史可法明面上沒有錯，他錯就錯在他上了那一道密摺，密摺的內容觸動了太多人的神經，所以纔有這麼多官員聯合起來齊心彈劾他，因此他是輸在自己手上，過於急切的改變現狀，而忽視了潛在的反對力量的強大，當衆多官員衆口一詞的時候，明知道他是對的也只能是錯的了。
其實這也是新舊勢力的一次交鋒，尚在襁褓之中的新勢力敗給了傳統病態的舊勢力，也是舊勢力的一種逼宮，向朱影龍這個皇帝顯示他們的力量，讓皇帝也知難而退。
事實上，代表舊勢力的楊鶴、周廷儒、溫體仁之流只能算暫時佔據了一點上風，接下來開始對內閣展開了連續的口誅筆伐，不但朝堂之上風波迭起，就連民間也是波濤洶涌，大家圍繞“新政”和“舊制”展開了一連串的辯駁，支持新政的多是東林一派，因爲他們本來就主張變革新法，而且東林一派正是當權一派，在年輕士子和一些開明的中下底層官員擁有很高的聲望，而佔據朝野幾乎大半江山的守舊一派，雖然新皇帝登基後他們遭受閹黨一案的波及，有些損失，但畢竟根深蒂固，其領軍人物也基本都是當朝顯赫人物，實際實力甚至支持新政的東林一黨之上。
黨爭，這是有明一朝從來就沒能解決的問題，現在卻無可爭議的擺在了朱影龍的面前。
有明一朝都沒有擺脫過黨爭之禍，而且還有愈演愈烈之勢，到了天啓和崇禎兩朝，各種黨派更是如同雨後春筍，政治主張層出不窮，代表各方勢力的利益，多數都是以自身利益爲重，也有不少是掛羊頭賣狗肉，黨派良莠不齊，互相攻奸，也造成了朝廷政局不斷的動盪，客觀上也加速了明朝滅亡的速度，朱影龍自己也沒有想過自己統治下的大明朝不會出現幾個政見不同的黨派，但對黨爭突然的到來還沒有足夠的心理準備，雖不曾手忙腳亂，但着實影響了朱影龍的改革，也迫使他不得不拿出更多的精力來思考消除黨爭的辦法，當然完全消除是不可能的，但總要最大限度的消除黨爭對新政改革的影響，最好能走上一條良性競爭的道路。
朱影龍目光漸漸從政改移到了軍改上面，政治經濟改革到了一個低潮階段，再強行改革下去就會遭致更大的反彈，還不如在下一段時間鞏固現有的改革成果，這也是老人們常說的“貪多嚼不爛”的道理，軍制改革雖然也牽涉到不少人的利益，不過在軍隊是朝廷的是國家的，就是有將領有佔山頭做諸侯王的想法，以朝廷現在的掌握的軍事力量，估計沒有人敢公然造反，相對而言軍制改革受到的阻力會小一些，而且有京城新軍例子在前，兵制改革也相對容易一些，因此朱影龍動了先動軍隊的念頭，有了一支絕對擁護自己的軍隊，到時候就算強行推行政改和經改也會容易許多。
當然，這並不等於朱影龍故意放縱黨爭，史可法事件讓朱影龍更加警惕起來，明朝一半是亡於黨錮之禍，另外三分之一是明朝君臣的無能，剩下六分之一纔是後金這個外敵，至於明末的農民起義，這不過是王朝更新換代的必然，也就是官必民反，所以明亡是亡於自身，故而朱影龍對楊鶴、周廷儒等人挑起黨爭是萬分的不悅，楊鶴志大才疏，久居高位，養成了一付自大自傲的習性，若不是爲官還算剛廉，就算他當初擁立之功，也未必能坐到刑部尚書的未知，而那周廷儒則包藏禍心，是個典型的小白臉，奸詐小人，朱影龍早就想辦這個人，奈何沒有一個好的藉口，也抓不到他的尾巴，故而還留其在朝堂之上，還有那個溫體仁，一丘之貉，若不是當初出登大寶，需要用人，這樣的人有怎麼會讓其立於朝堂之上！
軍制改革也非朱影龍一個人想到了，軍機閣首輔孫承宗也想到了，國丈熊廷弼年初去西北赴任的時候也跟朱影龍商談過這件事，但是那個時候朝廷全部精力放在整頓官場和“嚴打”上面，如果那個時候連軍隊也動的話，出了突發事件，怕難以收場，而京營新軍與邊關的衛戍部隊又有不同，邊軍已經成制多年，許多惡習積重難返，要想扭轉非下一些力氣不可，京營新軍雖然也有當初一些殘留，但畢竟一開始組建的時候就如同一張白紙，可以任意塗抹，熊廷弼去了西北大半年，在朱影龍的默許下，他對西北邊軍動手了，有不少軍中將領上本參劾，都被朱影龍強行壓了下去，彈劾熊廷弼的將領大多調職貶官，給熊廷弼在西北大開方便之門，大半年過去了，終於取的了一定成效，於是熊廷弼一道奏摺到了軍機閣，更附上了一封信給了首輔孫承宗，認爲軍制改革的時機已經成熟，有他的西北軍和京營新軍，加上袁崇煥手上還沒有進行改革的遼東軍，足以壓的住國內一切可以反對的力量。
在給軍機閣上奏摺的同時，熊廷弼還不忘聯合遼東的袁崇煥，還有遠在福建的洪承疇，廣州的常炎林，南京的熊兆璉等人，一時間，數份要求兵制改革的奏本擺到了孫承宗的案頭上。
儘管孫承宗也同意了熊廷弼等人關於改革朝廷兵制的意見，但這幾份奏摺來的卻不是時候，正是處在朝局震盪之時，果斷能幹，剛正不阿的史可法因爲觸動了太多人的利益，招致過半數的在京官員彈劾，皇帝都沒能保住，現在還關押在大理寺的大牢中，如果再讓軍隊亂將起來，那可是天塌下來的大禍，故而孫承宗接到這些個奏摺，謹慎的他小心的將其壓了下來，這也是朱影龍奇怪爲何從張嫣處回宮那日軍機閣居然沒有一份奏摺，還以爲孫承宗會在次日大朝之時直接呈報，豈料大朝那日孫承宗站在列班中一言沒發，而朱影龍因爲史可法引發的黨爭事情煩惱，沒有任何的察覺，等到他想到暫緩新政改革，鞏固已有的成果，轉向軍制改革，召孫承宗入宮詢問之時，纔看到了熊廷弼等人關於朝廷軍制改革的建議奏本。
熊廷弼在奏摺提出了劃分全國軍區的構想，這絕對是一個相當超前的想法，這也與朱影龍不斷的循循善誘有關，還有軍區換防制度，這也是防止軍隊大將擁兵自重，不聽朝廷調令。
袁崇煥也提到了兩點，一是兵役制度，現有的衛所制名存實亡，而募兵制太寬，兵員素質難以保證，畢竟當兵吃苦，而且隨時面臨死亡，除了生計所迫，誰願意當兵？二是，今後朝廷軍隊的編制？他對京營新軍起了極大的興趣，這種“四四”的軍隊編制似乎作戰更有效，指揮更爲靈活，還有在旅、團以及設參謀的做法他已經在遼東邊軍中試點，已經取的很好的效果，嚐到甜頭的他建議全國推行。
熊廷弼和袁崇煥兩人在奏摺中的共同點就是他們已經意識到了火器的厲害，尤其是火炮集中突擊轟炸的威力讓這兩位赫赫有名的名將念念不忘，奏摺各是獅子大開口管朱影龍索要火炮已經大量的炮彈，而這些由於朱影龍決定了優先海軍的原則，新鑄造的火炮幾乎都被撥給了海軍，故而對於兩位心腹大將的哀求只能無動於衷。
軍制改革最大的難處並不是對現有的軍隊用新的編制打亂了之後進行改編，還有重新制定將官職稱以及實施皇帝首創的軍銜制度，最難的是兵役制度，這纔是軍制改革最根本的問題，這個問題不能有效的解決，軍隊的強大隻是一時的，曇花一現。
對此，朱影龍早就想到了後世的義務兵役制度，不過這個兵役制度要在等級觀念嚴重的封建王朝實施的話，也只能說是一個有侷限的義務兵役制度。