距離準和一夏的綁架事件，已經過去一個多月了，這件事也算是落下了帷幕。由於當初準和一夏被綁架時，幾個德國人出現了，並且告訴了千冬關於一夏和準的的事情，於是千冬馬上駕駛IS起身去營救準和一夏。在這之後，千冬爲了感謝德國提供的信息，親自到德國去任教一年。在臨走之前，千冬囑咐準要好好照顧這個家。作爲弟弟，準一直給自己一種安心的感覺，讓他照顧一夏，自己也可以放心。就這樣，準和一夏開始了兩個人的生活，而就在這時，黑暗開始將他的魔爪伸向了這個世界.....
在日本的南部的一座小村莊中，人們和日常一樣過着和平的生活。然而沒有人會想到，這平凡的一天，將會是他們生命中的最後一天。
“奇怪，天怎麼突然黑了。”見天莫名其妙的暗了下來，人們不禁擡頭望去，然而都被眼前的景象所驚呆了。天空中出現了一個巨大的時空亂流，伴着狂風和暗紅色的閃電，一個不明物體正若隱若現。
正當人們失神時，一個黑色的身影，像隕石一樣從中衝了出來，砸在地面上，形成了一個巨大的坑洞，周圍被激起的灰塵所遮蔽。
當煙霧散去後，黑色的身影露出了它的樣貌。全身被猙獰的黑色裝甲所包裹，雙臂兩側裝備着巨大的利刃，背後有着如同惡魔般巨大的黑色機翼，而它的面部，則被怪物樣式的面部裝甲所覆蓋，全身散發着一種冰冷、死亡的氣息，讓人感覺就像是地獄深淵爬出的厲鬼一樣，令人望而生畏。它看向村莊的方向，發出了一句冰冷的電子音：“目標確定，開始執行任務。”隨後，以及快的速度像村莊飛去。
由於剛纔的震動，有許多的村民來到了村口，七嘴八舌的議論着發生了什麼事。“快看，好像有什麼東西朝這邊飛過來了！”一個村民的聲音吸引了所有人的注意力，所有人朝着他所指的方向望去，只見遠處一個黑色的物體正以極快的速度接近着，還沒等人們反應過來，便落在了村前。
“這是什麼？”“好像是is啊。”“is到我們這裡幹什麼？”.......村民們紛紛議論着。“安靜！”村長對所有的人喊了一聲，小心翼翼的走到黑色的is面前，說：“您好，我是這個村的村長，請問到我們這裡有何貴幹？”
然而黑色的is並沒有回答他，直接舉起右臂上的利刃，刺穿了他的身體，然後拔了出來。“爲、爲什麼....”村長還沒有說完，便仰面倒下，氣絕身亡。
“殺人了，快跑啊！！”見村長被殺，四周的村民立刻四散逃竄，黑色的is甩了甩劍上的鮮血，望着逃竄的村民，“說到”：“執行任務，全部抹殺！”說完便衝向了人羣......
鋒利的利刃刺穿了人們的身體，確認他們死亡後，便把他們像垃圾一樣甩到了一邊。導彈和光線如同不要錢一樣的像地面發泄着，所到之處，房屋盡毀，生靈塗炭，這簡直就是一場大屠殺.....
屠戮還在繼續。此時此刻，空氣中佈滿了血的味道，整個世界彷彿在顫抖，山崩地裂。剎那間，一個個鮮活的生命化爲烏有。他們好像千刀萬剮一樣，透露，肢體崩裂着，軀幹支離破碎。在這被血光吞噬的時刻，已經分不清什麼是武器。血紅的手，鋒利的利刃，迫不及待地將一張張臉孔撕碎。黑色的is早已失去了理性，失控似的去滿足自己殺戮的慾望，彷彿世界上最美妙的感覺就是能用自己的雙手抹殺一切的快感。傍晚時分了，遠遠望去，早已分不清是夕陽還是鮮血染紅了大地......
過了許久，土壤早已成了紅褐色，鮮血無法凝固，上空的陰霾無法散開，偶爾看見的斷枝上掛着早已辨認不出的肢體部位.不久前還充斥在這裡的廝殺聲、呼喊聲、槍炮聲消失了，卻讓此時的寂靜顯得無比猙獰.一切都消失了.一切.
黑色的is緩緩的從天空落到了地上，望着四周的慘象，認爲沒有生命存在後正準備離開時，一個聲音吸引了它的注意力。“媽媽，你快醒醒，快起來...”順着聲音走了過去，只見一個小女孩正坐在一個女人的身邊，不停的搖着她。但女人早已氣絕身亡，任憑小女孩怎麼搖，這位母親都沒有迴應自己的孩子。
望着走向自己的黑色is，女孩彷彿忘記了逃跑，只是用充滿恐懼和無助的眼神注視着那越來越近的身影。走到女孩的面前，黑色的is舉起了利刃，正準備砍下去的時候，天空再次出現了巨大的黑洞，黑色的is猛地停止了動作，看了看女孩，便衝上天空，消失在黑洞之中，只留下了那個雙目失神的小女孩......
不知過了多久，搜救隊和軍隊來到了這裡，但當他們看到眼前的景象時，他們都驚呆了，遍地的屍體，毀壞的建築，完全是一幅人間地獄的景象。“快，找找看有沒有生還者！”一聲令下，所有人開始了搜尋。“報告隊長，我們已經搜查了整個村莊，生還者只有這個小女孩。”一名士兵向長官報道着。那名軍官聽後，走向女孩問道：“小妹妹，請告訴我，這裡到底發生了什麼事？”然而小女孩只吞吞吐吐的說出了幾個字“黑色的......is.....惡魔...”“什麼，is？可惡，到底什麼事，能驅使一個人幹出這種慘無人道的事情！”（作者：長官，對方很明顯不是人）
這之後不久，世界各地又發生了好幾起恐怖事件，全是村莊，城鎮遭襲事件，並且毫無一人生還，全部遇害。恐怖的氣氛籠罩着整個地球。這一天，黑色的is再次襲擊了一個城鎮，當確認手上的最後一個人失去氣息後，正準備離開，一發導彈向它襲來，頓時，劇烈的爆炸湮沒了它的身影。“報告，以擊中目標，重複，以擊中目標。”天空出現了五架軍用 is，很明顯剛纔的攻擊是來自她們的。黑煙散去，黑色的 is露出了它的身影，只見它的身上沒有一絲痕跡，彷彿剛纔的導彈根本沒有命中它一樣。
“立刻分析敵方的數據！”一位隊長級別的is駕駛員通過對講機向作戰中心要求道。“瞭解！開始分析”，一位工作人員立刻對黑色的is進行了分析，然而結果卻令她大吃一驚。“這不可能，怎麼會有這種事！”隊長見到對講機傳來驚慌失措的聲音連忙問道：“作戰中心，有什麼問題嗎。”“這架is沒有任何的登記記錄，核心型號，能力全部都是unknown！”“怎麼可能？！，世界上所有的is都應該有記錄的纔對，再加上篠之之束博士的失蹤，也不可能出現新的is纔對！”“隊長，敵人衝過來了！”隊員的提醒讓她回過了神，“算了，管不了那麼多了，全體準備迎敵！”
一架is用槍向黑色的is射擊，但黑色的 is如同閃電一樣，以迅雷不及掩耳的速度躲開了子彈，一擊就使起失去了行動能力，從空中墜落了下去。“不可能，護盾這麼輕易的就被擊破了！”“不好了隊長，不知什麼原因，我們的能量正在快速下降，is 的情況也變得很不穩定！”“什麼....”然而就在她愣神的一瞬間，黑色的is衝到了她的面前，一擊將她打進了地表，巨大的衝擊力頓時讓她失去了知覺......
當她再次醒來時，眼前的一幕讓她的精神破碎了。三位隊員倒在地上，已經失去了氣息。另一位隊員則被黑色is 的鐵爪扼住了喉嚨高高舉起，“給我住手，你這個混蛋！！”黑色is看了她一眼，手部一緊，那名隊員的腦袋便歪向了一邊，停止了掙扎。再確認對方已經死亡後，黑色的 is向她走了過來，最後在她的面前停了下來。
“你到底是什麼人，爲什麼做這種事？！”，僅剩的is駕駛員有氣無力的問道，然而回應她的卻是映入眼簾的，越來越近的巨刃.......
那一天，繼白騎士事件後，世界再一次被一架is給驚動了。所有資料數據未知，輕鬆擊敗五架軍用is，在世界各地大肆破壞，如同黑色死神般的is，各國將這個黑色的死神命名爲THE ONE。