2079年7月2日早上8點，紐約，MAX公司總部大樓。
經過昨天的慌亂局面，大家稍微安靜了一些。Cobra小組沒有馬上離開而是繼續留在這裡調查情況。
雖然容克博士昨晚講述了事情的由來，但是仍然存在很多疑問。李隊長和隊員們還有容克博士在會議室的小房間裡討論着下一步的對策。
李隊長還是很關心時間線的問題，他問：“我從2080年倒退到2079年，這對宇宙的影響是什麼？”
容克博士回答：“上帝使用了巨大的能量才做到這一點，李隊長你必須完成任務才行。否則後果很嚴重。”
其他的組員們都聽的神經兮兮的，他們顯然不大相信這些談話。
李隊長說：“有什麼後果呢？”
容克博士頓了一下說：“必須老實說，這是唯一一個挽救宇宙系統的機會了，如果你失敗了，這個宇宙系統將崩潰，而另外一個黑暗的你會建立一個屬於他的世界，一個黑暗幽靈的世界！”
李隊長說：“那就是說2080年的時候我沒有消滅他，所以只好退回到一年多前來實現這個目的。”
容克博士點點頭。
旁邊的艾達插嘴了：“這麼說，李隊長你是來自未來的人啦？！”
羅斯繼續不以爲然的態度。
李隊長笑了笑：“看樣子是的，我離開了我原先的世界。”
艾達繼續問：“你的世界跟我們有差別麼？”
李隊長回答：“目前爲止，還看不出差別來。”
伯克也問：“最近的幾起事件都跟你們MAX公司有關，是不是他要報復你們？”
容克博士一本正經的說：“沒錯，我們公司的科技是世界第一，摧毀我們就意味着可以掌握世界的主導權。”
李隊長說：“可不可以說，他們遲早要對付你們MAX公司？”
容克博士看了看窗外的城市街景，慢慢的說：“恩，我估計由於他們首領的復出，重整旗鼓的黑暗軍團很快就要來了。那些零星的超自然事件只不過是前菜而已。”
李隊長眼睛眯了起來說：“黑暗軍團？跟我見到的幽靈城是一回事麼？”
容克博士轉身回答：“不完全一樣，2080年的幽靈城在破碎虛空，它的力量已經達到頂點。而現在的他們還在成長當中，不過他們可以在這個世界裡獲得源源不斷的能量補充。所以說，這個時間點上你可以有最大可能的打敗他們。”
艾達又是滴溜溜的轉着眼珠，問：“黑暗軍團？聽起來聽牛的，是有很多軍隊麼？我還以爲是一羣****呢！”羅斯在一邊有點要發笑的樣子。
容克博士說：“那倒不是，他們其實就是一羣發誓要脫離上帝管束的靈魂，在另外一個李隊長的帶領下，聚集成一個軍團，他們擁有很強的技術實力。”
艾達繼續問：“我們的軍隊不也很強麼？”
容克博士回答：“不僅僅是武器，他們的心理能量是很強的，而我們的軍隊幾乎都是機器人，兩者並不一樣。”
羅斯笑的說：“機器人軍隊可是非常厲害的，我不信那些孤魂野鬼是機器人軍隊的對手。”
容克博士愣了，回答：“你沒見過他們，你不知道以前他們的威力。”他把以前時間線裡黑暗軍團的事情講了些給大家。
原來，這些本來是常人的靈魂出竅後，在另外一個李隊長的召集下，成爲一隻強大的勢力，對現存的世界進行了猛烈的攻擊，不僅打敗了機器人軍隊，還摧毀了幾大科技公司，並召喚了更多的靈魂加入，在摧毀這個宇宙之後，他們去到破碎虛空，並打算穿越去別的宇宙空間，如法炮製，就像病毒一樣侵蝕着這個上帝統治的系統。
聽完這些描述，李隊長更加清楚了自己存在的目的，就如同電腦程序出了病毒一樣，他就是用來殺病毒的工具，如果他不能成功，這個世界必然會崩潰。末日終將來臨。
大家還在會議室裡繼續熱烈的討論着，這時候，有安全局打來的緊急通信電話。電話報告說，全球的核電站網絡出了故障警報，多個核電站被迫停止了運行。Cobra小組必須馬上趕往聯邦能源局，那裡有任務等着他們。
容克博士表情嚴肅的說：“很有可能就是他們做的事情，核電站是我們世界運行的命脈！這回得祝你們好運了！”大家就此告別了MAX公司，乘坐飛行器直接飛往處在幾百公里外山區的聯邦能源局。
能源局地處在北美東北部阿巴拉契亞山脈的一個地下基地，這裡戒備森嚴，控制着全球的能源電站網絡。Cobra小組飛抵該基地的時候，已經看到大量的武裝車輛和飛行器在附近徘徊，顯然事態很是嚴重。
一名黑色軍服的軍官來接待他們，送他們進入這個巨大的地下基地。根據介紹，該基地原本是爲了防止核子戰爭所建的，已經快100年的歷史了。
很快，cobra小組就進入到了基地核心區域，聯邦能源局的局長阿爾法將軍正在那邊等着他們。面前是一個巨大的電子世界地圖，所有聯邦擁有的核子電站都在上面，在這個世界裡，核子電站是世界的主要來源，其次是太陽能電站。
李隊長想到自己的世界裡，核子電站已經基本禁止了，果然這個世界跟自己原先的世界真的有不同之處。他暗自怪自己平時沒有多注意，早就該發現這個世界的不同之處，而他只是以爲睡個覺醒來並不會有什麼不同。
阿爾發將軍表情嚴肅的介紹了情況，他說，亞洲和歐洲的核電網絡今天早上出現了斷網故障，懷疑是有人故意發動了襲擊，至今還有好幾個電站未能恢復，這已經給世界經濟造成了巨大的打擊。聯邦要求儘快查明真相，恢復穩定的核電供應。
李隊長問道：“是網絡攻擊麼？還是實際的攻擊？”
阿爾發將軍回答：“兩者皆有，核電控制網絡被黑客襲擊癱瘓了好幾個鐘頭，而有幾個電站也報告說，有不明目標對核電的設施進行了攻擊，不得不關閉了一些核電站。”
李隊長說：“將軍，我們剛從MAX公司回來，聽說很可能是黑暗軍團做的。”
將軍好像也知道這事，他回答：“恩，我們也有防備，各地區的特別反應部隊已經進入戰備狀態，聯邦軍的無人機也出動了。這次讓你們來，就是要給你們一個重要的任務。”
將軍手指着地圖說道：“你們看，亞洲區的日本東京附近的成田核電站至今沒能恢復，情況比較嚴重，快速反應部隊也沒有迴音，你們先去那裡查看，爭取早日恢復秩序。另外，我已經命令駐紮在附近的艦隊靠近東京灣，配合你們行動。”
李隊長點點頭，表示服從安排，馬上返回到飛行器裡，Cobra小組的隊員們開始摩拳擦掌起來，準備出發去日本東京。