第十四章 2.7kb基因片段缺失

秦蘭點了點頭:“這樣,這組實驗算是比較嚴密了。”

樑曉慧滔滔不絕的繼續:“四個樣本全部用的NGS,二代高通量測序,所有的基因數據也都分析了一下,因爲是同一個人的DNA數據,軟件跑起來非常的快,甚至,生成了VCF格式的基因數據文件後,我還自己還做了一個小程序驗證了一遍。”

程峰一臉懵逼,連連說道:“那個,能不能說我聽得懂得東西,直接說結果好不好!給領導彙報工作,要簡潔,明瞭!”

“額,這樣還不夠簡潔嗎?那好吧,軟件方面的事情我就不說了。”樑曉慧又推了推眼鏡,似乎是瞪了程峰一眼.

喬飛低頭向程峰解釋道:“別急,實驗就是這樣的,必須先了解整個實驗構架,才能知道結果能否準確表達實驗目的。”

秦蘭繼續向程峰說道:“之所以要用生物信息學的軟件分析,是因爲人的基因組數據非常龐大,如果用一個字符表示一個核苷酸分子,那麼一個人的全部基因數據就會有大概3個G。

而且在測序的過程中,考慮到測序儀會出現個別點位的誤差,所以,常規的全基因組測序會測30重,也就是把一個樣本測30遍,以此來增加準確度,這樣,數據就會有90個G了,如果用人眼看,一秒鐘看一個字符,看完所有的數據需要3000多年,所以必須依賴計算機。”

“好吧!好吧!你們都是道理,我聽你們的。”程峰懶洋洋的說道。

樑曉慧得意的笑了笑,似乎是在挑釁程峰,說道:“那我們先說說白化病吧,白化病分爲綜合徵白化病和非綜合徵白化病,綜合徵白化病不用管,174患的是非綜合徵白化病中的眼皮膚白化病,一共四種類型,分別是OCA1——4。

頓了一頓,樑曉慧繼續:“174所患的是其中的OCA2,這個類型的眼皮膚白化病的致病基因是位於15q11.2——q12的P基因,因爲遺傳缺失了長度爲2.7kb的DNA片段,1號和2號樣本同時反映了這一點。”

秦蘭看向喬飛:“這個結果你應該自己也做過,對嗎?”

喬飛回答:“是的,我自己測過自己的DNA,知道我是OCA2型白化病,這個P基因一共包括了80多種SNP的單核苷酸多態性突變和80多種病理性變異,我是其中最常見的2.7kb缺失,因爲這段DNA的缺失,導致我體內的酪氨酸酶活性完全喪失,沒有合成黑色素的能力。”

“說重點,3號和4號樣本呢?”程峰好像聽明白了一點,問道。

樑曉慧看了看程峰,投去一個不忿的眼神:“3號和4號樣本反應出來結果…總體上是一致的,首先,已經足夠證明174的身份,在昨天的會議之前,我們就把這個結果先上報了。”

“哦,是這樣,怪不得侯局長說DNA的檢驗結果,已經足以證明我是喬飛了。”喬飛說道。

樑曉慧習慣性的推了推眼鏡:“重點是,那個2.7kb的DNA片段,在3號和4號樣本上同時出現了。”

這個2.7片段的DNA缺陷,出現了!

畢竟,喬飛的白化病已經好了,大家或多或少的已經知道了這個結果,但是,在所有人的臉上,還是滿臉的震驚,當然,除了程峰。

白化病的致病P基因,缺失的2.7kb的DNA片段,在喬飛細胞中,修復了。

這,又回到了那個老問題,怎麼做到的?如果是在體外,用最新的DNA編輯,是可能實現單細胞DNA修復的,然而,對於在喬飛體內,這毫無疑問,是不可能做到的!

科技水平達不到!

所有人都在思考,房間靜的針掉可聞……

“那個…”樑曉慧似乎不太滿意房間的氣氛,繼續說道:“我還沒說完,還有新的發現呢。”

還有新的發現?!喬飛和秦蘭同時愣了一下。

按理說,這個實驗結果,已經足夠說明問題了,怎麼還會有新的發現?

看到所有人都在注視自己,樑曉慧這才深深的吸了一口氣,繼續說道:“如果不是我和測序組的同事學儀器操作,手賤又拿3號和4號樣本做了一次單分子測序,我根本發現不了。”

“又做了一遍單分子測序嗎?然後呢?”喬飛似乎想到了樑曉慧想要說什麼,瞬間呼吸加重了。

樑曉慧得意的推了推眼鏡:“3號和4號樣本的單分子測序,結果發現4號樣本的第二次檢測結果,同1號和2號樣本一樣,缺失那2.7kb的DNA。”

秦蘭瞬間想到了關鍵點,失聲問道:“你有沒有繼續增加單分子測序次數?”

“當然有!”樑曉慧說道:“我這麼聰明,怎麼會想不到這個問題,就馬上聯繫測序組的同事,要求增加3號樣本和4號樣本的單分子納米孔測序次數,3號和4號各測了一百遍,熬了我兩天一夜。”

“結果顯示…3號樣本,76次具有2.7kb,24次缺失,4號樣本,83次具有2.7kb,17次缺失。”

整個房間又一次寂靜下來了,幾秒鐘後,程峰忍不住問道:“這一會有一會沒有的,說明了什麼?什麼意思,你們快把我弄瘋了。”

沒有人回答他,所有人都在思考。

直到半分鐘之後,秦蘭才深深的吸了一口氣,解釋道:“假設喬飛的身體,缺失2.7kbDNA的白化病細胞和具有2.7kbDNA的健康細胞同時存在,那麼,用NGS二代高通量測序,兩種細胞的DNA全部被提取出來,經過PCR後進行測序,缺失DNA的那部分白化病細胞的檢測結果,被掩蓋了。”

看到程峰仍然是一臉懵逼的樣子,喬飛舉了個例子:“NGS高通量測序,就像光照雙層不透光黑紙的試驗,一層是好的,另一層破了一個洞,即使另一層破了個洞,你的光照實驗,也只能是陽性,因爲,只要一層黑紙,就能擋住光線了。光照試驗發現不了其實有一張黑紙是有洞的。那個洞,就是我缺失的2.7kb的白化病致病DNA片段。”

頓了一頓,喬飛繼續說:

“而單分子納米孔測序技術,是最新的第三代測序技術,原理是將DNA分子經過處理後通過一個納米孔,納米孔有正負電極,不同的核苷酸帶的電荷是不一樣的,所以,每個核苷酸通過納米孔後,得到的電信號不一樣,這樣就可以測定DNA了。因爲不用PCR,所以理論上,單個細胞就能測出一個人的全部基因數據。”

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