見到馮牧瀾之後，于蔭霖緊緊地握着馮牧瀾的手，激動地說道：“馮將軍，您們終於來了，你們終於來了，我們守得好辛苦啊。”
馮牧瀾卻冷着臉一甩手，道：“皇上有旨，于蔭霖巡撫湖北不力，自立軍起事居然沒有發覺，導致叛軍四起，特下旨將於蔭霖革職查辦，欽賜。”
“啊”于蔭霖只感覺頭暈目眩，自己居然被革職查辦了，這才叫做自作聰明，于蔭霖這個後黨骨幹終於爲自己的小聰明付出了代價。隨後，馮牧瀾率軍開始四處追擊自立軍餘孽，並對清軍進行收編，最重要的是，漢陽鋼鐵廠與漢陽兵工廠終於落到了曹躍手中。
號稱天兵十萬的自立軍在經過安徽與湖北戰敗之後，紛紛潰散，唐才常在逃走的過程之中被清軍擊斃，伏屍長江口。由於自立軍的主要組成是會黨與河盜土匪，因此他們潰散之後，重新做回了老本行，這給追捕帶來了很大的困難。
但曹躍依舊下令89集團軍與49集團軍對自立軍餘孽進行堅決地追剿，絕不允許這些會黨再荼害他人。所謂會黨，就是清代的黑社會，曹躍是絕對允許黑社會的存在的，有一處打掉一處。當初在陝西的時候，曹躍就和哥老會發生衝突，如今更是對會黨絕不手下留情了。
在追剿的過程之中，馮牧瀾與嚴東兩人的不同作戰習慣也展現得淋漓盡致。馮牧瀾更穩，做事有條有理，軍隊所過之處追查追捕自立軍餘孽，無一漏網之魚，而嚴東做事毒辣，但凡有嫌疑一律帶走，他這一路上抓了不少人，也漏了不少人，但他的方法卻非常快速有效，寧可錯殺一千不能放過一人。
嚴東的濫殺無辜卻使得兩江總督劉坤一看不下去了，再這麼下去，安徽百姓都要讓嚴東給逼反不可。
本來自立軍會黨造反，就在安徽禍害了許多人，現在嚴東在安徽如此大肆抓捕會黨餘孽，卻不分青紅皁白地抓人，安徽百姓受苦良多。且嚴東名聲太差，搞得民怨四起，於是劉坤一上表彈劾嚴東殺戮過多，導致民怨沸騰幾乎失控。
曹躍也知道嚴東的性子，這小子從來不把人命當一回事兒，他先是不把自己的命當回事兒，再是不把別人的命當回事兒。他唯一在乎的只有自己的兒女，這也是他的唯一的弱點，於是曹躍發電給嚴東，要求他少造殺孽給子女積德，不要搞得安徽省全都是自立軍一樣，該放就放，只有查明身份之後再處決。
嚴東立即覆電說謹遵主公令，釋放了大部分無辜者，可是對於一些無法確定身份的人，嚴東的意思是殺無赦。
作爲嚴東的副官，夏名揚建議可以把這些人抓到北方去挖煤嘛，什麼時候查清了什麼時候放人。嚴東覺得這是個好主意，於是將近一萬安徽輕壯押送到北方去挖煤。但是在到了直隸之後，卻被其他軍隊給截住了，收編到軍隊之中當了兵。這些安徽北部的小夥子都是好兵源，自古以來安徽的悍兵都是出自北部，結果嚴東白白將一萬名好兵送給其他兄弟部隊了。
嚴東對劉坤一這個老傢伙告狀懷恨在心，卻又不能影響到他，於是夏名揚給他出了個壞招，送給劉坤一幾條滷豬舌頭，意思是你就嚼舌頭吧。劉坤一七十多歲了，豈能受得了這份氣，險些暈倒過去。
而後，嚴東的軍隊又進入江西和江蘇追捕自立軍餘孽，還真抓到了不少維新黨和自立軍餘孽，嚴東也不查明一律宰了，屍體燒成灰。
對於嚴東的大名，江蘇江西兩地百姓早有耳聞，在得知閻王爺到來之後，兩省百姓頓時哭爹喊娘請求巡撫大人一定要送走他，絕不能讓他像是禍害安徽一樣禍害兩省。
兩省巡撫、兩江總督劉坤一、閩浙總督許應騤連忙請求朝廷調嚴東回去，再放任嚴東行事，恐怕南方各地百姓造反了。
曹躍這才下令第49集團軍返回，曹躍爲49集團軍劃定了一個新的駐軍地點江蘇省徐州府。
兩江總督劉坤一立即表示不滿，說徐州府歷來都是我兩江總督府下轄府所，現在新軍第49集團軍駐軍徐州，於情於理都不符合規定。
曹躍的答案是，規定是過去的，我們現在要進行軍隊改革，不能效仿過去一樣，徐州府乃第四戰區最重要的交通要害，自古以來徐州都是兵家必爭之地，曹躍根本沒有理由放棄徐州，因此他將才第四戰區最能打的49集團軍放在徐州府。
49軍的軍長是嚴東，而徐州又在兩江總督管轄之下，兩人之前有過沖突，嚴東又非常嘚瑟地寫信給劉坤一，說不知道自己該如何面對兩江總督府，是接受兩江總督府的管轄呢，還是要接受軍機處的直接管轄呢。
劉坤一這次是真的被氣得生了病了，卻又無能爲力，他手下的清軍是絕對打不過血軍新軍的。嚴東率領49集團軍南下的過程之中，一路之上所向匹敵，連英國人都認爲，血軍的氣勢是清軍之中少有的積極向上的。
劉坤一又去了道觀裡求籤，卻求來一副下下籤，算命的道士說三十六計走爲上計，避禍保命纔是唯一正途。劉坤一獨自想了一天一宿，決定退出政壇，從此之後歸隱山林了。
劉坤一辭去兩江總督一事引起朝廷一陣轟動，所有人都不理解他爲什麼要歸隱山林，許多人連忙勸阻，但劉坤一帶着家人早早地走了，也不多做解釋。
李鴻章、張之洞、許應騤、王文韶等人爲之惋惜錯愕，同時也開始思考自己的未來。
而現在，擺在朝廷衆人面前的還有一個極其重要的問題，那就是誰能接任兩江總督一職
在衆人討論聲中，曹躍力排衆議，推薦兵部尚書胡聘之擔任兩江總督，其理由是胡聘之是新政人才，且德高望重，能夠鎮撫江南。新政人才是不假，但說到德高望重卻是未必，只不過他身上印着西北系深深的烙印罷了。
張之洞與李鴻章兩人考慮之後，覺得胡聘之雖然不是最佳人選，可朝廷之中出了胡聘之再也找不到更適合的，於是同意胡聘之任兩江總督。
胡聘之沒想到自己在兵部碌碌無爲地度過了四個月之後，突然被委任爲兩江總督，欣喜不已，立即走馬上任。但是在走馬上任之前，胡聘之還是要拜訪英國人一番，畢竟長江流域是英國人的勢力範圍。
英國大使竇那樂對於胡聘之南下首先拜訪他感到非常滿意，竇那樂說：“我不管你們中國的內政和內戰，我只希望你們不要打擾到我們英國的商業與利益就行，這一點不知道總督大人您能不能辦到”
胡聘之道：“在來之前，我曾經與曹中堂進行一席長談，如今大清國需要的就是英國人的先進工業，我擔任兩江總督之後需要做的第一件事就是儘量扶持兩江流域的現代工業，英國已經進入蒸汽時代，而我大清國依舊是騾馬時代。所以接下來我需要麻煩英國人的地方就太多了，我希望能夠有更多的人，學習英國，效仿英國，將英國作爲老師。”
胡聘之的話讓英國大使竇那樂高興不已，看來清廷的意思是要和英國加深合作了，既然清廷這麼給面子，大英帝國也不難爲他了，甚至派遣海軍軍艦護送胡聘之南下。
劉坤一總督兩江不利辭去兩江總督，但湖廣同樣發生了自立軍事件，湖廣總督張之洞如今又身兼郵電部尚書，分身乏術，且需要承擔責任。有御史開始上書彈劾張之洞督撫不利，請張之洞辭去湖廣總督一職。
奏摺送到軍機處，曹躍故意留中不發，張之洞見到那些留中不發的奏摺之後，明白曹躍的意思，湖廣最大的依仗就是漢陽兵工廠和漢陽鋼鐵廠，如今已經全都在曹躍手下了，張之洞再兼着這個湖廣總督也沒甚意思。於是張之洞以身兼數職不堪重負、自立軍作亂他難辭其咎爲由，主動請辭湖廣總督。
當然，朝廷是極力挽留的，尤其是曹躍，一再強調自立軍湖廣作亂非張之洞的過錯，好像唯恐別人不知道湖廣發生自立軍作亂一樣。
一番虛情假意的客套之後，張之洞辭去湖廣總督一職。
接下來繼任湖廣總督的人又是一位能臣，甘陝總督饒應祺任湖廣總督，甘肅巡撫岑春煊任甘陝總督，順天府尹曾文佩任甘肅巡撫。
又是西北系官員得利
胡聘之辭去兵部尚書之後，兵部漢尚書無人擔任，在陶模等人的推薦下，曹躍這個直隸總督兼任了兵部尚書，總攬了全權。其實現在也沒有人和他爭奪全國的君權，首先就是全國各地大員並沒有團結一致，其次就是李鴻章、張之洞、劉坤一三人被曹躍降服，沒有人敢帶頭了。
擔任兵部尚書之後，曹躍更加有理由對軍隊進行改革了。
不過一個問題來了，將錢投入到軍隊改革上，就要耽誤國家經濟發展，阻礙新政建設，這是張之洞所不能容忍的，經濟和軍事，到底哪一個優先發展，成了朝廷之中討論的焦點。