幾分鐘後，李曉、碇司令、冬月，三個人來到了停放初號機的艙室。冬月命令所有工作人員全部離開這裡，並且掐斷了監控錄像。一會兒後，偌大的艙室裡就只剩下了他們三個人。
李曉站在浮橋上，仰着腦袋看着初號機那張沉默的藍色大臉，這時候他忽然意識到一個非常重要的問題——如果他真的救出了碇唯的話，失去了碇唯的靈魂，初號機會怎麼樣？
顯然意識到這個問題的不止李曉自己，冬月也在後面小聲對碇司令說:“如果他真的救出碇唯，初號機該怎麼辦？”
碇司令沒有絲毫猶豫，立即斬釘截鐵的回答:“即使失去初號機也無妨。”
碇司令之所以會願意放棄初號機，一是因爲碇唯對他來說遠比初號機重要，之前他對初號機格外的重視，也是因爲初號機裡面有碇唯的靈魂；二是因爲碇司令的成神計劃其實已經算是流產了，拜李曉所賜，碇唯沒有成神，李曉反而陰差陽錯的成神了。這種情況下，如果能救回碇唯的話，那麼碇司令當然願意放棄初號機。
其實碇司令還有第三條路可走，如果讓初號機吃掉李曉的話，也應該可以獲得S2機關，事實上碇司令之前也有過這種考慮，他一直在猶豫。
這是碇司令的考慮，而李曉還有自己的考慮。他之前想着救碇唯完全是頭腦一熱，現在想想他覺得自己似乎有些心急了。別人不知道，但是他知道，接下來SEELE和NERV將有一場大戰，初號機也是重要的戰力之一，現在救出碇唯的話初號機肯定無法再繼續使用了。但是，既然李曉都已經來到了這裡，他也不好意思再反悔對碇司令說你再等兩天，只好走一步看一步了，而且李曉也沒把握一次就能救出碇唯。
“開始吧，你要怎麼做？”碇司令看向李曉，雖然依舊是一副冷漠臉，但是他的眼睛裡卻透着強烈的期冀。
“好，那就開始吧。”李曉的表情漸漸嚴肅起來，他深吸一口氣，低聲喝道。“AT力場，全開！”
話音落下，李曉的身體立刻放出奪目的金色光芒，李曉就如同一輪冉冉升起的金色太陽慢慢漂浮到半空中。沒有人告訴李曉他應該怎麼做，但是李曉就好像本能的知道應該這樣做，直到這時李曉才恍惚的想起來，在之前那個奇怪的夢境中，碇唯似乎給了他某種指引，他慢慢閉上了雙眼，讓自己的精神化作娟娟的細流，逶迤的涌入初號機的體內。很快，李曉的意識就沉浸了無限的黑暗之中……
當李曉再次睜開雙眼，他發現自己站在一片金色的海灘上，天空澄澈蔚藍，明媚又溫暖的陽光從四面八方撲面而來，在陽光的反射下，沙灘上的沙礫就好像黃金一樣閃爍着奪目的光輝，遠處是一片比天空更加蔚藍的大海，一望無際的蔓延至世界的盡頭，翻滾的白色浪花調皮的拍打着海岸，彷彿帶着某種沁人心脾的節奏，若是仔細聽一會兒的話，會讓人舒服的昏昏欲睡。
在海岸的邊上，站着一個一襲白裙的女人，她背對着李曉，安靜淡然，似乎正在靜靜的聆聽世界的聲音。
即使沒有看見這個女人的容貌，李曉也猜到她是誰了。李曉立刻快步走過去，剛想要打招呼，女人卻率先轉過了頭。
“你來了，李君。”碇唯的臉上帶着溫柔的笑容，竟比陽光還要明媚。
李曉頓時微微一驚，在碇唯身邊站定:“你認識我？唯阿姨。”
碇唯溫柔的笑着:“我當然認得你，你是真嗣的好朋友，我一直看着你呢。”
李曉細一想還真是，碇唯就是初號機，的確總能看見他。
“那個，唯阿姨，我是來接你回去的，跟我走吧，你兒子和孩子他爸都等着你回家呢。”李曉說完就滿臉希望的看着碇唯，他以爲碇唯會非常高興跟他回去，但是出乎他意料的是，碇唯竟然搖了搖頭——她拒絕了李曉。
“爲什麼？待在初號機裡面有什麼好的嗎？”李曉不敢相信的瞪大眼睛。
“當然不是。”碇唯語氣溫柔的慢慢解釋。“只是，第三次衝擊的預言還沒有結束，懸在人類頭上的達摩利斯之劍還沒有消失，我還不能離開初號機。”
李曉立馬明白了碇唯的意思:“那如果我阻止了第三次衝擊呢？”
碇唯露出微微驚訝的表情，她沒有想到這個奇怪的少年竟擁有這樣的勇氣。接着，她微微彎下身子，伸出溫暖的手，輕輕地拂過李曉的臉頰，臉上的笑容像陽光一般溫柔:“如果真到了那一天，當一切結束，人類迎來了新的未來的那一天，那個時候，麻煩你再來接我吧。”
李曉的視野漸漸變得模糊起來，明明近在咫尺，他卻越來越看不清碇唯的容貌了。最後的最後，他聽見碇唯對他說:“麻煩你代我向真嗣和源堂問好，讓他們照顧好自己。”
再次睜開雙眼，李曉又回到了NERV，AT力場迅速散去，李曉還沒反應過來就直接從天上掉了下來，一屁股坐在了浮橋上。
“喂，你沒事吧。”冬月好心的上來扶李曉，但卻被李曉擋住了。
“先別動，磕到尾巴骨了，下半身麻了。”
碇司令面色陰沉的看了看初號機，然後又看向李曉:“失敗了嗎？”
李曉在冬月的攙扶下齜牙咧嘴的慢慢站起來，點點頭:“失敗了，唯阿姨她不願意出來，當初她就是爲了阻止SEELE和人類補完計劃才自願留在了初號機體內，她說當一切結束，人類迎來新的未來的那一天，再讓我去接她。另外她還說，讓你和真嗣照顧好自己。”
李曉說完，碇源堂的臉上立馬露出無比落寞的神情，他像是丟了魂一樣整個人僵在原地好久，然後他沉默着轉過身，獨自一人慢慢離開了。他離去的背影就像一隻無家可歸的斷脊之犬，透着數不盡的心酸和痛苦。
李曉看着碇源堂的背影，也忍不住心有所感，不禁嘆息一聲：“碇司令也挺不容易的，老婆老婆沒了，跟兒子的關係也不好。”
冬月神色複雜的看了李曉一眼：“你似乎很瞭解碇，我越來越好奇了，你究竟是什麼人？李君。”
李曉攤開雙手，聳了聳肩：“我之前也說了，我什麼人都不是，我自己單幹。”
冬月警惕的眯起銳利的雙眼：“那麼你的目的是什麼？”
李曉想了想，忽然樂了出來：“說起來，我和你的目的高度一致，我也想摧毀SEELE的陰謀，也就是人類補完計劃，對政治有潔癖的你，之所以會幫助碇司令，也是爲了這個吧，冬月老師。”
冬月微微露出吃驚的表情，隨後又頗爲懷念的自言自語道：“冬月老師……很久沒有人這麼叫我了。”
“話說，我接下來該去哪？還回去那個牢房裡？”李曉一指自己的鼻子問。
冬月也不禁犯了難，他稍稍猶豫了一下，然後對李曉說：“你還是……”