因爲軍委會動作非常快，所以部隊在九州島的行動很成功。九州大部分藩主都加入了薩摩藩領導的九州聯軍，根本沒想到遠東會對她們發動攻擊。而且還是喪心病狂的斬草除根，整個九州的大名藩主，除了薩摩藩的島津家，其餘的大名都被剷除的一乾二淨。
經過近一個月的掃蕩整肅行動，遠東用鐵血的政策，讓九州島各地的治安逐漸好轉。這期間大名藩主和她們的家眷，以及他們的家臣武士，不是在戰場上斬殺殆盡，就是被軍委會秘密的組團處理掉了。
少數僥倖逃脫的武士和足輕，雖然在接下來的一段時間裡，給遠東軍帶來了一些麻煩，但也在隨後遠東兇殘的掃蕩中，清理得乾乾淨淨。
當然，所有參戰的遠東軍各部隊，都打着薩摩藩的旗號。反正目前九州島只有薩摩藩的島津家還在。以後就算是薩摩島津家怎麼解釋，也沒有人會相信他們了。
九州島穩定下來以後，民委會工作小組也趕到了九州島，他們將九州各地的土地進行了重新的規劃，然後對島上的日本底層百姓，按照支隊大隊和中隊的重新進行了整編。
並且將九州島的土地平均分配給每家每戶，和原來一樣，每年的各家的收穫需上繳六成，但是卻沒有了地租，只是將每年農閒期間的勞役，增加到三個月。
對於遠東的土地政策，九州各地的底層百姓，還是歡欣鼓舞的。畢竟以後不需再繳納地租，每年多少也會剩餘不少的餘糧。至於誰做他們的領主，他們根本就不去關心，吃飽肚子纔是最重要的。
遠東對他們進行整編。對九州各地的底層平民來說，他們反而喜歡這樣的安排。日本人的天性就是如此，生怕被集體拋棄。只有活在集體的環境裡，他們才覺得踏實。
公司也會根據日本人的這種尿性。以後會在外東北南洋新疆等偏遠地區，建立大批的國營農場，逐步將這些日本人遷徙過去，開發這些地區的農業資源。
另外，公司以後會大規模開發澳大利亞中南半島西伯利亞等地礦產資源，小日本絕對是最好的礦工苦力，只要不讓他們餓着，一個比一個能幹。
反正日本各島的小日本。絕對不能再讓他們聚在一起了，把這幫小日本拆散了，他們屁都不是，但若是湊在一起早晚會出事兒。
隨着九州各地的逐步安定，軍委會也慢慢的把這裡的民事工作交由民委會工作小組接手。軍委會也開始爲日本戰役下一階段的行動做積極的準備。
目前薩摩藩組織的九州聯軍，在得到了遠東的支援後，組建了九州師團，並重新屯兵數萬於大阪城下。九州師團數萬精銳，做出一副要進攻大阪的勢態，讓大阪的幕府聯軍如臨大敵。他們在大阪防線修建了大批的土木工事，並將十餘萬大軍佈置在這條堅固的防線上。
雖然看着人數不少，但除了幕府聯軍的幾萬精銳。剩下的都是日本本州島各地大名派來增員的兵馬，以及大批拿着竹槍的各地平民，大都是一盤散沙，屬於烏合之衆。
這段時間九州師團做足了姿態，可就是不急於進攻。而是天天組織部隊進行訓練，偶爾派一些些的部隊，對大阪防線做一些試探進攻。幕府聯軍當然也不敢進攻，他們見識到了遠東的火力，知道和九州師團野戰就是送死。所以只能躲在嚴密的土木工事裡，緊張的等待着遠東的進攻。
他們沒有絲毫的放鬆。時時刻刻警惕九州師團的進攻，並不敢掉以輕心。畢竟上次被遠東的一通暴揍。打得膽戰心驚，只是寄望于堅固的土木工事，試圖擋住九州師團的進攻。
德川幕府也曾數次派人來到了九州師團，和島津忠恆見了面，希望雙方進行和談，並提出了與薩摩島津家共治天下的想法。但島津忠恆看到現在的形勢，哪還能放棄問鼎天下的野心，直接提出了極爲苛刻的條件，打消了德川家的野望。
軍委會用九州師團在大阪牽制了德川家的主力，使得軍委會有了充足的時間，解決九州島和四國島上的各個大名藩主。
九州島的行動順利的完成以後，軍委會的矛頭，也指向了下一個目標，日本的四國島。
四國島位於本州西南部中國地方的南方，九州的東北方，與本州之間以瀨戶內海相隔。北臨瀨戶內海，南瀕太平洋，東隔鳴門海峽紀伊水道與本州的近畿地方爲鄰，西隔豐予海峽豐後水道與九州相望。連同屬島面積約18800平方公里
幕府時代的四國島共有阿波贊岐伊予土佐四國，分別有蜂須賀氏生駒氏山內家，以及松山宇和島大洲今治等小藩共同統治。
軍委會進攻九州島期間，海軍部就派出了大批的戰艦，徹底的封鎖了四國島和本州島的沿海地區。只要發現船隻一律俘獲，敢於抵抗和逃走，馬上就會被擊沉，沿岸的船隻就算拖到了岸上，但是也大都被遠東軍登陸焚燬，使得四國島和本州島也失去了的所有聯繫。
另外，九州師團也派出了部隊，在海軍部的配合支援下，逐步佔領了四國和九州之間海域的江田島蒼橋島能美島大崎下島大崎上島大久野島大三島伯方島弓削島嚴城島生口島等各個島嶼。
面對遠東艦隊的兇猛火力，九州師團並沒有費什麼力氣，僅用了不到一個月的時間，就將這些島嶼輕鬆的拿了下來。
這個時代這些島嶼上都沒有多少人，爲了保證進攻四國島行動的順利實施，所以薩摩藩在遠東的授意下，將這些島上的居民，不分男女老少全部斬殺殆盡。
四國島上的蜂須賀氏生駒氏山內家，以及松山宇和島大洲今治等小藩，雖然不知道遠東已經掃平了九州島，但是他們依然從中嗅到了危險的氣息，都不約而同的開始加強軍備。