種，要麼被幽閉，要麼被流放。
明正典刑的例子也不是沒有，比如奈良時代藤原南家著名的權臣藤原仲麻呂之亂，便是以謀反重罪被斬首，只不過奈良時代太古早，權傾一時的藤原家依然是小荷才露尖尖角，經歷平安時代攝關制度的確立，再經過鎌倉室町兩朝幕府執政，高位公卿不可妄殺已成爲約定俗成的規矩。
源義時顯然不會爲足利義昭而打破這個規矩，否則當初也不會輕易的流放足利藤政，不是每個人都像赤松滿佑和足利義昭這麼喪心病狂，雖然個人私德與天下黎民百姓沒有多少關係，但是考慮到民間的風評，勝利者總要保持一些寬容心。
足利義昭突然不怎麼緊張了，看着源義時沉默不語的樣子，冷笑一聲掙脫兩個束縛他的武士，正欲發言就聽見源義時緩緩說道：“你說的很對，餘不會殺掉你，畢竟你也當過幾天將軍，畢竟你的苗字是足利……只是餘想告訴你一道理，並不是每個人都會效仿你這種殺兄弒母篡位的方法，餘是個品格高尚。舉止文明的武士。不會更不屑學習那種下三濫的手段。”
“那你還不……”
“但是。死罪可免，活罪難饒！殺兄弒母，背主弒君者當爲萬世唾罵！餘決定廢黜你的苗字，繼續用你的法名覺慶自稱吧！你將幽閉於此地，餘會在這二條御所的廢墟上建立一座神社，名字就叫二條神社，供奉死在二條御所裡的光源院與慶壽院，還有二條御所裡慷慨赴死的那些幕臣們。而你就做神社的別當，爲枉死祈福吧！”
源義時一揮手將如喪考妣的足利義昭拉走，想當初他也曾廢掉源義時的苗字，到如今他也來一次以彼之道還施彼身，把足利義昭的苗字廢黜，將他打回僧籍做二條神社的別當，每天只能在愧疚和懊悔中爲自己死去的兄長和母親祈福，還要面對神社裡來來往往的武士、町民的唾罵，會有武士專門保護他的安全，監視他的行止。禁止他結婚生子，直至他老死爲止。
隨着二條御所的之戰的結束。西軍崩壞覆滅已成定局，兩位總大將足利義昭與織田信長以一囚一死收場，餘者四散奔逃早已不足爲慮，幾路偵騎在忍軍的指引下飛奔出京，向畿內各領國的隱秘角落撲去，清剿搜拿西軍的殘兵敗將。
就在西軍崩滅，鬆永久秀、鬆永久通兵敗被殺，首級掛在四條河原之後不久，東軍水軍衆衆攻陷淡路島擒殺安宅信康、安宅清康兄弟，順勢西進宇多津港攻入四國，源義時的命令是三好一族不論嫡庶所有男丁擒拿至京都問罪。
隨着西軍崩潰讓四國的國人衆損失慘重，面對東軍聲勢浩大的龐大陣容，阿波讚岐的果然呢種忙不迭的把三好家的親族捆縛起來扭送到東軍陣前，三好長治、十河存保便被家臣送了過來，龜縮在四國的三好一族很快被押解到京都。
八月二十八日，秋風颯颯陽光明媚，又是一個開刀問斬的好時節，六條河原上裡裡外外圍着數萬民衆，無數雙眼睛仔細盯着法場上跪着瑟瑟發抖的人羣，這些人便是來自阿波的三好氏一族，三好一族親族子嗣一門譜代共計一千三百餘口全部被押到法場上，爲首的正是三好義繼和三好三人衆。
真田義幸咳嗽一聲，高聲朗讀道：“阿波三好氏本出自小笠原氏後裔，配屬阿波細川氏被官多年，食君之祿本該忠君之事爲主盡忠，未料想三好氏常有虎狼之心，妄興刀兵圍御所殺將軍滅幕府，罪惡滔天罄竹難書，今度附西軍逆賊而敗爲義兵所擒於京師六條河原夷滅三族，明正典刑，以儆效尤！”
京都的民衆一陣譁然，多少年來沒有見過夷滅三族的重罪，有人低聲說道：“據說朝廷下達綸旨，指三好一族爲朝敵了。”
“依我看吶！這就是殺將軍的報應，當年赤松家殺惡御所也被滅族，何況光源院殿還是位心慈良善的好將軍，前些年畿內的年景不好，不少農民就是靠光源院免稅役活下來的，這麼好的將軍被惡賊給殺了，領來一位惡公方險些壞了京都的千年基業。”
“是啊！還好右大將殿回來了。”源義時在京都的名聲相當好，這是他多年如一日苦心經營的，即便時隔二十年不是白乾的，從市井町民的風評裡鮮有對他不利的言辭。
“不過，上天有好生之德，即使爾等身犯謀逆重罪，餘也不會對爾等的女眷動手，你們可以安心的去了。”源義時一揮手，數十名刀斧手舉起太刀將一顆顆腦袋砍下，三好一族上到八旬老叟下到三尺蒙童皆遭屠戮，場面血腥卻無人憐憫。
弒君是十惡不赦的死罪，不論三好家是否有殺將軍的動機，只要他付諸行動並造成將軍的死亡就可以判定爲弒君，足利義輝在京都經營十餘年深得人心，三好家則京都卻是名聲狼藉，源義時在京都的名聲也非常好，而且這次上洛打着的旗號之一就有爲足利義輝報仇。
所以他履行承諾斬殺三好一族，於情於理都是可以被理解的，京都的町民只需權衡一下就知道該支持誰，他可以允許三好一族的女眷存活任意嫁娶已是最大的寬恕，沒人會責怪他殺性太強做法太理解。
京都被東軍完全掌控，東軍的各路兵馬卻沒有在京都帶着擾民，而是被源義時分排出去繼續攻略西國，八月三十日，源義時任命上杉謙信爲總大將，並委任嫡長子足利義泰作爲副將，真田幸隆爲軍奉行，武田信繁、北條時政爲兩翼大將，統兵十八萬，大小舟船一千五百艘，分別向山陰、山陽、四國，九州發起攻略。
說是攻略，到不如說是掃蕩，丹後、丹波、播磨、攝津、和泉等近畿諸國的西軍武士死的死殘的殘，只要大軍一到緝拿西軍殘黨就一乾二淨，上杉謙信率領八萬主力走播磨進入備前，走投無路的浦上宗景只有躲在城裡做困獸之鬥。
浦上宗景到是想投降，無奈源義時不接受西軍赴逆者的輸誠，西軍的幾路大將死的囚的囚，餘下的殘黨總阿姨是喪家之犬，留之無益不如緝拿歸案押送到京都判決，作爲浦上宗景配下有力國人衆的宇喜多直家便看到這一點，假援助浦上宗景之名將其擒住扭送到東軍陣前。
備前國崩潰，備中國最大勢力三村元親又先一步討死在宇治川合戰裡，上杉謙信幾乎不費吹灰之力掃蕩兩國，一路狂飆猛進殺入備後國毛利家的領地，山陽一路只用七八日的功夫，就數萬大軍徹底打穿，到底是西國霸主的盛產地，西國武士的骨頭比東國武士軟的多，東軍一到望風而降者比比皆是。
武田信繁在山陰的進攻也是順風順水，但馬守護山名祐豐被捕捉，這位西軍的醬油衆見勢不妙早早的腳底抹油，這次也難逃被擒拿扭送京都的命運，但馬一破因幡國也危在旦夕，因幡守護山名豐國被有力國人衆武田高信反叛，籠城死戰失敗被殺。
這位武田高信是若狹武田氏的族裔，看見宗家的宗家武田信繁熱切的很，攀親戚敘故舊好不容易混進東軍序列，頓時把因幡國的土鱉國人衆給鎮住，間接的影響臨近伯耆國的動向，伯耆國人衆南條宗勝、小鴨元清、山田重直見勢不妙商量一下趕忙降服，這樣一來除去稍有點礙事的尼子復，山陰也被一口氣橫掃而過。
北條時政不太高興，自己跟進的稍微慢一點就連口湯都沒喝到，當得知尼子覆在出雲國負隅頑抗的時候，就鬆永武田信繁一起合力絞殺尼子軍，正當武田信繁有些意動的時候，卻發現情況不對，尼子氏久、尼子勝久、尼子通久三兄弟開城降服。
原來是尼子家大將山中鹿之介幸盛秘密前往京都，帶着家督尼子家再興的效忠血書向右大將降服，尼子勝久等三兄弟願以死換取右大將的寬恕，並懇請右大將着毛利家釋放安芸円明寺內幽閉的尼子義久重興尼子家，只要宗家的家督能重新復歸，即便他們兄弟切腹自殺也沒有遺憾了。
ps：??尼子義久一直被幽閉着，直到1610年才故去，山中鹿之介一次次再興尼子家也是無奈之舉，如果舉起尼子義久的旗號，說不定就把宗家滿門給害死了。