接下來的三天，軍委會進行大規模整風運動，針對部隊內部出現的一系列問題，開展了批評與自我批評活動，高建國第一個上去，對自己這段時間軍委會的領導工作，做了一次檢討，並做了深刻的反省。
高建國的檢討也震動了整個軍委會，原本不怎麼在意的人，也變的認真了起來。緊接着李明等幾個常委，軍委會的各位委員陸續上臺，對自己的思想和工作中的不足，都做了嚴肅的自我批評。
他們說的一個比一個深刻，幾乎沒有套話空話，很多問題都說到了大家的心裡，讓他們也都從中發現了自己某些方面的問題。
連續三天的整風運動，讓軍委會進一步統一了思想。幾乎所有人都主動上臺發言，把自己的心裡話說了出來。其實大家的想法都差不多，在這個時代的土著面前，自覺比高人一等，這樣就會滋生輕敵思想。
每個人都還抱着現代社會的思維，組織紀律性差，對組織的認同感不強，缺乏凝聚力。長此以往就會形成山頭主義。長時間的發展下去，一旦形成習慣，就會形成軍人門閥，讓國家陷入武夫當國的危險境地。
高建國做了最後的總結髮言，他意味深長的對大家說道：“同志們，這個時代是我們民族最黑暗的時代。百姓終日在血泊中逃生，在殺戮中苟活。人間地獄，暗無天日，這不是虛構的恐怖，這是這個時代最真實的寫照。
15-17世紀，明朝是當之無愧的世界第一強國。可今後的幾十年，這裡的人口十有八九都將會死亡，就算是活下的人也做了奴才，然後剃髮、易服，由華夏淪落爲夷狄。從文明倒退到野蠻，從先進衰退到落後。讓本來有希望走進近代社會，進入世界先進行列的步伐被生生打斷，近代化的進程被推遲了將近三百年。
滿清的思想禁錮，讓整個社會都變得死氣沉沉，失去了自由和創新的氛圍。和西方的差距也越來越大。我們失去的這三百年，代價是滿清入關後統治中國三百多年遺留下的奴性思想，還有近代中國在民族危亡的關鍵時刻，不得不接受西方思想的舶來品。
西方殖民者在短短的三百年間，開始了近代的殖民拓殖。掀起了瓜分世界的浪潮，建立新的世界體系，直到我們來到這裡之前，他們還掌握着整個世界的秩序。而我們的民族卻喪失了爭霸世界的機會。
失去了這三百年，使我們的民族失去了氣吞山河的磅礴大氣。丟棄了秦漢的雄壯，隋唐的高昂，卻沿襲了明清的惡習。
同志們，我們來到這個時代就是爲了追回我們民族失去的三百年。不是爲了復興，而是爲了傳承，找回我們這個民族那種開拓進取的偉大精神。所以我們一定要統一思想。緊密的團結在一起，爲了捍衛我們民族的輝煌而努力奮鬥，讓中華民族繼續屹立在世界之巔。”
三天後，遠東公司董事局召開董事局委員會會議，軍委會和民委會的各位常委、委會匯聚一堂，進行了爲期兩天的會議。
高建國在會議上代表軍委會做了深刻的檢討。並希望以後民委會對軍委會的各項工作進行監督，也希望大家對公司的軍隊建設提出自己的寶貴建議。
經過研究決定。遠東公司今後的所有重大軍事行動，必須由公司董事局委員會三分之二的委員同意方可執行。軍委會的裝備、戰備計劃所需的資源和資金，也要交由董事局委員會討論通過，不得擅自進行自主進行。
軍隊的裝備預算由公司計財部負責審計，部隊的撫卹、復員轉業安置等工作也要納入到公司的社保計劃，內衛部隊和民兵、預備役部隊也由軍委會和民委會共同領導。
這次會議最大限度的制約了軍委會，把一些不安定因素扼殺在萌芽之中。雖然這些制度還不足以解決軍委會的根本問題，但這種事情只能循序漸進，一步一步的慢慢解決。
至少有了個好的開始，關鍵是認識到了問題的嚴重性，在今後的工作中不斷完善和補充。這也是董事局的幾個常委，充分考慮到了公司發展初期軍事鬥爭的重要性，不能讓部隊失去了銳氣和進取心，更不能打擊軍委會官兵的士氣。
董事局委員會研究完軍委會的事，並沒有散會，而是再接再厲，繼續研究了公司今後的工作計劃，並且對今年的工作做了一番部署。
1629年，遠東公司最重要工作有兩件。
第一件事是民委會的北進計劃，今年完成對海參崴北部特魯多沃耶基礎開發工作，這幾天公司就要組成開拓先遣隊，在特魯多沃耶建立登陸點。第二件大事就是遼東東江鎮的移民工作。
除了這兩件大事，遠東公司今年的工作還有很多，其中建設海參崴開發區也是重中之重，由於工業區的基建工作已經在1628年入冬前全部結束。通過今年的勞民冬訓，遠東公司的學徒工也已經達到了一萬餘名。
所以今年很多工作都要完工或者提上日程，包括熱電廠、通往露天煤礦和林場的鐵路、水泥廠以及基礎建材基地、機械加工廠、重型機器廠、軍工廠、鑄造廠、冶煉廠等公司的重點企業今年都要進行大規模建設。
還有在鬱陵島建立交易市場，和宋世平等大明船主的交易，也將在五月開始進行。到時候遠東公司就會通過和他們的交易，換取來自大明的人口、糧食、原材料等物資。
馬尼拉也在這次會議的討論之列，但是在董事局的各位委員中出現了比較大的分歧。大家對馬尼拉的重要性都有不同的見解。
很多民委會的委員認爲馬尼拉只是一塊雞肋，主張放棄馬尼拉，畢竟那裡比較遙遠，公司應該把精力放在北方。現在公司處於發展階段，對於貿易的需求並不大，幾年後等公司的基礎工業建立起來以後，在進行對外貿易方面的考慮。
還有的委員認爲馬尼拉的地理位置非常重要，放棄馬尼拉太可惜了。在馬尼拉只放置少量的人員，扶植當地的華人政權和東南亞的華人海盜即可，根本浪費不了多少公司資源。
發表意見的委員都是民委會的，軍委會的委員都沉默不語，任憑其他人在那裡爭辯。軍委會整頓以後，很多委員心理多多少少都會有些想法，所以在這個時候，都是選擇了閉口不言。
高建國和李明他們幾個常務董事，這個時候也不好發表看法，所以會議進行到了這裡，就陷入了僵局。王和一看現在的局面，知道他得說話了，對於這方面的東西，如果沒有軍委會的委員參與，最後肯定就是個扯淡的結局。
他咳嗽了一聲，然後笑着道：“這個問題我覺得軍委會的委員有更多的發言權，我們請軍委會的同志說說看法吧。”
但是一幫民委會的委員，正爲了這件事爭辯的不可開交，哪能輕易放棄。宣教部民族事務處的處長吳源，他堅定的要求放棄馬尼拉，而且他對軍委會縱容海盜屠殺馬尼拉王城的西班牙人，一直頗有微詞。
“其實我們根本就不應該去動馬尼拉，拋開民族仇恨不談，馬尼拉還是在西班牙 ...
的統治之下最好，這樣起碼能使馬尼拉繼續成爲西班牙環球航線的一部分。而且沒有了美洲銀子的輸入，對明朝的經濟的打擊是不可估量的。
而現在我們卻把他切斷了，那這裡勢必會失去它原來的意義，而只能變成一座單純的島嶼。爲什麼海軍部要縱容海盜殺戮西班牙人，屠殺只會帶來仇恨，現在我們與西班牙人必將勢同水火，對於公司來說非常不利。我們不要像西方人那樣到處殺戮土著人，這是我們中華文明起碼的道德底線。”
吳源的話音剛落，他對面的李明就笑了，但是笑容裡充滿了譏諷。李明陰沉的對吳源道：“那你說什麼纔是我們中華文明的道德底線。讓別人一次次屠殺，然後再去拿自己的熱臉，去貼人家的涼屁股，難道這就是我們的道德底線。我們就那麼賤，只知道以德報怨。
從中西方文明開始碰撞的那一天起，戰爭的爆發都是西方人挑起來的，每次都是。我們總是以和平友好的方式接受西方的文明，就算是我們所在的現代社會一樣如此，歷史上歷朝歷代對西方也都是溫和的，就算是有戰爭，我們都是以和平的態度去息事寧人。
可是我們換來的是什麼，一次次無休止的侵略、屠殺，西方殖民者的侵略野心和貪婪本性是不會改變的，我們的道德底線在他們的眼裡狗屁都不是。”
王和一聽裡面的話，就知道要遭，而且高建國和幾個軍委會的委員，臉色已經沉了下來，就連民委會的人都面帶不滿之色。他連忙笑道：“我們討論問題可以，不許主觀臆斷，公司對馬尼拉的問題還在討論之中，所以大家現在不要輕易下結論。”()