就在大阪城完成的1585年，也就是秀吉五十歲那一年，他改姓藤原，升任代表朝廷最高權勢的“關白”一職。這“關白”一職，自古以來，都由藤原氏所獨佔，特別是藤原家的近衛、鷹司、九條、二條、一條，稱爲“五攝家。”因此秀吉乃先認前關白近衛前久爲乾爹（近衛亦爲藤原一族），然後才晉升關白。
至於，爲何秀吉不擔任“徵夷大將軍”而去當朝廷的“關白”一職，雖然有種種說法，但其實當時的戰國武將，一聽到朝廷要賜給他們虛有其名的官位，都會感動得流淚。所以秀吉晉升“關白”，自然會感到無限的光榮。晉升關白後的翌（158）年，就在後陽成天皇即位的那一天，秀吉晉升律令制度下的最高官位“太政大臣。”
“關白”一職雖然代表最高權勢，但從正統的律令制度來看，仍屬“令外之官”，從此看來，秀吉擬依律令制度的官位重建天下秩序。另一方面，或許秀吉認爲藤原這個姓太過老舊，無法顯現出他是歷史上最大的偉人，因此秀吉又獲得天皇的許可改姓豐臣，象徵日本統治者的豐臣秀吉於焉誕生。
戰國時代，人民擁有大量的武器，動不動就以武力來抗爭，因此連戰國武將都感到害怕。1588年，秀吉下達一道命令，禁止百姓擁有長短刀、長槍、火槍等武器，這就是有名的“刀狩令。”雖然在這之前，也有其他的武將實施刀狩令，但不像秀吉的刀狩令那麼徹底，而且是屬於全國性的。
當時的農村究竟擁有多少武器，我們從加賀國江沼郡所沒收的武器即可一窺端倪：武士刀一千七百霧三支、腰刀一千五百四十支、長槍一百六十支、耙刀五百支、小刀七百支。另外出羽國仙北郡則沒收武士刀二百五十支、腰刀二千七百三十支、長槍三百三十六支、火槍二十六支、弓七十六把、盔甲十二具、頭盔五頂。農民的暴動固然可以用“造反有理”來解釋，但反過來說，一個農村擁有這麼多的武器，不造反也很難。
在秀吉的“刀狩令”實施之後，農民的武力可以說遭到去勢。在日本史上，有所謂的“太閣檢地”這太閣當然是指豐臣秀吉，而所謂的“檢地”就是重新測量土地的面積，並調查作物生產量的意思。秀吉在1591年12月辭去“關白”，由他的養子秀次繼承“關白”，自己則成爲“太閣。”“太閣”是“關白”禪讓之後的稱呼。就在秀吉成爲“太閣”這一年，開始作全國性的檢地，因此稱爲“太閣檢地”。
其實，秀吉從1583年起就開始檢地，在這之前，其他的戰國武將爲了想要重建業已崩潰的土地制度，因此也曾經做過檢地的工作。“太閣檢地”之所以具有特別的重要性，那是代表豐臣秀吉已經完成了日本的統一工作，同時，也表示他爲了將來出兵朝鮮而預先作國力調查。此外，經過秀吉的嚴格檢地之後，每塊田地的收穫量都統計得很清楚，農民具有耕作權，同時必須擔負繳納年貢的義務，農民與政府之間的剝削階級（豪農）從此消失。
基督教是於1549年隨傳教士沙必略傳到日本的，三十三年後的1582年，日本的基督徒已經到達十五萬人，可以說是一百個日本人當中就有一個基督徒，可見基督教的傳播速度非常快速。然而在1587年，豐臣秀吉卻發出一道命令，禁止基督教傳教士進入日本。其最大的原因是，豐臣秀吉唯恐基督教大名（諸侯）將領地捐獻給教會，再度出現類似一向宗信徒暴動的局勢。
在禁令中的第一條提到，日本是神國，這表示日本開始吸收歐洲的文明，已經不在印度、中國的***裡。有人說，這是最早的“脫亞論”就在長久的戰亂接近尾聲，人們歡欣鼓舞地迎接和平的日子來臨時，1592（文祿元年）正月，豐臣秀吉突然發佈出兵朝鮮的命令。秀吉的野心不止於朝鮮，他最終的目的是要征服明朝，甚至想要將帝國的版圖擴大到印度、東南亞。雖然有人說秀吉出兵朝鮮的動機，是由於他喪失了最心愛的三歲大的兒子鶴鬆（1591年），但是在這之前，他已經向傳教士說過要出兵朝鮮，所以這個說法是不成立的。
比較可靠的說法是，沒有一個封建領主不想擴大自己的領土，而且豐臣秀吉統一了日本之後，已經沒有領地可以犒賞有功的將領。如果佔領了中國，當然不愁沒有領地可以分發。就在出兵朝鮮的前後，秀吉分別寫信給琉球（1590年）、菲律賓（1591年）、高山國（臺灣，1593年），要求服從朝貢。當時的臺灣正是中國等海盜的根據地，是軍事、貿易、交通的要衝。秀吉的軍隊在攻打朝鮮二十天後，已經攻陷漢城，可謂勢如破竹，日軍的制勝關鍵在於擁有先進的歐式火槍。
就在秀吉得意忘形之際，朝鮮的游擊隊開始在各地反擊，名將李舜臣更率領朝鮮的水軍，以龜甲船及船炮震天雷大破日本的軍隊，控制了制海權。進入嚴寒的冬天之後，明朝的救援軍隊又趕到朝鮮，日軍在飢寒交迫中犧牲慘重，厭戰氣氛瀰漫。秀吉本來想要談和，但是159年９月1日看到明使的國書，上面寫着要封秀吉爲日本國王，並將日本當作明朝的屬國。秀吉看了之後暴跳如雷，當天晚上發佈命令，再度出征朝鮮。
這次的出兵軍隊只有十四萬，而且僅能佔據朝鮮的最南端。在第二次出兵的前後，日軍對朝鮮民衆的殘害更加激烈，而且日軍爲了爭取戰功，將戰死的朝鮮軍隊的鼻子、耳朵割下，用鹽醋防腐寄回日本給豐臣秀吉，由於以數量記功，所以很多無辜的老弱婦孺都受到殘害。這些鼻子與耳朵埋葬在京都方廣寺大佛的西側，今日則稱爲“鼻冢”。
至今，韓國人一提到豐臣秀吉，莫不咬牙切齒。秀吉的軍隊除了殺害朝鮮軍民之外，又強行押解五、六萬朝鮮俘虜到日本耕作。除了農民之外，日軍還強押大量的陶藝、印刷、刺繡等師匠到日本來，使得日本的陶藝水準大舉提高。陶活字的傳來，更帶動了日後江戶時代的出版風潮。朱子學者姜沆則帶給日本的朱子學莫大的影響。這是侵略戰爭無意中的文化產物。
在征服朝鮮的軍隊陷入苦戰之下，如同前面所述，豐臣秀吉將自己的“關白”一職讓給外甥秀次，自己則引退，成爲退休的“太閣”。可是在1593年８月，也就是秀吉五十八歲那年，愛妾澱殿又再生下一子，秀吉欣喜若狂，取名爲‘拾’，亦即後來的“秀賴”。就在秀吉爲如何替兒子的未來鋪路而傷腦筋時，秀次爲了討好朝廷，獻上大量的金銀財寶。秀吉得知之後，即以謀反的罪名命他切腹，並將秀次的妻妾子女三十餘人斬首，據說當時鮮血染紅了京都的鴨川。
1594年，秀吉五十九歲時，關白秀次的文書官在日記中記載，秀吉在晚上睡覺時尿牀而不自覺。爲了防止肉體老化，秀吉乃命令朝鮮的將士捕捉老虎給他進補。儘管吃了大量的虎肉與老虎的內臟，然而秀吉的健康狀況仍然沒有好轉。
到了1598年，秀吉的身體情況稍好，乃於３月15日在山城的醍醐（位於京都市伏見區）舉行盛大的賞花大會。其規模遠比十一年前在北野（位於京都市上京區）舉行的茶道大會還盛大。然而與北野的茶道大會不同的是，當年的茶道大會，販夫走卒都可以自由參加，而這次的賞花大會卻是戒備森嚴，彷彿暗示着世人對豐臣政權的不滿。到了七月一日，秀吉夢到織田信長來對他說：“藤吉郎，你的時候差不多到了，我來迎接你。”
秀吉回答說：“藤吉郎替主君報仇，是爲了報答主君的恩惠。請主君再稍等一段時間。”信長猛拉著秀吉說：“不！我的孩子被你害得很慘，一想到這件事，我就等不下去了，快點過來”秀吉醒來，發覺自己已經爬離牀位了。自從作了這個夢之後，秀吉自己知道來日不多，他最擔心的仍是愛子秀賴的未來。八月五日，秀吉將五大老（德川家康、前田利家、毛利輝元、宇喜多秀家、上杉景勝）叫到牀邊，不停地說：“拜託各位一定要照顧秀賴。”八月十八日，秀吉終於在伏見城內結束他那波濤洶涌的一生，享年六十三歲。他留下一首辭世歌：“隨露珠調零，隨露珠消逝，此即吾身。大阪的往事，宛如夢中之夢。”