下面就是天啓帝的喪禮，面對哭的死去活來的皇后張嫣和天啓帝的一些妃子，朱影龍真不知道該對她們說些什麼，皇后張嫣在大喪之後就要搬出坤寧宮讓位給新皇后，其他妃嬪也都將從原來的寢宮搬出來，不再每個人擁有一座宮殿了，以後的吃喝用度也將不必從前，她們都還雙十年華，就要在這紅色的宮牆之中度過她們漫長的人生，朱影龍覺得這個制度非常的殘忍，但是他現在幫不了這些可憐的女人，只有等以後再想辦法，將她們放出去了。
黃道周奏請廟號熹宗，爲達天闡道敦孝篤友章文襄武靖穆莊勤悊皇帝，擬葬德陵。按照祖制禮法，停靈四十九後下葬。
由於文武百官十之七八都被魏忠賢裹挾南下，朱影龍這個新皇帝登基草草的走了個形式也就過去了，百官朝賀更顯得冷冷清清。
魏忠賢在南逃途中也以天啓帝臨終遺言立淑貴妃之子朱慈睿爲太子的名義，明詔天下，宣佈信王謀朝篡位，號召天下各鎮總兵、十七路都司盡起勤王之師剷除逆黨，擁立仁懷太子朱慈睿登基爲帝。
一時之間，天下人莫能辨從究竟那個是真那個是假，那個是真叛逆，那個纔是天啓帝真正遺命傳下的大統，各地閹黨分子紛紛附和魏忠賢這份討擬檄文，浙江巡撫潘汝楨，應天巡撫毛一鷺，蘇州織造李是等紛紛發表了擁護魏忠賢的佈告，鳳陽巡撫陽一鵬，巡按吳振賀甚至準備派出軍隊北上接應魏忠賢南下了。
爲防邊防邊防軍中太監監軍趁機作亂，朱影龍給邊關個總兵將領下了密旨，讓他們將軍中的太監監軍全部抓起來，全部押送進京，袁崇煥好在沒走太遠，很快就被追了回來，朱影龍當即下旨讓他接任遼東經略一職，全權負責遼東防務，賦予他臨機專斷之權，遇事不必請旨。
袁崇煥瞭解事情的前因後果之後，當即受印跪拜而去，這個時候他沒有心思去計較自己該效忠誰的問題了，他想到的是，朝政這次變故，必定天下震盪，如果被皇太極知道了，必然會傾全國之力來攻，這麼一個大好機會，他絕對不會放過，他和皇太極都在跟時間賽跑，看誰能先前一步。
果然不出朱影龍所料，常炎林急躁冒進，在追入山東境內，被京營提督李琪在途中設伏，差一點被全軍覆沒，幸虧熊兆璉率君及時趕到，這才救了常炎林一命，所部兩萬多人馬折損一半，兩部人馬合併一起，全部交由熊兆璉統一指揮，繼續南下追擊。
朱影龍忽然發現自己身邊居然沒有可用之將了，周淮安全面負責京畿安全，把一個搞情報工作的人推到前臺，實在是必不得已，好在朱影龍將黃宗羲等人提前調了過來，不然他還真不知道有什麼人可用。
熊瑚和葉漣漪要在朱影龍身邊暫時無將可用的情況下走到了前臺，熊瑚主動提出去安撫整頓京營，葉漣漪則做了他的副將，開始全力整頓京營，收拾殘局。
史可法更是忙的昏天暗地，他從事變開始，頭都沒有靠過以此枕頭了，休息就是趴在書安上大個盹就是了，朱影龍將順天府尹職位給了他，安民，撫民，查辦冤假錯案，收買民心，還有查抄包括魏忠賢在內個閹黨份子的府邸，一個分成四五個來用都不夠，好在朱影龍下了一道特旨，將密雲縣令何騰蛟調給他做了副手，這才稍稍緩解了他肩上的壓力，爲此紫荷心疼的不得了。
朝中官員該罷的罷，該提的提，陳楊美嫉惡如仇，朱影龍直接讓他去都察院當了左都御史的職位，緊接着在陳楊美的上奏下，朱影龍下旨爲東林黨人平反，這道平反詔書收到奇效，原本還在觀望之中的一些東林黨的官員，紛紛倒向了朱影龍這一邊，讓處在困境之中的朱影龍精神爲之一振。
魏忠賢果然是當世權閹，也是一代奸雄，在熊兆璉和常炎林二人的大軍緊追不捨之下，他的六萬多叛軍到達鳳陽時只剩下不足五萬了，發佈一道勤王討逆詔書之後，倉皇撤除鳳陽，一路南下揚州，在南京水師的接應下，進入南京。
就在魏忠賢被熊兆璉和常炎林二人的大軍緊緊追趕的途中，事變後的第二十天，陸皓天率白蓮教四營人馬安全將王妃周瀅寧等人接到京城，白蓮教四營人馬全部編入京營，陸皓天也暫歸熊瑚調遣。
白蓮教這四營人馬已經從內到外都姓“朱”了，不合事宜的份子全部被陸皓天清除出去了，爲了隱瞞徐如瑩留書出走之事，朱影龍下旨封徐如瑩爲如妃，以安這些白蓮教衆的心，反正他們到了京營，就會被熊瑚打亂了重編，主要安撫他們這一時就會沒事了。
孫承宗等人到京之後，朱影龍立刻下旨，加孫承宗爲內閣首輔大學士、兵部尚書，孫慎行爲戶部尚書，黃尊素爲吏部尚書，徐光啓爲禮部尚書，周順昌爲工部侍郎，宋應星爲工部郎中，瞿式耜大理寺卿，張溥爲都察院監查御史，六部尚書均入內閣，黃道周資歷尚淺，當初把他推入內閣是不得已而爲之，入了內閣也不過是五品，沒有實權，現把他調入通政司任左通政使，暫時先把陷入癱瘓的政府搭建起來。
同時下徵召令，讓被魏忠賢革職迫害的一些正直官員以及部分東林人士出來爲朝廷做事，計有：文徵明曾孫文震孟、“曉暢兵法﹐精於泰西之學”，與徐光啓齊名的李之藻、劉宗周、任少蔭事官，忤魏忠賢專權，被貶職爲民的劉鴻訓、忤魏忠賢引疾歸的畢自嚴、楊鶴之子楊嗣昌、李標、錢龍錫等人。
熊廷弼由於身份太敏感了，暫時沒有讓他出任任何職務。
皇太極果然沒有安分守己，得知明廷這個巨大的變亂之後，等不及讓剛剛大戰過的八旗士兵修養恢復過來，強行起兵再一個攻打錦州，這個時候袁崇煥纔剛剛過了山海關，防守錦州的趙率教被打了一個措手不及，大戰過後，城牆多處損壞嚴重，皇太極也是元氣大傷，可誰能料到朝廷會出現這麼大的變故，在皇太極誘人的演說下，後金八旗兵丁衝着美女、財富，發瘋似的攻擊錦州城，僅僅一天，趙率教就撐不住了，派人向在寧遠的滿桂求救，待滿桂踢掉了一萬軍馬前去救援之時，錦州已經淪陷，他接應之剩下一千多人的殘兵敗將的趙率教退入寧遠城。
袁崇煥在路上聽到這個消息是心急如焚，一天半的路程，他一天就趕到了，當袁崇煥進入寧遠城，寧遠城中軍心浮動的滿桂等人才鬆了一口氣，這一次皇太極像發了瘋似的，寧遠城雖然比錦州城堅固，但皇太極一天就拿下錦州已經讓寧遠城中的官兵們嗅到了一絲血腥，這一次寧遠保衛戰將會比前面兩次更加艱苦。
錦州淪陷，袁崇煥當即給朱影龍上了一道乞罪的摺子，朱影龍知道這不是他的錯，他人還沒有到任，怎麼能讓他揹負這個責任了，當即下旨讓他見機行事，臨機專斷，不必請示了。
朱影龍現在才發現，自己做這個皇帝等於把自己放在火上烤，內外交困，魏忠賢仗着長江天險，國家分裂已經無可避免，立後之事有讓朱影龍頭疼反分，甚至有的臣子已經上書奏請他將周瀅寧打入冷宮，立田淑英或者葉漣漪爲後。
在朱影龍的心裡，周瀅寧是皇后的最合適人選，雖然他父親附逆了，但他父親是他父親，她是她，俗話說，嫁出去的女兒，潑出去的水，出嫁從夫，周瀅寧是他的正妃，立爲皇后是理所應當的，但這個時空的人不會這麼想，也不容許朱影龍這麼做，這是他們士大夫所堅持的那種純潔，朱影龍只有先以國事繁重，邊關吃緊這個理由暫時將立後之事壓下。
爲了這件事，他還讓封爲s淑妃的田淑英寸步不離周瀅寧，暫時沒有給她任何的封號，他害怕這丫頭死腦筋起來，會做傻事。