人曰:“五臟本皆屬陰”，又言“五臟之本，本在命門”，就像“地球之本，本在太陽”一樣。
命火是一身陽氣的根本，而五臟本皆屬陰又本於命門，所以命門與五臟應是對立統一的陰陽關係。人們設命門爲天，五臟爲地。
命門爲“元氣之所繫”，又藏有元精。元氣爲元精所化生，二者是功能與物質的關係。任何一個事物都有其結構（體）與功能（用）兩方面，體陰用陽，結構爲陰，功能爲陽，體在內，用在外，這兩者是一個有機的整體，相輔相成。
命門也不例外。
陰陽是相對而言的，元氣爲功能屬於陽，元精是物質屬於陰，二者同屬於命門（天）是一個有機的整體。但元氣用在外需發佈遠行，元精體在內需固守舍藏，體陰在內，用陽在外，抽象而言，可以認爲這是“陽中有陰”的結構模式。
這與太陽一樣，它的外面是光芒萬丈的陽氣（元氣），內裡是產生熱核反應的物質（元精），太陽沒有內裡的熱核反應（熱核反應相當於元精“化生”元氣的過程）就不會產生能夠溫煦到大地的天之陽氣（元陽之氣），命門沒有元精的生化作用（元精“化生”元氣的過程就相當於太陽內部的熱核反應）就不會產生能夠溫煦到五臟六腑的元陽之氣，二者的道理是一樣的。
元氣又稱之爲元陽之氣，亦稱之爲命火，是人體一身陽氣之根本，這與太陽火是天之陽氣的根本同出一轍。所以命門是人體內的天，符合太極陰陽圖“陽中有陰”的結構特徵。
金木水火土“五臟本皆屬陰”，是組成人體內地的內容，而腎水是五臟之陰的根本。
木火土金水五形之火是地火，所以心火是陰中之火，爲陰中之陽。抽象而言，可以認爲這是“陰中有陽”的結構模式。
實際上，心火主血脈的功能是推動五臟血液循環的根本動力，如果沒有心火主血脈的功能，臟腑就難以產生五臟六腑之精氣（陰氣），尤其是心火衰竭就會出現腎水不化的臨牀病症，這是陰中無陽則其寒必極之證。
與地球一樣，雖然地球是由木火土金水五種物質組成，但“萬物稟形非水不育”，所以水是地陰之根本。
地火是陰中之火，爲陰中有陽的結構模式，如果沒有地火氤氳這個內部因素，就不會有泉源之溫，地水也就會寒凝不化，這與心火衰竭首先表現的是腎水不化的病症相一致，所以可以認爲心火是陰中有陽的結構格局，這也是“人道本乎天道”之證。
五臟是人體內的地（陰），所以“五臟本皆屬陰”，五臟是一個有機的整體。心火是陰中之火，爲地火，是陰中之陽，所以人體內的地（五臟）符合太極陰陽圖“陰中有陽”的結構特徵。
五臟是形本屬陰，所以五臟陰中有陽也可認爲是五臟其形質在外，而功能於內，如心主血脈、腎主水、脾主運化、肺主氣、肝主津液等，這些水、血液、食糜、氣、津液等物質的代謝過程均在臟器內部完成，是“陰中含陽”的格局；命門則不同，其形質（元精）在內，而功能（元氣）行於外，其元氣元神均至幽至微，杳然不可見，是“陽中含陰”的格局。
太極陰陽圖的另一個特徵是陰陽相互爲用的升降運動，那麼命門與五臟也應存在着陰陽相互爲用的升降機理。
“五臟本皆屬陰”，腎水是陰中之陰，陰中之陰爲太陰，所以腎應爲太陰之髒。太陰爲至盛之陰，所以腎亦稱爲“至陰之髒”，而位於人體的下極。
命火是陽中之陽，陽中之陽爲太陽，所以命門應爲太陽之髒。而太陽爲“至盛之陽”，所以命門應爲至陽之髒，位於人體的上極纔是。
命門爲至陽之髒而居上，腎爲至陰之髒而居下，二者位於人體的兩極，成上下對立升降之勢以陰陽相互爲用，合乎天道。
命火之陽氣與腎水之陰氣是如何上下升降相互爲用？首先得明確命門的部位，實際上《內經》的“命門者，目也”就是指命門的部位所在，即“睛明所夾之處，是爲腦心，乃至命之處，故曰命門”。
腦髓有間腦與大腦先後天之區分，兩睛明目系所夾之處正是腦髓的中心，腦髓的中心是間腦，所以人們所指的腦心就是間腦。
人類胚胎早期，腦心的側壁外突，形成視目系，即《內經》的目睛命門與腦心在發生學上就有着淵源關係。目是腦心的門戶，腦心是《內經》的命門所藏納的先天之精，是生命之根本。
命門通過目系與腦心相聯通，二者是生命之門與生命之室的關係，門與室是一體的，目系只是通道。生命之門就是儲藏生命物質的地方，生命之室（泥丸宮）就是腦心元精元神所舍藏之處。
腦心就是位於腦髓中央形似泥丸的間腦，間腦主宰着五臟六腑的生理活動，體現着元神的作用，是人體最重要、最核心的生命中樞，去掉大腦皮層生命尚可存在（植物狀態），去掉腦心生命不復存在。
腦心是人體最至關重要的生命物質，它就是目睛命門所藏的先天之精，亦即元精。
目睛命門因藏有腦心這個先天之精而具有非常重要的地位，所以《內經》指出目就是命門，是藏有腦心這個非常重要物質的生命之門。
腦髓有間腦與大腦先後天之區分。大腦有思有慮主宰着軀體視聽言行之心理活動，屬於後天識神；間腦形似泥丸位於整個腦髓的中心，稱之爲腦心，腦心無思無慮主宰着五臟六腑內臟的生理活動，屬於先天元神。
睛明所夾之處是爲腦心，兩睛明目系交叉像把鉗子夾着腦心。腦心就是目睛命門所藏的先天之精。
間腦形似泥丸是整個腦髓的腦心。人類胚胎早期間腦的側壁外突形成視目系（命門），目睛命門通過目系與腦心相聯通，其有着發生學上的淵源關係。
足太陽之脈起於目睛命門，正應之“足太陽之脈，起於目內眥”，其必起源於腦心，這是由其發生學上的關係所決定的。
腦心元精化生的元氣隨起源於腦心泥丸宮生命之室的足太陽經運行通過目系出生命之門目，即所謂的:“氣出於腦”“陽氣出於目......循項下足太陽”，然後上額循項下入五臟六腑之俞，最後植入足少陰腎經的至陰穴，並唯腎而絡，以命門天火之陽氣溫煦人體內的地（五臟），這還是命門爲“五臟六腑之本”和“其氣與腎通”的經絡學證據。
五臟六腑之精氣皆上注於目睛命門，就必上屬於腦心，這也是由其發生學上的淵源關係所決定的。
這就是太極陰陽圖“天之陽氣下降於地，地之陰氣上升於天”在人體內陰陽相互爲用的升降運動。
《內經》曰:“人始生，先成精，精成而腦髓生”。
人生先成之精就是先天之精，腦髓就是由先天之精而構成。但是腦髓有間腦和大腦先後天之分，大腦是間腦的自然延伸，是低級腦部位，間腦是腦髓的核心，是高級腦部位，所以“精成而腦髓生”本質上應該是“精成而腦心（間腦）生”，腦心是由先天之精凝聚而成！再合參“命門者，目也”及目與腦心在發生學上的淵源關係，所以腦心就是生命之門目所藏的先天之精！
命門藏先天之精是它最基本的功能，所以《內經》的這個命門目就是命門，它所藏的先天之精就是腦心，如同中醫的心肝脾肺腎五臟系統本身就包含了解剖學上的實質器官一樣，《內經》的命門也是有解剖學物質基礎的，因爲沒有脫離物質而獨立存在的功能!
《內經》曰:“太陽根於至陰，結於命門。命門者，目也”。結：締結之結也，即足太陽經是締結於命門的一條經脈；結：植物長出的果實或植物結出的果實，即足太陽是命門長出的一條經脈或足太陽是結出於命門的一條經脈，所以說“太陽......結於命門”；結：系也，即足太陽是繫於命門的一條經脈，如同命門爲“元氣之所繫也”一樣。
《內經》曰:“足太陽之脈，起於目內眥。”也是說足太陽是起於目睛命門的經脈。
足太陽之脈出自目睛命門就必源自腦心，這是目睛命門與腦心在發生學上的淵源關係所決定的。即足太陽之脈是起源於目睛命門腦心的經脈，它屬於目睛命門，這是《內經》所明確的。
元氣就是“大盛之陽氣”，而足太陽經是運行大盛之陽氣的經脈，所以足太陽就是運行命門元陽之氣的經脈，二者是髒經相符的淵源關係，這應是《內經》其髒配其經的本意。
命門腦心元精化生的元氣隨起源於腦心生命之室的足太陽經的運行通過目系出生命之門目（天）即“氣出於腦”“陽氣出於目......循項下足太陽”，然後上額循項下入五臟六腑之俞以溫煦人體內的地（五臟），這就是命門天之陽氣下降於地的經絡學證據。