儘管太平天國1853年定都天京(南京)後即進行北伐,捻軍也隨即像瘟疫一樣在北方傳播開來,但他們還是受到了沉重限制和打擊。滿清對付太平天國北伐和捻軍的主力,已經不是綠營而是八旗。
在這個過程中,僧格林沁控制了八旗主力,成爲滿清最重要的守護神。僧格林沁活捉太平天國北伐主帥林鳳祥、李開芳,給予太平軍北伐部隊全殲,隨即應付進攻天津、北京的英法聯軍,又接連獲取擊敗捻軍的勝利。
然而,捻軍屬於流竄作戰,僧格林沁既有剿不勝剿之苦,又在接連的戰術勝利中越來越輕敵,終於在山東曹州率領不多兵力死命追敵而陷入包圍,一代滿清名將戰死馬下。
僧格林沁一死,八旗武裝沒有了能夠真正擔當的主帥,終於步綠營之後失去了可以控制局面的戰鬥力。就在僧格林沁戰死的前一年,湘軍攻佔了天京(南京),標誌着太平天國已經失敗。
僧格林沁一死,曾國藩馬上就奉命北上對付捻軍。儘管湘軍已經進行解散工作,但李鴻章部和劉長佑部興起,李鴻章、劉長佑在平定南方太平天國殘餘後也率軍北上。
於是，漢人控制滿清軍事力量的格局已經註定。
由此可見,僧王在高樓寨戰敗被殺,所導致的後果有多麼嚴重。
其實當南方太平天國被打敗,無論僧格林沁死與不死,北方捻軍被剿滅都已經註定。但是,如果僧格林沁不死,八旗主力就仍然會是滿清的鐵拳,曾國藩、李鴻章的勇營武裝很難獲得向北控制的機會,所面臨的命運要麼綠營化,要麼就像曾國藩已經在做的那樣進行解體。
總之,漢人有這樣一個成爲滿清主力乃至掌握兵權的大好契機,後來的歷史也將會與吳可所知完全不同。
……
豈料一波未平一波又起，僧格林沁的覆滅，使朝廷極爲驚恐，生怕又出現一個太平天國。
朝廷本想讓僧格林沁單獨將捻軍鎮壓下去，以提高蒙滿貴族的威望，以對抗新起來的湘系、鄉勇系以及淮系地方漢族軍閥。但後來見僧格林沁無力鎮壓捻軍，又想故技重演，讓曾國藩、李鴻章等出力，僧格林沁坐收其功。
但僧格林沁狂妄自大，愚頑不化，根本看不起曾國藩這幫漢人。對朝廷的好心力加排斥，朝廷見此只好作罷，現在僧格林沁全軍覆沒了，朝廷大驚之下於1865年5月26日到5月31日，短短的五天之內，連發五道諭旨，任曾國藩爲欽差大臣，率領所部各軍，星夜出發前往前線督戰。
可曾國藩此時已經54歲了，功成名就，位列甲侯，再也沒有十多年前那種功名之心了，但皇命難違只好受命。
1865年6月18日，曾國藩懷着忐忑不安的心情，拖着老病之軀，由南京登州率裁軍以後剩的六營湘軍和李鴻章的淮勇兩萬多人北上。
9月23日，曾國藩部抵達徐州前線。
在對付捻軍的問題上，曾國藩吸取了僧格林沁窮追不捨導致覆亡的教訓。他針對捻軍以騎兵爲主，長於流動作戰和游擊戰，行動迅速的特點，提出了“重鎮設防”，“佈置河防”。並結合“查圩”的政策。
重鎮設防，就是以重兵把守安徽臨淮、山東濟寧、河南周家口、江蘇徐州四個重鎮，並在捻軍經常出沒的蒙城、亳州等地駐紮少量兵力對其進行阻擊。這樣，捻軍每到一處，各鎮駐兵就可以迎頭擊之，清軍能以逸待勞打捻軍個措手不及。
佈置河防，就是東以運河爲防線，西以沙河，賈魯河爲防線，由曾國藩派水師與淮軍會防。曾國藩企圖用這個方法，阻止捻軍進入山東、河南西部，在運河與沙河之間的地區將捻軍消滅。
但由於捻軍東奔西至，飄忽不定，曾國藩在與捻軍的交鋒中發現自己只將兵力駐在幾處截擊很難奏效，於是又出新招，只留一部分作戰能力不強的軍隊駐守各鎮，其他戰鬥力強的軍隊大多數爲遊擊師，對捻進行攔截和追擊。
這樣，又將重鎮防守和攔截追擊結合起來，不讓捻軍有從容歇腳之地。
與此同時，曾國藩結合“查圩”，“查圩”就是以清查戶口來切斷捻軍同老百姓的聯繫，肅清潛在的匪患力量，使之不能在老百姓中立足，從老百姓那裡得到補給，這是曾國藩搬用他在湖南辦團練時的老方法。
曾國藩規定，老百姓見到捻軍到來必須堅壁清野，斷絕供應給他們糧食。而在湘軍、淮軍到來時，則要源源不斷地把糧食等物品供應上來。對於那些參加捻軍或與捻軍有聯繫的，注入“莠民冊”，情節嚴重的不僅要殺頭，還要連坐，即一人犯罪，牽連好幾家。
對於那些從來沒有和捻軍有過聯繫的注入“良民冊”，用這種辦法，這行徑真有後世鬼子的風範。
同時曾國藩嚴令各地查圩的人以“通賊”的罪名，多抓人多殺人，多多益善。
可儘管曾國藩絞盡腦汁，制定出來這樣一條自以爲十全十美的戰略方針，但他所率領的湘軍、淮軍在戰場上還是節節失利，根本無法阻擋捻軍神出鬼沒的攻勢。不久之後賴文光與張宗禹部在河南中牟會師，將曾國藩苦心經營近一年的千里河防摧毀，曾國藩剿捻宣告失敗。
恰在此時，曾國藩的政敵們正好以此爲藉口，對他大加攻擊。朝廷見他連戰無功，也連連降旨嚴加斥責。曾國藩憂憤成疾上疏請求辭職。
朝廷也怕他在剿捻過程中再一次強大起來。於是改派李鴻章爲欽差大臣，節制湘軍和淮軍，接替曾國藩的職位負責剿捻，曾國藩仍然留任兩江總督。
曾國藩這次剿捻失敗的原因，其實並非是由於他指揮戰略上的失誤，而是由於人力，人心因素造成的。
首先是參加剿捻的湘軍，其精神狀態已遠非昔日可比，他們攻克天京時就已銳氣全消，紀律鬆弛，日漸腐敗，當聽到要隨曾國藩北上剿捻時他們一來耐不住北方的天氣寒冷，二來也沒有什麼進取心，不想再受行軍打仗之苦了。所以紛紛請假，竟然沒有一個人自願到北方去打仗。由此可見，如此一支疲懶之師，怎麼能對付得了縱橫飄忽，英勇善戰的捻軍呢。
其次，曾國藩這次領兵剿捻所率軍隊是由湘軍和淮軍兩部分組成。湘軍固然腐敗，淮軍也不受曾國藩的調遣。他們實際上受李鴻章的支配，對於曾國藩的命令，淮軍諸將當面應承，背後卻寫信給李鴻章要求改變前命。
一干換被系將領挑肥揀瘦，推三阻四，李鴻章把部隊交給曾國藩，雖然二人有師生之誼，但仍不放心。他的部將每次向他求情，他都寫信給曾國藩進行干預。這樣一來曾國藩後來不得不把要向淮軍將官下達的命令，預先寫信通知李鴻章，然後再由李鴻章下達。這樣一來命令從下達到執行的時間大大加長，往往貽誤戰機。
因此，曾國藩雖然制定出了一套比較正確的作戰方針。但由於以上兩個致命原因，他無法像鎮壓太平天國時那樣得心應手地指揮部下，抓住戰機奪取勝利。
事實也證明了曾國藩的戰略方針並沒有錯，李鴻章後來就是力排衆議，堅決執行曾國藩的河牆戰法。將捻軍束縛在一個較小的範圍之內，使他們無法發揮縱橫馳騁，流動作戰的優勢，最終被聚而殲滅，當然吧這是後話暫且不表。
……
清軍接二連三在捻匪手上吃虧，不僅朝廷震動擔心又出來一個太平天國，就是各省清軍都難免心生惴惴生怕被調去剿匪。
當然吳可沒這想法，捻匪雖然表現驚人，但他還沒放在眼裡。當初在河南以及淮北之時可沒少打交道，當時捻匪正是鼎盛之時，不也被鄉勇隊壓得死死的動彈不得，之後更是被殺得大敗逃散，對付捻匪根本就無任何心理負擔。
本來朝廷還有意調撥兩廣清軍助剿，不知道爲何最後卻沒了音訊，吳可對此也不在意正好省卻了一樁麻煩，他現在頭疼的是如何剿滅貴州突然暴起的騷亂。
沒錯，就在北地捻匪肆虐，滿清重將蒙古親王僧格林沁戰敗被殺，湘軍主帥親率大軍圍剿也連連戰敗無功而返之時，好象約好了似的，他那岳父老子張亮基所轄雲貴突然暴發大規模苗民騷亂，吳可自然得着緊派出兵馬幫助岳父大人平息治下叛亂，儘快恢復雲貴兩省的穩定和秩序。
真是邪了門了，原本湘軍主力收復金陵，煊赫一時的太平軍主力覆滅，眼下着多年的戰亂即將平息，誰料不過短短一年時間過去，南北兩地的戰火不僅沒有平息跡象，甚至還有越演越烈的摸樣，朝廷就是想要休養生息也不得閒，更不要說吳可這些親臨戰亂一線的封疆大吏……