對於五位軍機大臣的人員確定，朱怡成是存了些心思的，從表面上來，文官三人，武將二人，但實際上鄔思道屬於朱怡成的夾帶，而其餘四人中，也就是廖煥之是真正的文臣，再者他本就是文官之首，入軍機更是理所當然。
除去廖煥之和鄔思道外，王樊雖屬於文官，但王樊實際上代表的是商人階級，這也是朱怡成用這種方式來表示他對商人階級的重視，更是向天下人表明如今大明已不存在四民劃分，提高商人地位的實質性決策。
董大山作爲軍中第一人，同樣也代表着陸軍，董大山入軍機類似於廖煥之。至於王東，則代表新興的海軍勢力，所以這一次軍機處的成立和軍機大臣的人選從歸根結底來講分別是：文官、商人、陸軍、海軍然後再加鄔思道這個皇帝夾帶中人。
就此，大明軍機處成立，各軍機大臣正式上任，也標誌着大明政治格局的第一次改變。對於軍機處的成立，朝中衆人並未有太多反應，因爲大多數人僅以爲這個軍機處只是類似於內閣的機構。不過擔任軍機大臣的五人卻清晰的明白自己未來的職權，也知道朱怡成爲什麼建立軍機處的目的。
在軍機處成立的同時，還有一個部門，也就是通事處也成立了。和大張旗鼓的軍機處不同，通事處的成立很少有人知道，僅僅只限於極少數人知曉。
通事處的辦公地點也不起眼，它的位置在離錦衣衛不遠的地方，門口也僅只是掛了個牌子。但許多人不清楚，這個通事處的成立其實代表和大明海外情報機構的建立，同時也是對錦衣衛獨攬情報大權的一次拆分。
通事處的主官品級不高，僅爲從三品，本官稱提督四夷通事，以此官名來看，類似於之前的四夷館館職，也是因爲這個原因，普通官員只以爲通事處和之前的四夷館沒什麼兩樣，不過他們並不清楚，朱怡成之所以這麼做正是這個原因。
大明覆國後，並未成立四夷館，現在開設通事處並立提督四夷通事，朱怡成就是要用這種方式來混淆視聽，從而掩飾這個機構的真正職能。
提督四夷通事由鄧秉擔任，鄧秉此人之前不起眼，僅只是大都督府的一員指揮僉事，實際工作是協助朱怡成處理軍務，也就是說此人原來的本職是朱怡成以皇帝身份擔任大都督的軍事秘書。
由此可見，鄧秉是朱怡成極度信任的身邊人，再加上鄧秉此人雖秀才出身，但文武兼備，性格沉穩，對情報工作頗有見解，是很合適的一個人選。
通事處掛牌成立後不久，就給朱怡成帶來了個好消息，這消息正是來自於澳門方面。
費爾南多回到澳門後，先想辦法穩住了澳門總督賈士度和葡萄牙艦隊最高指揮官安德拉德將軍，告訴他們自己在南京已見到了大明最高統治者，然後拿出一些早就準備好的條件來讓他們進行商議。
這些條件當然不會是朱怡成所需的，如果是這樣的話肯定是不行的，費爾南多非常清楚賈士度和安德拉德的底線在哪裡，更明白他們根本無法接受大明的要求。所以這些所謂的條件全是費爾南多自己所捏造的東西。
果然不出所料，當賈士度和安德拉德看到這些所謂的條件後頓時大爲苦惱，然後讓費爾南多稍等些時日，因爲他們需要考慮一下。費爾南多當然不會拒絕，很是恭敬的答應下來，隨後告退。
離開總督府後，費爾南多並沒有等待賈士度他們所謂的結果，而是先了解了一下他離開澳門這些日子澳門的情況，當得知隨着時間的推移，總督府方面和澳門議事會的矛盾越來越大，澳門不滿賈士度和安德拉德的人也越來越多後，費爾南多就悄悄開始了他的行動。
用了人脈和手段，費爾南多很快就取得了議事會主要人員的信任，隨後向他們權衡利弊托出了大明的態度。當得知大明打算在拿下廣東後直接收回澳門的消息時，議事會的主要人員個個驚恐不已，更是對賈士度和安德拉德痛恨萬分。
要知道他們同賈士度和安德拉德不一樣，賈士度和安德拉德是國王派遣的總督和艦隊指揮官，無論是何者都是有任期的，任期一滿就將回到本土。而議事會的主要成員中，許多人已經在澳門生活了數十年甚至更長的時間，還有人就出生在澳門，在他們眼中，澳門不是什麼可有可無的殖民地，而是他們的家園。
丟失了澳門，等於丟失了自己的家園，就算能夠回到本土又怎麼樣呢？難道去那個名義上的祖國，然後在陌生的地方繼續自己的生活？這根本就是無法令人接受的事。
除了這些人外，還有商人們同樣如此，丟失了澳門代表着他們再也無法來到遠東進行貿易了，中國有句老話，叫奪人錢財猶如殺人父母，這樣的結果如何讓人可以接受呢？
費爾南多很輕易地就挑起了議事會、商人同賈士度和安德拉德之間的隊列，使得他們之間本就加劇的矛盾越加惡化。隨後，費爾南多很“適當”地又站在議事會和商人的角度給他們出了些主意，同時又把本土對澳門的政策詳細講述了一下，最終得出一個結論，那就是想要保住澳門，保住他們這些人的未來，必須做出一個選擇，或者說是一種取捨。
在費爾南多的勸說下，一個以費爾南多爲核心的組織開始成立了，這個組織的目標不是別的，是爲了結束和大明之間的戰爭，取得大明的原諒，同時利用這戰爭的契機讓澳門成爲一個由議事會和商人爲主的自由貿易的城市，從而脫離葡萄牙王國的管轄。