跟着律子的腳步，真嗣他們沒有受到絲毫的阻撓，一路向着目的地前行。人工進化研究所三號分室，正是麗當時完成秘密實驗的地方，當時真嗣因爲雷里爾打斷的原因沒有追根究底的問下去，如今再次回到了這裡時，卻已經發生了那麼多的事情。
“那麼，繼續上次你的疑問吧，真嗣君。”律子帶着兩個人來到了曾經那個既整潔又混亂的房間。“上次你的問題，不是想問我爲什麼這裡的環境和麗的房間相差無幾嗎？”
“啊，我確實想知道這個問題。”真嗣面無表情道。
“那是因爲這裡就是麗出生的地方。”律子平淡的說道。
“這裡。。是麗出生的地方？”真嗣驚訝。回頭看了看身後的麗。得到的，卻是麗帶有害怕的一個點頭。
“沒錯，這裡就是麗出生的地方。”律子繼續解釋道。“構成麗深層心理的光和水，保留了對這裡的強烈印象。所以她的房間自然就被裝飾成了那個樣子。”
“麗的童年，就是在這樣的環境中度過的嗎？”
“不，麗並沒有那樣的東西。”
“嗯？”
“繼續跟我來吧，等我將一切告訴你之後，你就明白了。”來到房間的後門，律子輕按了門禁密碼，房門打開，律子率先走了進去。而真嗣也輕輕握了握麗的小手，繼續向前走着。
第二個地方是一處漆黑的甬道。除了腳邊道路上幽暗的地燈外，這裡沒有任何的照明設施。真嗣一步步向裡面走着，雖然昏暗，但是真嗣走出的每一步腳步聲都傳向了很遠的地方，可見這個甬道外圍是一個多麼巨大的空間。走到甬道的盡頭，律子按下了這裡的照明設施。
咔！咔！咔！
大型的照明設備一臺接一臺的被開啓。照亮了整個地下空間。正如真嗣所料，這裡異常的巨大，同時也出乎真嗣所料，因爲這裡的空間實在大的驚人。真嗣他們所處的地方是一個平臺，而在平臺下方，一具具巨大的骸骨，殘肢斷臂，甚至還有巨大的頭顱都向是垃圾一般的堆在下面。
“這裡是。。。”真嗣眉頭緊鎖，雖然位置和狀態改變了，但是真嗣似乎對這裡有印象。
“最初的eva製作地點。”律子柔聲道。“不過現在你所看到的全部都是失敗的作品。十年前就被廢棄在了這裡。現在你看到的也只不過是eva的垃圾場而已。”說到這裡，律子的嘴角揚起了一絲嘲笑的韻味。“可能你已經不記得這裡了，其實在你很小的時候曾經來過這裡。因爲這裡也是。。。”
“我媽媽被我爸爸殺死的地方！”冷漠的話語滲透着微弱的殺氣傳播開來。真嗣的左拳攥的骨節咯咯作響。
“你記得？這不可能，你的記憶明明已經被抹消了纔對。”律子驚愕的看着真嗣。
“記憶這種東西，沒人規定它不能自己恢復的吧？”真嗣不屑的笑着。他自然不能告訴律子是雷里爾幫他恢復的記憶。
“命運之子。。難道這是真的？”律子的瞳孔驟然收縮。
“恩？你剛剛說什麼？”真嗣豎了豎耳朵。
“不，沒什麼。”律子偏過頭。“我們走吧，下一個地方就是你想知道的那個實驗，以及麗身份的真相所在的地方了。”不在看真嗣，律子邁步向平臺後的電梯走去。而真嗣也沒有對剛剛律子的話追問，同樣跟了上去。
“真嗣。。”就在真嗣想要繼續向前時，身後一直沒有說話的麗突然拉住了真嗣的胳膊。
“恩？怎麼了？”
“我們。。。不去了可以嗎？”此刻的麗顯得十分緊張。
“誒？爲什麼？”真嗣疑惑。
“我怕。。。”第一次，這是麗第一次在自己的面前展示出瞭如此柔弱的一面。自真嗣和裡交往之後，雖然麗也偶爾依賴過真嗣，但是，怕，這個字眼真嗣還是第一次聽到。
“。。。麗。”短暫的寧靜後，真嗣開口了。“你還記的曾經我對你的話嗎？”真嗣溫柔的看着麗，身手撫了撫麗有些凌亂的頭髮。“不要忘記了我曾經說過的，只要我還活着，那麼我給予你的那份溫暖就不會消失。”再次捏了捏少女的小手，真嗣拉着麗一起向着最後的房間走去。
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終於，一行人走到了通道的最盡頭，一扇普普通通的大門。走進去，同樣是一個寬廣的空間。空間的正中央，一個類似大腦的複雜機械體出現在了真嗣的眼前，在大腦的正下方，是類似脊椎的連接系統，連接着最下方的一個培養容器，在容器裡面裝滿了lcl溶液。這個容器很大，足以裝進一個人了。
“真嗣君，你眼前的這個裝置，就是插入栓的原型。同時也是麗秘密實驗的真相。”律子冷漠道。“接下來。你會看到這個系統最真實的一面。”說着，律子按下了手中操作器的按鈕。一瞬間，整個空間的燈光亮起。除了中心的控制系統外，周邊的所有牆壁竟連接在了一起。形成了一個巨大的培養槽。光線透着lcl的光澤讓整個房間看上去就像一個巨大的海洋。然而。在lcl中，一具又一具的少女嬌軀正在裡面浮動着，歡笑着。而那完美身軀的主人。。。
“麗。。。騙人的吧？”真嗣被眼前的景色震驚了，因爲在他的視野內，培養槽中，數十個麗正定睛的看着自己。下意識的回過頭看向自己身後的少女，只見此刻的麗正低着頭，不敢看向真嗣，被真嗣拉住的手也開始微微顫抖起來。
“不是騙人的哦，你所看到的就是傀儡系統的核心部分。這裡是它的生產車間。也就是你身後的那個人偶的全部真相。”
“這是。。。怎麼回事。”真嗣不敢相信眼前的景色。
“如你所見到的，在lcl裡面所有的麗都是傀儡。而且只不過是爲你身後的那個麗準備的零件罷了。而剛剛我說的麗沒有童年，正是因爲她從一出生，就是現在這個樣子。所謂的童年都是在這個容器中成長起來的。”律子冷漠的敘述着。“你身後的麗，不是人類，而是人造人。是提取你母親的基因而造就的靈魂容器。”
“媽媽？靈魂容器？”真嗣驚愕。
“是的，人類因爲撿到了神而大喜過望，希望把神佔爲己有。所以因此而遭到了天譴。那就是十五年前第二次衝擊的原因，而人類所撿到的神也因此而消失了。但是苟活下來的人類仍不滿足。所以他們企圖希望用自己的力量讓人復活。於是他們找到了最初的使徒，聖子天使，adam（亞當）然後再利用亞當按照神製造出了來人類的樣子。那就是eva。
“人類？人在模仿着神的樣子來自造新的神？”
“沒錯，人類所製造的神即是eva，本沒有靈魂的eva的體內寄宿了人類的靈魂。而你身後的那個女孩兒，綾波麗，就是靈魂打撈的產物。”
“什麼？！”
“麗的身體原本就是人類製造的一具空殼，因爲人類與夜魔天使，lilith（莉莉絲）簽訂了契約而獲得了莉莉絲的靈魂，經過靈魂打撈注入進了名爲綾波麗的容器裡。那就是麗的真相。也只有綾波麗產生了靈魂契機。現在靈魂之屋已經空空蕩蕩了。這裡所有的麗都不具備靈魂這個東西。最多也只能算是容器而已。換句話說，這裡所有的麗都是傀儡，而你身後的麗，也僅僅是人類與神之間契約牽絆，受人控制的人偶而已。”律子平靜道。“那麼，我能告訴你的只有這麼多了。碇真嗣君，接下來輪到你了。讓我看看你的選擇吧。”
“。。。。。。”律子的話語落下，換來的卻是一份寂靜，真嗣沒有說話，他只是靜靜的看着在外壁培養槽裡面漂浮不定的“麗”。看着她們在lcl溶液中不斷地漂浮着。時間過了很久，真嗣鬆開了緊握的麗的手，向着“麗”們走了過去。一步，兩步，三步。真嗣站定在了“麗”們的面前，伸手觸碰在了有機壁上。不過，看着真嗣的到來，附近的“麗”都也只是淡淡的看了一眼，而後繼續飄蕩在lcl中。
“吶，律子博士。”真嗣看着“麗”們淡然道。“她們，擁有意識嗎？”
“只是區區空殼而已，怎麼可能擁有人的意識。”
“那，麗爲什麼可以擁有人的意識？”
“剛剛我說過了吧，麗擁有靈魂。”
“唯一嗎？”
“是的，如果麗死亡的話，她的靈魂就會被再次打撈，注入這些空殼裡。不過相對的，記憶，心理特徵，性格這些東西也會因此而消失。所以。。。”
砰！
律子的話音未落，一聲爆裂般的槍聲就震懾了她的耳膜，向着槍聲源頭望去。只見真嗣手裡端着的槍口正冒着屢屢的青煙。而槍口所指，有機壁被打碎了一個小孔，而裡面，一具傀儡的額頭處開始逐漸地向外冒出了血花。
“真嗣。。。”看着真嗣的動作，麗的紅色瞳孔驟然收縮。
“。。。對我來說，綾波麗在這個世界上只存在一個。也是唯一一個，這些傀儡。根本沒有存在的必要。所以。。。”話落，槍聲再響，瞬間，lcl溶液被鮮血染的通紅，每開一槍，一具傀儡的額頭，或者心臟必定出現一個血洞。而後那具傀儡便失去了動力，緩緩地向下沉去。緊接着，換彈，開槍，換彈，開槍。不知持續了多少次，真嗣的槍終於停了下來。已經被染成紅色的lcl順着有機壁上的槍孔潺潺地流了出來淌了一地。但是在場的三個人卻沒有一個感到厭惡。任由血水染紅自己腳下的地板。
“真嗣君，這就是你做的選擇嗎？”混合着流水聲，律子平靜的向真嗣詢問道。
“啊，這就是我的選擇。”真嗣收起槍冷聲道。“謝謝你律子博士，謝謝你解開了我的疑惑。如果沒別的事情的話，我們就先走了，明天我們還要去看明日香。”
“嗯，我知道了，之後的事情我會處理。明天我也會去明日香那邊爲她做進一步的檢查的。”彷彿剛剛的一切都沒發生過一般，此刻的律子十分平靜。
“啊，那就明天醫院見吧。”話後，真嗣掛上了曾經嘴角那淡淡的笑容，從新拉住了麗柔弱無骨的小手向外走去。
“真嗣。。。”麗的目光波動，真嗣的舉動讓她不知道該如何面對。
“麗。”電梯處，真嗣駐足。回首給予了麗一個大大的笑臉。“我們回家吧。”